TCONS_00055956 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00055956
Unique Name	TCONS_00055956
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	3522

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at scaffold_266:607217..631843+

transcript sequence

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AAAGATGAACATTTTTCTAATATTGTTGCTCTTCACACGAATCATCAATT
GGAAACgataaataaagaaattcaaaatggtggaGTTTAACAAGGAGCCA
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ACCGTGATGAACTCGACATCCTAAAAGCTGAGATCGAGCAAAATGCGAAA
TACCAAGCAGAAAATGTGAAATTGAAGGAAAAGATACGAGATATGGAATA
CTATAAGAATAAATACGAGGAGATCAAGGAGCAGTCAGATTTCTTGTACG
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GAAAGTCTTGATGGAGGAACGAGAAGACGATCAAAAGAGGATAAGAGATC
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ATTTCATGCGCCTGGAACGTGAAAACAAACACCTGATCAACCTTATCGAG
AATCTTCGCACTTCAACACCTGATAGCAGAGCTCGTCAACTAGAGGAAGA
AAACCGTGCATTGTCagataatatttttgaatacaAGACAATGATATCGA
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GTCGTCATTGGTTCACAATCAGACAACATTAAAAATCTCCAAGGGACGCT
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TGACGAAGGAGCTGGCAGAGCGTGGTGTCATCATCGATACCAAAACACTG
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CTCACTTGTTTCCATGTCTCATCGAGAAGAATATAAATCTACGGCTGTAA
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TTGACAACTAAACTTACACAAAAAACGGAGGAAGCCGACCAATTACAACG
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AAGATCGTGAAAAAGACATTTCTTCTCTCGAAAGAAAaaTCGAACAAAAA
GCGACGGAAAATAAAACATTGCAACAAAATGCGCTTTTACAAAGTGATAA
AGTAACGGCTCTTGAAGAAAgGGTTGAACATCTTTTGAGTTCGGCGAATG
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AGTGAGCTGGAAACGAGGCTATTTGATCACGATGAGCTGGAAAAGAATTT
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CAATGACAGCCAACAGTAAACAATCAGAAAGAATCGCTCTCCTTATGAAA
TCTCTGGATGGTAGAGGTACTGATATCACTGAACTCgagaaaaaAGTTGA
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TGGAACGCATACAATCTCTTGAAGAAAGTATGAAAGAAAACGAGTCACGT
GACATGGTTGAAAAAGACAAACAAATGTTGGATGATCGAGTCAAAGTTCT
AAACAAACAGCTGACTGAGCGAGAAGGACATATCGATGAAATTGAAGTCA
AGTTAGAAGAATTGAATAACACACTTAACAAAACCAAACGCACTCTTCAA
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ATCTCCCTTGAACAAAGGATCGATGATCTTGAGGATGCAGTAAAAATGAA
CGAACGTTTGAACCAACAAGNT

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>TCONS_00055956 ID=TCONS_00055956|Name=TCONS_00055956|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=24627bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_266:607217..631843+ (Clytia hemisphaerica)
