TCONS_00002136 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00002136
Unique NameTCONS_00002136
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length5318

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00002136 ID=TCONS_00002136|Name=TCONS_00002136|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=5318bp
GATTGAAGCCGACTGCCAATAGTTTCAGTTTCTGTCtgcaaattttttga
atataaaAGCTTCCTTTCTGATTTTGCTGAGTTATTGGAATGAAAATGAT
GACAGTGCAAAATGTATTTAGATACTTGTAGCTTTAACTCACTGTATGTA
CAAtacttgttgttgttgtaatgtttattgttgtttattcatTATGACAC
ATTGTAAACTTCCTTTTACTGTACATAGTATTTTCATTTCATGTCCTTTC
GAGCTCGAAAGCCCTTAGGGTTATTTTTCGTTTAGGagatttttaaatgt
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ACACCGGACACAATAAGTCAGGTGTTAGTCTGGTGTTGTGCATACAGccg
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CACCGGAGTcatgtccggtgggaaaaaaatatccttctccgacaccggac
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AGGGTCCTGTCGTTTACTAATTGATAAAATCAATTATCGATTAAAATGGA
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TCGATAGCTAAgcgatactcacaatttttcaGCACTCAATTAAATTATCA
CCATAGATTTTAAATCGATAATACCGATTAGGGTGGGAAGGTGATGGCGG
ACAAGATTGgaggaaattgtgtttttgaagatgtaaaagttggatttgaa
aaattttggccgataagagcaagggggggagggggtctgaagcttatcgg
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aataaatggtttattatctgttcatcgctaaaatacttctagttttcaaa
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gttttttattcaaaagttttatttttatttttattttgtgacgtaacgtg
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tcaatcatacttcataCTTCACATaatctgtcataacatgtcacgataac
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CTACCGCCCACCGCCCACCGCCCACcgcccaatgggattaacaaatagcg
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cactaatttggtcttctttgttccagacacttgcgcgtgttccactacgg
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GAATGGCTGTCCCATGTTgcgtcagatagtcccaagttggagcagttgat
ggtatcGATTATCGTTTTTGATCGGTATTTAATCAATCGATTAATTATCA
ATTAGCTATTGGATTTTAATCAATAATCGATTTTATCGATTAGTAACGTC
TGGTTTTGTCTTGTGTTATTTTTAGAATGAACTAGATTTCTTGAGAATAG
ATTGAATTGTCCTACAGTGATAGTGATAGTATCTAGCTAGCTAGTATCCA
AGAAAACTGGTGGCAAATGCCACCCCCCCTCGAGTGGAAGTTTTTCACAG
GGGTGCCCCCCTCCGAAAAACAAAGGGTGCAAAAAGATGCCTTTGGTTAt
taattttggcgcccctttgctcttttacaGCTTAAATGGGTGAATtgcag
aaaagtcatacaatgTCCCGTCCGCAATAAAAGCACCATTTATGCTTACA
AATCAACATCTAGGAACTAGAGAACCCCCTTTTCTTTGTTGTGACATATT
GAATGCCTTCTTCTgttaaagacatttttattgCCTTCAAATAATCTATT
CTGAATTTTTAAACTGGTAAAAACTAATATGGTCCAAAAATTTGTCCTGT
CCGCAAGGgcagaaaattcttttttaatttctcattttttgagaCATCTT
TAATGTTCTAACTGTATCAAGCCAATAAACTATAGGGAACAGCGACCGTA
GTActgtggtagagcatccggctaaggttcgcaaggttgtgggttcaacc
cccagccgggtcataccaaagattcccaaaattgatgcctctctgcttga
