TCONS_00045860 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00045860
Unique Name	TCONS_00045860
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	3159

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at scaffold_102:498142..510911+

transcript sequence

>TCONS_00045860 ID=TCONS_00045860|Name=TCONS_00045860|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3159bp
tttttattgTCTTCTTTATTTAATTAGACCTAATGCATTAACGAACATGG
GTGGGTCAAATCAAATAAGCAACTAGCTTTTCTTTATACTGTTCGCAAAT
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GTCtggacgttgttttaacgttataTTAACGTTATAGTAGACCACGAAAC
aacctatgataggctaatttgataGTGTTATTGACTGACAGACGTTGTTt
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AAGTAATTTATGAGTCATGGTAAGAATGTTATAAAACCTCAAATATTTTT
AATCACTGGAGGAAATATGAAAAGCCACGAGGTCTGCAATATTATTGTAA
CTAGTGTACGTGGGATAATGGAGATGATATTTTTGTTACTTATAAAAAGT
TGCTTCATCCTACGCACGTGTTTGATGAAAGGCATTGTGGGTCTTGAGAG
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AGTCATCGa

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transcript from alignment at scaffold_102:498142..510911+

Legend: exon

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>TCONS_00045860 ID=TCONS_00045860|Name=TCONS_00045860|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=12770bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_102:498142..510911+ (Clytia hemisphaerica)
tttttattgTCTTCTTTATTTAATTAGACCTAATGCATTAACGAACATGG
GTGGGTCAAATCAAATAAGCAACTAGCTTTTCTTTATACTGTTCGCAAAT
CTATACACGTATTTGCGAAAGTATAGGCGCATTATTGGGATAGCTCGTTT
CAATATTGTATTTGCATCAAAAAGGCCTTTTGCTTTGGCATCATATTGTC
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CTGCACACCAACATTGGTCGATCCTAACAGGATAGCCATAAAAGACCCtc
ctttattaattttttccactttttttaaattcagatcAAACGCCCTTCAT
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AATTGCCTTTGTTTCTTTGGTGTAGGTTTGAAGCAGCTTGAAATATTGTA
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CGCTCTTTTCTTTTCTCATACATGCCCTCGACCATGTATTTAGTGGATTA
GAAAATGCGTGCAAAATACAAAAGATTTAACAATTTTTCTCCTGTGGTAC
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CAAATTTCATGGTTTCACATttgaggatttaaaaaaattttcggccTAAC
TGTATTCATGAAAAATCATTGTTATAGCCTCATTATTTCGGTTCTTTTGG
TCCTAACATTGTGTAAAAAGTGGTTCAGTGGACTAACAGAGAATGTTTGT
TAAAGGATCCCTCTTCTTACAATTTCATATGTCAACATAGTCTAATCTCT
GATAATATTATTGCCtttaaggcgagaccaatttatttgttgttctacgg
ccGACcgacctatttttgctaaattaaaaaaaataataaaatttaatttc
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gaatttttgatccagatattttttggaaaatattttcggtaacttaccaa
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ATCTTTATTTCGTCAGAGTAGTTAGTTATAATAATTACAATAAATACAAA
TAGTTACAataattttccaagtttgttaccttatcggggaaaacttcgta
gGAGAATAGTgacgaaattttagccaaataacGAATACCTTTCTccgacg
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TGTAGCTACAAATAGAGTAGAAAAGAATAGGTTTCGGAAAAGAAACTATA
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ATTAATCATGCTCATCAATTTTGTAAGTTTTATTTCGattgaaatttatt
