|
|
Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00058219 ID=TCONS_00058219|Name=TCONS_00058219|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=4312bp
GGAAGAGCTTATCTATTCAATTCTGTCCTAAATGTTGGTTGTGGCCCTGC
CGAGGAGAGAATTTTATTAACTGGATTACATGCTGTAGCTgatatttatt
gtgaaaattgCAAAACAACCTTAGGTTGGAAATATGTAAGCCATTTTATT
TTTCCCAAATTATAAGTTGATtgcttttttaattatttgtaATTGATCTA
CCATTTATATAAATGACCATGTTGCAAGAAAGCTCAGATCACGGTATCAT
ACAAAGATATTTCTTGTCACAAGTGACAATCTTTGAATCAGACTGCTACA
ATAGAATTAAGCATATTTTTCtcacatgaaaacatgctttttaataaaaa
aaaatacatgaaaaggATCAGTTGACTTCCTTCATGAGGTATAAATAATT
AAGAAATAGAATCAAATCATTGAATAGTgttttgctgattttttaaatca
atactTTCTTATATTCGGTATCAAAGTGATGTTATGGAGCAGGTTGTATT
CAGCTTGAGAATCATCCCTCCTTAGAACCACCTTTCCGATATCACAAAAG
TCAATGATAATTGCATAAAGCCATAGCAACAAACGTTATTTTTAACATCG
TTGAGTTATTTTTGGGATTGAAATGAACAATTTCAACAGTATCAGGTGAA
TCTTCTGTCAGAAGtccaaaaataaggaaaaaaaagTCTAACATTTACTA
GTAATAAATTTCAtgaagaaaataatatttttcccgTGTTTGTGAAATct
gaattaattttttgttctcCCGATGAAAAGAATTGATTTGAGGAAATATA
ATTTCTTCCTTGAATTTAATAACGTTTCTTTTGCTCAAGgacgaaaaaaa
tgaaatcacaaGAAACTTCAATATTAAACGTATATATTAGAAGATTTGTC
TTCCTAAACCAACACTAAAAAACCTGCCTTTAAGAATATATATTCTcaaa
gaaaagcaaaacaaaaatagaGACAGCTTATCTTAATTTGACGACAAAAT
GAAGACAAGTAATAACTTGTGATTATAAAAAAAGCCAGTCAGATATTCTA
GTATCCCCTTTTTCgtctaataaaaacaaaagtatgTCAAACTTTGCTAt
aaatagttttgaaatgaTATTTTATGTCAGGTATACAAAAGGTTGTACTA
AGTTAACAAAATCATATGTACTTTTCACCGGtcaaaaacttaaaacaaaa
tgcttttaatGTCTTTCTATGCTTGTGTATTTCTAGCATCATACCATCCC
GTGTCATACTGTTGATATGGTTTTTAGGGATATTAGTTATCACAAAGCCT
TTCAATCATCTTAGATTACCTCCCAGCCCTtgctatttcttttcaatttg
aGTTGAATTACATTTAAAACAGTCCATTCAGCAAAAATGAAACTATCTTA
AAAGTATCTTGTATCTGAAAAAgcaaattaaaattcagaaacaacgCATG
TTaagctaaaagtcaaaaacattaaaGCACTGGTCTTGACAAGATGAATG
GGATGCCACAGAGCGTGGAACTACTTCCAAGTATAATCCAGAAATCACAA
GCATCAACATTATTGGAAAACTACAAGCTTTAAATCAGCGTtagtaatca
attttttttatttcttctgTAGGAACACGCATTTGAAAGCAGCCAAAAAT
ATAAAGAAGGTAAATTCATTATTGAAATGGCACACATGCTCAAAGAAAAT
GGCTGGGAATAAAACAATGGCTTTGCTACAACGATATGTTTATCTTAAGA
AGTTTGATTAGTTAGAAACCAGTTAGAGTTACCATTGAATGATCTAAAAA
