TCONS_00053635 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00053635
Unique NameTCONS_00053635
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length1258

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00053635 ID=TCONS_00053635|Name=TCONS_00053635|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1258bp
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_233:102500..156368-

Legend: exon
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>TCONS_00053635 ID=TCONS_00053635|Name=TCONS_00053635|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=53869bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_233:102500..156368- (Clytia hemisphaerica)
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CTAACTCGTCTGTAGGGATATTTGCCCCTGCATATCGAGTACATCTAATT GGCCAGTTCATTTCTAAACAAGATGGCTGCTGGAAAGCATAGAGGTATAA AGAAAAACAGGAGTTGAATGTGTCGGTAATTGGTCGTTAAAGTCTTTTGA TTTCTTTTATAAAATGTATCAAATGAAATTCTAAGCTCGCCCGATGAAAT AAGACTTTTTAGTAGAACTCAAGTTTGCTATGAACATTCTAATAATCAGT ATTGAAGATTCTCGCCTTTTAATATACAAAAATTAGATAAAAATTCGTCC ACGAAGCAAGTTTATGTTCCATTTCGCTATCCGTTCAATTTTGTTTCAAA AATATATTTTCTCAAGTCAGAAAATGAAAAGTTCTTTATAAGCACACACG ATTTTAGACTCAATGTGTAGACATAAAATCGCTGGAGGATTTTGGAGGAA AGTATCAAGCAATAGAGGTCACCTTAAGGAAAACATTGATCGAAAAATCT TATCATTTGATGAAGGATTGCCAAGTTTACAGGCCTTTTTTTAGTCCAAA TATTTTCTTACACTGATGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACA ATGAATCTCGTCTCATCTAATTTCTAAAGCTTAAATGAGCCAATAGGATT TCACCTATGGATAAAAGAGCTCATTAAGAATGCACGATATATGAGATTGT GAGCATGCATACATCGTAATTTTTTTAATCGTAGGGCGAGCTTGGTTACA ATAGCATACTTCTCCTGTTTCTTTATACCTCCATGTGGAAAGGAGCCTTT ATAAATGTGGCTGAGGTTTTGATGTAGTTTAAAGTAGTTTTGAAAGTTTT TTGAGTTCGTAAAACCAAGTTTTGATACTGTCAACAGGGTAGCCTGGGAA TCCAAGCTCATAATTTTAGAAAAAACAAAAAATACCTCAACTCACAAAGT TCTAAGATTGTAGAGCTTGGTGCAGGTAGATTAGTCTGACACAAAATGTT ATAAACAGTCTGTGTGTGAACCCTTGTTGACAGACTTTATGAACTTTGGA AACCCAGGCAATCACACATAATCAACTTACCATAAAAACTCTTTCACAAG CTCTAAAGACTTTCAAAACTACTAAACACATCAAAACATCAGCCACGTTC ATTTAGACTTCCAGCCAACAGCAATTTTGTTTTTAAATGAATCTATGTTT TCATTTTCATTTGTTTTCCTTTTTCTGCAGAGTCAGCTTTTTTTCCATAA ATTATGCGCGCGCATCGAAATTATCAAAATGCGTGCGAAAGTACTGCTAA GTAATACGCCGAAAGCTGGCCAATCAGGTCGAACCTGCATTGCAGGGAAA ATGCCCCTGCAGGCGAGTTACCTGCACCAAGCGTTAAACCAGCAGCAAAA ATATCATAAACTAGACTGTGAAAAAAGTTTAATGCTTGGATTCCCAGGCT ATCAACAAGGGTTCACTCACAGGCAGTATCAAACAAACTGTACCCGACTT TTTTAGTTGCACCAGACTCTAAAATTTTAGAAATTTTGTATGATGAGGTA AAGGTTTTTTTCTAAAATTTTGAGTCTGGATACCCAGGCTAATGTTTTCA CCGACTTTATTTTCCTACTAAGATCATAGTATACATCTTCGGCTTAAGAA CCTTTTATGACATTTCAATTTTAATTTGGAAGAGTGGTTGAAACATAGAT TTCTGTAAAGCCTGAAGGGCTAGATGGAGTATTTAAAGGTTTTTCAGGCA AAAAAAAGTGAATATCGCAAAAAAAATATTGTTGCAATTGTTTTCGAAAT TTGCAAACCTTCTACCGAACCACGCACACTTTTGAGCCAAAGTAGTATAT CTAGCTTTTCGGGTTTATAAATCTTTTAGTTAAAATTGCCACAGTCTGAT ATTGTTTTTCCCTGGAGAGAAAGCACAGACTAGGTTAACATTATAATAAT CAAACGAGAACTTCGAGGGCTGGAAACGAGTTTGTTAATTACGTCCTTCA GGGAATTAAATCCCTTATAATTGATACACGCGATGTTAAAATTATTAACA ATTGGAATAAAAGGGAATAATGGAGACAAGTTTAGTTTTTACGTCCCCCG GGGGATCGAATCTCTTTGGATAAACAGTTTTTCATGTGTGAAAATGGTCA GATGCTTTTCAAATTGATCAGGAGAGAGGAGGTTTGATCCAGATTCCTTA AAAAGGTAAAAAAAAATCTGTCTCTTTTTAATGAAGCTGAAGTTTTTTTG AAAACATTGTATCAGACTCATTTCTTAATTTTTTTTTGAAAACTTTTTTT CAAACTCATTTCTAATTCTTTTTTTCTTAACTTTTTCTCGAACTCATATC GGATTTTTTTTTAAATTTTTTTTTGAAAATTTTTTCTCGAACTCATTTCT GAATTTTTTCTCCATATTTCAGCCGTTCCACTTGGTCGTTTAGTGCTTCT CGATTTAGCCTCTGAAATC
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_033833XLOC_033833Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
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TCONS_00053635-exon-scaffold_233-1575043694:124793..125036TCONS_00053635-exon-scaffold_233-1575043694:124793..125036Clytia hemisphaericaexon
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TCONS_00053635-exon-scaffold_233-1510915933:156052..156368TCONS_00053635-exon-scaffold_233-1510915933:156052..156368Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00053635-exon-scaffold_233-1510915933:154900..155065TCONS_00053635-exon-scaffold_233-1510915933:154900..155065Clytia hemisphaericaexon
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Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
scaffold_233supercontigscaffold_233:102500..156368 -
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0.858819 0 0 0.011224 0.105219 0 0.882949 0.405687 0.181108 0.625836 0.811921 0.468121 2.35087 0.857702 1.46259 4.17135 0.46413 0.42755 0.262064 1.52436 0.722852 0.0107609 1.91896e-07 0.235534 0 0.175668 0.539364 0.341527 0.00384607 0
Blast
BLAST of TCONS_00053635 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: ANAG (Alpha-N-acetylglucosaminidase OS=Homo sapiens GN=NAGLU PE=1 SV=2)

