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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00002335 ID=TCONS_00002335|Name=TCONS_00002335|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3872bp
TGGCATGTATAATTTTATAAACATGAAAAGTAAATACAAAATGAAGGAAG
AAAACGTATATTTAGGTTGATAGTATCTATATGGTTTGTTATTTTCCCTT
TCAGTGAATTTTACATCTAACAAAATTTAGGCTCATGCCTGGAGAAAATT
GTGCCATCGTTGGTTGTGGGATCTGTCGGAATCAAAATAAGTATGGATTA
TTCAAAATCCCACCACTTACAAAGCCTGAATGGCGTCAaaactttttggc
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AATCAAGCAAAGTTTGGGTTTGTGAGAAACACTACGAACCTGATGCTCTT
TATCACTGTAAGTATATAAagcatgatttattttttaattttttgtttaa
ttagCTACTTTTGATGCATGCTCACCTGAAGTCttatttttgtaaaagat
ggaaattaattttaaagaaattagattagattttaaaatgcATGTTTTAC
TTCAGGTCTAATTTTTGTAAGAGatagaaataaattttcaacattattag
GTTAGATATTATATCATAGTGATTGAGGAGCTACTAATATAAGAGGgcat
gtattttttaatttgaaaattttttgattttaaattttaagatgCAACAC
GAAAAGTACCAAAGGAGGATGCAATTCCAACATTGAACCTCCCTGGCATG
TCAAACAAAACTTACGTTCCCCGCCCAATTAATTCCATTGTCAAAAGAGA
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AATAATTGGCAATATTCATTATTAGATCAGTTCTCAACTTTTCGTCTTTT
TGATTCACGCTTTCAAGTTCCAAAATTTGATTTAGTCGTTGACTGTCATT
TAAAGGTGAGTTTGTAGGTATTCAGTATTCAGTTAAAATGTACATTATAT
ATAGAGGCTTTTTAGAGTATTGTACAACTATGAACTATATTGAAGATATA
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tatttttttaaatttttcctaTTCATCAATCATATTATACGCTAACGTAC
ATGATCAATCCATGCATGACCAATCATTcgtaaattatatttttaacttt
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ATGTCTATGCCAATCAACACAATCTTAACAAAGCTTGAAACCATGAATTT
ATGTGTGGGAATCAGTAATTTGGAATTGGTTAACAACGATGCAATCAGGC
ATCACACAATTTCAAAGCTACAAACAGTGAAACAATCAGACCTTCCTGat
gcttttgaaaatcttgTTGAAAGACACTTTTACAGAAGCCCATTTTGCTC
ATTATTAGTTGGACACCAACTTAAGATTTGTACGCATTGTACTTCTTTGG
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GAATTACATCAAGATCTAAAATCTATATTCGATCAAACTGACCAACGCAG
GATTTCTccatttatgaaattgttttggGAAGAACAAATGAAGTATTTAA
AGCAACACCCAACTCAAGTGAGGTACCATCCAATGATTATCAAATATTGT
CTAACATTGTATGCCAAGTCACCTTCAGCctacaaatattttcgttatga
TGAGAAAAATGGAACTGGGGCACTCATCCTTCCTTCAGAGAGGACATTGA
GAGACTATCGCAATTACATCCGTCCGAAGACCGGTTTTAATCAGCAAACT
ATCGAGAGATTGACTAAGTTAACAGAAAAATTCAGTAATCAAGAGCGTTT
TGTTGTTCTATCGTTTGACGAAATGAAAATCCAGGAAGATTTGGTATGGA
ATAAGCATACTGGGGAACTTGTTGGTTATGTTGACCTTGGTGATGAATCT
CTCAATGAAGCTACTTTTAAAAACTGTGATGATCTTGCCACACATGTTTT
GGTTTTTCTTGTGAAAAGTGTGATCAACCCACTATCATTTTCTTTTGCAA
