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transcript sequence >TCONS_00053635 ID=TCONS_00053635|Name=TCONS_00053635|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1258bp GTTTAAGATTTCCAAACGattagaaataaaataaaacagaaaTATAACAG CAGAATAATAATGATGAAATACCATCTGGTATGGGTAACACTATTCTTGG TCCTGGCATTAACAAATCATTGTTCATCTTCGACCATCCTGGAAACGTTA TCAGTAGTTAAAACGAAGACAAGTTCTGGAGATCAAGAGAATGCGGTCAC CATGCTTATTGACCGGTTTTTTCCGGGACGTTCCGGTGAATTTGTTTTGA AGGTTAACGGAAGTACTTTTGGTGGATTGAAACATGGATGCTTTTGAATA CCAGTCGGATAGCCAAGGAAAAATCTGCGTCACGGCTACCAGTGGTGTCG CATTAGCCTCAGGTCTTTATCATTACCTGAAGTATTACTGTAATATTCAC GTCTCGTGGAGCGGAAATCAACTGGATTTAGCGAGCAAATTACCTGTGGT AGaacaaaaagtcaagaaaacgTCCAGTGATAGATTTCGCTATTACCAAA ACGTGTGCACTGTCAGTTATTCGTCCGCGTTTTGGGACTGGGCACGATGG GAGAAGGAAATTGATTGGATGGCGCTGCAAGGAATCAACCTTCCCTTGGC TTTCACAGGACAAGAAGCCATATGGGAGATGGTATATAAAGAAATGGGCT TGACGGAACCTGAACTAGCTGAACATTTTAGCGGAGCCGCCTTTTTCGCT TGGCAGAGAATGGGTAATTTAGACGGTTGGGGTGGACCACTTCCCACAGC ATGGAATCAAAAACAGCTTGCCTTACAACAACTTATCTTGAAGCGAATGC GTTCATTCGGTATGACTCCGGTACTCCCTGGTTTCGCCGGACACGTCCCA AAAGCCTTGGTTTTTCGGCTTTTTCCACAAGCTAAATACACGAATTCGTC AGTTTGGAATGGTTTTGGTGATCAATACCGGACTGCTTTGCTGGATCCTT TGGACCCACTTTTCAAGaaagttggcgtcgctttcattcaaaaacaaatc GAGATATATGACAGTACAGATCATGTCTATAACGGCGACGTCTTTAACGA GATGTCTCCACCGAGTTCAGACCCTAAATATGTGTCCGGTATTAGTGCCG CCATTTATGATACGATGAAAACTGCAGACCCGAATGCGATTTGGTTGATG CAAGCATGGCAATTTTTGTCTGGATTTTGGAAAGATGATTTAATACAAGC TTGGTTAACAGCCGTTCCACTTGGTCGTTTAGTGCTTCTCGATTTAGCCT CTGAAATC Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_233:102500..156368- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00053635 ID=TCONS_00053635|Name=TCONS_00053635|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=53869bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_233:102500..156368- (Clytia hemisphaerica) GTTTAAGATTTCCAAACGATTAGAAATAAAATAAAACAGAAATATAACAG
CAGAATAATAATGATGAAATACCATCTGGTATGGGTAACACTATTCTTGG
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TAGGCTATATTCCCAGCCTTATTNAGTGAAAGTGAAAGTGAAAATGAAAG
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AAGAATGTATAAGATATGCACTTTAACTGAGTAGCTATGAAGTCTTGAAG
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TAGGCTATATTCCCAGCCTTATTGAAACAATTTTAGGCTTTTGAATCCCG
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CTTGCCTAGTATTCAAACAATTACCATGGTGATTATGTCCCTCGAGACAT
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CACTTAATAAATCATGCCAACCTTCTGAATGATTAGGATTATGATTATAA
AAGCTTTTTGACCAGAAAGTTTAGAACAAAATTTCAGAAAAGTTCGCTTG
TGTAACAACCTACAGTCGACTCTCTCTCTAATTCGATCTTCAAAAGACCA
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GTCGTGCTTTTAGCCATCGCAGGCAAAAAAGTGAATATCGGATTGTTTTC
GAAAGCCCACGAAGCTTCTGATTGGTCAAACGCTGAAATTCTATTGTAAT
