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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00053662 ID=TCONS_00053662|Name=TCONS_00053662|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=6485bp TGAGCAATATACATtaataattaaataatttaaaatactGTATTACCATT aggttgaaaatgtttttaaaaaactaCCTGGTTTGAAATCTTGTCTGGTA AACAAAGAGTGATCATAGAACGGTTTTAGAACAAGAGAAAACACTCTTCA TGAAAAACAAGGCGTATTGATCTAACgttataacacccctgtctcacagc cccggtggagttTCTTCTCGACTCAATAAATCCAGTTGGGATGGTttttt agagtgcaatttttccattgaattttaaatggtGATAAGTCAATTTTCAA GAGGGGCTGAAATTGGAGGGTATTTTCCGACGGGGACAAAATTTGGCTTA ATTTTCCAGTTGGGTGgggtcctaccgggtctgtaaCACAGGGGTGTGCT AAAATGTTACTTAAACCTAACAAATCTAGTGCTTTGGGAACTAGCTTTaa caaaaatgcaaaacttcaataacaaaaagaaattataagaaaaagtaTTA TCATCTAATTAATCAAATTCCATAAACATTATCCATTCAAAGCTCAAAAG GTCCAATCTGAGATACTGCAAGCTTATCACCTAAGTGCGGGTTGATAAAT GGTTAGGGCATCTATACAGATTTCCTTATATTACCCtttaaacaacaaaa caatacaATTTTGTTCTTCAGTTAATATCAATACCACGTGATCATTTCGG AACCTGTTCACCAAATTCATAATGTTTCAATGTTTAACAATCCATCAGAT TGGGCGTGTGTACCCATATTCGACAAACAATATTGATTGAGAAGAATGGA GCTTAGCGAACTAATTCAATTCTCACAAGAGAAACTCCACAGCTATTTCA ATTAGAGTCAATAAATATATCAAGTCAATATTATCGATCTATAATATAAT TCTGTTCATCTTGCTAAGAATATCCTATTCAACACACCACACATCAACGA GTTTCGATATTTTCCAGCCTTTAAAACTATATTCACTCTGCAACATCGAA ACTTGTAAATACAACATCATCATGTGCTTGAAGACCGCTTTTCTTTGATT TCGATTTCCGGGTCATTGCGGGTGATGACCTCAAATTACGGAATTTTGAA TTGTAAGGGAATTCCGCATCTCCATTCTGTCTATCTGGAATCTTTCTCGA AGATGAAAATACTTCCGGAACAGTCACTTTCCCGATGTTCTTCCGGACTT TCCATGACCCGTTATTCTGCACATTTCGGCTGCTGTTGAAAGGAACAATA GCTTGTTTGATAGACGGCCGTTTTGTGACGGTCACCTTACCACCATGTGA ATTCAACCATTCTTGGTGACTCAAGAAACTGTCATCAATACCAAAATCTT CATCATTCGCAACTGTCATACTGAGACCGGATTCTGACCGGATACTCGAA TATCCAGACGTCACCAGACTACCGAGAGATGAAGCTGTAACTGTTCCATT ATTATTTGAACTGACGTTCATATTTAAACGtctgatgatgtcatcatcaa CAATCTCATCTTGGGAATCATCAAGGGAAtcgtttttcttgtttttacgt TTACTTCTTGGCGAGAAGATGTTCTTGATTCTTTTCCCAAGACTAGGCGA ACTAGGGCGACTATTTGGGCGTGTAGCGGGCATAGAACGGGGCGAAGTTG ACATATTTGAAAATTCTGTCACATCCGTGCGGGCGGAACGTGGTGTTGAG CCACCACTAACTATATTTGTTAGACTGAAAcgcctttttgattttttggg tgTCGACGCCCTAGGGGTGGATGAATTCGAGGCGGCTTTTTCTCGTTTGT GTTTTCGTTCGTTGAATCTTTCGTCACTTCTTTTTTCGTGTTCGTCGATC ATCCATTCAGAATCTTTATTTTGCTGGAATGAATCTGGAATATTAATTCT CCCAACATTAGTATTTGTGTAAATTTCACTCGAATATTTCTCGACCTTCT TTTTTCGGCTGACGGTGTCGTTAACTCGTACATTATTTGATAACCGAGGA GTGTGTTGTGTCAATGTCTGGATGTTGTCGGCAAACTCCAGTGAACCGAC CTTATCTAACAATGGCTCGGAACTAGATAGTCGTTTCGAGTTCATTAATC GTTCTTGTTGTcgttttttctttagttcggttAACGACAATTTTCTTTCA TTCTCAACCACCGAAGGTACACTACGATTGCTTGATATTCTCTCATTCGA AATTCTTTTAGATTCAGCTGTTCCATCAGTTACGAGTTGAATACGACCAG TTGTCGGTTGACTCTCGGTGCCGACTTCAATTTTCGGTGAACGATTTCGG TCGTTGAATCGGTGGGTTTTGTATTCGCTCGGTTTAATGACTTTCTCCTC GTTTTCTTCCGGCAAATAATACTCGGTTTGGCGCAGATTCAATCCACGAC