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GAAAACTCTTAGGAATAATTTATTACACTCAGGATCTGAAGGACACACTA
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TACTACATGGAGGATTCTTTATCTTGCTACCGACACCTCAATAAAATCAC
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CCGCACAATTGTTGAGTTCTAAGGTAGCCACGACACTCAAAGAATATGGT
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GTTTGATTGTGGTAATGTTAGACACCCTGATGAACACAAAAGGAATATCA
AACCTGATCAGAAGCCTTTTGAATCATTAACAGATGCACGTTTTGACTGg
ctggaaaataaatttttgaaatactttcaaGATTGGCTCAAGTGGATAAA
CACCGCACACCCGGNGAAACCTTTTGAATCATTAACAGATGCACGTTTTG
ACTGgctggaaaataaatttttgaaatactttcaaGATTGGCTCAAGTGG
ATAAACACCGCACACCCGAGCATGAAACCTGAAATTAAGGGTAGAATGTT
TATTAGCTGGCAAACTTACGAAGGACTTCAGATTTCCACCATGTCTCTTA
TCCATTGTACCAAGTATCTTTTGAAGAATGGAATCAAATATGTTCTGACC
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ACAACATTATAAAATCGTCACTACATGTTGCACCTAATGGAACAAATTGT
GAGAACAGCACAACAACACGATGGTCAATCAGCGATGAGCCTGTCCCCAA
GAAACCCCGTACTTAGTTTAGAACGTTTTTtacttttatattttgaattt
ttatattttgtcatacttttatattttttacatttttaattgttttacaC
ATTTTGGTTGCCGTTATTGTTAATAGCACTGTCAATTAAAGGTTGATAAT
TTGTTATATTAAAATTTTATGAGAATATTTATTATCCATCttttaaaata
tactttttttgaAGCTAGTAAATTTGTTGGTTTTGTTTGTGTAATATTCT
TTTGgttagtttttgtttaaaatgcatGTTTTTTAGTGCATGATGCATTA
CCACGCATGTTCAGTTAAGTCTTCACATATATCAGAGATTTAGAGTTTTT
GTTCGATTCGCATTACTTGCATTTTAAATTATGGATCaattttgttatta
ttataatattGAATGTATCACATTAGAAACTGTTTTGAAGATTATGAATG
CACTTGTAATTAtatgaattta Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000019:924410..928490- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00002335 ID=TCONS_00002335|Name=TCONS_00002335|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=4081bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000019:924410..928490- (Clytia hemisphaerica)
TGGCATGTATAATTTTATAAACATGAAAAGTAAATACAAAATGAAGGAAG
AAAACGTATATTTAGGTTGATAGTATCTATATGGTTTGTTATTTTCCCTT
TCAGTGAATTTTACATCTAACAAAATTTAGGCTCATGCCTGGAGAAAATT
GTGCCATCGTTGGTTGTGGGATCTGTCGGAATCAAAATAAGTATGGATTA
TTCAAAATCCCACCACTTACAAAGCCTGAATGGCGTCAAAACTTTTTGGC
TTAAATTTTGAAAGGCCGAATTGTCGATGAGAAATTCAGTAAGAAGATTG
AATCAAGCAAAGTTTGGGTTTGTGAGAAACACTACGAACCTGATGCTCTT
TATCACTGTAAGTATATAAAGCATGATTTATTTTTTAATTTTTTGTTTAA
TTAGCTACTTTTGATGCATGCTCACCTGAAGTCTTATTTTTGTAAAAGAT
GGAAATTAATTTTAAAGAAATTAGATTAGATTTTAAAATGCATGTTTTAC
TTCAGGTCTAATTTTTGTAAGAGATAGAAATAAATTTTCAACATTATTAG
GTTAGATATTATATCATAGTGATTGAGGAGCTACTAATATAAGAGGGCAT
GTATTTTTTAATTTGAAAATTTTTTGATTTTAAATTTTAAGATGCAACAC
