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transcript sequence >TCONS_00055485 ID=TCONS_00055485|Name=TCONS_00055485|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=793bp GCAAAACATTACAGCTTACACAAGAATATTCAAGAGGTCATTGAGTTGAA AGCGCAACAATGAACGAATGGTTTTATCTTTACTGGCCACCTCGAGGAAT TCTTCCAACGTTAAATATCCATCATGGTCAGTATCTACGGATGAGAAAAT TTTGTTGACTCGCTTTTCCGGTGTACTTTCATCTTCCGGTAATTCTACGG TATCACCCACCATTTTGTAAATTGCACTAACAACCTCCAACATCTCTGAG TGCGAAATTTGTCTACAGAAAGATGAAAAGAATGAATTTGTACTTTCAAG AggaattttgtttctttttaaagGATGGAGAAATTTGTATCCATAATCTA CAGATTACTGAGTAAAAACAAGAATATACCCTGGATCACGCATGCAATCG TGAAATATTACAAAAGCCATTTGCATGGTCACGTCATTAAATGCTCCATG GCAACCATATCCAAGGTAAGTGCTttatattctggtctgtaaaatacctt ATTGTTTGTGTGGTTGGCACGTTAGAAGGGAGGTATCAATGACTTTTTTC TGATCAAGGAAATGTCTCCAAACTGAGTTCTTATCACAGATAAAAGTTGG GAAGTGTTTGAAGCCAGTTGCTTGACCACCAAAGTCATGCGAAAAGTTTT GATCACAGTCCATTAAGCAAGTAACTGAATCATCAGACTGGTCGACAGTA CATTTCAGTTTTCCGTTCGTTGGAGGGAACTTGGGTGTTTTAGCACAAGC ATGTGTGGAAAGAACGCCATCTGTTAGTAAATGATCGCCAAGT Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_253:265373..298796- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00055485 ID=TCONS_00055485|Name=TCONS_00055485|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=33424bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_253:265373..298796- (Clytia hemisphaerica) GCAAAACATTACAGCTTACACAAGAATATTCAAGAGGTCATTGAGTTGAA
AGGTAAGTTAATCTCGATTGAGCCAATAGCAAGTGCCACAGGAAAAAAGA
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CCACTTGTTGAAGTTTCTTTTTGATCTGTAATCTAAAGACAAGCGATCAT
AAATAATGCAATGACAAACAAATGAAAACATTCACTACCCTCTTACCTCA
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TCATGTCAAATAGAATACCTCCTTTTAACAGTTGTACGAATATTTCTTTC
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GTCAGTTTTTCTCTCGTTGTAATAGTACTAGGTTTCTGTTTATGTTGAAT
CATGTTACTGACTTATCTCTTCTACCGGGTTTTGAAGTACCTCTTCCAAA
TAATTTCTCTAGGAATAAATCACTTGAGCATGGACTCTTTTTTTTCTCGT
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GTCCGGCTAGAAATTAGCTTAGCCATGTAGGCTTTAAACAATAATCTTCA
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TCTTCCAATATTCTCAGTTTTTGAATTATCATCTTCCAGCCTTTGAAATT
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GTCACATGTAGTCATCTCTTTGGAAGAGTTTCATTTAAAAACATTAAAAA
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TTTTTCCTCAAAATTAAAATATTCATTCACGTTGCGAACTTAGTGGGATC
CAGGTTTGGTGATGTGTACTCCGTTGTATAAACATGCATTCCATCGTTCG