TCGAGTTGTTTTGGCCAACGTTTTTGTATGTTCTTGGTGTATTCATCATC
AACTTGTTTATCGTTAATGTAAATATTATGGAGATAAGATTACTATGGAG
GTAAGTGGATGCCATCTTTTTTGTTAATCAGAGCTTTTCTACGAAATCat
tctttcactttcgttttttttttcaaaatgaaacattCAATCTTCATTat
cattattgttattattagtattaAAAAACTAACCCTGTAAATATTGTATA
TTATTATTCatttaaaaaactaaaagatgtattttgtatTTACcccttta
aagtttttttggttACCAGAACATGGAGTCTTTAAAAATGATGCCTGTAT
TTGAGAACACACATTTTACTTATACTGGTTTAACCTTGCTTTTGATTTTT
GTGTTTATTCATgtttcaacaattttttgatgattttttgacttttttac
taAGAAGTTCTTCAAGTTGTCAAAATCTTGATTTTACGGTTCTAATGAGC
TCCTAATGAGAAATtattaatgcaaatttaaacaagatttatcaaaactt
tataatcATCAATTTTTATGATGGAATAGCATTGTTATTTTTCAGGTGTT
TGAAGTTTTAAAAGTTCTTGTTTGTTGAACCACTCTTTTTTTAgacgatt
ttctgaaaatttcttttgggaAATGATTTTGTCACGTGATTTTGTCTTGT
GATTTTGTGATAGAAATCTTGGATATTtgaaatgattatcttttttgaTA
ATCTCAGTCATCCAAGTAATAATAATATTGGAAGGAATTGAAACGAAGAA
TTTGAACGTGATAACGACCAGGAATTAGGAAAAAGTAATTCCTGTTTTAA
ATTAGTTCTTTGTCTTAGTAAAGTTGATAAGGAAAATGAATTTATACATG
AATCAGTCGAAAATGAAACGTTTTCCTCTCGTTATAATGGTTAGAGTTTT
TTAACCAATTTTGTCTTAGTGTTCGTGCGTTGTATGTACATACTTTTGAC
CTTGccttttaaaaatgcttttaatttaTCTAAAAGCTGTTTGAAGTATT
TGAAGAAGAAATCACTTTCTTCCGAAAACTTCACTCTTGTAAAtaatttt
gtacaaaaaattttgatttaattttattttattttcagttatatgataat
atattatttgattttttttcggtcaacGCAAAATACATTTTGTATGATAA
AATGTTATGTACAGGATCTCATGTGTACATAGAAGCTGGTATTCATTTGT
TTTGCATAAGACTAGGTACAGGTACCTTTGGGACTGGTTCTCTGTGTATC
TCAATGTTCAAGTCTTAAAGATAACTAAGTGTCTTtaccagaaaaatttt
ttacctacaaaaagtcaaaaatttgtcgaaaataatttttaaatacattt
aggatccattttcataactttttttctatacgATTTGCATTTTGATATTG
GCTGACATTTTGAGACTTTTAGAACGTTAATAGGGATAAATTATATGTTA
TTTTTTACAACCAAGTATATCTAGCTACATTTTAAGACAAGATTTTTCTA
CTGGTTAGATTATGTTTTGTTTGATATATTAAAAGTTGTAAGATTGCTAG
AGTTTTAACCATAACTATATTTTTTGTCTCTAGTTCAGGAAGATTCAATA
CTTTTTCCTCTATTGTGAATTATTCTCGATTTCATGCGGAAGGGAAAATG
GGGAAAGTTTGTTTGtaatagattttcatttttatccttCCTAAGCGAcg
aatgaaaaaattattttttgagaattttctctcggtagattttttttcgg
tgAAATTTACTTTGAAAACTTACAAACCGACtttgcttgatttttttttg
catttctgaCACCCACGTGTGCGTGGACAGAATGTAAAAAGTTTGATCTT
AGCTTATATAGTTCATCATTGTAATTTGTAGAGCTTTATACTTAGGAAAG
