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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00002266 ID=TCONS_00002266|Name=TCONS_00002266|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=913bp
GTTCTTGCATTCCAATCTTGTTGTGCGAGACTGTGAGAATAAAAGAACAT
CATCTTCAAGCAGCCAAAAATTATTATCATTGAAATTGaagcctggtttc
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ATTCTCCAGTCTGTTTGGCTTACTGACGTTAATAAAGACTGATGATTTAT
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ATTCAGATTGGATTATTATTGTTTGAAATGGATGTTGGAAGTTAGTGTTT
TGAGAGACATAAGCCAGTAACTTTCGAATCTGGAGATTCGTTCTATTCTG
GCTATTTCTTCTACGCTTTAGCTTTAGATTGCATTAAAATGCTAAAGTGA
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TTGAATTTTGATAAAAGCtgtttttaataagaaattGTTCTATATGGTCA
AGATTGCTAGATC Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000019:655491..665359+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00002266 ID=TCONS_00002266|Name=TCONS_00002266|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=9869bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000019:655491..665359+ (Clytia hemisphaerica)
GTTCTTGCATTCCAATCTTGTTGTGCGAGACTGTGAGAATAAAAGAACAT
CATCTTCAAGCAGGTAATTTCACAGTCACAAATTACTATTTCAAGTACTT
TGGGATAACGTTTATAAATTCATCGCAAGGTTCAAGGTTCAAATCAAGGT
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caaagtctttcaaagtctttcaaagtctttcaaagtctttcaaagtcttt
caaagtctttcaaagtcacccactgcagtctaaccgcaagggcttGACtg
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acacgagttacgttaaatgtgacgtcatcaatgggaaattatgacgtcac
aagtagataatctaactcgtcaatttatggtgcaccttaaactgacgagt
taattaactcgtcaatttatggtgcaccgtaattttacgagttaattaac
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ttatggtgcaccttaaactgacgagttaattaactcgtcaatttatggtg
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tctaaaatggtgGTTAAGTTCTTTTTGTGcctatttttagtttaaaacta
ttggaatggtaattttctcTCATAATATTCTatagcaaaaaacgtaaaaa
cccgaccttataagcaagtgagctacttcccgTTTTTCTATAAAGGAAGT
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ATATTGAATGTATGCCTATTTTAAtctgaattttagaatttttgaccgac
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tcagacacattgaaaagtcattttgctctatttctcatcatttttcacta
aaatttcatttgtctacaaccttttgacCAGCATTGTTGCTTTTCAACCT
ACGATTCGACTTATGAATGCTACGTAtggaaaattcataaaattgttGAA
ACATCGCCTTCactatgaataatttgatatAATTTTTCACCATTTagcaa
attttaatttttttctatcaaCTGTGAAATTTTTCATACGTTAAAACCTG
GTAGTCTTGACAACATTAAAGTATCTGGCTATGTTTTATCTTGTTTAAAT
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TGCATCGTGATGAATAACTTTGGTGAAGCGGCTTTGACTTTGAGGTAATT
CGTTCGGAAAGAAGATACGATGGAGTCACCATTACTGGAAACATAGATTT
ATTCGAGGTTAGAAAATTtagagttatggagtaaggatTATAAGGATTGT
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CAACAAATTTTTCATCATAAATTAAACAATCACAAATAGCTTTAGTCCAT
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GTGGCCAGCCGGATCGGTTATCTATGAattgaacggaacattggaaggag
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GTGTTCAGAAAAGAAATGTAGCCGCGAACCACTGGTTTGagacgaaaacg
cttttgaccACTTGGCTATCGCTCCGGGTCCAAATAAAGCTTTTCTAGTA
GTATATTGTAGATTCCAAATATGAGTGTTTGCTTACAAACGGTATGTAAA
CAGTTCGCCAGATTCaaattgtttttggaaggtaaaaagtGGATAGGGCA
ATGTTCTCATTTTGTTCTCATTACTATTTCCAGCTCCATATGTCGGTTTT
TtgctatttgaaattttggtgttttCTTTCGAAATGGTAACTTCGCCCGC
TTCGACAAAAGTGTACTTCACTTGACTTAGTATCGGCATAGTCATATGAA
AGAAATATATGACTATGGTATCGGCAGAGACTTCAAAAGACTCTATCTAT
TCTATAATTGtaatgtagtgtaaaaaacctttctctTCCATATAAAGCTT
TTGATATTTTCCAAGGTTGGATAACCAAAAATGTCTCAACGTTCGCATTT
CGGCCATAGATATTGATGATGTTTTACTTCAGGCGTAAAATGAACCTTCT
TAGGTGTTTAGTTTAAGTGGTACATAGCTTTTACAACGAAAGCAAGGGTT
GGGAATGACACTTTGTTTTACTTGCTCGGAAAATCGGGCGGTTGGGGAGG