GTCACGTGACCTAGGTAGGCTAACCATGGCACACTTTTCAGCAAAAGTAC
ACCATCTAGCCCTTCGGGCTTTATAAATCTATGAAAAAACTTCTGGGAGA
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AACCTCGATAACTTTTGATAGAATTTGAATAAGTTTTGTTCTTGTTAAAA
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TGGATGAGATTAAAAAATGAAACATAAAATTCTGCAGCGTGCGCTTATCA
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GTGGAAATTTTACTAAATAAAATCTATTCCGAAAAAAATTGCCAGTCTGC
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CCTCGTTGGATAGACAATTTCAAGCGGCTTTATAAAATAATATTTTTTGA
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ATCGAAAATTCTCTTATTTCCTACACATTTTATTACTTATAAGAACAAAA
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GTAACATCTCATCCTTATAGCCGTCAGTTTCTTTACAGCTTTTATAAGTG
TTTTAGTTAGGAGCATTGATTTGTTTTATGCTTATCAATTAAAAATACCT
ATCAAAAAAAGTGAGTGAAATTGAAAAAATGATAAAAGATAAAATTGAAT
TCCTCCTAACTTTGAGAGGTTAAAAGATCTGGTTTCGTAGCTCTAAATGG
CTCGGGAGAAATGGAATGGAATAATCAATCTTTCTTCGACCTCCTGATAT
TCAATTATTATAAAAAGCCCATTTTGTTTTTATTTTTCAAAACCCATTTC
AAAAAATGCTCGTCTTTCAAAAGTGTAAAAACATACCGACTTTGATAATG
CTCTTGGCATTCTTAGGCCAAATTCCATGATGATGGTATTCTTACCTTAT
TCTTAATTTTTTTGCCAATTTTATCATAAGTATTCTTATAAAATATATTA
TCTGGATTTTGGAAAAAGTATGAAATTTTGTCTTGAAACGAAATGTTTGC
ACCTTTCCACCATGTAAAACCATTATTTCCATTTTCTCGTTTGTCAAATC
TATGTCAAAAAGTCTTAGGTCTTGCATAACCCCCAGGGTTTATCTTATAT
TAAAAAGGTACGTCATTCTTTACTCCAATTGAGCAAGCATAATAACAGAG
TACTAGCCGGTACCCGGCGTCGCACGCCGGTTTAGCTGTTTGCTGAACGC
ATTTAAAGTCCTTTGAGATGTTGGGAAGGTGGCTTAAACACGATGAAATC
AAAATTAAAGGGAAGAATTCTCTTCAAATTTTGACTCTATCCCTCCTGGG
TGACGTATCTTTTAACCATATTTTGAAAAATATTTTTGTGGCAAAAATGA
TCAGAAAACAGAAAGGGCGTCATTCCCAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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AATTGAATTCCTCTTAACTTTGAGAGGTTATAAGTACTGGTTTAGTAGCT
CTAAATGGCTCGGAAGAAATGGAATGGAATAATCAATCTTTTTCCGATCT
CCTGATATTCAATTATTAAAAAGCGCATTTTATTTTTATTTATAAAACCC
TTTTTTTTATGCACGTTTTTGCCAAAAGTGTAAAAAATAACGACTAAAAT
ACTAATGTTCATGGCATTCTTAGGTTAAGTTCCATGATGATGGAATTCTT
ACCTTATTCTTTATTTATTTTGCCAATTTTATCATAAATATTCTCATAAA
ATATATTATCTGGGTTTTGGAAAAAGTATGAAATTTTGTCTTGAAATGAA
ATGTTTGCACCTTTCCACCATGTAAAACCATTATTTCCATGATATCGATG
TATTTTAATTTTTCTTGTTTGTCAAATCTAAGTCAAAAGAATTTTGATCT
TGCATAACCCCTAGGGTTTATCTTATGTGAAACAGGTACGTCATTCTTTA
CTCCAATTGAGCAAGCATAATAACAGAGTATTCTCCACCAAAATAATAAT
CTTGAGGAATGTTTTCATATCTCCACCAATTAACCTTAAGACTACGTCCG
TAAAATTCCATCTTCGAACACTTCTTCAAATCGTTTGGATGAAGAAGAAA
CACATTTGCATTTCTCGGTAATCTTTTTTCCAATCCTTCAACTATTAGAT
CAAAATCTTGTTCATCGTATTTACAGTCTTTTGCCTTTGATCCAAAAAAC
AAATGTTCGTGATACTTTTTCACGTCCTTACAAATCAAAACAAACTTTTG
ATCGACATATTGTTTTCCATTCTCCATCGAACGTGACATATCTTCATACC
ACAATTTGTAATTTTTACCGACAAAGTCTCCTCTCCCTGTATTATAATTC
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GTTTTTGATTAACTTCTGTTTTCAAATGTTCGAAATCATTTCTCAGGGCT