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TTTTATAACTAGAATTGTGTAACTAGTCAAGCTGAGATTAAGATGAAAGA
GAGGCTTAATTCTCTTCCTGGGCACAACTCTGTCTCTTTGACCCAATTGC
TATtatacacacccctgtctcacacccCCGGTGGAACTATTTTCTTCAGT
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tattatattttttctaaagaaaagcCCCTTTCCCCCTTTCTAAAAAACGC
TTATCTTATTAcaagctggtacacaacgttatttcaacgttcatttaacg
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ATTATTAATAATGAGTGTCCTTTTAATTGCAACTTGGCGTGCTAAAGTca
tgaaagaaaacaaaaaacaccATTCCGATCTTGATCAACTGACAATGTAT
TTTCTTGGTTCAATCCTTCTACCTCTGTTGATGTTTATGTTAATATACTT
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TCTTGGTAAGTTTAATGTTAACACTCtcaattcgatcttcaaggggaatt
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TTATCTAAACTGGATTTAAAATAGAATAGTTCGATTAAAACTCTGTGTTT
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TCCTAAGTAAATGTTTTTCGGAAACCCTAAAATTAAACTGGTAGAAAAAC
AGTTGCtatattttttcctcttttaacCCCCTTTTccttaattctttttt
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ACGCGCATGCGCACATCTCAAGGGTGCTGTTGTAAGTTCATTAATTGTTT
GTTTCGTTTACTGATTTTAGTGGCTACGGttcacaaggttgtgggttcaa
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TCCCTTACGTCGGCCCTTATTACACCAGAGACAAAAAATATAACACCGAT
AAAGGCCAAcgtaaaaaagggtttttataATAACAGAATCGAGTCTAGTT
TTAAAGTtgatttttcttccattttgtTTTCTATTGACAGTAGTATggtt
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CACGTCAAAATCTGCAGCTTTGAATTTTTCTTGTTATTGTTATGCTTTTT
TACTACCTCCCTTCTGCTTTTCGAAAAACGATACATTCGATCTTATAAAC
AGCCATCTTGTCAAAAAATGTCTCGTTTCTATGACCTacctttgctcaaa
atttttGCGAGGAAAACAAGAAGACGGCCACTCCCTAATACCGACAAACA
AACAATACACATGttacaaaattaaagtctgaaaaCAAATCACGCTTTCA
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CATGGGaaaaaaatcacgtgaacttctTCACGCAATCACATGTTTCGACG
GCACTGATATAATTTTGAAACCCGTGTATTGTTTATATCTTCAATCTTGT
CTCAATCCCACCTTACGTACCGTAGGCGTACTGAAAATTCTCTTATGCGA
GTGCACTTTGTGGAGTATTACCACCCCACACAACGCTTTCGTTAGTgtat
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TTTTTTACCTCGACTGTCGTGGTAGTGAGCGTGAGTAATTTTAAATCATC
CGTATACTTGTACACCAAAAAAGCCTATCGAAcaacattttattttgaat
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AAGGATAGGATTAGTTTATTAAaatcagccactttttagaatactctctt
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AGTAAGAATGGTATAAAACTTCAAATACTtcatttttcaccaaaaaatat
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TTCACGGGGGGTATACGATTCCTAAACTAGTCCTCAAATTTACGGCACTT
GTATCTTTACGTCGCAGAATCATTTATTGGCCCTGACTAGAGAGAATGGG
GGATATCAATCCCGAATAATTTCAAGCTCTAATTTCTTATTTCTACCCTA
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CTCGTTCcttgcgtattatcagctttttgatgcttactgatagcgccagA
TAATATAtgataatacacgctttttttataagaatggtgttttttcattt
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CATCAGTAACGTTagtaaagcctggaatacacagGGACGAGGTTGtggat
ttctttttttactttacCAATATAGGGTAGTGGGATCATCACAGCGATTG
GTATTTTCGCACAAAGTGTTAACCATCTTATCGAACGAAAAGCCAAAACC
TTCATCTGATGATTGTGCAATCAATCTACCACACACGTTGTTTGAAACGT
TATATGGACCAAGTGGACGTTGTTtggacgttgttttaacgtacCCCATG
ATAGGCTAATTAGATGGTGTTTTTGAATGacgttgtttaaacgttcatct