GGCACAAAATgaaacttgaagaaaatttgCCTTAATTTAATATCTACCCT
AAAGATGAACATTTTTCTAATATTGTTGCTCTTCACACGAATCATCAATT
GGAAACgataaataaagaaattcaaaatggtggaGTTTAACAAGGAGCCA
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GGGAAACGGATAAGTGTCCGTTATTTAGTATTTCAAAGTTAATGGAAGCG
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CAATAAATTaggtcacgaacatcacttgcctcgtgttgaaattattgcca
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GAATATTGGGCTGAGGTTGATAACATTCCGTCGCAGGTTTCACAAAGGTA
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tcaccgctattgagtagtgccgccattagggtaccaatttcaaaaatctc
cgatcaaagatttttggtaggccgggattgagtaacttggtccagggtat
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CAGAGCTAACGAAAGTCGTCGCTTACTTTTTCGTTGTATATCATTACAAC
GTCTTTACTATATCAATATGGACTGTATTTGTATAAAAATTGGTGTTCCC
CCAATCCCTTTCAAGTCGAGTAAAGTCAAAATAGAAACTTACTTTCGACC
TCATTATCACTGAAATTGTATCAGATAATTCACCATGACAAGAAAGCCGT
ATAAACCGTATAAAAAACGCCTCGGTATGGACTGGAGCTACAAGGGAAAC
TCAATTCTAATCCGTAACAAAATCTTCctaaatttcatttaaattcaGCG
ACGAAGAATACTTCTCTTTCTCTTTCATGTCAAATGAAACATTTCCCGAT
ATTATTTTAGAATTGAGTCGGAAGGAAATGACAACCATTTTGCTTCTCAT
ACTTGGTTGCGCAGTTCAGGTACGGTGATAGTTCAACATATTTCAGCCAC
CATTTTATTTCAAcagtattgaaaataaatttttagttACGTTTGAGAGT
TTTTTCTCCTATTTTTGTTTGATAGTCTTTATAACTTCGCAAGCATATAA
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TCTTCTCCCTAATGCGGCCTCTCTATGAATATGAAAGCAGAGCATTATCT
TGTTTCTCCATAAGGATAGAGTGGGTTGCGTTTCAGCACTTTTATCCCAG
ATCTTTTATCTTCTCATTAGTGCGATCGAAAGGAAGAGTTCATCGAACAC
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AGAGGTATTTTTCTTTCGCTTTCTTTTCCAAGTCGAAGTGTGTGACAAGA
GAGAAGTATGATAAGTTTGATTAATGGGGGTATTCAAGGCGACGATAACG
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AAATGCCGCAGCAGTAAGTATAATTCCTTTTCTACGGGtttggctcttcc
agaaaatgtccgtacatgttTTACATGTCCGTAAATATTGTCAAGGGGGT
TAGATCCGCTGTCCGTATGGTTATAAGTCATAATGTCCGGGggataaatt
tccaaaaaatgttatatcctatCTGTGTATTCAAACAATATATAAAGGCA
AAACGAAGTTCCTATTCAATTGATTAAATTGACCTTAATTATAAGTTATT
TAATAAACAACCCTTCTTTCAAACACcactcgaataaacgccccttctaa
aaactaagaaatttagtaaacgccccccccccccccccgttgaaTCTAAG
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GTGCGCCTTGTTTTGAGTTTTTCAATATTCCAGGATTAAGTGAAGTTACT
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TGTTTCAATTATTGTCTCTCTCTGATGGATGGGCGCCCCAAAAATGCAGG
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TTAGCGTTAGAATTCTATTTCCTGGTGGAAATTTAGTCTAAAACACTTTT
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CGAGGTTTCGTCCACGCAATCCACTTATTCCCAAAACTAGCTTTAGATCC
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TCTGTAAGTTAAACTTCTAACATTTTCGAGTctgaaaagtagatctagcc