GAAAAGTACCAAAGGAGGATGCAATTCCAACATTGAACCTCCCTGGCATG
TCAAACAAAACTTACGTTCCCCGCCCAATTAATTCCATTGTCAAAAGAGA
ACAAAACCACCAACCTGCAAATATCCCATCCACATCTATCAAAACTTTTT
CCATTTACACATATCGTCAATTCTTGCAGAATGCATCAATGAGCATCAAC
AATAATTGGCAATATTCATTATTAGATCAGTTCTCAACTTTTCGTCTTTT
TGATTCACGCTTTCAAGTTCCAAAATTTGATTTAGTCGTTGACTGTCATT
TAAAGGTGAGTTTGTAGGTATTCAGTATTCAGTTAAAATGTACATTATAT
ATAGAGGCTTTTTAGAGTATTGTACAACTATGAACTATATTGAAGATATA
TGAAGATATATTGCACGCTTCTACAGTTAAATTCATGCATGCTCAAAATA
TATTTTTTTAAATTTTTCCTATTCATCAATCATATTATACGCTAACGTAC
ATGATCAATCCATGCATGACCAATCATTCGTAAATTATATTTTTAACTTT
AGGTAACATTAAGAGTTTTTGGATGGTTCAGCACCTGCCCTTTTTCTATA
ATGTCTATGCCAATCAACACAATCTTAACAAAGCTTGAAACCATGAATTT
ATGTGTGGGAATCAGTAATTTGGAATTGGTTAACAACGATGCAATCAGGC
ATCACACAATTTCAAAGCTACAAACAGTGAAACAATCAGACCTTCCTGAT
GCTTTTGAAAATCTTGTTGAAAGACACTTTTACAGAAGCCCATTTTGCTC
ATTATTAGTTGGACACCAACTTAAGATTTGTACGCATTGTACTTCTTTGG
AGAAGAAGGAAATGAATGCCTTGAAAATGAAGCAAAATATGCAAGCAAAA
CCCATTCCACTTAAAGCTCCTATAACCGCAACATCAGTAGCTAGGTTGAA
AGCGACAATCCTGGAACAAAGGGCCCTAAATAAAGATCTAACAAACCAGA
TCAGCTATTTACAAAATGAACTTGATCGAAAATCTGTGATTGTTAACAAA
GAATTACATCAAGATCTAAAATCTATATTCGATCAAACTGACCAACGCAG
GATTTCTCCATTTATGAAATTGTTTTGGGAAGAACAAATGAAGTATTTAA
AGCAACACCCAACTCAAGTAAGTTATGTTATTTTTGCAATAATTGCTATT
ATATTTCAGATAAAAGTATCCTTTTGGATTATTTATTATAGCTATATTCT
ATCTAGACCTGCATGTTCAAGTTTTTATCAAACAAGATTAGAATTTTGTC
ATTTGCATTGCATACATGAATTTTGCTTAAAAATTTTTTTTATGAAATTA
AGCTCCAAAACATTTAACTTTTAAAGGTGAGGTACCATCCAATGATTATC
AAATATTGTCTAACATTGTATGCCAAGTCACCTTCAGCCTACAAATATTT
TCGTTATGATGAGAAAAATGGAACTGGGGCACTCATCCTTCCTTCAGAGA
GGACATTGAGAGACTATCGCAATTACATCCGTCCGAAGACCGGTTTTAAT
CAGCAAACTATCGAGAGATTGACTAAGTTAACAGAAAAATTCAGTAATCA
AGAGCGTTTTGTTGTTCTATCGTTTGACGAAATGAAAATCCAGGAAGATT
TGGTATGGAATAAGCATACTGGGGAACTTGTTGGTTATGTTGACCTTGGT
GATGAATCTCTCAATGAAGCTACTTTTAAAAACTGTGATGATCTTGCCAC
ACATGTTTTGGTTTTTCTTGTGAAAAGTGTGATCAACCCACTATCATTTT
CTTTTGCAACATTTGCAACAAAAGGAGTAACTTCATTCCAAATCTTTCCT
TTATTTTGGAAGGCTGTATGTTTGCTTGAGATGTCCTGTAACTTACGTGT
TGTTGCAGCAACTTCTGATGGGGCCTCACCAAACAGAACCTTTTTCAAAA
TGCACAAAGGCTTTGTTTCTGGAGACATAGTGGTTTATAGGACACCAAAC
ATTTATGCTGAAGATGAGAACACCTTTATTTATTTTTTCTCCGATATACC
TCATCTTTTGAAAACTCTTAGGAATAATTTATTACACTCAGGATCTGAAG
GACACACTAGATTTATGTTTAAAGATGGTGGACACATTTTATGGAAACAC
ATAAAAGATTACTACATGGAGGATTCTTTATCTTGCTACCGACACCTCAA
TAAAATCACTCCAGACCATATTTTTCTGACAAGCTATTCAAAAATGAATG
TTAAATTGGCCGCACAATTGTTGAGTTCTAAGGTAGCCACGACACTCAAA