AACtgtttatttttcctttttcaaggTAGCTAAGGCGACCAATTATAAAT
ATAAGaagatttttcctctctaaGCTTGCGAGTGAAGATTCCCTACTTAT
ATTTACCTTAGCAGCTCTGTAGCTTCCTGAAAGTGTTTTTTTCGCAGCTA
CATCAACGTTTGACTTCGTGGATTTCTTTccgtttaaaaattttttcctt
gtgaaataatgaattttgttaaatttattttctacttttcaaTTTATGCT
CGTCACTTTCTATGACATCACAGTGATAATTTTCTCAAACCTTCTTACAT
TTTTGGCCTATTATCTTGAAAGATTTGGTAGATttgaaaacaactttttt
tgttCATAGAACCGGTAAACTTTCTCAGAGAACATTCTAGAAATTTCCCT
CCTTTATGCACCCAGTTGGTAAACATACTCTAGGTTCTCTGAGAAAGTTT
TCCtctagaaaagaaaatctttttactaactgattgtataaaaataatgt
ACATTTTTCTAGTAttgaacatttttgttttgaaagaagaaagaaaagtt
cTGGCATGgcat Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_309:119665..126082+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00058219 ID=TCONS_00058219|Name=TCONS_00058219|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=6418bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_309:119665..126082+ (Clytia hemisphaerica)
GGAAGAGCTTATCTATTCAATTCTGTGTAAGTTTTTCATGTACTTCTAGC
CAATAATGGAATCCGTGTTTGAGACTACTCGAACAtggaatgggccattc
cagaacatttttgttacccccgtcggacgacgtgcatttttaaatttttt
ctagcattggaaataattttctttttcagtggtggtcggaaattcccata
aaaatccatgtacttttgcaaaatgcatagGAAAATCCACTCTTTTCTGc
ctttttcaattcaattgccttggaaattcatacactTTCTtttctcgcct
tggaaatttcgaattttggtgaaaacttttgccctcgaaAATCCTGTGTC
AtccgcccccctgttacagacaaattctgaaATGGCCcaagaagaaaatg
tatgaatttccaaggcaattgatttaaaaaaggcaaaaaagagtggaatt
tctgaCGCATTTTGAagaagtacatggattttcatctGAATTTTTGACCA
ccattggaaaaaaaaaaaatttccaaggctagaaaaaataaaaaaatgca
cgtcgtccggCGAGGGGGTAAcagaaattttctggaatggcccaatggcA
ACCTTTAACCTTTCTGTCTGTAGAGGGAAATCAATCTAAATGAGTTCTTT
TCCATAAGATTCCCTTCTCCGTTATAAGCCTTAGAGAACGAAATTTCATA
TACTAAACAGTCCNATCAATCTAAATGAGTTTTTTTCCATAAGATTCCCT
TCTCCGTTTTAAGCCTTAGAGAACGAAATTTCATATATACTAAACAGTCt
acttttgaactttttattcaGAGTTAGGTAAGGCAGTTGCAACACTGGAT
TTTACTGGTGTTTTTAATTGAATTCAGACAAAgcaataccgtgagtggtc
ctaaatccaacagccctgcctaaatccgatagggtctttcaaagatacaa
actaaaattaaaacaaacctttcgctgtgacgcaatgaagataccaaagt
gccaactaaactgagagatttgatacattgcACCAAATGAGCCAAAtaga
aataacaataattgcttcttatagaAAACATAATTCTTTATTGCAATATg