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aaagagtggcgccctcccctaccttcaggtagatagctatcaaaagagta
gccttcgggtcgcctccgactgcggtcgcagacttacttatagGGAACTA
CATATGCTTTTTGCAGCAGTATATATTCCTTTTCTTGACATTACATGTAC
TGGCTatgaattaaaaactttttgtccTATCCGCAACAAAGTGTCTATAA
CACTCCAAGGAAGGCTATTTAGTGAAGTTCACAAAAATGTGCTACCGGAT
AACGGTAGCAGAAACTGAATCTTTTTAATTGAGTTTTTAATTGAGGCTAC
CTTACCACCAAGAACATTATTTAATCTGTCTTATATAATGTAAAATTgga
ttttaaacctttttttgatgTCCTAAAAGGCATTTTGCATTTTTAAAGTC
ATTACTTCAGTTCCAGCCAGTGCAGTGCTATAATACTTCATACGCCTACT
TGATTTTGAAtgtcattttttttagttttttaaaacaTATAGATACAACT
TCAATAAACTAGAAAAATTCATCAATCATAAAATGACTGAAAGAACACCA
CAACATATGACAACATCTGCTGACCGATTCTGGTTGCGCATTACAAACAC
ATTGCCTGCTAAAGAAATAGGATCAGAAGTCTCATTGGGCATAATGGAAA
AAGCAATGAACAGGAGAAGAGTTGGCATTAACGTAGGCCTCATTTTGTTT
TCATCCATTGCTGCTTTTGCGTATGGACGTCAATTCAGCAAAGAACGAAA
AAGTAGAGCTCAACAAATCGAAGAAGACCAATTCAAAtagattattattt
tttttgaagtaTATGGAAATAAGTACAAGATTTTTAGCTACCAGACACAG
ATTGCTAGCAATTCAAAAGAATTTTAGCTGACTTTGAATGTTGGAATTTT
CTTAAATCAACGAagtaaatcaataaaaatattatGTACTATGTGTAATT
CAAGTTTTAAAcatattatttttcttgtatttttaaatctttaaatcaAA
TGCAGAAAAATGATAACTGCGGTgtgagtttttttcttttttgtaaataC
GGACTAATTATTTTTACATTCAGAAACTTAGAAAAcagaatatttcaaat
ataGACTCTGGGTTGTTTTTTTACAtccctttttctttcaaagatgctca
aaattaactaaaacttggttttcatAGAAATAAGCGTTCAATTATTATGA
GCCTGACctatttccatttttttttttcagttgaaaaaattaaactaaaa
ataataattattaaaaataataattactGAAATTACATATGTCTCTTAGA
TCAAAGgttttaggTGCTTATCGTACTCTTTTACGCACAAGGCAGATAGT
GTTTTCAGGCGATGCAGTCGCATTAACAAAAAGTAGAGAGAAAATAAGAG
ACAGCTTCCTGGCTAATAAACATTTAACCGCATCAGAGGATATTTTACAA
CAGATTCAATGTGCTAATGAAACAAGTGATTTCTTGCTTCAAGGAGTTGT
TCAAGGGAAGTTGAACACACAAGATAACACATACAAAGTCAAAATTACTG
AACATACAAAACTTCACgataatgtccctttaaaagaaCAGAACAAAGTT
GATctcaataattttgaaattccacaaaaattcCGCAAGAAGAAGAACTG
AATATCATAAGATGAACAAagagaatttattttgaatgtgtaaataatat
tttatatgaatgaaaaaaaatcacttctaaaaacaaaaactttgttCCCG
TAGTCCTAAAATAGACTAAATTCTTGTTGATGGAAACTGTTGATATCAAC
ATCAGTTTAGTttcctcctgggttggttccaCCGCAGAAATTTTAGACTA
GGCCCAGTTCTCAACCCC
Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000018:340115..346058-

Legend: exon
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00002136 ID=TCONS_00002136|Name=TCONS_00002136|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=5944bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000018:340115..346058- (Clytia hemisphaerica)
GATTGAAGCCGACTGCCAATAGTTTCAGTTTCTGTCTGCAAATTTTTTGA
ATATAAAAGCTTCCTTTCTGATTTTGCTGAGTTATTGGAATGAAAATGAT
GACAGTGCAAAATGTATTTAGATACTTGTAGCTTTAACTCACTGTATGTA
CAATACTTGTTGTTGTTGTAATGTTTATTGTTGTTTATTCATTATGACAC
ATTGTAAACTTCCTTTTACTGTACATAGTATTTTCATTTCATGTCCTTTC
