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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00053643 ID=TCONS_00053643|Name=TCONS_00053643|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=490bp
TGCTCAAGTTCCTTTGATAAAAAGAACACCAAGATGGAATGAATTCGATT
ATATTGGCACAATCCATTGTCCGAATAGGTGAACAAGGAAACAAAGGTTC
AAAAGGTCCGAGAGGTTCAGCTAGTGTTGTTGGACCGCAACATGATTTTA
ATGTTGAGTTTGAAGCAAATAGACAAAGACGAACGATCCTTGAGAAAGGT
GATCCAGGACCACCGGGAAGTAAAGGTGAATCAGGACCACGGGGCAGTAA
AGGTGCACGGGGTGATCTTATTTAGATCCAGTCCTCTTGACAGCTTATCT
GATTTGAAATTATTGATGGCTCCTGTCAATCTGAGAATATTATTATGATG
TATTTACTAGATTTTCTAAATGGTATGAAATATATATTCTACTGACTCGC
TTTTATGTTAAAATTTTATCGCTCTCTAATGCCTCATCTATATATCCTAT
CATTATAAATTCTTAGCTATTTGCAAAGACTAGGTCCGAG Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_233:205535..212799- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00053643 ID=TCONS_00053643|Name=TCONS_00053643|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=7265bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_233:205535..212799- (Clytia hemisphaerica)
TGCTCAAGTTCCTTTGATAAAAAGAACACCAAGATGGAATGAATTCGATT
ATATTGGCACAATCCATTGTCCGTAAGTTTCCTTAATTTTTGCCTTTTTT
TCGCTCATTCGTTCGTTCGTTCGTTCGTCCCTTTGTTACCAGCTTTTATC
AGCACAAATATATTAGTTGTGGAAAAAAAGCTCCATGCATCTATCAAATA
AACTTTCGAGACTACTAAAAGCGACGGTATGACCTCTTACACCTCTTTCA
AAAGGTGCTGACACATGCATGGTGTCCACTACATGTTTTTTTTATAAGAA
TATAAAAATCCGAAAACAGGCTCAGAGATGCTTAGGTCGAAAGCTTAATA
AGGCTGAAAAAATGCTTGAGGGATGCTTTTATATCCTAATACTTAATACT
GCTTATAGACTGCTATACTACTGTAATACTGCTTATATCCATACCACAAA
GAAGCTTATACTTTTTTCATAGGCTCGAGGTAATGCTTAGCATATGCTTA
ATTTTTCCCAATATCTGAGCCTAGATATGCTTACAAGTGCAATGTTTATT
CAAAAAAAATGTAACAGATTCGTGCTCCCTATAGATAGACCTGCGGTTTT
GTAGGTCTGCGATTCAGACTAGACACGTGCTTATACTGTAACTTTGGGAA
CGATAGTAAACTAACTACAACATAATATTTCAGAAATTAAGGAGAGTCTG
TATATTCGGGACAAGCTGGAGTTTTTACAAGCTCTTTCTTGATTTGGTTG
GTCGTTAACCAGTAATACAACAATTTTATTGCTTTTTCTAAAGAATGCGT
CATTTTTATTACTTCAAATGACCAATTACTGAAGTATCTTATAAAAACTC
CAGAACATCCCGTATATTCTTCATCCTTTTCAAAAGAAAATCCAGATGGT
TGTAAAGTAATCGATAAGATCAATTATGGACGTTCATGATAATCAACAGA
TTTCAAATCGCTAAGAATCGATAATTAATTGCTTGACTATTTTTCTTAAT
TTTTGAGCGCTTGCGATTAGTTATCGATCGCTTTAGATTTAATGGTTTTA
TCGATAACTTATCAGTGTTATCGATAGTTTTAATTTCGAATCGATTGTAG
TACAATCTTACCTTCCCAGAGTAGTTTCATTGTTCACAATTAAGCACAAT
CATCGATATAAATGTTTGAGAGAAACACTGAAAATTACTTTACAGAGATT
AAAAAGAAAATTGAACTAATGGTTTATAGCATTATAAATAAGTTTAACAT
TAAGCATAAAGAGGACAATGAATTCAACATTTGACTCATTGCGCTAAAGT
TTTGTGAAGCATATTTGTATCGAGAAAAAAAAAAGCTTGCACATGACTAC
