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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00047214 ID=TCONS_00047214|Name=TCONS_00047214|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=6294bp
ATCGAAGTCGAAGTCGTCTATATTCTCGATGCTAATATTTCACACGGTGC
TTCATTTTCAGGGaattaagaaaaaagaaaaaagaagaagttcGAAAATT
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GTGGACATCAGCGAATTTTCCATATAATACAAtctatgcaaaaaatcaaa
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ATTATGCTTCTCGCATTCTGAATGTTGCCACCTTTAGATTCGCCAGAAAC
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AGTTGTTTGTTAATAATAGTTGGCTTCTCTCTCATCATGACAGTCATGCG
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GGCAATGTCAGTTGCTTTATTGGACGCTTCTCTGGCAAGCTGAGCAGATT
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tttAGAATATTTCATAGCATCTGTGGCAACGCTTGATAGAAGAGAGGCTC
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GTTCATCTCCTGTGCATGTGCGAAAACAAACCACAAGTGGTAAATCAATA
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GTTTTAATATTCGGTTAATATTTTGATCCCAAATTCAAAGCTTTTTTAAT
TACTCTTTAATTACTTTTGTTATTGTTTCAGTTCTACTGTTCGG Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_123:414036..423817+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00047214 ID=TCONS_00047214|Name=TCONS_00047214|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=9782bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_123:414036..423817+ (Clytia hemisphaerica)
ATCGAAGTCGAAGTCGTCTATATTCTCGATGCTAATATTTCACACGGTGC
TTCATTTTCAGGGaattaagaaaaaagaaaaaagaagaagttcGAAAATT
GATACaaagaatcaattttttgaaaatggaagCTATTGCACCTGACGACC
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ACGACATAAAGACGAAGCCCATACAACGGCTGAATTATGATAGTAGAGAA
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AACCAGGAACCATTTTTACTTCTTCACAATCTCttaatttttatcaattt
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GCTTCTATCAAACAGGTGGCATTATATTGAATCGACAATGGATTCCCAAA
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ttttgcgtttcTGTTAGTAAACTTAGCAATGACATTTAGCCAGAAAGGGT
GGAAGGTGGCCGCTTATTCGCCAGGACTTGGCGTTGAGTTGGTTATTAGC
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CGAATAATTCGTCCACTCGACAACGCAACAACGCAACAAAATTAGTCAAC
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TTCATTTTGAGTCTAGAAACTCAGGCTAGAAGTATTCATTCTGACTTGGT
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TAAACGCATTAGTCAACGGAAGATACACTGACCAACCTGTGGACATCAGC
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TTCCTCGCTAATAATACTATATTTACTCTTCGAATAAGaattatataaat
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ATATATTATGCTAGGTATGTTCAATTGACAATAGATTatcattcaaattc
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CCTATTCTAGCTATCAGTTTGAGTCTAACAAAACAGCTTTGCACACAACC
TTGTTTTTAACAGCACAATATCTGGAATATCTTTATTGAAACGCTCTTAG
CGATCCCAATCCAGCAAATTAGCCACTCTTTTAGGAGTCGACATTTTAAC
ATCTGAATCATCCATAGAAATTTCGTCTCTATGATTCACTTTCCGATCAC
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GATGTGGTTAAACTATTGTCTTTGGTGAATCCAAATGGATCTAAAGCTTC
ACTTTTGTTGTTCCCAGCTTCTTgatcattttgattttcagattCTGCAT
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GTTGGCTTCCAATGCTTTTGAACCGTTTGATAGCTATTGTGTTTTCCTCT
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TTGAATTATTGGTGAGCTTAGATCTTGAGGTATCACATTcgataaaatat
tcttaatctGATTTCGTTTGTCATTAACTTTATCAACGATTATGCTTCTC
GCATTCTGAATGTTGCCACCTTTAGATTCGCCAGAAACCTCATTACTCTT
TGTTGCAACAGGTATTGGATGGATTCGGCTTCTCTTGAATCCAGTGAATT
GACCTGGTACCAAATGGATTGGCTTCAGgatatctttcttctttttagca
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GTCTTCACCAAAATCTTTGTAATCTAAATCTATAGGTTTGACCGGAGCTG
TGTTATTGGAAACTAACGATGATTGATTCTGCCGAGGTAGTTGTTTGTTA
ATAATAGTTGGCTTCTCTCTCATCATGACAGTCATGCGTTTGAATGTTGT
ATTCAGGAATTTTGAGATATTTCGTACTTTCTCATTTTGGAAAGCTGCAA
ACTTTGCTGCTTTCTCGGTTTGAACTGTCTCTTTCAACGCTGTATCAAGC
AAACTTTTCGCTGGTGTTTTAGCAATATCCATACGTCTGGCAATGTCAGT