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GAGCCTTTAGGCGAGGAGACTCTTTTGGCAAACGCCCGCGCGTATAAATT
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AAGTTTCAATAGGTTTATATCGTAAAGATCTTCGTGTTTTCAAGATTTTC
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GACATTGATTGCATCTTTCAGAGAACTCAAGATTCTTTGGCCAGCAAACT
TGACATGAAGGTTTTCCATCAGCACATTGAACGAATTGGTTTTTGACATA
TCCAGAATATGGTCTGTATTCATAATTTCCATCGGGTTTTCCATTACACA
AATATGATGGACAATCAACATCATTGGCAATATGTGGTCCTTCTGCTGCT
TGTGGAACTTCCAATGCCATTGAAACTAAAAAAGAATAAAGATGAGCTCA
CCTCCATACCTACTCGATAATTTTCTTTTTTTCAATACGGGAACCGTATA
AAACTAATTGTTCACATTTGGAAAGGAACATGAGAATGAGCTGAAAATAA
ATTCTTTGGTTGAAATCTAAGATTTTACTTTAAAATCAGGCCCGGTGGAA
CAACCGTAAGTGGGGAGGCTGAAGGCTCAAAATGAGATGAAATTTGCCAG
AAATTTGAGAAAAAAATCTCATTTGCGCAAAAGTGGGGAGGCTGAAGTCT
CCCCAGTCTCCCTGCTTCCACCGGGCCTGAAAATCAAATAGATAAATTGC
AAAGACCAGCCTCAGTTGTGAAGACTTTCAAAGACCTTTCAAAGTATAAC
ATAATTGGACTTACCGGCCAACAAAGTTGCAAGAATTGTGAATTTCATCA
TTTTGAATGAATGTTGTGATTTCTCTTCACCAATTGAATGATTGTGAATG
ATGTTCGGTTGTTCAGATCTTCCACATTTTATATGATGGTGTTATGTAAG
AATTACACCAAAACAAGATCGTTAACTTTTTCCTGTAATTTCCGAATTCC
AAAAACTATATTTCAATAAAAATTAAATAATTAATTTGTTTATCAAGTTT
TATGCTTGAGCGTTGATGTGGTTGACAGTTTGATTAGCCTTCCGATTTTT
TCTGTGTAATATTTAGTCTGTTCTATTGTGACTCAAATTTAGTTGACATT
GAATTATTGATAAGTTATACACGTCCATTGCGTCATGGTTATTCTCAAAA
TTATCCTGAAATATTCTTACAGTATTCTTAGGTTCGGATCCAAATTCAAC
CTGAATTTAACATACATACTCTAAGCAAAAATTTGGCATTTTTGTGAAAC
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CATCTGTATCCCATTATATATACCATTCTATACACCAGTGTTCATCCATC
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TCAGCTTAAAAAATGTCTTTTGATGGAAATTTATTCTGTTTGTTCTTCAA
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CTCCAGACAGAATTAACGAAAAGCCTTACATAAGAAGTAATTCACTACGC
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CTGTTTGGTGTTCAATGGGAAGCGAACCGGTAGACTTCATTAGATTCCCA
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TTTGAAATTTGACTGAATTTTTGGGCATGTTTTCAACTTAGTTGGCCACC
TCTGTCTCACAGCCCCGATAAAATTTTTTCCCACGGCGGGAGTGCAATTT
TTTACAATGAAATTTCAATGGGGATGTAATCAAAGTCAATTTCCCAGTGT
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TTTTCCAGTGGGCTGGGGTTCCAGCGGGTATGTGACACAGGGGGTGTAAT
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CATAAATTTCGCACTATTTCGAGGTTTTGTCAGTTTTATGTGGTAATGTC
GTTTATCTTTGCCATATGGCTAAAAAAGAATAATGAAAATTACATTGAAA
AAAACTGTTAAACCGGTATAGACTGGTGAGTTGAGAGCGAATTCAAACAG
AATTTGAACTTAATATGTTCAGCTAGATCTTTTCTTCAAAGAGTGGATCG
CAGAGGTTCCCCTTTTATGCTTGGGGTTCGAGATTCTCAAAATTTCCCGG
AAAAGGGTTAACAAAATTCAAAGATCTACAGGAAGCTGATGCATCAGAGT