ATAACTTTCTGTCAATTTTTTTACGCGCAGAATGCATTCTTTTATATATA
AGAAACAGTGAAATTCCGATGAGGCTCGGCTGTTTTTTATTTCATTTTTA
GCTACTTTGAGTCTGAAACTGTTTTTTGGACCTACCCCGGTGGAGGTCCT
ATAAATTAACCTTTGTCCGTTCGTCTGTTCGTCTGTTCGTTCGTTCGTTC
GTTCGTTTGTTATTAGCTTTCCTCATGATTGGCTCGTTAGTTTTTTCTGA
TTTTTTGCACAAAGATGCATAACTATAAACCCTCGAATGTGACGGAGCCC
GATTTTCAAAAAAAAAATTTTTGGGCAAATTTTGGGCCAAAAAACGGCTA
AAAAACGGGTTTTTTGGACTTTGTGAAAAATTAGGTCGTTAATTTTTTCT
GATTTTTTGCATAAAAGTAGGGTACCATCGTAGGTAAAAGATGGCTTAAG
CGAATTTTTGCAAAAAAATTTTATTGGCTCAAAAAACGCATGTTTATTTA
TAAGAATCACTATTAATAAGCATACATCAATTTTCTTAGTCAAATTACTC
AATTTTTTTATGAGATTTTTGCTCAGGAGGGCTTACTTTTAAAGAATATG
TGTGTTTAGACATGTTTTTATAGAAAAGCTGGCCAAATTCGATATTTTTT
ATAAGCACACTATCAATTACTTAGGTATTAGCTTTTCTCGAGATTTGCTC
TTTTATTCTTTATGATTTTTTGCACAAAGATGCATAACTATAAACCCTCG
AATGTGACGGAGCTCGATTCTTGGAAAAAAAATTTGGGGTAAATTTCAGC
TANACTATAAACCCTCGAATTTGACGGAGCTCGATTCTTGGAAAAAAAAA
TTTGGGGTAAATTTCAGCTAAAAAGAAATGCATGAGCATGAAATTTTGGT
TTCTAAACGTGTTTTTTATAAGAAACAAACGACTAATTTTAATAGACCGT
CACTATTTGTGTTCTGAATGATTGTTTAATGGTCACGCCTATGTAGATAT
CAATTATATGTGTTAAATGCATAACCAGGTAGGTCCATAAAAGTATCACT
TGTTTTCAATCTGTTCAATCTTATTTAGAGCAAAAATTTAGAAAATTTTA
GGTTTTTTATGAGTCTTTTTAAAATTTGGACTATTTTAACTCTTAAATTG
CTTGACAATTCCAGGCACCGCATATTGTTCTTAAATTGTCCTTAATTTTT
GCCGCTTTTGAGACTAATTGTTCTAATAAATTTGTTCTCAATAAAAAAGA
GGAGTCTTCAACGACCTGCTCGGTCATCATTTATCGCAGACATGATGTTG
AGATATACATTAACCACGATTAACCACAATGTATTGTTTTTTTGTTGACA
ACTGTGCATCTGGTATGAGATCTGCTCAAGAATAGAGTTTCTCTATGGAG
GCTATAAAATGGTTTAATCCAATTTCTGCATCACGCTTTTCATACAACAA
CCTAACTTGACCAACAAACAGTCAGCTGTGGGTATCAAGAGAAAGAGATT
TTCTCAGGTAATAAACTTTTAATTTCTCTTGTGATTTTCTTATGGCTTCC
AAGCTCATCTCTACTTCTTAAACCTGAAAATTACGAAATACATAAGAACC
CACGAGGCTTAGCTATAATTTACTTGTCCTCAGATTAACATGTTTGCTTT
TCTTTCCATTTTTAGATATGAGGATGATTCAAAGCCTGTTTCTTTTGGGA
ACATTATGGTGCTTTGCAAAAGGTTAGCATACTTAAAACGATTTATTTCA
GACAAAAGATCCTTTTTGTACAAATGTACAAATTTTATCTAAATTTATGG
CAAAATGTTAACTCGCAAATTGGAATAATGTTTTAAAAGATGTTAACTTT
CGCGGATCAGTAGGACAAAATTTGAACTTCCCATTTGCCAAAGTAAGACT
TAAAGGTTTTGTTTTTAAATAAGAATGATATTGTTTGCTTACTCATCAAT
TTTAATTCACAAGCTTTTTGATATTGAATTTTTACGGATGTGGAGCAAAA
TTGGTCAGAAAGAGGAAAAGAAGGACATTTTATGCTTATATCAGCACAAT
ATAACAATAGGGAAACACTGTCCTGACATGAAATATGTGTCTGATATGAA
ACGGAAACACTTATGTGAAAACAAAACCTTTTAAGAGAGGGCAAGAATCA
TTTTGTCTTATAAGGTGTACTTCCATAGATATAAAAAAATCAGAATAAAC
CTTTTCATAAATTACGTCACGAACATCACTTGCCTCGTTTTCAAACAATT
ACCAAGGTGATTATACCCCTTGAGACATTAAATGACATTTTTATGAAAAG
AAAGTAGCTTTGATGAAATCCGCTGGGAGTTAATCACCATGGCAATAAAT