GAGCTCGAAAGCCCTTAGGGTTATTTTTCGTTTAGGAGATTTTTAAATGT
ACATAGACCTGAAAAAAGAAAGATATATCATCATCATTTCCACTCATTTA
TTGATGGATGGGATGGCGGTAGGTAAGAAGATTGATTGTGTTTTGAAAGG
CTGAAGTAGTGTGAAAAGGCAGGACCCTGCCGACGCACCGGACTGTCCGG
TGTATATTAATCCGGTGTATTTTTCCGGTGTTAAGAAGTATCCTTTCGTT
ACACCGGACACAATAAGTCAGGTGTTAGTCTGGTGTTGTGCATACAGCCG
GAATTTTGGACGCCGGACATTATGAAACAAAAATTAAGAAACACTGGACG
CACCGGAGTCATGTCCGGTGGGAAAAAAATATCCTTCTCCGACACCGGAC
ATCCTGTGTAGAAATTGTCCGGTGGTAGAAAATTTCATTTTACACCTCAA
TTGAACGGAATTACGATCAAACCAAATCGAACGCAATCGACCGATTGAAA
TTTGATTGTCGAACGCAATCGAATCTCATTCGAATATTACCGCAATTTTC
AGATTCGATTGATATTCGATTGTGTTCGATTGATGTTCGATTGCGTTCAA
TTGCGTTCGATCGTCGATTCATTGACCCCCGGATTGTTCATCGCATAATT
TCTACGGGAAATCAAAAGTAATTTCATTCGGCTTGTGATGTTTGAGAGCT
TGGATGTTGGAAAGCTGCAAGAATAAAGCCAGACATTCTCAATCGAACGG
AATCGACGATCGAACCAGTCGACCAACAATCGAACCAATCAAATATTACC
CAGAATTTTGACGTTCGATTGCGTTCGACAATCGAATTTCAATCAGTCGA
TTGCGTTTGATTGAGATCGTCTGGTTAAGTCCGGTGTGCGCCGCGCCGGC
AGGGTCCTGTCGTTTACTAATTGATAAAATCAATTATCGATTAAAATGGA
TAGCTAATTGATAATTAATCGATTGATTAAATATCAATTAAAAACGATAA
TCGATAGCTAAGCGATACTCACAATTTTTCAGCACTCAATTAAATTATCA
CCATAGATTTTAAATCGATAATACCGATTAGGGTGGGAAGGTGATGGCGG
ACAAGATTGGAGGAAATTGTGTTTTTGAAGATGTAAAAGTTGGATTTGAA
AAATTTTGGCCGATAAGAGCAAGGGGGGGAGGGGGTCTGAAGCTTATCGG
CCCAATGCATATAAAAATTTTGAAAGTTTTTTGTCAAAGACCCCTTACAA
AGTTAATAATTGATATAATATTAAGCAGTTATTGGACAAAGTGGAAACCA
ATATGTAAAAATATTGCCAATATTTTTCATATTGGATGAGACTGCGTCCA
AATAAATGGTTTATTATCTGTTCATCGCTAAAATACTTCTAGTTTTCAAA
CATAATTCCAATCTATGATCTATAAAGCTCGTGAATCTGGCTTCTTGGTA
GTTTTTTATTCAAAAGTTTTATTTTTATTTTTATTTTGTGACGTAACGTG
TCAAAAAGAAGATGCTCAATTGTCATCATTGAACTCGTTGTGTGAAGTCA
ATTTTTGAAATATATAGCCTCCATGGAAGCTATATATTCGAAAATATTGG
GCAGTAAAGAAGCCAATCAAATGTCGCTATTTACCCGTGTCGGATAATAA
ATGATTAATATCGACATAATCAGATAATTGACAAATTGATACCTTGGCCC
TATCGATTTTTAATCGATATCGATTTTTAATCGATAATATCGATGAAACT
TCTAATTGATATAATCGATATCTTATATCTGGTCGATATAATCGATGTAC
TCACAATTTTTTAGGCGATTAGCTACCGTCAACTGCTCCAACTTGGGACG
AGTGGTTGCAACATGGGACTTGTTGATATCTGGCCTGTATTTTTACTTAC
TATTAAATCTCTTTGACAACAAATTTGTTTTGATAACTCCACCAAGTTTA
TCAATCATACTTCATACTTCACATAATCTGTCATAACATGTCACGATAAC
TTTCACTGATAGCGCGCCCTTTTTAACTTTTGTTTTCATTCAAAATGACC
TGACGCCGAATGGAGAATTAGAGAATGACCGCCGCCTAACCGCCTTACGC
CTACCGCCCACCGCCCACCGCCCACCGCCCAATGGGATTAACAAATAGCG
AGTGTGTAACTTGTCGCGCGAGAGTGACGTCAAACCCTCCATCGTTTTGC
CACTAATTTGGTCTTCTTTGTTCCAGACACTTGCGCGTGTTCCACTACGG
ATTTTTTCATATTTCAATTTAAAAGCCTACTCGGTGCGAAAGAGAGATTG
TGTATTTTTTAATACGCGATCCATTAAACTCAAATCCAATGATTTTGGTG
GAATGGCTGTCCCATGTTGCGTCAGATAGTCCCAAGTTGGAGCAGTTGAT
GGTATCGATTATCGTTTTTGATCGGTATTTAATCAATCGATTAATTATCA
ATTAGCTATTGGATTTTAATCAATAATCGATTTTATCGATTAGTAACGTC