TGCTTTATTGGACGCTTCTCTGGCAAGCTGAGCAGATTCAATAGCCTCTT
GGGCTGCTTGCTGAGCTGAGATGAGAGCAACTATAGCCTTCTCTTGTAGA
TATTCCAGACTTGAATTGCGAgtatcagcatgaaaatatttAGAATATTT
CATAGCATCTGTGGCAACGCTTGATAGAAGAGAGGCTCCACCTACGATTC
GTTTTAACCCATGTTCAACTTGGTTTGTATTTTGTAAGACTTTCTTTGCC
TCTGCCATGACGTTTTGTACATCTTTTGCTAGTGTTCTCACGTATATTTG
AATCGGTTTCTCAACTGGGATAATATGTTTCCGTTTCggatttgattgtt
tgaaatgTTCAATACTCTTCATTTTTCCCTTCACAATGTTTATTTCACTG
CGTTTTGATCCATTACGGTTTACGTAAGTCTTCCTGTTACTTTTCCCGTT
CTTCCGTTGCCGTTTCCTCAATTGTCGTTTACGTTGTCGTTTTTGATGTG
TTTTACGTTTAATCGAGCGGTGCCGATGTTGGTGGAAAGCTTCCATAGCA
GACCGCCTTTTACGTTTATTACCAGACTCGTCTTCATTCAAAACCATTAT
AAAGCTTTCaggagttttttggtcaatatCAACAGTTTTATAATCTTCCT
CTGAATCCTTCTCTGTGAGTCCTNTTGGTTGTTGGGTGCTGATGTAAACT
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CTGTTGGCTTCCAATGCTTTTGAACCGTTTGATAGCTATTGTGTTTTCCT
CTATCGGTGTATTTATAATCTCACTTCGTTTGTTGTTGGATATCTGACTT
TGTTGAATTATTGGTGAGCTTAGATCTTGAGGTATCACATTcgataaaat
attcttaatctGATTTCGTTTGTCATTAACTTTATTAACGATTATGCTTC
TCGCATTCTGAATGTTGCCACCTTTAGATTCACCAGAAACCTCATTACTC
TTTGTTGCAACAGGTATTGGATGGATTCGGCTTCTCTTGAATCCAGTGAA
TTGACCTGGTACCAAATGGATTGGCTTCAGgatatctttcttctttttag
caACAGTCTCTAAAGGTTTCTCTTTATGAATGGATGAAGAAACAGGTTTA
GAGTCTTCACCAAAATCTTTGTAATCTAAATCTATAGGTTTGACCGGAGC
TGTGTTATTGGAAACTAACGATGATTGATTCTGCCGAGGTAGTTGTTTGT
TAATAATAGTTGGCTTCTCTCTCATCATGACAGTCATGCGTTTGAATGTT
GTATTCAGGAATTTTGAGATATTTCGTACTTTCTCATTTTGGAAAGCTGC
AAACTTTGCTGCTTTCTCGGTTTGAACTGTCTCTTTCAACGCTGTATCAA
GCAAACTTTTCGCTGGTGTTTTAGCAATATCCATACGTCTGGCAATGTCA
GTTGCTTTATTGGATGCTTCTCTGGCAAGCTGAGCAGATTCAATAGCCTC
TTGGGCTGCTTGCTGAGCTGAGATGAGAGCAACTATAGCCTTCTCTTGTA
GATATTCCAGACTTGAATTGCGAgtatcagcatgaaaatatttAGAATAT
TTCATAGCATCTGTGGCAACGCTTGATAGAAGAGAGGCTCCACCTACGAT
TCGTTTTAACCCATGTTCAACTTGGTTTGTATTTTGTAAGACTTTCTTTG
CCTCTGCCATGACGTTTTGTACATCTTTTGCTAGTGTTCTCACGTATATT
TGAATCGGTTTCTCAACTGGGATAATATGTTTCCGTTTCggatttgattg
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TGCGTTTTGATCCATTACGGTTTACGTAAGTCTTCCTGTTACTTTTCCCG
TTCTTCCGTTGCCGTTTCCTCAATTGTCGTTTACGTTGTCGTTTTTGATG
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CAGACCGCCTTTTACGTTTATTACCAGACTCGTCTTCATTCAAAACCATT
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GCTCCGAGTCATCACTTTGATTTTCATCACTGCCTCCTCCTTTAGACTGC
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AGACATGCCTTCTTTATTCAATCGACTGTTTTGTTGTTGAACCTTCTTAT
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AGATTTCACTCTTGGTACTATGTGTGTTTTCATCACTCAAGCCACTACCA
TTGTCATCACCAGAGCTTTTGGCAAACTCCTTAACAATAGGCTCAACATC
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GGGTTTACTGTCAATGTTAATGCTAAGTCTTTCATAACCAAAGCTGTGGG
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TTTGAACGTCAGTTTGAGGGCTAATAAATTTGAACATTGAACCATCAGTA
TTGGATGTGACTTGCAGATTGTATGAGTTCAGCTTTGCGTTCATCTCCTG
TGCATGTGCGAAAACAAACCACAAGTGGTAAATCAATAGaagtttcttca
tttttatcatctttATTTCCTTCTTGGATTGATTAGGTGTTTTAATATTC
GGTTAATATTTTGATCCCAAATTCAAAGCTTTTTTAATTACTCTTTAATT
ACTTTTGTTATTGTTTCAGTTCTACTGTTCGG
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00047214-exon-scaffold_123-1491911889:414036..414359 | TCONS_00047214-exon-scaffold_123-1491911889:414036..414359 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00047214-exon-scaffold_123-1510915933:414036..414359 | TCONS_00047214-exon-scaffold_123-1510915933:414036..414359 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00047214-exon-scaffold_123-1575043694:414036..414359 | TCONS_00047214-exon-scaffold_123-1575043694:414036..414359 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00047214-exon-scaffold_123-1491911889:415323..415862 | TCONS_00047214-exon-scaffold_123-1491911889:415323..415862 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00047214-exon-scaffold_123-1510915933:415323..415862 | TCONS_00047214-exon-scaffold_123-1510915933:415323..415862 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00047214-exon-scaffold_123-1575043694:415323..415862 | TCONS_00047214-exon-scaffold_123-1575043694:415323..415862 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00047214-exon-scaffold_123-1491911889:416452..416558 | TCONS_00047214-exon-scaffold_123-1491911889:416452..416558 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00047214-exon-scaffold_123-1510915933:416452..416558 | TCONS_00047214-exon-scaffold_123-1510915933:416452..416558 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00047214-exon-scaffold_123-1575043694:416452..416558 | TCONS_00047214-exon-scaffold_123-1575043694:416452..416558 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00047214-exon-scaffold_123-1491911889:416951..417014 | TCONS_00047214-exon-scaffold_123-1491911889:416951..417014 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00047214-exon-scaffold_123-1510915933:416951..417014 | TCONS_00047214-exon-scaffold_123-1510915933:416951..417014 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00047214-exon-scaffold_123-1575043694:416951..417014 | TCONS_00047214-exon-scaffold_123-1575043694:416951..417014 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00047214-exon-scaffold_123-1491911889:417659..417772 | TCONS_00047214-exon-scaffold_123-1491911889:417659..417772 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00047214-exon-scaffold_123-1510915933:417659..417772 | TCONS_00047214-exon-scaffold_123-1510915933:417659..417772 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00047214-exon-scaffold_123-1575043694:417659..417772 | TCONS_00047214-exon-scaffold_123-1575043694:417659..417772 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00047214-exon-scaffold_123-1491911889:418673..423817 | TCONS_00047214-exon-scaffold_123-1491911889:418673..423817 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00047214-exon-scaffold_123-1510915933:418673..423817 | TCONS_00047214-exon-scaffold_123-1510915933:418673..423817 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00047214-exon-scaffold_123-1575043694:418673..423817 | TCONS_00047214-exon-scaffold_123-1575043694:418673..423817 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| scaffold_123 | supercontig | scaffold_123:414036..423817 + |
Blast
BLAST of TCONS_00047214 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: HIF1N (Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor OS=Homo sapiens GN=HIF1AN PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 368.622 bits (945), Expect = 7.356e-114 Identity = 175/312 (56.09%), Postives = 220/312 (70.51%), Query Frame = 1
Query: 262 TKPIQRLNYDSREINRYIKKQEPVIIENLGLVDSATKWDLEYLHENIGNEEKSVYVSKTHKFMYYNASRCAVYPDFIPPNEQHNMTMTEFIRKYR--TWKPGEHRIYFQQILTDTVGSCIYNDFRNFKWSWLNSKKERFNWGDLTSNLLLIGQPGNVTPVHYDEQQNFFAQVHGYKRVLLFDPKFFQCLYPYPFHHPCDRQSQVDFENPDYERFPLAKHLAGYEGVVGPGDVLYIPMCWWHYIESTMDSQITTSINFWYKHQSMTLSDLRFPLKWQQKLTVSRNIEKMLGEALGDPSEVGPFLNALVNGRYT 1191
T+PI RL+ I+ +EPV++ + LV A KWDLEYL ENIGN + SVY + THKF+YY+ + A + +F P + + M EF+ K + + GE R+Y QQ L DTVG I DF F W+W+N ++ + WG LTSNLLLIG GNVTP HYDEQQNFFAQ+ GYKR +LF P F+CLYPYP HHPCDRQSQVDF+NPDYERFP +++ GYE VVGPGDVLYIPM WWH+IES ++ IT ++NFWYK + T + +PLK QK+ + RNIEKMLGEALG+P EVGP LN ++ GRY
Sbjct: 39 TRPIPRLSQSDPRAEELIENEEPVVLTDTNLVYPALKWDLEYLQENIGNGDFSVYSASTHKFLYYDEKKMANFQNFKPRSNREEMKFHEFVEKLQDIQQRGGEERLYLQQTLNDTVGRKIVMDFLGFNWNWINKQQGKRGWGQLTSNLLLIGMEGNVTPAHYDEQQNFFAQIKGYKRCILFPPDQFECLYPYPVHHPCDRQSQVDFDNPDYERFPNFQNVVGYETVVGPGDVLYIPMYWWHHIESLLNGGITITVNFWYKG-APTPKRIEYPLKAHQKVAIMRNIEKMLGEALGNPQEVGPLLNTMIKGRYN 349
The following BLAST results are available for this feature:
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