CGGACGGATTCTTTCAAATCTGGGCGGAAATTGATATTTTCTACATTTCT
ACGATATTTTCTAcaatttaaattcaattttaactCCATTTTTACCacta
attttgataaaaaagattaaaacgACTGATGATAAGTTTTTCAATATTCA
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GCAATGACCATTCATTTCATTTGCCAAAGTAATTTTCTCATAACTTAGAT
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TTTCTGGCTCTCAATTAGTTTAGTTTAATCCCCTTATATTGGGctaaaat
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AACAcgtatttaaaaaattattcttaaaTAAAATTGTATGTATAGCTTAA
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AATAAAACAGcagctttttaaaaattgaattccgACCGGCTTTCCTGAAG
TATTTATAAATCATGTTGCAACgacaatttttacaaaatttacttAAACT
TAAGTTCGCTGTTAGTTTTCCTGTAACCTTTTGTCAGTCCTCCTGAAATC
CGATGTTTTAAGAACTTATATCTTATTCAATTATCAGTTTATCATTTCTA
CTTTTCAGTATGACCAACCATACATTGTCACACTAGATGGTTTCGTTATG
AGATCGTGTACGAGATAACATTTTCATTAAGTTTTTTCTAAGCATTTGGC
ACAAATATATGTCATTATTTGTAATATAGAATGGGAGTTTGTTATGAGCT
AGTTAAAACTTACTGTGATGTTGCATTGCTCTGataataggccatttcac
agtcgaaatggagcatgggtaatcaggactgattgcgccccgataacggt
ttcccgttggttagactcaaaaatcttcaaatttcttcaaaactttggac
caatagcaAGTCGTTATTAGCGCTCAATGGTCCtaattacccattacgct
ttgcgactgtgaaatggcctttACCAGTGTAGTTGGATACTTCTTAAGGA
GGAAGGTTGGGCATATTTGGTGGAGGGAGTTGGTTTCAACAATGGAATCC
CCAGCCATTCTATCTAAATTATGGCACTTTATCTTTATTATTTGCCTCCT
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GCTAGATTTGAAGCTCTATGGGagaaaatgaagccacttatttcctatcA
AAAATGCGTGatccgcgtggttttcacacaaaagccagattgaaagtaaa
atcaatcatcagatttaaaaaaaaatatgtagcgtgaaaacaaagaaaag
gctAAATTCCATCTGTCATTCTAAATGCGGCGCAAATCTTAAGGTTTCTC
ATATTTTGCTTTAGAAAAGTTGACGAAGATTTCTCTTCGGGCTTTAACTT
CAATGGGGAGTATATTAAATAAAGGCATACGCATTTTTTCAAGATAAATT
CGCTGATTGAATGATGATTTTTATCGTCACTTTTCTTCGGTTACGTGAGG
CTCGAAGAAACAACATTTAATTACTCTTACATCAAATTGCGGTCAACTCG
AGCAGACGCGATAAAATATGAATCATCAATCAAAAATCTATTAACGTTAC
AAATTTCAACGAAGTCTGCTTTCGAATCTTTCAAAGTAATTCCTTGTTAT
GCAATTACGTCTGAAAGCTAAGTGGAGAAGTGCACCTACTGAGTTAAAGT
ACTTTCCTTAAATGGAATATAGTGATCTCCTACGTGGCTCCTTTTTGTAC
ATAACATTCAATAAGGTAATATGACATTTATTTGACGTAATAGATATATA
CCACATATTATTGATGGGTTTTTACAGCGGAAAATAAGCGAAGCACCCCC
TATTTGGATTACAGTAGATTGATGCTATAAAGGATATCTGGTATATTGAC
GGTTGACAGGATTGTTGAAAAGAAATGTAATGAATTTTCGacagttgaaa
ttttttttcggttgaaTTTGTATTTATATTAAAGCAAGGTATGTTTTGAT
ACCAAGGCTCAAAAAATAGGCTATCTAAATCATTTCTCGAACCTGTACAT
GATGAAACAAATTGATAAAGCCTTGTCACTACAAGTTTTATGGTTCACCA
CGTGGTTacggtggtggtggtggtaaAGTGGTTAACGTGCAGGTTCAATA
GATACCATTTAGATCATCTGTGGCTTAACTTTCTCTGAGGAGTATCGGTT
ATTTGGATATTCATCACATTGCAATATGCGCATAATTAAATTGATGTTTT
CTACCTCTATACACACGTGTGATGATTTCTCACTCAACCAGCCCCCAGAG
TACATCTTCTATTTATGTTTTTCAATCTTACCTGCGGTACTTACTGTACA
AATTGTCGTTGAAAGTTCTCAATAAGCCCATAAGATATTTCTTGATGTTA
CTACAGTTAGAAAAGTTTAGCAAAGAGATTTAAATCTTGTAAGGAAACTA
CAATTGATGATTATGGGTAATCAGAAGGTCTTAGTATCAAGTAGCGGAGA
AAACTTTCTCCTCCTCTCTCGCTGGTTGAAGAAGAGTCTCTCGAAACGTA
AcataaatctcgtgatccaagccacgacaAACTTCCAATATGATAGTAAG
AAAAGTGTTGCTAAGAAGAGCTAACTAATGAGAGAGGTAggtaacccagc
tggcacacaacgttgtttcaacgtttgttTAACGTTAAAtcgacgttgtg
aacgttatattaacgttaaaacaacgttgtgtgccagctgggaattaGTA
TCTCATTATCGTATTAGCATCTGCTAGAGAATAAAGTCTTGCGCACGGAT
TTGACCTATCAAGGGTTTAACAAACATAGTGTTAGAGGCTTAAAGAGGCT
TAGCACTTCTAAATGCGATATCCAGTCTCCCATTATTGAATATCAGTGTT
TATCTCAGCGGGTAGGTCCATCGAGATGCTTTGTTTTGAGCAAATACCTT
ACATTAAGAAAGTCTAGTTGCTTTTGAATTtagttttgaaagaaattcgC
TCTAGAGATGTTTGTTTATTTGTGTTTACTAAAGTGATATTGCTTGGTTC
AGACGTCTTTGCGGTTTGATATTCACTCTCTTGAAATAGATCTTatcaaa
gtttttgatttttctaaaaaagcgatgcattgtggggttgtttcgggggt
attacaatagaaatctcttaggaattcctcgagggaattctattgtaata
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TAACgaagaatattttgattttatggaCTTGTGTTTTCTTGTTTTCCTTA
