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transcript sequence >TCONS_00052816 ID=TCONS_00052816|Name=TCONS_00052816|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=4877bp
ATCGTCGTATCAAGGCAGTTTAATTTTATTGgcttgtttcttctttttga
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tttaaatttgtcatcaattttttttgttttcattttttgaaagggatttt
tttttgaacatagcatttatttattataatattttatcaaagtcctaatt
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tctgatttctttaaCAGTCCAAGTACTATtcgttttgaaaaatattttac
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ctttttgtttccCTGTTTTTACGATGGTGATGATGACTTCCATTTTGCCT
ACTATGAACTTACTATCAACGATTTATTTACTAACTAGCTTTATTTTAAT
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TCATTGGGCCATCAGGCATTTTTAGATTATCCAAATTACATATAATTCTT
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AATCAAtcacaaaaagaaatttaattgtTGCCCTTTTACcttaatctttt
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ataaaaaagtaattacaAATCCTGTTATCCCTCTTTCATTTCAATTAAGC
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tttcttttaatgGGTATGTGACTTCAATCGTAATTTTCCTGCTTTTTAGT
CAAAAACAGGAGTTTAGTCAGACCTCAAGTTGCCATCCTATCACTAATTA
GTGCTTTCCTAAAGGAATTTATTTGCc Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_220:370343..383817+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00052816 ID=TCONS_00052816|Name=TCONS_00052816|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=13475bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_220:370343..383817+ (Clytia hemisphaerica)
ATCGTCGTATCAAGGCAGTTTAATTTTATTGgcttgtttcttctttttga
tttgatgaGAACCTATAAAATGTAATTAGCTTTATATTGGCATTTTGTTA
CCATTGAGATTACTAAATAATTGGTGGCTTGTCATTATATGCTGATTACT
TGACAATTAAAAGCGTTACTCATAAAATAGGGAGCGATATCCTTACTAAT
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tttcttttctcCCTTTTTTCCGTCACTTAGGTTATATACCTCAGTGGTGA
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TTggtctagggggggggggcattttaGGCAAAACATGTGACAACCCAGTA
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ttgattgattgattgattgattgattaaattgattgattgattgattgat
tgattgattgattgattgattgattgattgattgatattaatcgattgat
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TGATCAGGTGATGATGTCACCTGTGTTTCACTAATTAAATTCTCCATTCT
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CCTTATTTTCTTTCTCCTCACTTGGTtgcatagaaaaaaagttaatttat
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ATGCTAAAAACCTCTTTAGAATATCTTTTTGAAGGAGTTTGACTATAAAT
GCCAAACACTCCCTTATTTTATTTGTGGCTTATTAAGATCTCGTCAAATC
CGGGGTCCCCCTTCCCAATTGTTTTTGTGATGTTTTTTCGTTATCAACTT
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GCTTTATAACCATTTTTTCCACGATAGATTTCTCCCGTTTATGGTGTCAC
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GAAAAGGTTGGGGATCCCACTGGGATTTTTTTCACTGATGTTTTCAAAAC
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TCTGTTAAAAAAAGGGGTGGATTTCACCTTAGATACTTAATTCCAATACA
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ACTCCTGGATCTTCTAAAGTCTTTGTATTTATGGCCTTTTATATAtcgat
ttattatttttatatgtTTCTTTTACAtaatattcttcttttttctttaa
ttataATAGATGGTTGGAGCGTCTAGACGAAAAACAAGACTTCCCCGCAA
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TTCCCTTTTTAACTTCCTTTACTTTTCATATGATTCTTCAAACGAACTTC
