TCONS_00003494 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00003494
Unique NameTCONS_00003494
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length2393

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00003494 ID=TCONS_00003494|Name=TCONS_00003494|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2393bp
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000028:636748..653753-

Legend: exon
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>TCONS_00003494 ID=TCONS_00003494|Name=TCONS_00003494|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=17006bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000028:636748..653753- (Clytia hemisphaerica)
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ATATATCTTTTAACTTGCGGACGAATCGTAATGCCCTTTAAAAATTAATT CGCCAGTAAATTGTACTATTTATCAACAGAAACATCAATTATAAATGTAA ATTTAATTTAACTCAATAAACCATTCCGTAATGAAAGCACTTTTAAAATC GAATGCATAGCCATCAGATAGTTAGAAACTTGTTTTAAAAGACTCTTTAC CTATAGATAAGTTAACCGAAAAATAAAACTTATTCAAAAAATATGCTATG CATTTTTCCACAAAATTTGACCAAATTCCATGAAAATTAATTATCTTATG GCTATGCATTTAGATTACGAGCGCTGAGGTCATAACTGGACCCCGAGGAC CTCAAGGACCACCAGGAACGAATGGTACAAATGGAGCTCTCGGCCCCACC GGGCCCCCTGGAATCAATTTGGAAGGATGTAGAAAAAAGAGAAAGAGAGG AGTACAATCGCTTAATCTTCGGTTAACAACAACTGGCCAATGGGATACTA AGGTAAGATGAATTTTCATTCATTTTTAAACACCACACTTTACCCGAATA TCAATACAAATGTCTCTAGGGAGCTGGTTTTAAGTATAAAACATTCACAT TTTGTTATAAACAAATAAGAAAGTCAGTAAGAAACAAAATCAGAAGTTTT TTCTAATCATGGAAAAAATACAACATGTAACTGTCCTCCTCAAAAAGACC TTAAATGGAAATGAAATTTCACGAAGCATCAAAGAAGTCTCTTGAAAGTA GGACAAAATTCCTCCAATCAATTGCTTATTCGAACATCTATATATTCGAT AGAAGCAGGGTAAAAGGAATAGAAACGAAATGAAAAATGGCCTGTTAGAA TTTAATAAAATCATTATTGAAGAGTACATTGTTTCGTAGGACTTTGCTCT CGTCATTCGTATCCTTTATCAAGACCTGGACAAAGATTCTGTCTATATAT TTATATTTTTGGTTTTAGACCGAGAAGATTATCAGCGCTTCGTGTACGAG CAAAAAAGCAGTATCGATGCAATTAATATCCAGTGAGGATGATGGTGTGG TTGATTTACCAGCAGGTAATTACGAATGCGAATGTCGAATGGAGTCGATC ACTGACGGAGAATGTGTGCTTCATTATTGGATTTGCCCGAGCAATTAAAG TGGGTTTAAAAAGTCATTATGATGTATTGAAAAGTGTTAAGCAGAGGGAG AACTTCACTTCAGAGCTAGGAACTGCTGAAATTTAAACTACGAAACTAAA TAATGGGTTGTAGAAAGCTCAGGGAATATCATATTCGTCATATTGCTGAA CAAATCCTGGTGAATTGACTGTGCGTTAAAAAGACTTAAATGATCATGAA CCTTAATGTTCAATAGACTAAAGAAACGACTGATCAAGTAGACAAAAAGC AAAATGTCATGGGCAGCAACAATCGGACACCCCCTTCTCACAGACCTTTT GGGACCCCTTCCTACTTGAAAAATTGGCCAAAATATCGTCCCTAGTGGAA GATTATACTCTAATTTTTGTCTATCTCTGACAATAATCACATAAGCAAAT CCTTACTGCAAAATATTGTGCTTTTTCTTCCATTGCCACTGAATATTCTC GCTCGAAAACAATAGAATCCAAATCCCCAGCCATAAAAAAGCATGGGAAT ATCAATGCCAATTGAGTTTTGGTCTGTTATTTTTACACCCACTGGCTGAA AAAATCCTACCGGGTCTGTGAGAAGGGGGTGCAATCTGCAAACCAGAGAG GTGTATCTTGACAAAAAGGAATATGCAATGTACCTTTAATCAGAATTCAG GAAACT
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_001943XLOC_001943Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
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TCONS_00003494-exon-sc0000028-1575043694:648329..648454TCONS_00003494-exon-sc0000028-1575043694:648329..648454Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00003494-exon-sc0000028-1575043694:638052..638240TCONS_00003494-exon-sc0000028-1575043694:638052..638240Clytia hemisphaericaexon
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Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000028supercontigsc0000028:636748..653753 -
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0.144346 0.167177 0.264995 0.0624012 41.3291 31.689 15.7112 16.5983 9.44686 16.0802 6.14517 6.27015 13.7439 13.0003 3.1718 4.31621 11.508 16.3731 14.174 16.368 15.5889 13.8357 4.64205 6.19511 17.1154 12.6204 80.6691 66.1179 0.278841 0.610708
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00003494 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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