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AATAAGATTTCATAATAACAGAATTCGACTTGCTTGAAATGTTCCATTGT
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taaatttttacctaaaatatTACGTCTGCGGCTATAAAATTAACCTTTTT
CATTCCAGAAATCTAATTTTAAACTAATGATTTCTAAACAGTTANAAAAT
TAACCTTTCTATTTCAGAAATCTAACTTAAACTAATGATTTCTAAGCAGT
GAGAGCGGgtataatttaatttcaatttcacttttttccaGCCAAAAATT
ATTATCATTGAAATTGaagcctggtttctatttcTACAACCTGACGACAT
TGGGAATCAATAACATTGAAGGGGGAACGAGGACAGGAAATTTCACCATT
GACATGTACACACCGAGTAAGTAGAATTTAATGTCTTTTGTTTTTCCCTT
CGTCACGCCATTTATTAAGCAAATTCTTTTTGCACTCATCACTTAATTAA
GAAGATGgttaaaatttgtcatcacgtaaaaaaattcatgcatcaccaca
gatctgtaaagcccgaagggctagatttacggcttttatcgaaaagtgaa
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cgggctttacagatatctgtgtgcATCACATCTCAAATTATACGCTATCA
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GTACTTTTTTTTAGaattaatgtttgccttttgggaatttaaattggttt
atatgtataatttcatagcaatgaaatctgtttgaaaacgaggacaacaa
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tttttattctaaatcaattatttcaatagaccttttcataaattacgtta
cgaacatcacttgcctcgtttcgAAATCTTCGCCATGGTAattaactccc
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ctcaagagacataatcaccatggtaaaagattgaatacgaggcaagtgat
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TTTTTACTATTCCATTGTACGTAGTGACAAAAAAAAGGAGAGCTCAAAag
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GTTAGTATCGTTTTTCATGGCATGGCTTTGTAAATGGAAACTTCTCACAG
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ATTTATCAATTCGCGCCATCAGTCTACGGACTAGACTGCTAAAGTGTGTC
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ATTCTGGCTATTTCTTCTACGCTTTAGCTTTAGATTGCATTAAAATGCTA
AAGTGAATTTGAATTTAgagacaaaaataacaaaaaatcctGATATTGTA
TGTCGGCCAAAATCCTTATTGTAAATAACGTATTTAATAGTGTTTGAATT
TGTACCTTGAATTTTGATAAAAGCtgtttttaataagaaattGTTCTATA
TGGTCAAGATTGCTAGATC
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00002266-exon-sc0000019-1491911889:655491..655553 | TCONS_00002266-exon-sc0000019-1491911889:655491..655553 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00002266-exon-sc0000019-1510915933:655491..655553 | TCONS_00002266-exon-sc0000019-1510915933:655491..655553 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00002266-exon-sc0000019-1575043694:655491..655553 | TCONS_00002266-exon-sc0000019-1575043694:655491..655553 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00002266-exon-sc0000019-1491911889:663032..663156 | TCONS_00002266-exon-sc0000019-1491911889:663032..663156 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00002266-exon-sc0000019-1510915933:663032..663156 | TCONS_00002266-exon-sc0000019-1510915933:663032..663156 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00002266-exon-sc0000019-1575043694:663032..663156 | TCONS_00002266-exon-sc0000019-1575043694:663032..663156 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00002266-exon-sc0000019-1491911889:664635..665359 | TCONS_00002266-exon-sc0000019-1491911889:664635..665359 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00002266-exon-sc0000019-1510915933:664635..665359 | TCONS_00002266-exon-sc0000019-1510915933:664635..665359 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00002266-exon-sc0000019-1575043694:664635..665359 | TCONS_00002266-exon-sc0000019-1575043694:664635..665359 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000019 | supercontig | sc0000019:655491..665359 + |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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