TATCAGGTGCAATCAAAGGCTCATGCGTCCGATTTGATATCACGGCTGCC GTACCTCGATCGGCTGTATCTCGATCGACTGAATCAAGATCCAGAGACAG ATCAAGAGGTTCTTCAACAATCTGTTTCGTTTTTTCATATCTGATAGCAC TGTCTAAGACTGTATTACTTCGTGTTCGGGGTTGATATTCAGTGGATGAA AAGCTGTGAATTCGGGACACAGATCTGCTTTCAGGGTATTCAACGCGCAT TGACGAGAAACTATCGTTTCGATCTAATATGGATCCCTCGGTGCGTGATC TAGAGACATCAGCTATACTTTCAGGTAAATCTGCAATAGAGCCATTAGTG TAGCTCCTATCACGTCTTATTGGGGTTTCGTCTATCTGTGATTTGAAGCT AGACGATCGTGACCGTGATTGGATGACATCAGCAGTAGAAAAGCTTGTAT TTCGTGATAAAGATGCCTCTTCTTTGAGTGATCTCATGCTTTCAACTCTT GAAATAGATCTGCTCTGTGGCGGCTCAAcagaaatggaagaaaaacTTTC ATGACGAGAAACAGAAGTGTCTGAGGCATGTGATACAAAGTTTGGTTTTT CCTCAGGTAAGCTTGATCCATCTTGAGTATATTTGATTGAATAAGGCGAT TGAAAACTGTCTGTTCGGGACAAGTGAGAATTGTTCTTAGGTGAGCTATC AACTTCATCCATGGGAGGAATTGCTTGGGTGTTTGTATCTGTCTCTGGTT GAGCTTCGGTAAAAGTTGAGGCGCGGTTGCGGACATTGACAGTTTCAAAT TCATCTGAGTGATTTATCGTAAGTCCTCTCGAGCGCTGTACTTCGGGTGA TCTGAATTCGGTAACCAGAATCTCTGGAGTTTGATCGGAAAAATCGGGTT CCAGTTTTCGGGATTCATTTTGAACCATTTCGGAATCAATATCTTTAGAT ATAAGAGAGAAAGTTTGACTTGAGATTTTTGGTCGACTGAAATTTATATC TTTATTGTTTCTGGTTAATGAACTTAACCCGGTTTTGTCTTTAATGTGAG ATTTTAACATCATCATGACTTGGTTTTTGTCAATCGGATTTTCATCGGTT AGTTTCTCTTCCGATTCGGATTGGTTGGTGTACGCTTGGAAGCCGTTTGC TAGTTCTTCGTTTTGCTTGTGTGTAGGTAACGGGAAGCTGTTATAAAGAT CAATTTGTCCTGCATTAGACATATTTGTTCCGTATGAGCTTTGAGAATTT TGTTGATATAGTTCATGATTGACGGACGAATTTCCATAATTATTCTCTTG TCGATAATCGTGCTGAGGGGTGTTTCCGTAATCTTCTTTGATGACCGGAT AGGGGTGATGGTCTGTATCTTCGATTTCCGGCGAGGCTGGTCGACTACGT TTAAACATCGCAAGTTTAAGTTCACTCAGCATCGATTCTTTCTTGTTAAG TTCTGACGTGTCTTTATCTCTCAAATGGAATAATTTCTTCTCCATTAACG GCGCTGTAGAATGGAACGACGACGTGAGACTGACGTAATTCGAGCTTGAC GGGGTGTTGTAAGACGCGTCGATTTTACGTGGTTGTTGTTGATTTGACGT TGTGTATTCACTGTGGCGATTTGCTTTGTCCGGCTTTGCGTAAAGGTCGT CTGGGATTTCGTTCGTTGGTTGTTGATTTTGGTTGAAATTCATGTGTGGA TTATCGTGGTGATTCCCCGGAAGCATTGATTGGTGATTTCCTGGAACCAT TGATTGGTGATTTCCTGGAACCATTGATCGGTGATTTCCTGGAACCATTG ATTGGTGATTTCCTGGAACCATTGATTGGTGATTTCCTGGAACCATTGAT CGGTGATTTCCTGGAACCATTGATTGGTGATTTCCTGAATTCAGTGATTG ATGATTCCCTGAGAAAGCTGTCGACATTTGCTGATAGCCTTCGTGTGTTG GTGGTTGGGTGTAGTTGAAACTACTATTTTGGTTTTGATGAAGATTCCCT GACAGCATTGACTGGTGATTTCCTGGGANGATGATTCCCTGAGAAAGCTG TCGACATTTGCTGATAGCCTTCGTGTGTTGGTGGTTGGGTGTAGTTGAAA CTACTATTTTGGTTTTGATGAAGATTCCCTGACATCATTGACTGGTGATT TCCTGGGGCGTTTCGCTGGTGATTCCCATTGAAGGAAGGTTGTTGATTGG TTTGGAAATTCATATCGATTGGCTGTTGGTTAGATAGATATTCCATAACT GGAGGTTTTTGGTTCAAAGAGTGTGATCTTTCTGGTCGGTTCACATTCTG AGAAAATTCTGTTACTGTTTGCTGGGTATAAGGTAATTCAACTGCTGGTG TGTGTTGGCTGTAGGGTTGAGAACCAGCTTGTTGATGGCCAATACTTTGC TGGTTTGAGGTGTAAGGGATTGATGGCGGATCAGAATTTTGCTGCTGTTT GGAAAGAGATTCGATTGATTCTTCAAGTCGCAAGGATGGTTCCTTATCAA TGATTAAAGGGGGCTCGTTGGCTAATAACAACGGATCTGGGAACTTTGTT TGTCGTTTGGTGAACGAGCGGTCAGAAGCGTTCATTGTCTTGACGCGCGC