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TTAAGCCCCTGTCGGTATTAAAAGACTTAAAGATCTTTTAATGAAATTCT
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GAAAAAATACTATTATTATTAATAGTTTAGTGGTAATAAAGAAACTCTTT
GactttttatcccccttttttaaTGTGTGCTTGAAGACTTTATTTATAGT
ACTAATTAGGGACTTCTAAAAGGGgcctcaaatctttttttgctagGATA
TCTTGCGAATTTTTCTTCCTTGATCTTATAAATTATGAATTCCATATTAA
AACATTGTTTTATGAAGGATCTGTTAAAGAATCAAATCATCTTTGTATTC
ACAGTTGCTTCTGAGACTCTTTTCCTTGTTCCTTCTTCCCCTAAATTGTA
AAACAGGAAAAATTACCCCTTAAAAAAGAACAGGGAAAAAATAGCCCCTT
TCTTATTCTTCATTTATTTACTCCCAATTTTTTTCCTGCTTCTTCTAGAT
GACCAAATGATGGAATCTGATGATATCCcgtctccttcttcttctcctca
ATCAAATGACCAATACAATGATAGTTTTTACGACAAATATGATACAAATC
GTTACAACACTGCCTATGTTGGTGGTGAGTACCTGAAAGAAGCCAcaaag
cttttccttaaatctCAAACCACTTCAGATTACATTGTTGTACAGCCATC
CTATGATGATCAACCTCCAGTCATCTCGTCAGAACCTGATGTCAAAATCT
CGTCACCACCAAGAGATGATCATGATGTCAGAGATACTAGAGAACATGGA
GATCGAATCAAAACATACAATCCTGTCAAGAAACAATATTACCAGAAACA
TCATATACCAAACTTAACCAAGAAGCATCATCACCCTGAACCAACACCAG
ATAATCCTTACCAATGTGAAACTTGTGATATGCTTTTCAAGAATCTAGAG
CTTCTGTCTGACCATCAAAAGACAGTTCATGATAACAACAGGCAATTTGC
TTGCAGATACTGTGGCAAACGCTTCAATGATAAATATAATATGCGGAAGC
ATGTTTTGATTCATGTTGGTGAAAAGCGTCACAAGTGTCAATTCTGTGAA
AAAGCATTTTTAAGAAAAGATCACTTGAGGAGTCACTTGCAGACCCATTA
CAACAGAAAATATGGCTGCAAGCTCTGTGGCAAGAGCTTCAAAACAATTG
AGCTTTACCACAGGCACGTCAAAACACATAAAGAATTAGACCACCTGTCT
GAAATTAACAATTTAGAAAATCTCCTGCCAGAATTGGAGAGATATGATAG
CCCAAAACTTGACAGATACAGTCCTAAACTTGACCGATACGACAGCCCTA
AACTTGATCGATATGACAGCCCAATTCCAAGCAGTAGACCAACTCACCAT
CACTATACACCTGCACCAGAAATCACAAGGGAACTTATTGCACCACCTGT
TGTCAAGCATGAACGCATGAATGAAAGGCTGGATGATTCAAGAGGGGAGG
ACTCACCATGGAACCGTAGTGGTAGCCCAACCTACTCAGATATCAGTGGT
AGCTCATTTTCACAATCAAGTCCTAGAGGGATGGACTATGGAAGCGCAAA
CGAAAATACAGATGTACTGAAGAGAGTATTGTGTAAGTAGTGGTTCTTCT
TCTAGACTATGTTTTCAATCATGAGAAAAAGGGGAAATATCTTTCAACAT
TGATGTGGACTAATTTAGGCATCTGAGGGTTTCTGTCCTTTTTCCCATGA
AGAGAGTCTCATATGCAGATGTTTTTATAAAGGTTTTATGGTCAAAACAC
ACAGAAATAACTGTATCTCTTTCaattttgttctttatttttatcttaat
tTATCCTTGAAAAAATAAGGCTTTTCCCCTTattttttccaaggaaattt
tggtttttgttcTAGTTTATTGAAAGTTGAGATTAAGAAAAGCAGAGAAA
GAAGTACTttacaattgaaaaaatatccttaTTATTGTTTGgacttattt
ttaattttttgtcaatttctttcatttttagcaTACAGATGTGGATTTTG
CAATGCTACTTTTGAAGACAAAGAATCTGTGACAATACATGAAAGAAAAT
GTCGAGCTGAGACCCAAAAATGGCAATGTGTCAAATGCAACATTGTTTTT
GATGAACCTGgtacgttgaaacaacattatGAGAAAGTCCATTCCACTGA
AAAACCTGTTCAAAGTCCATCCAGGTGGCGTTGTAAAACCTGTGACATCA
ACTACCCCAATTCAAAAGAGCTCAGCCGCCATTATGCAAGTGCCCATAAG
GATGCACAAATCTTCCCATGTTCTGAATGCCCGAAAACCTTTACTGTATG
GCATAACCTGAAGAAACATATGCTCATCCATTTGGGAGACAAGAAACATA
AGTGCACAGTTTGTGACAAAGGATTTGTCCGCAAAGATCATTTGAATAGT
CATATGAAGGTACATTTGGGTGATGGCTCAAAATACACATGCCCAATCTG
TATGAAAGTCTTCCGTTTGAAACAAATGTATATTAAACACATGAATCTAC
ATGGGCTTGAACAGGCTCAACAACCTGTATGACACgcatttacttttatt
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AACtatttttttgtgaatattattttgttgttattaGTAGTAGTAttgta
atgaaaaaaaaaacagaatttaCCATAATTTTAATCGTATTTTTTAAACC
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taatgttttttgttttttcgagaaaattaattTATCAGAGAGAAAGTTAT
CTTGATATACTTACTAGTCGGTATTATAGAATAGGaataattttaataga