gGTTGAGCTTGAAAGGACCTTTTTTCCATTGACCTCGCCATTTTACCCTC
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TGACTCgccgttgacaaatcaaaagaGCCAATCACAAAATTAGTGTCTGG
GAAAGCTAAGATTTTTTTTGTCTAGCTAGCTTAAAATTTGAGATAGGCCC
ATTTTGTATAGTGAGGAGGGTTCCATCTATATGAAACAGGGTCAATCTAT
AAAAAATTCATGCTCAGGCAAACATAAAAATTCTTCGTTTTCTCAGgcaa
taattttgagattggaccttttgTCAACGGCAAACTAGAGATTGAAATTT
AGTTGATATATTTAGTGTCTGTGAAACTAAATGAGACATGTCCAGATATT
TGATGCGACTTTATTAAAATCTTCAGAGACGATCGTAACGCGTACATCAA
TGAACTGAAGGAAGACTTGGATAATTGTAAACGACAATTGGATAATGTTC
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CTTTCTATCCCATCGATATCTTAACTCTTTGTGAATCTTGAGGGTGGGGC
AAGTAGCCTTGAGCCCCCACCTCCCTCTTCCGCAGacaaaaataaagata
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TAGATCGAGCAAAATGCGAAATACCAAGCAGAAAATGTGAAATTGAAGGA
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Attataaaattgaatttaaaactaaccattttttatttataagaaccaaa
AAGATGTCTAGGCTGTTAAAAACTGAGGTCGATATATTCTGTGTAGGAGA
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ttaaaaatgttttctttcacATCGTATCATTCCTGTCTATAGGAGATCAA
GGAGCAGTCAGATTTCTTGTACGAAAGTAAACTCATCCTAGAAGAGAGAG
TTGCAGGATCGAGTTCCAAGATTACTCGATTCACTCGCTTAGAAGAGGAG
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CGATCAAAAGAGGATAAGAGATCTCGTTGACGAGGTTGCTAAGCTATCAA
TGGAAAAACAAGAAACGTAAGCTCTTTTTTATTTGAGAttctcttttttt
gaaaatcaatatgGGAGCTTATATTGTGAGTTTTCAAGGCTGAAGTCTTT
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GACCATTGGTTCACTTCACTTTTTATACATTCATTCGTTTTGCTCAAATT
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cgccaggttgaaactaaaatctatcgctagatttcgaaAGATGCAGTcgt
caaaaacaaaggaatcgctagatACATACAATCcatcgtcatgattacgg
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CGCACTTCAACACCTGATAGCAGAGCTCGTCAACTAGAGGAAGAAAACCG
TGCATTGTCagataatatttttgaatacaAGACAATGATATCGAAGTTGA
CTAAGGTAAGTGCGATCATAATTGCTGTCATTATAGCAGTAACTGTCACT
CTTGTCTTCATTGTTAAAGTTTGACCATGGATAGGGATTTTACCCGTGGC
TTTTGTTGAATCCGTCTTACGTTCTAAAAAGGACTGGTTTTAGAGTTTGT
TTTTAACACCCGTTTAACGCATATACATTCCAACTAATGAAACTAATGcc
tttttccctcttttttttccttaattttatttaattgaCCAAACGCACAT
ACACTAATTAAATTCTAATAAAGTGAATTCTTTCATCGGAATTAATGACG
ATTTTATTGGAAACTTTTATACCACGATGACTTTTCCTTCAACAACTAAA
TTTTTTAAGGACATACCAATATTATACTTATAAAACTACTCAAGCCATTA
ACACGAATTGGTTACGCTTGCGTTAAAAACAACCGTTTAACAAAAGGTAA
TTTTTGTAGAACCTGTCTTTCGCATTATTAAATTGTACCGCTCTACATAC
TTGGTTAGTTTatatataagtgtaataaggtaaatttatattttcatgat
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GCATCTGTTCAAGATTTTCTCCTCGCTCGAATTTAGTTGAGTTGTCTCAA
