TCONS_00049207 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00049207
Unique Name	TCONS_00049207
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	1397

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at scaffold_154:12063..38795+

transcript sequence

>TCONS_00049207 ID=TCONS_00049207|Name=TCONS_00049207|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1397bp
tcATGCTGAGTTTGGTGCTGTTAGCAATGGCAATCAAAAAAGTGATATCA
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_154:12063..38795+

Legend: exon

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>TCONS_00049207 ID=TCONS_00049207|Name=TCONS_00049207|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=26733bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_154:12063..38795+ (Clytia hemisphaerica)
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GGTTTGGTCAGGCCCTCATGCCACtgtttaaataaaagaattagCAATTT
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TCTCTTTATGCAACTTCAGCAGAAATGAATAGATCATTAAATCACGGTGC
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ATCCCCCCTCCCCCAGAAAACTAAAAAAGGATAGAGGAAATCGTTaccat
ttttttcatattttacgaTGTTTTAGCTGTGTCAGTAAAACCCAAGTTAA
AAACTATTCTACTGGACTGATAAGGGTGAAGCGAAAGTGGGGAGGCACAC
TTCCCTATCTTCCGTTAAACAGCAGTAGGAAAAGATAGCTTTCGGACTGC
GGTAGAAAACTTACTTTACTCAATAAATgattaccgtgagatcgggtaac
ttgcatcagtggagggaaaatTGCATAACCATCAAATGCCTGACCAATCA
AAGGAGCATAATTTCAAGTAAAAGTGCAAGAACTACGCAGCTCCCCTCGC
AGCTCTATCCTAccattttaataataataattgccACCGGAGCGAGCCTG
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agtTGGACAACCATTTTataccaaaacaaaacaagcgATATGAACGTCAT
GTATTTTGGTCTTGTTCACAGAATAACACTGAATCAACTGGACAATATGT
GTCAAGGCTCTGACAGCTTGCTACAACATGTGAGTTTCATTATAAGCAGG
ATGGAATCGTCGACCAAGTAATCGGTGGATGCAACTCAAAGAAATTGAGA
AAACGATTATTGAAAGAACATAAGctatctttagacaaattgttAGAAAT
TGCTCTTGTCTTAGAAACCGCTGATCACCAATCCGTCAAATATGACACTG
ACAAACCGCATCAACATAATAAACCTGTTGAGGAGGAATCCGATGATGGC
GATGGAGACAACGTCAACAGAATTTCTGACCGTCGACCACCACGTTATCC
AAAAAGTAGAATATCGAAAACACCACATACTACCAGAAAACTAACATGTT
ATCGTTGTGGAAGTGATCACTTAGCATCTGAATGCAGAATCGCCAAAAGA
CAAGACACGTTTCAACTGTGGCAAAAAGGGACACTTAAAAACAGTATGTC
AGTCAAAACAAAACCCTAACCAGCAAGATAACCCAACGATACGTTACATC
ACAGTTGAAGATTCATCCTCTGATGATGAATTCGTATTAGgaggcccccc
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aaattgttgcgtgttttatgagtttttgttacc

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_031247	XLOC_031247	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
scaffold_154	supercontig	scaffold_154:12063..38795 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
6.72377	6.80543	5.61313	2.2792	0.899988	1.92476	4.82066e-05	0	2.27198	1.30243	1.75739	1.37077	1.7823	1.63297	3.5924	2.87668	1.96118	1.3551	1.73763	1.1583	1.28641	0.720682	3.56819	2.8754	0	9.15658e-09	2.15418	1.44449	3.51671	2.98854

Blast

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00049207 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00049207 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0


Match Name	E-value	Identity	Description

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TCONS_00049207 (transcript) - C. hemisphaerica