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taataaaaaaagtttgaaagatgaGGGTCCATTTTTTTCTCATTGacata
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TGTGAGAATTTATGAAATGctataaaatacaattttgataAGGGAGGATT
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ACAAAATagtttattgtattttttgtgtgcattatttttatttattattg
atCATTTTACATGATTATATTTTGAATGTTATAAAATTTGGGTATCACCT
CCAATGATGAAAGTGTCTTGTGCTCTTAATATTGAGTTTATTATCTTATC
ATTGGGCCATCAGGCATTTTTAGATTATCCAAATTACATATAATTCTTGG
AGAGGGAACCTAAGGGATTTTAGAACGAAAAATCTTTGCCTCAAGTAGAT
TGCTCCGTTTCGTGTGAATGAATTTTGATAGCATAAGTTTTCAGCATGAT
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CGCCTCCAAAGGGGTCAAATACGTCAATTTAAGTGTCGCATGTTTATGAA
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AAGGACCCTTCAAGGAGGGATCCATCAAAGTATTTCCTTTACTCTAAGCA
GGAGACAATAGAATCTTAATTACTAAAGATTTTcgcttttcttttgattt
tcttttaatgGGTATGTGACTTCAATCGTAATTTTCCTGCTTTTTAGTCA
AAAACAGGAGTTTAGTCAGACCTCAAGTTGCCATCCTATCACTAATTAGT
GCTTTCCTAAAGGAATTTATTTGCc
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00052816-exon-scaffold_220-1491911889:370343..370782 | TCONS_00052816-exon-scaffold_220-1491911889:370343..370782 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00052816-exon-scaffold_220-1510915933:370343..370782 | TCONS_00052816-exon-scaffold_220-1510915933:370343..370782 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00052816-exon-scaffold_220-1575043694:370343..370782 | TCONS_00052816-exon-scaffold_220-1575043694:370343..370782 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00052816-exon-scaffold_220-1491911889:378302..378410 | TCONS_00052816-exon-scaffold_220-1491911889:378302..378410 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00052816-exon-scaffold_220-1510915933:378302..378410 | TCONS_00052816-exon-scaffold_220-1510915933:378302..378410 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00052816-exon-scaffold_220-1575043694:378302..378410 | TCONS_00052816-exon-scaffold_220-1575043694:378302..378410 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00052816-exon-scaffold_220-1491911889:379091..380224 | TCONS_00052816-exon-scaffold_220-1491911889:379091..380224 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00052816-exon-scaffold_220-1510915933:379091..380224 | TCONS_00052816-exon-scaffold_220-1510915933:379091..380224 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00052816-exon-scaffold_220-1575043694:379091..380224 | TCONS_00052816-exon-scaffold_220-1575043694:379091..380224 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00052816-exon-scaffold_220-1491911889:380624..383817 | TCONS_00052816-exon-scaffold_220-1491911889:380624..383817 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00052816-exon-scaffold_220-1510915933:380624..383817 | TCONS_00052816-exon-scaffold_220-1510915933:380624..383817 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00052816-exon-scaffold_220-1575043694:380624..383817 | TCONS_00052816-exon-scaffold_220-1575043694:380624..383817 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| scaffold_220 | supercontig | scaffold_220:370343..383817 + |