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AATATTCTGAAATTACTTACTAACCACCTTTGACTAATTGACTTACGtta
cttaactttttttgacgAATTAcaagacacacagacagacggACAGGAAG
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ATGGGGTACCGTTAGTGGTCTTGGTATCCTgaattttgaatattgaatta
cTATAAAAAGCTTATCACTGATAGCTATTTTAATAAAATGCATAtttcag
ttttttattttttgtaaatattactaatattttgattttttaataaatat
ttgaggtatttttaATCATAGTTACTTATTTCTTAATTAGTgtgaatttt
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TTACCCGTTTCAATTGTATAACAAAAACCAACCCGTAAAATCTATTCCCT
AAAATTTGAGAATCCCTCGACTGAGGTGGCAGTTTTACAGACCTTTCTTT
TAACAACACATTAACGTAACTTGACAATTGTACGAACGGAATCTTCACGG
TTGCTCACACTTACAATTAACTCACGCTACTGACCACTGATGTTCTACTA
ACCACTACTAACTACTATAATCGCTATTCAATGAATTCAATCGAGGTAAG
ATCTTGCGTATTGGTTCCTCggtgtttcaattgtttttttgtattgTCCA
GATAGAGATAGCTCCTAGACTATGCGTTTACATATTAAATGATCTGCATA
AAGTTGAAATTACTTGGTATTTATATATTAGTACTGGCTTGACTATGTGC
TTGCATATAGCATGATGCTCGTTGAGAAGGAACCATGGCTTTTTGCGATT
TAGTGTAAAAATTTGGCGACAGATAAGTCTCTCAGCGTTTATGCAAAATA
CACTACAGTGTGTCTGAGAGGTCATAAACGCTGGTCATTTCTTAGACACA
CTGAACACTTTGacgtatttaaaaataataattatttttcatgtTCTTTC
TTTTTACCCCAATATACAGGCTCTCGTCATACATGAAGAAACTATATTGT
CAAAGACTCCAAATATTAAAGTATAAAGCCATGCATGTATTATATCTACC
CCTTTCCCTTTACCTACAACTCCTCCTATCCTACCCTCGAGTTGAACGCA
TTTTCAGTCCCCGAGAAAGTAACTTTTCCGTCAGCCCTTTATATGCAAGT
TCTCATACAAATAAATCTAGCCCGATTACCCCCCAGCCTCCCTCTACAGC
ATTAGGAACACACACACACACGATTTTTCACACAACACGTTTGCTTACAA
CACGCTTTCTCACAACACGCTTTCTCACAACACCCTTCACACAAAATCAC
CATTCATCCGATTATTATTTTTATCCAGTCCACCATTCAACCATAAACGC
ACTTTCAGATTTTTTGAACTGATACAGCAACAACTACTCTGAAACACGTA
ACTAAAACACTTCGCAGTAAGTTCCCGTTAAAAAGAGCCATCATCGGCCG
ACAGataaaataattctttacgGGCCTTTTACTTAGTTATCCAGATTCAC
TTCTTTTTGACAGTTTAGTTGATTCTACACTCAGCGCTACTCAATGTAGT
TAATGTCTCTCTTTGAGCGTTTTGAGAACTTTCTTGAAGATAACAAGACT
TGCACAGTTGACTGCATAACAAAATTTCTCTGGCACACGTCACACCCATC
AGCAAATTGGAACTCAACGAATTCTATAATACAAATGCACGGACActcgt
tgttttttttgacaCACAAACGACTCCGCACAGTGAAATATCAAAAAACA
CTTAAACTGATCCAACGTACTCACTGCACACATGAGTCACTGCACAAAAA
CTGTTGCACTTTAATCAGTCACATTCTAACAACACCATAGTAACTGCTCA
TTATATCGTTAACCCAATAGAGTCTCCTGTCCGAGAAAGACAACAATCGT
CATCTATCGGTCGTCATTGGTTCACAATCAGACAACATTAAAAATCTCCA
AGGGACGCTCAATAAACGTAAATCGGACCTCGAAAAAACGACAGGAGAGC
TTGAAACATTGACGAAGGAGCTGGCAGAGCGTGGTGTCATCATCGATACC
AAAACACTGCAGGACGCCATGTAAGTTGCACGAGATTTCATATACTTACT
AACGCTTAGCGGCGTGGTAGGCTTTTTATGGGGTTTGGTGATGAATTCAT
AAGGTCAACCTTCTGGTATGTAAGGATGTTCATGCAACGACTTCAGGTAT
TTTCGAACCCAGACTTTCCACGCTTTGTATTGCTTGCTCTCAAATATTTA
AATGCTGTTTGTAATTGAATTCATAAATGGGCCACTCCGAGAAAGCATCT
CAttattcaaattaatttttctttcagagcGATTGGCTTATCGAACGGTC