TTATCTGTTGTTATCTGTAAGGTTTTGACACAAGTCTGCCTTATTTAATA
TCATTACATTTGAGGGATAATTTTCTGAAATTCTAAATTTACCATTTACC
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ATGGCAACTCCTGAACTTGGGCACAGGATGTACTCATTTACCATTCATTT
ATATTGTTCAGCATTATCTGGACAAATTTCTTTGAGTTTACCAAATGGCC
CAATGACTGATTTTCCGGAAATATCAGGAAATGGGTGCTAAAGATTGGAT
GGAACCCTTAAAAGTACAATGACAGATTGGTTTCTATTTTCATTTAAATG
TCACATTATAATTTCTGATGAAAAGGGCTACTTGGCGTTCATGCAAAAAT
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ACACCAATTTTCCCTCTCTACTAAGTGTCGATTTTCGATTTTTGGCTCAG
ACATACCCGTCACCTCGCAAGTCTGGTACACCCTCCCTCTGGAACTGAAA
ATGGACTCAAAAAGAGCTTTATTTTCAGACAAAATAGAATGAAATATCAG
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AGCATTGCCGGGGGATAATTGGCAATTTACCAGTAAAATGCTCTAAATAT
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CGACCTCGTATCAGTGCCCCACCCTCAATCACAAAATGAATTTGGTTAGA
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AGTTTATTACCCTGTCGTATATGACGAAAATGACATCAACACAAATTTCG
TACTATTTCGAGTTTTTGTCAGTTTTATGTGGTAATTTTTCGTTCTTTGG
GCTTAAATCAAATCTTACAACCCTCCCCACCATCCGGAGGATTTATGATG
CGTTCAGCTTATATCGTGTTTATCTTTGCCATATGACTAAAAAAGGATTA
GGAAAATTACTAATAATCCGATGCAGACTGCTGAGTTGAGAGCTTTCTTC
AAATGATGCATCGCAGACGTTCCCCTTTTATGCTTGGGGCTTGAGATTCT
CAAAATTTCCCATATATCTACAGGAATCTGATGCATTAGAGTTGATCTGT
TTTTATCCATAAGGTCTGGCTTTTTTCAATATCATTACTAGTACATTTGA
GGGATACAATTGCCATAATTTGCCCTTGAAATTCTAAATTCGCCATAAAA
CTGCTCCATTTATATTGTTCAGTATTATCCGGACAAATTTCTTTGAGTTT
ATCAAATGGACCAATGATTGATTTTCCGGAAATATCTGGAAACGGATGCT
AAAGATGATGGAACCCTTGAAATATTATGAGAGATAAAAGGAGTGAATAC
TATTGGATAACTGTTATTTTCATTATATGTGGCATAATAATTTCTGATGG
AAAGGGCTACTTGGCCATGAAAAAATCGGAAACATTTTGTTTCAACCACA
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GCCACATTAGCAGGGGTATACAATTCGTTTTTGTAGTTGTTTACACAATC
AGGTTTTGATTTGGAAAAAAATAACCAAAAAGTTTTTTTGACTGAAATTT
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TTTTGATGTGGCCAAAGCTACGGCAGTAATTATTTACAGTTCACGCTCCC
TAATTCAATTTTCAAGGGGAAATGGAGTCTTGTCAAGTAAGGGAATGCAT
CGAATCTTAATGTGTCGTTTATGACAGTTTTAGAATATATGAAATTTTTT
ACATTGTTTGTGTTCAGTGTAGGAGATATAAGTGTAGGAGTAGTGAAAAG
ACACCAGAAAGGGTTTTTAATGTGTATTCGGTGTCTTTTTTGTGAAAATA
TCAAACAAAAATTTACAAGAATTAAAAAAAGATAATAATTTGTGAGATTG
GTAAATGGATTTCAATCTAGTGGGATCCAGGTTTGGTGATGTGTACTCCG
TTGTATAAACATGCATTCCATTGTTCGTTGAACAACAATCCTTTTGGACA
ATCAACGCAACCAACAGTCACACCTTCCCAGCATGCAATGTAATGTTTGT
TGTTGTCTGAGTCAGCAATGTTTCCACTGAATTTTGGTCCACGGTTTGGG
CATTTGTCAGGACAGAATGAGGTGACAGCAGGGCTGAATGCTACAGTTGA
CACGCATTCATCTGAAAGACGAAAAGAAGGTGTAAAAGTTAAATAATATA