tacaacgtcataaatgacaacagcaataaaacagcatcataaaatgtaat
tttttttacgattcacactttttaaattACCAACATAAATCggcatcttg
acattatagccatattgttagatgttttgtttcgagagttcatgcaatag
tttatcgttcaacttgaaGAGGGAATGTTTATAAACATAGAATCTTTTTC
ATAACAgctatttggggggtcggaattaggcagggctgtcgggtTTAGGA
CAGGCTGTCGGGTTTAAGACCACTCACGGTAGGTCTTTTCAAGGCTACCA
TACTTTATACACCTATAACAATCAAAAAGTTCCCTAAAGCAATCAAAAGC
GCCAAGATGACAAAAAGTGGCTTTACAGTACTGGAGCACTTTATatttga
ttgagattgtctgaAGACAAATATGTTCTCAAATAATAGCCTTACTTTTG
ACCAAAATTGAGACAGAGAGAACCACCTTTTACATTTTGTTCTTGCATCC
ATTCTTTTTGTGCATGGGCTTTAATAACACTTCAGAAAATTCTATCAATT
TTCTTACATTGACCAGAAAAAGAAGCATTCTTTTCTTAAAttcatttgtt
taaaaatgtttgtgatttttttatcttttggatcatgatacattttttta
ttgtttataagTAAACATTTATAATTATGCAAAGGAAAAAAGGAGATTAG
GCTAAATATGTTGATTCCCGATCTTAAATTGTTTGATGATACTTTCTACT
CATCAGCATGCTATTTTTACAAGAAACTGTTATGTGTATAAATTTATCTT
GCTGTGACTTGATGAAATCTCAATTCAAGACATGCGTCCAAAACAATTAA
TTTTATTATATAACATTGCAATCTGATACCTTAAAAGTATTATAGCACTT
AATAGAAACTAAATTACACACAAAAATGTTTAATAAGGTTTGTCTAAAGC
CTTGTCAAAGTGTTTAAAAGATGATTTTGATATGtacgaaaataatcaaa
aaggttatttattttctttcttttcatttaagCCTAAATGTTGGTTGTGG
CCCTGCCGAGGAGAGAATTTTATTAACTGGATTACATGCTGTAGCTgata
tttattgtgaaaattgCAAAACAACCTTAGGTTGGAAATATGTAAGCCAT
TTTATTTTTCCCAAATTATAAGTTGATtgcttttttaattatttgtaATT
GATCTACCATTTATATAAATGACCATGTTGCAAGAAAGCTCAGATCACGG
TATCATACAAAGATATTTCTTGTCACAAGTGACAATCTTTGAATCAGACT
GCTACAATAGAATTAAGCATATTTTTCtcacatgaaaacatgctttttaa
taaaaaaaaatacatgaaaaggATCAGTTGACTTCCTTCATGAGGTATAA
ATAATTAAGAAATAGAATCAAATCATTGAATAGTgttttgctgatttttt
aaatcaatactTTCTTATATTCGGTATCAAAGTGATGTTATGGAGCAGGT
TGTATTCAGCTTGAGAATCATCCCTCCTTAGAACCACCTTTCCGATATCA
CAAAAGTCAATGATAATTGCATAAAGCCATAGCAACAAACGTTATTTTTA
ACATCGTTGAGTTATTTTTGGGATTGAAATGAACAATTTCAACAGTATCA
GGTGAATCTTCTGTCAGAAGtccaaaaataaggaaaaaaaagTCTAACAT
TTACTAGTAATAAATTTCAtgaagaaaataatatttttcccgTGTTTGTG
AAATctgaattaattttttgttctcCCGATGAAAAGAATTGATTTGAGGA
AATATAATTTCTTCCTTGAATTTAATAACGTTTCTTTTGCTCAAGgacga
aaaaaatgaaatcacaaGAAACTTCAATATTAAACGTATATATTAGAAGA
TTTGTCTTCCTAAACCAACACTAAAAAACCTGCCTTTAAGAATATATATT