TTCAAAACAAGGCAAGTGATGTTCGTGACGTAATTTATGAAAAGGTCTAT
TGTATTCCATATTTTTAAAGAGGATTGTCATCTATCTCAATTACAGGATT
GGCTCCCCCAAGTCCTCAATGCAACTGTCCGCCCGGCCCTCCAGGGCCCC
CAGGACCACCAGGGTTGCCTGGATTTGCAGGTGACTCAGGACCAGTTGGT
CTACCAGGGCATCCCGGAAAACCTGGACCTGTAGGACTCGATGGTCTTCC
TGGTGATAGAGGCCTCATGGGTCCAAGAGGTTACCCAGGATTCCCAGGAG
AAATTGGCATTATCGGAGCTCCAGGGATGCCTGGTCCAGCGGGTGAGCCA
GGACGACCAGGTATGTTTTACTGTAAACATAGTCCTTATAGAAAACACTG
GTCTGGAAGCTTATTGATTTAACTTTCTGTTAGTTTTTTACGAAAATTGA
TTTGCTCAGTTTTTGACCACGTTACCAAGTACTCCTATTACTACCTTAAG
GGAACTTTTTTTGGTAGGAACTAATTTTGGCGGGCAGCAAATATCCTAAA
AATTCTAATTTTGGTGGGAACTTATTTTGGCGAATAGTGATTTTTTTTAA
TTTTGGCGGGAACTACAATCATGGTCGAAATATATTGAGATTTTAGTGTA
TTTTAACGTTTTCAGAATTTAAAGTTCGGGCGAGAATTGCTATTTTAGCA
CTTCCACTTTCTTTCATTGAATATTTCGAATTTAGAGGGGTTTGGTGGCT
TCTAGGCTATATTCCAAGCCTTATTCGAGCAAATTTGAGCTTTTAAATCC
TCAAATCCTAAGGCTCTTAGTCTTAAGTCTCATGTTAAAACTCAGAGTTA
AAACTCTTCTTTCCAACTGTAGTTTAAGACGCTTAATAATCATTTGTGGT
GTTTAAAATTTCGCCGGGAACTCCCCTTTGTCTCGAATATTTTGTCCATG
ATTGTAATTTTGGCAAATGACAGCGTACATCTGTTCTATTTTGCCTTATT
TTGAGCAATTTTGATGATCTTCAGGGGTTATTTAGGCAAGGAAACAAAAA
ATTTAATTTTGGCGGGATTTTATTTTGGCGAGGGAGCAAGTTATTTAATT
TTGGCGGGAACTAATTTTGGCGAACTTCGTCTAAATTCGTCAAATCCGCC
AAAATTAGTTCCCGGCAAAAATAAGTTCCCTTAAGGTAATATTTTTAATA
CTAAGGATCATGATTGAATATTGCAGAAATTTAAGTTCCTGTGGTTCCTC
TTAATTGGGTCTCGTTTTTGGAGAAGGGAGTCACACATTAACCTTTGCAG
AGTCTAGTGGGCTCAAGAGCCTCAGTATTTCCAATTTGCATAGTTCTTCT
TTTTTTTGTGAAAAGTGGACGTTTTTACATCTCGGTAGATTTCATCTAAG
GGTGATCGATAAACTTGATTTTATCTTTCAGGGACGTGTGACGCTTCCGA
TTGTTCCCGACCACCCATTCCCCCTTCGCACCACGGCAATCAGGGACACG
TCGAAGCTAACCCATAATGATGCGACGATTATAACATATCTTATCGGAGT
TTTTTATTTTTCTTAAAAAGCGATGCATTGTGGGATTGTTTCGGGAGTAT
TACAATAGAAATCTCTTAGGAACTCCTTGAGGGAATTCTATTGTAATAGA
CCCCTAAAACAATCCCACAATGCATCGCTGATTTAGAAAAATCAAAAACT
CCGATAAGGTCTATCACTCGTTAATGATATGAAAATTTATTACACATTTG
TATCATAAAATTTTTGAATTATCTCGATTTTTTTTTAAGAATGAAACCTT
TAAACCGCTAGAAAAGTAGGTAGTTCTTTCGTGATCATGTATAGAAAAAA
AAACATGCGAAAAATTATACGAAGAATTATTTTTCATCTTCATTTTTGGA
ATTTTTGAAAATATTTTATAACTCCCCCCGAAAAGTAAATAGGAATAAAC
ATCCTTCTTTGGATATTTGTTGGATTAAAATAAATCGTGTTGAATCCTAA
AGTACAGTTGCGTAATTTGCTCCGTTTTTAACTCGGAATGTTTACTCAAT
CCGGGATCAAGAAAATACAGACCAATCAGATCAAGGAAACGGTTCTGTGT
ACGTGACCTTATGATAACCCAAGGAATATTTTATTTACTCTAATAATTTT
ATAAAGGCTGGTCTTCACACCCTTAATCCGTAAAATAAACTGGTCACCTT
TAAATAGTTTACTTAAAAAAAGTATAAAAGGCTCTACTCTATACCTACAA
CATCAGTCAATCTGAAAAAGCTACATACGCGTGAATATAAATTGATTAGT
AATTAATTGGTAAAATTAAACGCGCCTACATTTGGAAAGAAAACACCAGC
ATAATTTTGGATGATGAAGTTGATTCTTGTTTTCCTTCTTTTGGTTACTT