CCCTGATATTCTTAATTGTTTTGATAAAGGTTAGTAGAATGCTTGTAAGT
TCACATGGGTTTGAAATCATATAGGTCTTCAGGCTTTTTCAAGTCTTTCA
GATCGATGTTTCAAAATAAAAGCATTTTCCTTACCATGAGCAGAGTAAAG
ACATTGGTTGCATCTTTCAGAGAATTCAAGATTCTTTGGCCAGCAAACTT
GACATGCAGGTTTTCCATCAGCACATTGAACGAATTGGTTTTTGACATAT
CCAGAATATGGTCTGTATTCGAAATTTCCATCGGGTTTTCCATTACACAA
ATATGATGGACAATCAACATCTTTGGCAATATGTGGTCCTTCTGCTGCTT
GTGGAACTTCCAATGCCATTGAAACTGTAAGAAAAAGAAACAAAATTCGA
TTAAAAAGATTAACTTGCTGATTATTAAAGATTATCTTCTATAAGAACCC
CTTTGCTTTTTTGACTTTAGACTTTTATACTTGAACTGTATGACCATACC
AGTTTACACTCGGAAAGAAATTGAAAAGTGAAAATAAACTGAATATAAAT
ATTATAGATATTTTTCCATTGTAGCATCAAATAAATGACCAGCCTCAGTT
GTGAAGATTTTCAAAGAGCTTTAAAAGTATACTATAATTGGACTTACCGG
CCAATAAAGTTGCAAGAACTGTGAATTTCATCATTTTGAATGAATGCTGT
GATTTCTCTTCACCAATTGAATGATTGTGGATGATGTTCGGTTGTTCAGA
TCTTCCACATTTTATATGATGGCGTTATGTAAGAAATACACCAAAACAAC
ATCGTTAACTTTCTCCTGTAATTTCCGAATTCCAAAAATTATATTTCAAT
AAAAATTAAAGTAATTAACTTGTTCCTCAAGTTTTATGCTTGAGGTGGTT
GACAGTTTGATTAGCCTTCCAAACAACATTTTATTGCAACTCCCTTAGAT
TTGTTATATTTTAGAATATGTCTGTTCTTTTACGATACAAATTTAATTGA
AATGCACATTTATTTTATGAGAACATCCAAGATTTTTGAAAGCATTAAAA
TGTTCTCAACTTGTTCTTAACATTTTGGCTATCGAAGCATCATGTTCTTA
TATAGTTTGTTCTTATATAGCAAGGTCAAACAGATCTGATTTTATGATGG
AATTTTCTGTATTTTTAATAGATTTTCCCAATTAGGAAAAGATTTTAAAA
TATTTTGCCCATCAGGATAATCTTTTTGCCGAATATTCTATTCGAGAGGG
ACTTCATCGGGTCCATGTATAGACTAGAGTCTACTTCTAGCTGAACTTTG
TTTTCTAATAATTTTTGATGACGCAAAGTCCTTTGAAGTAGACTACAATC
AAAGTCATAATATTTGAGAAAAAAAGGAAATTCCCCCGAAATCTTACAAC
CACAAACGATTTGGAAGCGCTCTAAATTGTGTTGGATGGGTAGAGTTTTA
ACTCTGAGTTTTAACACTAGATTTAAGACTTACGAGCTTAGGATCTGAGG
AACTAAAAGTCCAAGAATGGTCCAATAGGGCTCAGAATATAGCTTGGAAG
TCTATAAAGAGGCCCCCCCCAGCGGACCCTCAATTCACGCAATCACGTAA
TTTTTTTTCGAAATTCACGCATTCACGCAAATTTTCCTCGAGTTTCACGC
AATAACCTGATTTTTCAGAAATCGGAAAATTTGTTGGGAAAAATCGGGGA
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TAACTAAAATTCCCAATATATTTGGACCCTGATTGTAGGAGCATTTATCC
TCACTTAAAATTCCAAAACATATCTCCAGACAGAAATAACGAAAAGCCTT
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TAACCTCGATTTACGGAAATCCTCTGTTTGGTGTTCAATGGGAAGCGAAC
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GTTTCCTTAATTTAATATGATTTTAATGTTTTAGAAGTATTTGAAATTTT
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TACACATCACCAAACCTGGATCCCCCTAAATTAAAATCCATTCATCCGGA
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CTGTTTTGATGTCCACCCTCTCCTTTCTCGTATTAGCCTTCCTAATCTCT
TCCCTTCTGAACACACCCAAAAATATGAAAAATATGAATGATATGAAAAA
TACCCAGCAAATGCTCATTTCCACACAAAAAAATTTTGAATAGTCCTTTT