TGGTTTTGTCTTGTGTTATTTTTAGAATGAACTAGATTTCTTGAGAATAG
ATTGAATTGTCCTACAGTGATAGTGATAGTATCTAGCTAGCTAGTATCCA
AGAAAACTGGTGGCAAATGCCACCCCCCCTCGAGTGGAAGTTTTTCACAG
GGGTGCCCCCCTCCGAAAAACAAAGGGTGCAAAAAGATGCCTTTGGTTAT
TAATTTTGGCGCCCCTTTGCTCTTTTACAGCTTAAATGGGTGAATTGCAG
AAAAGTCATACAATGTCCCGTCCGCAATAAAAGCACCATTTATGCTTACA
AATCAACATCTAGGAACTAGAGAACCCCCTTTTCTTTGTTGTGACATATT
GAATGCCTTCTTCTGTTAAAGACATTTTTATTGCCTTCAAATAATCTATT
CTGAATTTTTAAACTGGTAAAAACTAATATGGTCCAAAAATTTGTCCTGT
CCGCAAGGGCAGAAAATTCTTTTTTAATTTCTCATTTTTTGAGACATCTT
TAATGTTCTAACTGTATCAAGCCAATAAACTATAGGGAACAGCGACCGTA
GTACTGTGGTAGAGCATCCGGCTAAGGTTCGCAAGGTTGTGGGTTCAACC
CCCAGCCGGGTCATACCAAAGATTCCCAAAATTGATGCCTCTCTGCTTGA
TGCTCAGCAACTAAGAGAAGGATCAAGGGAAAGTGGAGAAATCCAGGGAG
AAAGAGTGGCGCCCTCCCCTACCTTCAGGTAGATAGCTATCAAAAGAGTA
GCCTTCGGGTCGCCTCCGACTGCGGTCGCAGACTTACTTATAGGGAACTA
CATATGCTTTTTGCAGCAGTATATATTCCTTTTCTTGACATTACATGTAC
TGGCTATGAATTAAAAACTTTTTGTCCTATCCGCAACAAAGTGTCTATAA
CACTCCAAGGAAGGCTATTTAGTGAAGTTCACAAAAATGTGCTACCGGAT
AACGGTAGCAGAAACTGAATCTTTTTAATTGAGTTTTTAATTGAGGCTAC
CTTACCACCAAGAACATTATTTAATCTGTCTTATATAATGTAAAATTGGA
TTTTAAACCTTTTTTTGATGTCCTAAAAGGCATTTTGCATTTTTAAAGTC
ATTACTTCAGTTCCAGCCAGTGCAGTGCTATAATACTTCATACGCCTACT
TGATTTTGAATGTCATTTTTTTTAGTTTTTTAAAACATATAGATACAACT
TCAATAAACTAGAAAAATTCATCAATCATAAAATGACTGGTAAGAAAAAG
ATCTATTTTTTGAAATATTGTTACTTGTTGTTCATGTATAAACTTTTCTT
ATTTTTTCTCAATTGAGAGCATTTCTAAAATGCTACTAAAGTAACTTACT
GTATCATTAGTATATCTAATTTCTTATATATTTTATTTTTGAAATATGTT
TTTTTTTCTTCAATAATTTTCTTTTTCTTATCTTATCCATTTCAAATAGA
AAGAACACCACAACATATGACAACATCTGCTGACCGATTCTGGTTGCGCA
TTACAAACACATTGCCTGCTAAAGAAATAGGATCAGAAGTCTCGTAAGGA
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TTTTTTCAAGATGCTTTTTGGCATAGACTTGGACCAAGATTTTACAATTT
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CTTTTGCGTATGGACGTCAATTCAGCAAAGAACGAAAAAGTAGAGCTCAA
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TGGAAATAAGTACAAGATTTTTAGCTACCAGACACAGATTGCTAGCAATT
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CTTGGTTTTCATAGAAATAAGCGTTCAATTATTATGAGCCTGACCTATTT
CCATTTTTTTTTTTCAGTTGAAAAAATTAAACTAAAAATAATAATTATTA
AAAATAATAATTACTGAAATTACATATGTCTCTTAGATCAAAGGTAAGAT
CATCATTCATCTATCATCTTTTAGGAAAACACTACTCCAGCAGATGTATA
ACTTCTTATGTATTTCAATGTTTTTTTTTCAGGTTTTAGGTGCTTATCGT
ACTCTTTTACGCACAAGGCAGATAGTGTTTTCAGGCGATGCAGTCGCATT
AACAAAAAGTAGAGAGAAAATAAGAGACAGCTTCCTGGCTAATAAACATT
TAACCGCATCAGAGGATATTTTACAACAGATTCAATGTGCTAATGAAACA
AGTGATTTCTTGCTTCAAGGAGTTGTTCAAGGGAAGTTGAACACACAAGA
TAACACATACAAAGTCAAAATTACTGAACATACAAAACTTCACGATAATG
TCCCTTTAAAAGAACAGAACAAAGTTGATCTCAATAATTTTGAAATTCCA
CAAAAATTCCGCAAGAAGAAGAACTGAATATCATAAGATGAACAAAGAGA
ATTTATTTTGAATGTGTAAATAATATTTTATATGAATGAAAAAAAATCAC