TGCACTTCATTTTCCAGTTTGCCTTTTTGAGTTTGCGTTTGATCTTTCAA
CTCAACTTTCAAACCTTCTATTCCATTTTTAAGTACTTGAACTTTCTTTT
CTAATTTGCCATTTTGAGCCTTCAAGCTGCCCATCTCATTTTCGAGGGCT
TGAAAGTCATTTTCCAATTTGCCATTTTGAGCTTTCAAGCCGCCCAAGTT
CTGTTTAAGGGCTTCGAATTCATTTTTCAGATCAGCTTCAGCGACTGTTT
TCTCGAGAGCTTGATTTTGAATTTTGAGTGTTTCGATTTCTTTTGCCATT
TGACCTCCATTATTTTTGTTTTCCTGCTGCGCCTTCAATTTAACAATCTC
ATTGTCATGTTTGAGTGTTTGTATCTCGTTCTTTAGAGCTTGGTTTTCTT
CTTTCAAAGAATTTTCAGTCAAGCTTACAACGACCTTCTCTTCGTTTTTC
TCCTGTTTCGCCTTCAATTTAGCAATTTCATTGTCATGTTTGAGTGTTTG
TATCTCGTTTTGCATTTCAAGAGTTTTGATTTTGTTTTCCAAAGTCTCTT
TTTCATATTTCACTCTCAATTCAGCATTTTCTTGTTTCAGTTTTCGGTGT
TCTTCGTGAATTGTTCGTTCACGATCAACTGAGCTGTGTGCTTCATTCAT
TTTTATTTTGTCCTATGGAGAAAAAAAAATTAAAAACCTTTAATAAGGAT
TAGATGGTTTAATGCTTTTATTTGCTTCGTATATTCCTTCTATCTGCTAT
GGTACTGTGGGAATTTCGCTAGAAAACTATTCTAGTTTAACTATTTTCAA
AATATGAGATATCAAATGGAACAATGTTTCACTTTAGCAAGAAAATAAGA
GAACTTCAAAGTACCGTTCTAGCGAATATCATAATTTCGAATTCCGAAAA
TAGTTAGACAAATGAAAAGAACTGAACATTTTATTCAAAACTATAGAGCC
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AAGAAGATTTATGACTATAACTTTCGAAAAATTGAAGAGAAAAATATTTT
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GATAATACGAAAACGTTTGTGGCCTTTAAGAGGAATCTTAGTGCTAAAGA
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AGGTTACAAGCATATAGACATATAAATTCATATGTCTATGGTACAAGGAT
CGTTAGATAACAAATTCTAATTGGCACTCCAAATATTTACATATACCTTT
GTTTATAAGAACCCGTAGATTTTTAGATTTTTGTTTAGGCTCAGATTCGC
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AGTATCAAGCAATAGAGGTCACCTTAAGGAAAACATTGATCGAAAAATCT
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TCACCTATGGATAAAAGAGCTCATTAAGAATGCACGATATATGAGATTGT
GAGCATGCATACATCGTAATTTTTTTAATCGTAGGGCGAGCTTGGTTACA
ATAGCATACTTCTCCTGTTTCTTTATACCTCCATGTGGAAAGGAGCCTTT
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ATAAACAGTCTGTGTGTGAACCCTTGTTGACAGACTTTATGAACTTTGGA
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ATTATGCGCGCGCATCGAAATTATCAAAATGCGTGCGAAAGTACTGCTAA
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Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature Name | Unique Name | Species | Type |
TCONS_00053635-exon-scaffold_233-1575043694:156052..156368 | TCONS_00053635-exon-scaffold_233-1575043694:156052..156368 | Clytia hemisphaerica | exon |
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TCONS_00053635-exon-scaffold_233-1575043694:153973..154191 | TCONS_00053635-exon-scaffold_233-1575043694:153973..154191 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00053635-exon-scaffold_233-1575043694:151716..151980 | TCONS_00053635-exon-scaffold_233-1575043694:151716..151980 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00053635-exon-scaffold_233-1575043694:124793..125036 | TCONS_00053635-exon-scaffold_233-1575043694:124793..125036 | Clytia hemisphaerica | exon |