GAATATGGTGATGATGAAACCCAAGAAACAGCGGTTTTTTGTGAGTTGGT
TGACAAATGGTTTGATTGTGGTAATGTTAGACACCCTGATGAACACAAAA
GGAATATCAAACCTGATCAGAAGCCTTTTGAATCATTAACAGATGCACGT
TTTGACTGGCTGGAAAATAAATTTTTGAAATACTTTCAAGATTGGCTCAA
GTGGATAAACACCGCACACCCGGNGAAACCTTTTGAATCATTAACAGATG
CACGTTTTGACTGGCTGGAAAATAAATTTTTGAAATACTTTCAAGATTGG
CTCAAGTGGATAAACACCGCACACCCGAGCATGAAACCTGAAATTAAGGG
TAGAATGTTTATTAGCTGGCAAACTTACGAAGGACTTCAGATTTCCACCA
TGTCTCTTATCCATTGTACCAAGTATCTTTTGAAGAATGGAATCAAATAT
GTTCTGACCAACAAATTCAATCAAGATGATTTGGAAAATTACTTTGGTTG
GCAACGATCGATTGGAAGAAGGAAAGACAATCCAAGCCACCAACAAGTAA
GAATCAATGACAACATTATAAAATCGTCACTACATGTTGCACCTAATGGA
ACAAATTGTGAGAACAGCACAACAACACGATGGTCAATCAGCGATGAGCC
TGTCCCCAAGAAACCCCGTACTTAGTTTAGAACGTTTTTTACTTTTATAT
TTTGAATTTTTATATTTTGTCATACTTTTATATTTTTTACATTTTTAATT
GTTTTACACATTTTGGTTGCCGTTATTGTTAATAGCACTGTCAATTAAAG
GTTGATAATTTGTTATATTAAAATTTTATGAGAATATTTATTATCCATCT
TTTAAAATATACTTTTTTTGAAGCTAGTAAATTTGTTGGTTTTGTTTGTG
TAATATTCTTTTGGTTAGTTTTTGTTTAAAATGCATGTTTTTTAGTGCAT
GATGCATTACCACGCATGTTCAGTTAAGTCTTCACATATATCAGAGATTT
AGAGTTTTTGTTCGATTCGCATTACTTGCATTTTAAATTATGGATCAATT
TTGTTATTATTATAATATTGAATGTATCACATTAGAAACTGTTTTGAAGA
TTATGAATGCACTTGTAATTATATGAATTTA
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00002335-exon-sc0000019-1575043694:926674..928490 | TCONS_00002335-exon-sc0000019-1575043694:926674..928490 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00002335-exon-sc0000019-1575043694:924410..926464 | TCONS_00002335-exon-sc0000019-1575043694:924410..926464 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00002335-exon-sc0000019-1510915933:926674..928490 | TCONS_00002335-exon-sc0000019-1510915933:926674..928490 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00002335-exon-sc0000019-1510915933:924410..926464 | TCONS_00002335-exon-sc0000019-1510915933:924410..926464 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00002335-exon-sc0000019-1491911889:926674..928490 | TCONS_00002335-exon-sc0000019-1491911889:926674..928490 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00002335-exon-sc0000019-1491911889:924410..926464 | TCONS_00002335-exon-sc0000019-1491911889:924410..926464 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000019 | supercontig | sc0000019:924410..928490 - |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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