TTCTAAAAACAAAAACTTTGTTCCCGTAGTCCTAAAATAGACTAAATTCT
TGTTGATGGAAACTGTTGATATCAACATCAGTTTAGTTTCCTCCTGGGTT
GGTTCCACCGCAGAAATTTTAGACTAGGCCCAGTTCTCAACCCC
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_001113XLOC_001113Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00002136-exon-sc0000018-1575043694:342070..346058TCONS_00002136-exon-sc0000018-1575043694:342070..346058Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00002136-exon-sc0000018-1575043694:341766..341859TCONS_00002136-exon-sc0000018-1575043694:341766..341859Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00002136-exon-sc0000018-1575043694:340766..341438TCONS_00002136-exon-sc0000018-1575043694:340766..341438Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00002136-exon-sc0000018-1575043694:340115..340676TCONS_00002136-exon-sc0000018-1575043694:340115..340676Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00002136-exon-sc0000018-1510915933:342070..346058TCONS_00002136-exon-sc0000018-1510915933:342070..346058Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00002136-exon-sc0000018-1510915933:341766..341859TCONS_00002136-exon-sc0000018-1510915933:341766..341859Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00002136-exon-sc0000018-1510915933:340766..341438TCONS_00002136-exon-sc0000018-1510915933:340766..341438Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00002136-exon-sc0000018-1510915933:340115..340676TCONS_00002136-exon-sc0000018-1510915933:340115..340676Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00002136-exon-sc0000018-1491911889:342070..346058TCONS_00002136-exon-sc0000018-1491911889:342070..346058Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00002136-exon-sc0000018-1491911889:341766..341859TCONS_00002136-exon-sc0000018-1491911889:341766..341859Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00002136-exon-sc0000018-1491911889:340766..341438TCONS_00002136-exon-sc0000018-1491911889:340766..341438Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00002136-exon-sc0000018-1491911889:340115..340676TCONS_00002136-exon-sc0000018-1491911889:340115..340676Clytia hemisphaericaexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000018supercontigsc0000018:340115..346058 -
Expression

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    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
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Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00002136 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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