TTTTAACATGTTGTCCAACTTTTGATGGATTCCCTTGCGCCCTTGTTCTA AATCTTCCTGGGCCTCGGTGGCTACGTGTATTCTCTGTTCCTCTTCATGT TGCTTTTTACGCTCGTCTTCACACTCCAGATTCAAGATTTCATGTAAGTT TGACAAAGATTGTACCTTGTGATTGGTTGAAATTGAAGATGAAGGCTTCT GATTGGTTGATGGTGTACCATGTTCTAAATTCAATCCATTAGATGTAGAT TGGTAGAGTTCACTGGCGGTCGAGTTCGTGAGATCGCTACCGTAGGTTCT GGATGTCTCATAACCATCATCTATGGACGCACGCCCTTCAGAATCATTGT CTTTCATCATGACGTGGCCATACTCTCCATACTCCATGGTGACACGTTTG TGTTGATTTTTCTTTCGATTGACAGCACGTTTTTTACTTTGTTTATAGTG AGTATGTCCAGTTTTAGATGTTGTTTTGGGATTGTCCGTCCAGCGACTGT TTTGTTTTAAACGTTGATTAACAGCGTCGATATGATCATTAATTACTCCA TGAGTGTTTGTTGAAGATACTTCTTTCTTGGTGTCCCCGACGTCTTGCTC TTGTGGAGATAACTGGAAAGATCTTCGTGTCTTTGCGTCTTCACTGTTCT GCTCTTGCGGGGATAAGAGAACAGATCTTTGATGTTTGGAGTTTCTTGAT TCTTCTTGTTTCAAAGATAGAGAAGCGAAATTTTCGTTTAGTTTGATACT TTCATTTCTTCCTACCTTCTTCTCATCATAACTCGGTGAAGATGAAGAAC GGAATGAGATGCTATTCACGGGTGATGAATCATTCTGCATAATTTCGACA TCATTTTCCTTAACTGCTACATAATTGATATTCATTGAGTTATATTTAGA TGTTGTCTTGGCGCTGTTTTCCCTTGTTGATTCAGTGTATNCTACATAAT TGATATTCATTGAGTTATATTTAGATGTTGTCTTGGCGCTGTTTTCTCTT GTTGATTCAGTGTATTCAAGGTGTTTTACTTGAGGTGTACCGCTTAATAA TTCATCAAAACTTCTAGTCCGGTTACGTACGAATGAGTGAGCAGGCGAGA CCGCCCGCTGGTTGGTATCCAAGCTTTGCTGGTTGAATTCCTTTTGAGTT TGACTCGACCTAGCTGTGTCACTATCTGATGAGATTAAATGAACGCCCAT TTTAGAAAGGGCGGTATTATCAATTGGGCGGGATTCTTGTTTGGTCTCCG GCCTTGCTATTGAGAATGAATGACTTTTGAAACCGGGAGAACGAGAAATT TTGATGTTTCCTTTTTTGAAGTCACGTGGTTTCAATGTTGAATCATCCTT TTCTTGATATTGGTCATTGCTCGAAACATTATCGACGTTCGTTGAGTGTA TGGATTCTAGTTCATCGGAAGATAGCAATGCATCGCCAATGTTTTGAATG CTCTTACCATCTAGGTCTGTGGGTTCACCTAAAAC Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_233:490824..497396- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00053662 ID=TCONS_00053662|Name=TCONS_00053662|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=6573bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_233:490824..497396- (Clytia hemisphaerica) TGAGCAATATACATTAATAATTAAATAATTTAAAATACTGTATTACCATT
AGGTTGAAAATGTTTTTAAAAAACTACCTGGTTTGAAATCTTGTCTGGTA
AACAAAGAGTGATCATAGAACGGTTTTAGAACAAGAGAAAACACTCTTCA
TGAAAAACAAGGCGTATTGATCTAACGTTATAACACCCCTGTCTCACAGC
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TTCAACAATCTGTTTCGTTTTTTCATATCTGATAGCACTGTCTAAGACTG
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CGGGACACAGATCTGCTTTCAGGGTATTCAACGCGCATTGACGAGAAACT
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ATGCCTCTTCTTTGAGTGATCTCATGCTTTCAACTCTTGAAATAGATCTG
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AGAAGTGTCTGAGGCATGTGATACAAAGTTTGGTTTTTCCTCAGGTAAGC
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AACCAGAATCTCTGGAGTTTGATCGGAAAAATCGGGTTCCAGTTTTCGGG
ATTCATTTTGAACCATTTCGGAATCAATATCTTTAGATATAAGAGAGAAA
GTTTGACTTGAGATTTTTGGTCGACTGAAATTTATATCTTTATTGTTTCT
