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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00046761 ID=TCONS_00046761|Name=TCONS_00046761|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1787bp
ttaaacaaaacatgaaaaactttaaacatTGAATTAAGTGAATTTGGAAA
TTGTTGTGGACGGATTCGGATTTGTTGACGGGGTATCGGATTGCAGATCA
ATCGAAAGAAATGAGTTGTAAATCTTTCATGTTAGCACTCATTCGTTCTT
CGTAAGCCTGTTGTTGGGGTTGTTGGGGTTGTTGTTGATCGTAGTATCCT
TGTTGTTGAGGGTTCTGTTGGTATTGGGGTTGTACTTGTTGAGGCTGTGG
GGTTTGTTGTTGCGGAGGGATATTTTGTTGATTATTAGGAGGTGGTTGGT
TGAATTGTTGAGgctgttgttgttgaaattggtTCGGTTGTTGAGCAAGA
GGTGCTTGCTGTTGTGTGGTAGGTTGCTGAAACTGTCCTTGTGGTGGTGG
TTGAGTCTGCTGGGCTGGTCGTTGGGGCTGAGCTGGCGGAGGTTGTTGAT
GATAAGGGTGAGATGCTGGCAGCGGAGCCTGGTGTTGGGGTTGGTTNAAA
GTTAAGTAACTttaaacaaaacatgaaaaactttaaacatTGAATTAAGT
GAATTTGGAAATTGTTGTGGACGGATTCGGATTTGTTGATGGGGTATCGG
ATTACAGATCAATCGAAAGAAATGAGTTGTAAATCTTTCATGTTAGCACT
CATTCGTTCTTCGTAAGCCTGTTGTTGGGGTTGTTGAGGTTGCTGATCGT
AGTATCCTTGTTGTTGAGGGTTCTGTTGGTATTGGGGTTGTGGTTGTTGA
CCACCATACTGCTGAGGCTGTTGAGTATATTGTTGCTGAGGTTGTTGCGG
AACTTGTTGTGGCGGTTGTGGAACTTGTTGTGGCGGTTGTGGAATTTGTT
GTGGCTGTTGTGGAATTTGTTGTGGAATTTGTTGTGGCGGTTGTTGCGGC
GGTTGTTGTGGCTGATGAGCAACCTGTTGAGGATGCTGCTGGCCTTGTTG
TGGGACTTGTTGTTGAAGTGGTTGCGCTTGTTGTGGGACGTGTTGAGGAG
GTTGTTGGACTTGTTGTGGAGGAATTTGAGTTTGTTGTGGCTGGTGCTGT
GGAGCCATTTGTTGTTGAGGTTGTTGGTACTGTTGGTTTGGAGGTTGTAC
TTGTTGAGGCTGTGGGGTTTGTTGTTGCGGAGGGATATTTTGTTGATTAT
TAGGAGGTGGTTGGTTGAATTGTTGAGgctgttgttgttgaaattggtTC
GGTTGTTGAGCGAGAGGTACTTGCTGTTGTGTGGTAGGTTGCTGGAACTG
TCCCTGTGGTGGTGGTTGAGTCTGCTGGGCTGGTCGTTGGGGCTGAGCTG
GCGGAGGTTGTTGATGATAATGGTGAGATGCTGGCAGTGGAGCCTGGTGC
TGGGGTTGGTGAGGAGGGATTGGAGGTGGTGGTTGCTGTTGGCTTTGGGG
AGGCATCTGTTGGGTGTTAGGTGGCAGAGACATTGGTTGCTGGCCTGGTT
GCTGAGCTGGTACTCTCTGGTTGGGAATAGCTGACGGTTGCGATGAGGGG
GGAGGAGGAGGAGGTTGATTCCATTGACCAGCTGGTGGCTGTTGAGGCTG
CTTGGGGATAGCAGCAGATTGGTATCCAGCTCCAGGTTGTTGGGAAGCTG
CCAAATCCTGAGTGGGTAGTGCTGGCTGCATACCTGGTTGTTGCTTCGTT
AATGATGCATAAGGAGGAGGCATAACAATGTTCCCTTCAAGAGAATCAGG
GGCAGCGTAACCTGTCGGGATGGGTTGTTGCCCAGGTGGTACCATAGGGT
AACCAGCTCCGTAGCCTGGCATCATACCCATAGggcc Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_117:43320..45454+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00046761 ID=TCONS_00046761|Name=TCONS_00046761|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2135bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_117:43320..45454+ (Clytia hemisphaerica)
ttaaacaaaacatgaaaaactttaaacatTGAATTAAGTGAATTTGGAAA
TTGTTGTGGACGGATTCGGATTTGTTGACGGGGTATCGGATTGCAGATCA
ATCGAAAGAAATGAGTTGTAAATCTTTCATGTTAGCACTCATTCGTTCTT
CGTAAGCCTGTTGTTGGGGTTGTTGGGGTTGTTGTTGATCGTAGTATCCT
TGTTGTTGAGGGTTCTGTTGGTATTGGGGTTGCGGTTGTTGACCACCATA
CTGCTGAGGCTGTTGAGTATATTGTTGCTGAGGTTGTTGTGGAACTTGTT
GTGGCGGTTGTGGAACTTGTTGTGGAATTTGTTGTGGCTGTTGTGGAATT
TGTTGTGGAATTTGTTGTGGCGGTTGTTGCGGCGGTTGTTGTGGCTGATG
AGCAACCTGTTGAGGATGCTGCTGGCCTTGTTGTGGGACTTGTTGTTGAA
GTGGTTGCGCTTGTTGTGGGACGTGTTGAGGAGGTTGTTGGACTTGTTGT