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TCONS_00053635-exon-scaffold_233-1510915933:154900..155065 | TCONS_00053635-exon-scaffold_233-1510915933:154900..155065 | Clytia hemisphaerica | exon |
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TCONS_00053635-exon-scaffold_233-1510915933:151716..151980 | TCONS_00053635-exon-scaffold_233-1510915933:151716..151980 | Clytia hemisphaerica | exon |
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TCONS_00053635-exon-scaffold_233-1491911889:153973..154191 | TCONS_00053635-exon-scaffold_233-1491911889:153973..154191 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00053635-exon-scaffold_233-1491911889:151716..151980 | TCONS_00053635-exon-scaffold_233-1491911889:151716..151980 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00053635-exon-scaffold_233-1491911889:124793..125036 | TCONS_00053635-exon-scaffold_233-1491911889:124793..125036 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00053635-exon-scaffold_233-1491911889:102500..102546 | TCONS_00053635-exon-scaffold_233-1491911889:102500..102546 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
scaffold_233 | supercontig | scaffold_233:102500..156368 - |
Blast
BLAST of TCONS_00053635 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: ANAG (Alpha-N-acetylglucosaminidase OS=Homo sapiens GN=NAGLU PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 328.946 bits (842), Expect = 2.788e-104 Identity = 166/328 (50.61%), Postives = 220/328 (67.07%), Query Frame = 2
Query: 281 NMDAFEYQSDSQGKICVTATSGVALASGLYHYLKYYCNIHVSWSGNQLDLASKLPVVEQKVKKTSSDRFRYYQNVCTVSYSSAFWDWARWEKEIDWMALQGINLPLAFTGQEAIWEMVYKEMGLTEPELAEHFSGAAFFAWQRMGNLDGWGGPLPTAWNXXXXXXXXXXXXRMRSFGMTPVLPGFAGHVPKALVFRLFPQAKYTNSSVWNGFGDQYRTA-LLDPLDPLFKKVGVAFIQKQIEIYDSTDHVYNGDVFNEMSPPSSDPKYVSGISAAIYDTMKTADPNAIWLMQAW--QFLSGFWKDDLIQAWLTAVPLGRLVLLDLASE 1255
+D + ++ V ++GVA A+GL+ YL+ +C HV+WSG+QL L LP V ++ + + +R+RYYQNVCT SYS +WDWARWE+EIDWMAL GINL LA++GQEAIW+ VY +GLT+ E+ E F+G AF AW RMGNL W GPLP +W+ KQL LQ +L +MRSFGMTPVLP FAGHVP+A V R+FPQ T W F Y + LL P DP+F +G F+++ I+ + TDH+Y D FNEM PPSS+P Y++ + A+Y+ M D A+WL+Q W Q FW I+A L AVP GRL++LDL +E
Sbjct: 61 GLDTYSLGGGGAARVRVRGSTGVAAAAGLHRYLRDFCGCHVAWSGSQLRLPRPLPAVPGELTEATPNRYRYYQNVCTQSYSFVWWDWARWEREIDWMALNGINLALAWSGQEAIWQRVYLALGLTQAEINEFFTGPAFLAWGRMGNLHTWDGPLPPSWHIKQLYLQHRVLDQMRSFGMTPVLPAFAGHVPEA-VTRVFPQVNVTKMGSWGHFNCSYSCSFLLAPEDPIFPIIGSLFLRELIKEF-GTDHIYGADTFNEMQPPSSEPSYLAAATTAVYEAMTAVDTEAVWLLQGWLFQHQPQFWGPAQIRAVLGAVPRGRLLVLDLFAE 386
The following BLAST results are available for this feature:
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