GGTTAATGAACTTAACCCGGTTTTGTCTTTAATGTGAGATTTTAACATCA
TCATGACTTGGTTTTTGTCAATCGGATTTTCATCGGTTAGTTTCTCTTCC
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TTGCTTGTGTGTAGGTAACGGGAAGCTGTTATAAAGATCAATTTGTCCTG
CATTAGACATATTTGTTCCGTATGAGCTTTGAGAATTTTGTTGATATAGT
TCATGATTGACGGACGAATTTCCATAATTATTCTCTTGTCGATAATCGTG
CTGAGGGGTGTTTCCGTAATCTTCTTTGATGACCGGATAGGGGTGATGGT
CTGTATCTTCGATTTCCGGCGAGGCTGGTCGACTACGTTTAAACATCGCA
AGTTTAAGTTCACTCAGCATCGATTCTTTCTTGTTAAGTTCTGACGTGTC
TTTATCTCTCAAATGGAATAATTTCTTCTCCATTAACGGCGCTGTAGAAT
GGAACGACGACGTGAGACTGACGTAATTCGAGCTTGACGGGGTGTTGTAA
GACGCGTCGATTTTACGTGGTTGTTGTTGATTTGACGTTGTGTATTCACT
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TCGTTGGTTGTTGATTTTGGTTGAAATTCATGTGTGGATTATCGTGGTGA
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GATAGCCTTCGTGTGTTGGTGGTTGGGTGTAGTTGAAACTACTATTTTGG
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TCGCTGGTGATTCCCATTGAAGGAAGGTTGTTGATTGGTTTGGAAATTCA
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CGTGGCCATACTCTCCATACTCCATGGTGACACGTTTGTGTTGATTTTTC
TTTCGATTGACAGCACGTTTTTTACTTTGTTTATAGTGAGTATGTCCAGT
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TACCTTCTTCTCATCATAACTCGGTGAAGATGAAGAACGGAATGAGATGC
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GCTGTTTTCCCTTGTTGATTCAGTGTATNCTACATAATTGATATTCATTG
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TATTCAAGGTGTTTTACTTGAGGTGTACCGCTTAATAATTCATCAAAACT
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GCTGTGTCACTATCTGATGAGATTAAATGAACGCCCATTTTAGAAAGGGC
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Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature Name | Unique Name | Species | Type |
TCONS_00053662-exon-scaffold_233-1575043694:495932..497396 | TCONS_00053662-exon-scaffold_233-1575043694:495932..497396 | Clytia hemisphaerica | exon |
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TCONS_00053662-exon-scaffold_233-1510915933:495932..497396 | TCONS_00053662-exon-scaffold_233-1510915933:495932..497396 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00053662-exon-scaffold_233-1510915933:490824..495843 | TCONS_00053662-exon-scaffold_233-1510915933:490824..495843 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00053662-exon-scaffold_233-1491911889:495932..497396 | TCONS_00053662-exon-scaffold_233-1491911889:495932..497396 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00053662-exon-scaffold_233-1491911889:490824..495843 | TCONS_00053662-exon-scaffold_233-1491911889:490824..495843 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
scaffold_233 | supercontig | scaffold_233:490824..497396 - |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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