GGAGGAATTTGAGTTTGTTGTGGCTGGTGCTGTGGAGCCATTTGTTGTTG
AGGTTGTTGGTACTGTTGGTTTGGAGGTTGTACTTGTTGAGGCTGTGGGG
TTTGTTGTTGCGGAGGGATATTTTGTTGATTATTAGGAGGTGGTTGGTTG
AATTGTTGAGgctgttgttgttgaaattggtTCGGTTGTTGAGCAAGAGG
TGCTTGCTGTTGTGTGGTAGGTTGCTGAAACTGTCCTTGTGGTGGTGGTT
GAGTCTGCTGGGCTGGTCGTTGGGGCTGAGCTGGCGGAGGTTGTTGATGA
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TAAGTAACTttaaacaaaacatgaaaaactttaaacatTGAATTAAGTGA
ATTTGGAAATTGTTGTGGACGGATTCGGATTTGTTGATGGGGTATCGGAT
TACAGATCAATCGAAAGAAATGAGTTGTAAATCTTTCATGTTAGCACTCA
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TATCCTTGTTGTTGAGGGTTCTGTTGGTATTGGGGTTGTGGTTGTTGACC
ACCATACTGCTGAGGCTGTTGAGTATATTGTTGCTGAGGTTGTTGCGGAA
CTTGTTGTGGCGGTTGTGGAACTTGTTGTGGCGGTTGTGGAATTTGTTGT
GGCTGTTGTGGAATTTGTTGTGGAATTTGTTGTGGCGGTTGTTGCGGCGG
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GGACTTGTTGTTGAAGTGGTTGCGCTTGTTGTGGGACGTGTTGAGGAGGT
TGTTGGACTTGTTGTGGAGGAATTTGAGTTTGTTGTGGCTGGTGCTGTGG
AGCCATTTGTTGTTGAGGTTGTTGGTACTGTTGGTTTGGAGGTTGTACTT
GTTGAGGCTGTGGGGTTTGTTGTTGCGGAGGGATATTTTGTTGATTATTA
GGAGGTGGTTGGTTGAATTGTTGAGgctgttgttgttgaaattggtTCGG
TTGTTGAGCGAGAGGTACTTGCTGTTGTGTGGTAGGTTGCTGGAACTGTC
CCTGTGGTGGTGGTTGAGTCTGCTGGGCTGGTCGTTGGGGCTGAGCTGGC
GGAGGTTGTTGATGATAATGGTGAGATGCTGGCAGTGGAGCCTGGTGCTG
GGGTTGGTGAGGAGGGATTGGAGGTGGTGGTTGCTGTTGGCTTTGGGGAG
GCATCTGTTGGGTGTTAGGTGGCAGAGACATTGGTTGCTGGCCTGGTTGC
TGAGCTGGTACTCTCTGGTTGGGAATAGCTGACGGTTGCGATGAGGGGGG
AGGAGGAGGAGGTTGATTCCATTGACCAGCTGGTGGCTGTTGAGGCTGCT
TGGGGATAGCAGCAGATTGGTATCCAGCTCCAGGTTGTTGGGAAGCTGCC
AAATCCTGAGTGGGTAGTGCTGGCTGCATACCTGGTTGTTGCTTCGTTAA
TGATGCATAAGGAGGAGGCATAACAATGTTCCCTTCAAGAGAATCAGGGG
CAGCGTAACCTGTCGGGATGGGTTGTTGCCCAGGTGGTACCATAGGGTAA
CCAGCTCCGTAGCCTGGCATCATACCCATAGggcc
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00046761-exon-scaffold_117-1491911889:43320..43547 | TCONS_00046761-exon-scaffold_117-1491911889:43320..43547 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00046761-exon-scaffold_117-1510915933:43320..43547 | TCONS_00046761-exon-scaffold_117-1510915933:43320..43547 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00046761-exon-scaffold_117-1575043694:43320..43547 | TCONS_00046761-exon-scaffold_117-1575043694:43320..43547 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00046761-exon-scaffold_117-1491911889:43896..45454 | TCONS_00046761-exon-scaffold_117-1491911889:43896..45454 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00046761-exon-scaffold_117-1510915933:43896..45454 | TCONS_00046761-exon-scaffold_117-1510915933:43896..45454 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00046761-exon-scaffold_117-1575043694:43896..45454 | TCONS_00046761-exon-scaffold_117-1575043694:43896..45454 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| scaffold_117 | supercontig | scaffold_117:43320..45454 + |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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