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AATTTCCTATACACTATTAGCGTACCATTTCAAAGCCCTAATTTTGGGCC
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ACTGGGTCTGTGTACAGTTTTTCTAGAATCGAGTGCCCCCCCGGAAGAGT
CTTCCCTGAAAAGGCGTTTCATTTGAGGATATACTTTAATTCATGGGTGA
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GAAAAAATTCATATTTCACAAGGACATTTCTTCTAAATACTAATACTTCT
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Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
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TCONS_00055485-exon-scaffold_253-1575043694:265373..265749 | TCONS_00055485-exon-scaffold_253-1575043694:265373..265749 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00055485-exon-scaffold_253-1510915933:298745..298796 | TCONS_00055485-exon-scaffold_253-1510915933:298745..298796 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00055485-exon-scaffold_253-1510915933:297205..297568 | TCONS_00055485-exon-scaffold_253-1510915933:297205..297568 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00055485-exon-scaffold_253-1510915933:265373..265749 | TCONS_00055485-exon-scaffold_253-1510915933:265373..265749 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00055485-exon-scaffold_253-1491911889:298745..298796 | TCONS_00055485-exon-scaffold_253-1491911889:298745..298796 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00055485-exon-scaffold_253-1491911889:297205..297568 | TCONS_00055485-exon-scaffold_253-1491911889:297205..297568 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00055485-exon-scaffold_253-1491911889:265373..265749 | TCONS_00055485-exon-scaffold_253-1491911889:265373..265749 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
scaffold_253 | supercontig | scaffold_253:265373..298796 - |
Blast
BLAST of TCONS_00055485 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: HPCL1 (Hippocalcin-like protein 1 OS=Homo sapiens GN=HPCAL1 PE=1 SV=3) HSP 1 Score: 85.8853 bits (211), Expect = 4.342e-20 Identity = 41/69 (59.42%), Postives = 53/69 (76.81%), Query Frame = -2
Query: 52 ISHSEMLEVVSAIYKMVGDTVELPEDESTPEKRVNKIFSSVDTDHDGYLTLEEFLEVASKDKTIRSLLR 258
IS SEMLE+V AIYKMV +++PEDESTPEKR +KIF +DT++DG L+LEEF+ A D +I LL+
Sbjct: 116 ISRSEMLEIVQAIYKMVSSVMKMPEDESTPEKRTDKIFRQMDTNNDGKLSLEEFIRGAKSDPSIVRLLQ 184
The following BLAST results are available for this feature:
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