TGTACCATTTCTCTGAAGGTAAGTGTAGTTCACTGACATTGATATATCCC
TGGACCAAGCTTTATCCGCCATCTTTGATTGAGTAGTGTTTATCAAAGAT
TTTGCTTAGCCAGGTTTGAGAAACTTGGTCCAGGGTATATAAAGATCAGT
TGTGTAGTTCCGCGGGAGGTGCACGATTTAAAGACTGCCATACATGTTTT
TTTTTATAAGCATAACGCTTATAAGCATATGAAGGCTCAGATTTGCAGTA
TTCCTAAGCATAACATGAGCATATATGTCAGCCATAATATTTTTCAAGTG
GTCATTTTTATCTGTTTTTGTTTCATTTTTATCTGGTTTGGTAGAGGTCA
AGTAAAAAATAAGACATTCCACGGCTAGCTACATTCCACTGCTCCCAAAA
TCTGAACAACTTTTTTACAAAATTTCTGAAATTTCATTAAAAAACTTGGC
TCGGGGTGAATCATAAGCATAATTCTTAAGCATATAATAAGCATAAACTA
TGCCTGGATGCTTTGAGAACTTAAGCATGCACGAGCCTGACCAAGAGGCA
TACACTTGCTTATAAAAAAAAAAACATGTACGAGCAGACAAGAATGAGTC
TCAAAATTAGACCCTTACAGTAGAGAGTAGTTTTTTTTCACTTTCCATGC
TCTCACAGAGGTTTTCTCAATACTTTACTCGTCGAAGCTTTAATATTCTT
ACATAGTTTTTTTTTAATGAAAAACGCGTATTTCCTTTATTCTTTAGGAA
TAGGTGAACAAGGAAACAAAGGTTCAAAAGGTCCGAGAGGTTCAGCTAGT
GTTGTTGGACCGCAACATGATTTTAATGTTGAGTTTGAAGCAAATAGACA
AAGACGAACGATCCTTGAGAAAGGTGATCCAGGACCACCGGGAAGTAAAG
GTGAATCAGGACCACGGGGCAGTAAAGGTGCACGGGGTGATCTTATTTAG
ATCCAGTCCTCTTGACAGCTTATCTGATTTGAAATTATTGATGGCTCCTG
TCAATCTGAGAATATTATTATGATGTATTTACTAGATTTTCTAAATGGTA
TGAAATATATATTCTACTGACTCGCTTTTATGTTAAAATTTTATCGCTCT
CTAATGCCTCATCTATATATCCTATCATTATAAATTCTTAGCTATTTGCA
AAGACTAGGTCCGAG
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00053643-exon-scaffold_233-1575043694:212728..212799 | TCONS_00053643-exon-scaffold_233-1575043694:212728..212799 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00053643-exon-scaffold_233-1575043694:205535..205952 | TCONS_00053643-exon-scaffold_233-1575043694:205535..205952 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00053643-exon-scaffold_233-1510915933:212728..212799 | TCONS_00053643-exon-scaffold_233-1510915933:212728..212799 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00053643-exon-scaffold_233-1510915933:205535..205952 | TCONS_00053643-exon-scaffold_233-1510915933:205535..205952 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00053643-exon-scaffold_233-1491911889:212728..212799 | TCONS_00053643-exon-scaffold_233-1491911889:212728..212799 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00053643-exon-scaffold_233-1491911889:205535..205952 | TCONS_00053643-exon-scaffold_233-1491911889:205535..205952 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| scaffold_233 | supercontig | scaffold_233:205535..212799 - |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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