ACGCAGAGAATAAATCCTCACTTGTTTCCATGTCTCATCGAGAAGAATAT
AAATCTACGGCTGTAAATGTTTCTCTCGAAAAACAGTAAGTACTATTTGC
AAATTGATTCGAAAACTAAGGTTTTAAGCTCACAGTGCATAAAAAAGAGT
TAaatctttttctgaaattttttgcaAGCTTGAAATTTCCAAGTCGCATG
ACAGCATATACCTATGGCTATGATAGTACTAGAATATTCCCTTGGAGAGT
TATTTTTATAAAAGCTcttgaaaactttaaaacctATGGTATAGCTGTGT
AGTGCCCGGTTTTTCGACCTATTCGAAGTGAAagggtaaattttcaaaat
tttaagaatattgttttgttttgtgctGATCTTGTATGTTCTTAACCTTT
CCAGATCAAAATATTTAACCTTTTAATATTCTATGTTCTACAGAGTGAAA
GAGACGACAAAAACGAACGCTAAATTGACAACTAAACTTACACAAAAAAC
GGAGGAAGCCGACCAATTACAACGAAGGtataaaagaaagattttcaggA
TCGTTGAGATTATTTAAGGTAAAGAAGAAAAGCATTACGGATCGTAGATT
GCTTAACAACTAGGTTATCCAGGGTTATCTCCAATCATCTGCATTGAACT
GTTAGGTTTTTCAGCTTATTTAGTCTTCGATCCCTGcctaaatacttttt
tataaacTACACATATCCGGGTTCGTTGTCCATCAATCGACTTCAAATAT
ATACAGTACAGTCTCTTCAAATTGAACTCCAATGTCTCGAACAAGTTTGC
TCTTCCCTTCAGTTGACAATATTTATGAACCTTACTCCATCGTTTATAAA
TCTTACTACATTGaaatctctttaactcgaacaaatttttgtcCCCCGTA
CGGGTTCGAGTTAAAGACTGTACACTGTGCAACCTTATTTTCATTATTGG
ATTCTTGCTTAAAAGAAGTATCAAAAGATGATTTTAgggaatacaccttt
ttgaccgtagccgccaattatcGCGCGAGCATTATTTTGACCGTTTTACC
ACCCtcaaaccgtcccagtctttttttcgcgcctaAAGACGGtagaaaaa
gtgtaaaaaaaggattggatcgaggttagggtggtaaattaaaaaataaa
gtgaCACGCGCCTGGCCGGGCGACTACGGTCAAAATGGTGTATTAATCGT
GAAGAATAATTCTTCCCTTCATACGAATTTAAGAAGTGCCGAATGGACAA
GCCGCCAGCGTCTGAATAGAAACCAGGCTTTCCAGGTTCAAATCCCCGCA
ACGTTTCGTTTAGTTAATAGATATCTGGCAGAGAATCCCATAAAAACAGA
CTACCTATAGTCCTATATTAACTGGGCTATCCATGTTAAATATCGATTCT
ATATATCGATTCGAATCGTTTCAGAATCAAAGACGTTGAAACGTATGGGC
AGAAAGTGGAAGAACAACTTCAAGATCGTGAAAAAGACATTTCTTCTCTC
GAAAGAAAGTATGTGTGGTTTACTTTATCTCATTCTATATAACAGCCTCt
ggttttttgaaaagaaatcatCGAGTAGATACCATTTGCCAGCGCTTAAA
TGTATATCGTggctatttttgtttttctagaaTCGAACAAAAAGCGACGG
AAAATAAAACATTGCAACAAAATGCGCTTTTACAAAGTGATAAAGTAACG
GCTCTTGAAGAAAggtatttttttagatttttcgccTTTATAAGGCAACC
cctgaaaatgataaaaatagtttttttcttGCATCAGATTTGAGGAACAT
CGAAATCATCGTTAAAACAACATCTTTTCAGCAGATATGGCACAGTATCC
CTGTAGGAACACATTAAAAGAAGATTAAGATGATTATCTTGTCATAAACG
GAACCTGATTGTTTTATCTACGCATGATTTTGTCTTTAGGGTTGAACATC
TTTTGAGTTCGGCGAATGAAGACACGAAGAAAATCAACAAGAGTCTGGAA
CTTAAGTTGCAACGAATTAGTGAGCTGGAAACGAGGTTGGCTACTGTCGC
TCTTTAATTTGTTGTGACTGATTGAAGGTTCTTATGACCTACTGGTCAAA
CTTTAACCAAACATTGGGTCGATCAAGAATCTGCTAATTCATAGGTCGTC
AACGTTcatcaaatttaaaacaaattagaatCCTAAGTGAAAGCATAACT
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GAATATGAATCTGCGACGGAAAAGTAAGCCTTGTAACTAGTTTCTGTCTA
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Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_035223	XLOC_035223	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
