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transcript sequence >TCONS_00003494 ID=TCONS_00003494|Name=TCONS_00003494|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2393bp AGTTatgatttgttttgattatctaggtaaataaaaaaacaaagaacagg ataagataaataaaagaagataaacaaaaaagagACATATTGTCAGTACC AGTATCAAAGCGAACCCCCTCATTGAATCTAAATCAAtgaatcaaaaaat tgaaatacgaGCCGTCATGTGACATGTTTGTTTAAGACATTACTTCTATT ATTGTAACCACCATCAAAAGAATAGAAAAAGGAAAGGGAGAAAAAACGTA CgataaataatgaaaaatatgcGTCAAATCGCCAGACCAGCATCAGTAGA CGAGGAGAAGGATCAAACTGATGCAGCAGCAACGAAATATAAGAATTTTA ACAACAGAAAAACGAGTGGATCAACAGTTTCAAGTGACGATCAAAATACA GTTGGCGAATTTATTAACCCTGTTTACCGTGATAGCAGTATTAAACGTGA CGACCAAAATAACATCTCTCAAAAGGACAAAGAAGCCTACGACTCGTTAA ATTTCAGATCAGATTCAAAGGCTAGTCAACAAAACGGACATCCAGCACGA ACTGATATAACCAAACCCCCTGGTGAAGAGATTGAGATGGGTGTACATAA TTATGGATACGGAGACAACGAAAAAGCTAGACCCAATTCATGGGATaaaa gtatttcaacttttaGCCCGTACGCTGTAGATACTCCGATCGGCGGACCA GTTGAGTCGCAAAGTAACACAGGACTTTCTGTACAAGATAAACGAAATAG CATTTCAAAAGGATCAGAATACAGTTTTATCGGAGAGGAGAATCCATATG CTGCACCGAGCATCAAAAATCCCGATTATGACACGATTCCGGGATTAGAA AAAGGACGTTTACCGCCGCCAAGACAGGGAACACGTAAAACCAATCTCGC TTACGAGTCAGCGGTCATCAAACATACAGAGGTTCGTAAAACTGTCGATA AATCGCCAAAAGAAGGCTACGCGGCTGAAGAAGGATCTAGCTGTTGTCat gttatttttacaattttggtgggTCTGTTGGCATTGATTGCAATTGTTGT CGTCTTTCTAGTGGTATTTGGTGTgatcagtgcaaagaaatgtaAAGAAT GTGATGTTCAAGTGCCATCAACAGACTCTCAAACGGGAGGCCAGAACGGA AATGATGCAAACAAGGCAATTCTTGCTGAAATCGAAGCATTACGTAACAA CTTGACTGCACTACACAAGGCGATGGCTAATAACCCGAAGCCGGTCAACC AGACAGGGACCATCATTTTATTACAAAATGAAGTTTCGCAACAAAAATTA CACGTTCAAACACTCACTAACGAACTTGCAAAGCAACGCAATTTGACTTC ATCTCTTAACCAAACGATTACGAGCGCTGAGGTCATAACTGGACCCCGAG GACCTCAAGGACCACCAGGAACGAATGGTACAAATGGAGCTCTCGGCCCC ACCGGGCCCCCTGGAATCAATTTGGAAGGATgtagaaaaaagagaaagag aggAGTACAATCGCTTAATCTTCGGTTAACAACAACTGGCCAATGGGATA CTAAGACCGAGAAGATTATCAGCGCTTCGTGTACGAGCAAAAAAGCAGTA TCGATGCAATTAATATCCAGTGAGGATGATGGTGTGGTTGATTTACCAGC AGGTAATTACGAATGCGAATGTCGAATGGAGTCGATCACTGACGGAGAAT GTGTGCTTCATTATTGGATTTGCCCGAGCAATTAAAGTGGGTTTAAAAAG TCATTATGATGTATTGAAAAGTGTTAAGCAGAGGGAGAACTTCACTTCAG AGCTAGGAACTGCTGAAATTTAAACTACGAAACTAAATAATGGGTTGTAG AAAGCTCAGGGAATATCATATTCGTCATATTGCTGAACAAATCCTGGTGA ATTGACTGTGCGTTAAAAAGACTTAAATGATCATGAACCTTAATGTTCAA TAGACTAAAGAAACGACTGATCAAGTAGACAAAAAGCAAAATGTCATGGG CAGCAACAATcggacacccccttctcacagacctttTGGGACCCCTTCCT ActtgaaaaattggccaaaatatcgtccctagtGGAagattatactctaa tttttgtctatCTCTGACAATAATCACATAAGCAAATCcttactgcaaaa tattgtgcttttTCTTCCATTGCCACTGAATATTCTCgctcgaaaacaat agaatccaaatccccagccataaaaaagcatgggaatatcaatgccAATT GAGTTTTGGTCTGTTATTTTTAcacccactggctgaaaaaatcctaccgg gtctgtgagaagggggtgcaaTCTGCAAACCAGAGAGGTGTATCTTGACA AAAAGGAATATGCAATGTACCTTTAATCAGAATTCAGGAAACT Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000028:636748..653753- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00003494 ID=TCONS_00003494|Name=TCONS_00003494|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=17006bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000028:636748..653753- (Clytia hemisphaerica) AGTTATGATTTGTTTTGATTATCTAGGTAAATAAAAAAACAAAGAACAGG
