TCONS_00056867 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00056867
Unique Name	TCONS_00056867
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	3321

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
protein sequence
transcript from alignment at scaffold_284:662420..680049+
coding sequence from alignment at scaffold_284:662420..680049+

transcript sequence

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gtagacagctatacgaaaagg

Run BLAST on NCBI

protein sequence of TCONS_00056867-protein

>TCONS_00056867-protein ID=TCONS_00056867-protein|Name=TCONS_00056867-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=952bp
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WV

Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_284:662420..680049+

Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR

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>TCONS_00056867 ID=TCONS_00056867|Name=TCONS_00056867|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=17630bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_284:662420..680049+ (Clytia hemisphaerica)
ATTTAAATTTTGCTGCAATGAATTTCGATGTGCTTGAAAGCGTCTACCAG
ACATTTCGCACCTCAAACAGCGCTGGAGACCTTCTAGCTACATTTCTGAA
CGGTGAATTCGAACGTCACTTTGAGAACTCTGATGAGGTTGTAAAGAATT
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ATAGGCGTGGTTTCCATATTACGTCATACGTGCTCTTTTATTTCAACGTC
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GGGTGTAGTCATGTTGTCAAGGCTACAGAAAAGCACTCTACCAAGATCTT
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GCCTTCAAGCGTGTTGGTGGCTTGCGATGCTATGGGCGACCGTTTTGCAA
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GTGGCCCTTCGTTCCTAATAACACTTATAAAAGGATACTGGCCATCAGTG
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ATGAAATTTAGAGAAAGATCAACTTCAAATGTATCAAGTAACTCTTCAAC
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AAGTTCATATAAATGAAGGTGTAGTCGAAACCGATAAAAAGACACTAAAT
AAACTCGATGCTTGGGTATGA

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_035825	XLOC_035825	Clytia hemisphaerica	gene

The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
TCONS_00056867-protein	TCONS_00056867-protein	Clytia hemisphaerica	polypeptide

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
scaffold_284	supercontig	scaffold_284:662420..680049 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
1.97858e-06	2.46729e-06	0.0407787	1.5392e-06	5.38377	1.39987	4.49237	6.9842	5.0085	9.21069	10.7441	3.57751	9.07549	8.219	6.31694	9.12411	2.80918	4.72713	8.56286	8.24198	1.4589	4.3886	0.960621	0.836127	2.91165	1.87349	8.11996	7.33614	3.16741	2.17472

Blast

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00056867 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00056867 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0


Match Name	E-value	Identity	Description

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TCONS_00056867 (transcript) - C. hemisphaerica