HSP 1 Score: 328.946 bits (842), Expect = 2.788e-104
Identity = 166/328 (50.61%), Postives = 220/328 (67.07%), Query Frame = 2
Query:  281 NMDAFEYQSDSQGKICVTATSGVALASGLYHYLKYYCNIHVSWSGNQLDLASKLPVVEQKVKKTSSDRFRYYQNVCTVSYSSAFWDWARWEKEIDWMALQGINLPLAFTGQEAIWEMVYKEMGLTEPELAEHFSGAAFFAWQRMGNLDGWGGPLPTAWNXXXXXXXXXXXXRMRSFGMTPVLPGFAGHVPKALVFRLFPQAKYTNSSVWNGFGDQYRTA-LLDPLDPLFKKVGVAFIQKQIEIYDSTDHVYNGDVFNEMSPPSSDPKYVSGISAAIYDTMKTADPNAIWLMQAW--QFLSGFWKDDLIQAWLTAVPLGRLVLLDLASE 1255
             +D +        ++ V  ++GVA A+GL+ YL+ +C  HV+WSG+QL L   LP V  ++ + + +R+RYYQNVCT SYS  +WDWARWE+EIDWMAL GINL LA++GQEAIW+ VY  +GLT+ E+ E F+G AF AW RMGNL  W GPLP +W+ KQL LQ  +L +MRSFGMTPVLP FAGHVP+A V R+FPQ   T    W  F   Y  + LL P DP+F  +G  F+++ I+ +  TDH+Y  D FNEM PPSS+P Y++  + A+Y+ M   D  A+WL+Q W  Q    FW    I+A L AVP GRL++LDL +E
Sbjct:   61 GLDTYSLGGGGAARVRVRGSTGVAAAAGLHRYLRDFCGCHVAWSGSQLRLPRPLPAVPGELTEATPNRYRYYQNVCTQSYSFVWWDWARWEREIDWMALNGINLALAWSGQEAIWQRVYLALGLTQAEINEFFTGPAFLAWGRMGNLHTWDGPLPPSWHIKQLYLQHRVLDQMRSFGMTPVLPAFAGHVPEA-VTRVFPQVNVTKMGSWGHFNCSYSCSFLLAPEDPIFPIIGSLFLRELIKEF-GTDHIYGADTFNEMQPPSSEPSYLAAATTAVYEAMTAVDTEAVWLLQGWLFQHQPQFWGPAQIRAVLGAVPRGRLLVLDLFAE 386          
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00053635 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
ANAG2.788e-10450.61Alpha-N-acetylglucosaminidase OS=Homo sapiens GN=N... [more]
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