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CCTGAACTTGTTCAAAATATGATAAACTGGGAGACCTGATTACCGGGGGT
TGTAGATTGTACCTCTAAAAAGCCCGAGATAAGTTAATTGTAGACTAAAA
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GGATGTACTCTGTCAGTACATGTTGAAAATGTCATTCATTTTCATCCATT
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TTGGACAAACAAATTTTTAGAGCTTAAAAAATGCCTAAAAACAAGTTACT
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GAACTGCTTTCATTCCAAGGAGGTTCACATCAACAATCAGGAAGCTGTCA
CGTCAATGACAAAATCTTCCTTAAGTTGATATGAACTCGACAACTAGACG
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TGTTTCCTTTCTGTTTCTCTGCCAAAACCAGAAAGGATGTTTTTCTTTGG
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TGAAATATCATATTTTTAAAATATGATTTTTCAATCCTGGAAATATCATA
AAATATCATGAAATCTCTTATTTCGCCCAGTGGTATTTTGGTTTGGTTTT
TCACTTTATTTGCAAAAACTCCCTTTGGGAAGGTGTGAAACCCGAATAGG
CGCGGTCAGGCTGTCACGAGATGCTGAGAAAATGCATGCAAACAAACTCG
GCTTAAAAAAAAGAATTCTATACTAAAAATCAGGCTTAGACAAGATCCAA
ATAAAAGATATATGACAAATAATCGCTGTATTTGTCCTAGCTTGAAATCA
GGTTGTGTGGTCGTCTGTGATACTGTTTGTGCGTAAAGGCGAATCATGTA
CATAGCTTTACCAGGACTTCCACGAATTTTGTAGCCTACATAAAAGTTCA
TTTTTATGTTAATTTCAAAATTTGATATTATGTATGAACTTAAAAAATCA
ATATATCTTTTAACTTGCGGACGAATCGTAATGCCCTTTAAAAATTAATT
CGCCAGTAAATTGTACTATTTATCAACAGAAACATCAATTATAAATGTAA
ATTTAATTTAACTCAATAAACCATTCCGTAATGAAAGCACTTTTAAAATC
GAATGCATAGCCATCAGATAGTTAGAAACTTGTTTTAAAAGACTCTTTAC
CTATAGATAAGTTAACCGAAAAATAAAACTTATTCAAAAAATATGCTATG
CATTTTTCCACAAAATTTGACCAAATTCCATGAAAATTAATTATCTTATG
GCTATGCATTTAGATTACGAGCGCTGAGGTCATAACTGGACCCCGAGGAC
CTCAAGGACCACCAGGAACGAATGGTACAAATGGAGCTCTCGGCCCCACC
GGGCCCCCTGGAATCAATTTGGAAGGATGTAGAAAAAAGAGAAAGAGAGG
AGTACAATCGCTTAATCTTCGGTTAACAACAACTGGCCAATGGGATACTA
AGGTAAGATGAATTTTCATTCATTTTTAAACACCACACTTTACCCGAATA
TCAATACAAATGTCTCTAGGGAGCTGGTTTTAAGTATAAAACATTCACAT
TTTGTTATAAACAAATAAGAAAGTCAGTAAGAAACAAAATCAGAAGTTTT
TTCTAATCATGGAAAAAATACAACATGTAACTGTCCTCCTCAAAAAGACC
TTAAATGGAAATGAAATTTCACGAAGCATCAAAGAAGTCTCTTGAAAGTA
GGACAAAATTCCTCCAATCAATTGCTTATTCGAACATCTATATATTCGAT
AGAAGCAGGGTAAAAGGAATAGAAACGAAATGAAAAATGGCCTGTTAGAA
TTTAATAAAATCATTATTGAAGAGTACATTGTTTCGTAGGACTTTGCTCT
CGTCATTCGTATCCTTTATCAAGACCTGGACAAAGATTCTGTCTATATAT
TTATATTTTTGGTTTTAGACCGAGAAGATTATCAGCGCTTCGTGTACGAG
CAAAAAAGCAGTATCGATGCAATTAATATCCAGTGAGGATGATGGTGTGG
TTGATTTACCAGCAGGTAATTACGAATGCGAATGTCGAATGGAGTCGATC
ACTGACGGAGAATGTGTGCTTCATTATTGGATTTGCCCGAGCAATTAAAG
TGGGTTTAAAAAGTCATTATGATGTATTGAAAAGTGTTAAGCAGAGGGAG
AACTTCACTTCAGAGCTAGGAACTGCTGAAATTTAAACTACGAAACTAAA
TAATGGGTTGTAGAAAGCTCAGGGAATATCATATTCGTCATATTGCTGAA
CAAATCCTGGTGAATTGACTGTGCGTTAAAAAGACTTAAATGATCATGAA
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AAAATGTCATGGGCAGCAACAATCGGACACCCCCTTCTCACAGACCTTTT
GGGACCCCTTCCTACTTGAAAAATTGGCCAAAATATCGTCCCTAGTGGAA
GATTATACTCTAATTTTTGTCTATCTCTGACAATAATCACATAAGCAAAT
CCTTACTGCAAAATATTGTGCTTTTTCTTCCATTGCCACTGAATATTCTC