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Expression

Values :

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Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00055956 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: DAPLE (Protein Daple OS=Homo sapiens GN=CCDC88C PE=1 SV=3)

HSP 1 Score: 223.787 bits (569), Expect = 4.894e-59
Identity = 164/523 (31.36%), Postives = 295/523 (56.41%), Query Frame = 1

Query:  136 FNKEPLVVWLQSYLDGPITSNAE--------LSNGIALSTVLKLIDPVVFNNIRIQQTLINDTATKAQNLVEILHCIKKFYQVKLQQLIIMKMPDILTVAKEPETELSRKEMTTILLLILGCAVQCDRKEEFIEHITEMDVQIQRGLVASIQEITENQENVIPYRVSELSEMPQQNLVTLAESLYYQLQKVLEQTDEYVETILDLALLQENDEHNDSFEESPRFRPRNPLIPKTSFRSTNI------------------LQANRQRLQSIQADLDDRNAYINELKEDLDNCKRQLDNVRLENKQLVNEAAWAKSYRDELDILKAEIEQNAKYQAENVKLKEKIRDMXXXXXXXXXXXXQSDFLYESKLILEERVAGSSSKITRFTRLEEENSRLYSQVKVLMEEREDDQKRIRDLVDEVAKLSMEKQETLSACSVMNAELDGLRLQKD-GDGLNMPLMMEYSQ--STDFMRLERENKHLINLIENLRTST-----PDSRARQLEEENRALSDNIFEYKTMISK 1602
            F + PLV W++++  GP  S ++        L +GI L+ ++  IDP   N  RI + + ND   + QNL  ++  IK +YQ  LQQLI+M +P++L + ++P +  S +E+  +LLL+LGCAVQC+RKEEFIE I ++D++ Q G+VA IQE+T NQENV   +  EL ++  + L  L+ S+   L+++++Q DE  E I+DL   QE D            + ++P  P  S  + +                   L   + RL+ ++ +L+D+   + + + ++D    +L  V+ EN QL  +A  A++YRDELD L+ +  +  + + E  + KEK+ D+++YK + EE++E +  L E+K +LEE++  + ++  +   LE+EN +L S++  L  +R+ D+KRI +L++E   L + ++++++  + +  EL+ L    D  D      + E ++  S+  ++LE+EN+ L + I+ LR ++        +  +LE+EN  LS  I + +T + +
Sbjct:   12 FLQSPLVTWVKTF--GPFGSGSQDNLTMYMDLVDGIFLNQIMLQIDPRPTNQ-RINKHVNNDVNLRIQNLTILVRNIKTYYQEVLQQLIVMNLPNVLMIGRDPLSGKSMEEIKKVLLLVLGCAVQCERKEEFIERIKQLDIETQAGIVAHIQEVTHNQENVFDLQWLELPDVAPEELEALSRSMVLHLRRLIDQRDECTELIVDLT--QERD----------YLQAQHPPSPIKSSSADSTPSPTSSLSSEDKQHLAVELADTKARLRRVRQELEDKTEQLVDTRHEVDQLVLELQKVKQENIQLAADARSARAYRDELDSLREKANRVERLELELTRCKEKLHDVDFYKARMEELREDNIILIETKAMLEEQLTAARARGDKVHELEKENLQLKSKLHDLELDRDTDKKRIEELLEENMVLEIAQKQSMNESAHLGWELEQLSKNADLSDASRKSFVFELNECASSRILKLEKENQSLQSTIQGLRDASLVLEESGLKCGELEKENHQLSKKIEKLQTQLER 519

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00055956 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00055956 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
DAPLE	4.894e-59	31.36	Protein Daple OS=Homo sapiens GN=CCDC88C PE=1 SV=3	[more]

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TCONS_00055956 (transcript) - C. hemisphaerica