Blast
BLAST of TCONS_00052816 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: ZNF91 (Zinc finger protein 91 OS=Homo sapiens GN=ZNF91 PE=2 SV=2) HSP 1 Score: 120.939 bits (302), Expect = 2.931e-27 Identity = 115/438 (26.26%), Postives = 181/438 (41.32%), Query Frame = 3
Query: 945 TPDNPYQCETCDMLFKNLELLSDHQKTVHDNNRQFACRYCGKRFNDKYNMRKHVLIHVGEKRHKCQFCEKAFLRKDHLRSHLQTHYNRK-YGCKLCGKSFKTIELYHRHVKTHKELDHLSXXXXXXXXXXXXXRYDSPKLDRYSPKLDRYDSPKLDRYDSPIPSSRPTHHHYTPAPEIT-------RELIAPP-VVKHERMNERLDDSRGEDSPWNRSGSPTYXXXXXXXXXXXXPRGMDYGSANENTDVLK--RVL-----SYRCGFCNATFEDKESVTIHERKCRAETQKWQCVKCNIVFDEPGTLKQHYEKVHSTEKPVQSPSRWRCKTCDINYPNSKELSRHYASAHKDAQIFPCSECPKTFTVWHNLKKHMLIHLGDKKHKCTVCDKGFVRKDHLNSHMKVHLGDGSKYTCPICMKVFRLKQMYIKHMNLHGL 2210
T + PY+CE C F L+ H++ +H + F C+ CGK F + +H IH GEK +KC+ C KAF R L H H K Y CK CGK+FK +H H + L + + + K+ K + S + D+ + I SS T H E T + P + H+RM+ + E+ S S T + + + + G A + L +++ Y+C C F ++T H R E + ++C +C F+ L H + +H+ EKP ++C+ C + +S L+ H H + + C EC K F+ L +H +H G+K +KC C K F L H +H G+ Y C C K F + H +H +
Sbjct: 737 TGEKPYKCEECGKAFNWSSSLTKHKR-IHTREKPFKCKECGKAFIWSSTLTRHKRIHTGEKPYKCEECGKAFSRSSTLTKHKTIHTGEKPYKCKECGKAFKHSSALAKHKIIHAG-EKLYKCEECGKAFNQSSNLTTHKIIHTKEKPSK--SEECDK--AFIWSSTLTEHKRIHTREKTYKCEECGKAFSQPSHLTTHKRMHTGEKPYKCEECGKAFSQSSTLTTHKIIHTGEKPYKCEECGKAFRKSSTLTEHKIIHTGEKPYKCEECGKAFSQSSTLTRHTRMHTGE-KPYKCEECGKAFNRSSKLTTH-KIIHTGEKP------YKCEECGKAFISSSTLNGH-KRIHTREKPYKCEECGKAFSQSSTLTRHKRLHTGEKPYKCGECGKAFKESSALTKHKIIHTGE-KPYKCEKCGKAFNQSSILTNHKKIHTI 1158 HSP 2 Score: 117.087 bits (292), Expect = 4.581e-26 Identity = 117/488 (23.98%), Postives = 195/488 (39.96%), Query Frame = 3
Query: 945 TPDNPYQCETCDMLFKNLELLSDHQKTVHDNNRQFACRYCGKRFNDKYNMRKHVLIHVGEKRHKCQFCEKAFLRKDHLRSHLQTHYNRK-YGCKLCGKSFKTIELYHRHVKTHKELDHLSXXXXXXXXXXXXXRYDSPKLDRYSPKLDR----YDSPKLDRYDSPIPSSRPTHHHYTP--APEITRELI-APPVVKHERMNERLDDSRGEDSPWNRSGSPTYXXXXXXXXXXXXPRGMDYGSA-------NENTDVLKRVLSYRCGFCNATFEDKESVTIHE--------RKCR-------------------AETQKWQCVKCNIVFDEPGTLKQHYEKVHSTEKPVQ----------------------SPSRWRCKTCDINYPNSKELSRHYASAHKDAQIFPCSECPKTFTVWHNLKKHMLIHLGDKKHKCTVCDKGFVRKDHLNSHMKVHLGDGSKYTCPICMKVFRLKQMYIKHMNLHGLEQ 2216
T + PY+CE C F + L+ H++ +H + + C CGK F+ + KH IH GEK +KC+ C KAF L +H TH K Y CK C K+FK + + HK + ++ E R + + ++ ++ + K + S + + H P E + I + + +H+R++ + E+ S T + + + + G A N++ + R Y+C C F+ ++T H+ KC + ++C +C F TL++H +++H+ EKP + ++CK C + NS L+ H + H + + + C EC KTF L KH +IH G+K +KC C K F R +L H +H G+ Y C C K F KH +H E+
Sbjct: 289 TGEKPYKCEECGKAFSHSSTLAKHKR-IHTGEKPYKCEECGKAFSRSSTLAKHKRIHTGEKPYKCKECGKAFSNSSTLANHKITHTEEKPYKCKECDKAFKRLST----LTKHKIIHAGEKLYKCEECGKAFNRSSNLTIHKFIHTGEKPYKCEECGKAFNWSSSLTKHKRFHTREKPFKCKECGKAFIWSSTLTRHKRIHTGEKPYKCEECGKAFRQSSTLTKHKIIHTGEKPYKFEECGKAFRQSLTLNKHKIIHSREKPYKCKECGKAFKQFSTLTTHKIIHAGKKLYKCEECGKAFNHSSSLSTHKIIHTGEKSYKCEECGKAFLWSSTLRRH-KRIHTGEKPYKCEECGKAFSHSSALAKHKRIHTGEKPYKCKECGKAFSNSSTLANHKIT-HTEEKPYKCKECDKTFKRLSTLTKHKIIHAGEKLYKCEECGKAFNRSSNLTIHKFIHTGE-KPYKCEECGKAFNWSSSLTKHKRIHTREK 768
The following BLAST results are available for this feature:
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