GCTCGAAAACAATAGAATCCAAATCCCCAGCCATAAAAAAGCATGGGAAT
ATCAATGCCAATTGAGTTTTGGTCTGTTATTTTTACACCCACTGGCTGAA
AAAATCCTACCGGGTCTGTGAGAAGGGGGTGCAATCTGCAAACCAGAGAG
GTGTATCTTGACAAAAAGGAATATGCAATGTACCTTTAATCAGAATTCAG
GAAACT
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature Name | Unique Name | Species | Type |
TCONS_00003494-exon-sc0000028-1575043694:652642..653753 | TCONS_00003494-exon-sc0000028-1575043694:652642..653753 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00003494-exon-sc0000028-1575043694:648910..649037 | TCONS_00003494-exon-sc0000028-1575043694:648910..649037 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00003494-exon-sc0000028-1575043694:648329..648454 | TCONS_00003494-exon-sc0000028-1575043694:648329..648454 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00003494-exon-sc0000028-1575043694:638052..638240 | TCONS_00003494-exon-sc0000028-1575043694:638052..638240 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00003494-exon-sc0000028-1575043694:636748..637585 | TCONS_00003494-exon-sc0000028-1575043694:636748..637585 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00003494-exon-sc0000028-1510915933:652642..653753 | TCONS_00003494-exon-sc0000028-1510915933:652642..653753 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00003494-exon-sc0000028-1510915933:648910..649037 | TCONS_00003494-exon-sc0000028-1510915933:648910..649037 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00003494-exon-sc0000028-1510915933:648329..648454 | TCONS_00003494-exon-sc0000028-1510915933:648329..648454 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00003494-exon-sc0000028-1510915933:638052..638240 | TCONS_00003494-exon-sc0000028-1510915933:638052..638240 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00003494-exon-sc0000028-1510915933:636748..637585 | TCONS_00003494-exon-sc0000028-1510915933:636748..637585 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00003494-exon-sc0000028-1491911889:652642..653753 | TCONS_00003494-exon-sc0000028-1491911889:652642..653753 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00003494-exon-sc0000028-1491911889:648910..649037 | TCONS_00003494-exon-sc0000028-1491911889:648910..649037 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00003494-exon-sc0000028-1491911889:648329..648454 | TCONS_00003494-exon-sc0000028-1491911889:648329..648454 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00003494-exon-sc0000028-1491911889:638052..638240 | TCONS_00003494-exon-sc0000028-1491911889:638052..638240 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00003494-exon-sc0000028-1491911889:636748..637585 | TCONS_00003494-exon-sc0000028-1491911889:636748..637585 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
sc0000028 | supercontig | sc0000028:636748..653753 - |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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