aacgttatatggaccaAATGGATGTTGTAtcgacgttgttttaacgttat
aTTAACGTTATAGTAAACCATGAAACaacctatgataggctaattagATG
GTGTGTTTTGAATGacgttgtttaaacgttcacctaacgttatatggacc
aAATGGATGTTGTCtggacgttgttttaacgttataTTAACGTTATAGTA
GACCACGAAACaacctatgataggctaatttgataGTGTTATTGACTGAC
AGACGTTGTTtgaacgttcatctaacgttatatggaccaAATGGATGTTA
TCtagacgttgttttaacgttatgTTAACGCCGGAGAAAGTCTTTTATTC
GATGATGTGTAACCTAGCGGTCATACGATGTGTTATAGCATGTTACTACC
GGCGGAAGCAACCTAGTTTTCATACGTTATTCGAAAAGCGTTCTCctaac
attatatggacgtCATGGACATTAGCTGAACGTTCGATTGACATTGGTTC
CATAAGTTAATCGATATGTGATGCCGTGGACCCCAGCCCTCGGAGCTGAG
CCTGGAATTTTAAGTAATTTATGAGTCATGGTAAGAATGTTATAAAACCT
CAAATATTTTTAATCACTGGAGGAAATATGAAAAGCCACGAGGTCTGCAA
TATTATTGTAACTAGTGTACGTGGGATAATGGAGATGATATTTTTGTTAC
TTATAAAAAGTTGCTTCATCCTACGCACGTGTTTGATGAAAGGCATTGTG
GGTCTTGAGAGCTAAATATGTGGGTATATTTGTCAATGAGATCTGAAATA
TTATTGTAACTAGTGTACGTGGGATAATGGAGATGCTACTTTTGTTACTT
AGAAAACGTTAATTTTAATGAGATGTACTTCATACTACTAACGTGGTCGA
TGAAAGGCATTATGGGTCTTGAGAGCGAAATGTGTGTGGGTATAAGCTGG
GAAGCACAATAATTTTGCACAGCAGGTGGTATACTCTAAAAAAATGATTA
agaaaaaacttgtaaacagACTCGGTAACAATAAACTCAACTACTAAATC
TTTAATATTTGAGAATCTCTATTTCTTGAGTCATCATAATGAGTGCTACA
CCTAATCAATCAAAATGTGAAAGCTCCCCAGTATCCCCGCCCGCTTCCAC
CGGGCTTGAGAAGAAAATTCCATCCTATGAACTGTACATGTGGACTGTAA
atgcaccttttcgaccgtagtcgcgcgggcatttttttgtccgctttatc
ccactaaaaccgtcccaatccttttttgacgcatttttctattgtctatt
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AGCTGTAAACAAAATGCGTGCACAGCTTTTGTGATTATTTCTTTTCACAA
TTAATAATTATGGAATACAGCGTGTCCCGAATAAATTGGCTAAATTTTAT
AAATTCTTAATATAGGAAAAAGCATTCTTGGTTTTCATTTGTATAACGAT
TTCCAAGCTCGAGTCGAGataattttcaacatctggaaggtttataTTGC
GGAAATTTTTAAGACCGTGTAAAGAATATTGCAGCGGAAAGCCTGGATCC
CAGCCTTCGTATTCGGGGATGGATAAAACTGGGACTAAAAataggctatt
ccagaaaatgttttttacccTTCATGTTGAggagatctttttttttaaag
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ACCCTGGATTTTCAGCCCGATTATACTGACCCTGGattttatcattaaaa
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TTAGGACCTTAGGAGACAATTTTTGGATCAAGTCATTAGttaaatagttt
tttttccgaagtttacctcaaaatttattgttatttttgcGACCATAGTC
TGCGGATATTCACATATCCTATTTTTTAAAGAGTGACCCTCGAGTTTATG
ACTGCTATGTTAGTCATCGa

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_029308	XLOC_029308	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
scaffold_102	supercontig	scaffold_102:498142..510911 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
3.84774e-10	0	4.04228e-09	2.7036e-08	1.4194	1.20292	4.79616	11.295	6.23756	5.09462	1.72417	3.71082	0.493289	0	0.212602	0	1.00715e-07	2.29599e-08	0	0	0.000911996	5.09863	0	0.85285	0.000402278	1.66354	0	0.000480476	5.43054e-05	1.0185

Blast

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00045860 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00045860 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
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Match Name	E-value	Identity	Description

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TCONS_00045860 (transcript) - C. hemisphaerica