CTcaaagaaaagcaaaacaaaaatagaGACAGCTTATCTTAATTTGACGA
CAAAATGAAGACAAGTAATAACTTGTGATTATAAAAAAAGCCAGTCAGAT
ATTCTAGTATCCCCTTTTTCgtctaataaaaacaaaagtatgTCAAACTT
TGCTAtaaatagttttgaaatgaTATTTTATGTCAGGTATACAAAAGGTT
GTACTAAGTTAACAAAATCATATGTACTTTTCACCGGtcaaaaacttaaa
acaaaatgcttttaatGTCTTTCTATGCTTGTGTATTTCTAGCATCATAC
CATCCCGTGTCATACTGTTGATATGGTTTTTAGGGATATTAGTTATCACA
AAGCCTTTCAATCATCTTAGATTACCTCCCAGCCCTtgctatttcttttc
aatttgaGTTGAATTACATTTAAAACAGTCCATTCAGCAAAAATGAAACT
ATCTTAAAAGTATCTTGTATCTGAAAAAgcaaattaaaattcagaaacaa
cgCATGTTaagctaaaagtcaaaaacattaaaGCACTGGTCTTGACAAGA
TGAATGGGATGCCACAGAGCGTGGAACTACTTCCAAGTATAATCCAGAAA
TCACAAGCATCAACATTATTGGAAAACTACAAGCTTTAAATCAGCGTtag
taatcaattttttttatttcttctgTAGGAACACGCATTTGAAAGCAGCC
AAAAATATAAAGAAGGTAAATTCATTATTGAAATGGCACACATGCTCAAA
GAAAATGGCTGGGAATAAAACAATGGCTTTGCTACAACGATATGTTTATC
TTAAGAAGTTTGATTAGTTAGAAACCAGTTAGAGTTACCATTGAATGATC
TAAAAATCGAGTTGTTTTGGCCAACGTTTTTGTATGTTCTTGGTGTATTC
ATCATCAACTTGTTTATCGTTAATGTAAATATTATGGAGATAAGATTACT
ATGGAGGTAAGTGGATGCCATCTTTTTTGTTAATCAGAGCTTTTCTACGA
AATCattctttcactttcgttttttttttcaaaatgaaacattCAATCTT
CATTatcattattgttattattagtattaAAAAACTAACCCTGTAAATAT
TGTATATTATTATTCatttaaaaaactaaaagatgtattttgtatTTACc
cctttaaagtttttttggttACCAGAACATGGAGTCTTTAAAAATGATGC
CTGTATTTGAGAACACACATTTTACTTATACTGGTTTAACCTTGCTTTTG
ATTTTTGTGTTTATTCATgtttcaacaattttttgatgattttttgactt
ttttactaAGAAGTTCTTCAAGTTGTCAAAATCTTGATTTTACGGTTCTA
ATGAGCTCCTAATGAGAAATtattaatgcaaatttaaacaagatttatca
aaactttataatcATCAATTTTTATGATGGAATAGCATTGTTATTTTTCA
GGTGTTTGAAGTTTTAAAAGTTCTTGTTTGTTGAACCACTCTTTTTTTAg
acgattttctgaaaatttcttttgggaAATGATTTTGTCACGTGATTTTG
TCTTGTGATTTTGTGATAGAAATCTTGGATATTtgaaatgattatctttt
ttgaTAATCTCAGTCATCCAAGTAATAATAATATTGGAAGGAATTGAAAC
GAAGAATTTGAACGTGATAACGACCAGGAATTAGGAAAAAGTAATTCCTG
TTTTAAATTAGTTCTTTGTCTTAGTAAAGTTGATAAGGAAAATGAATTTA
TACATGAATCAGTCGAAAATGAAACGTTTTCCTCTCGTTATAATGGTTAG
AGTTTTTTAACCAATTTTGTCTTAGTGTTCGTGCGTTGTATGTACATACT
TTTGACCTTGccttttaaaaatgcttttaatttaTCTAAAAGCTGTTTGA
AGTATTTGAAGAAGAAATCACTTTCTTCCGAAAACTTCACTCTTGTAAAt
aattttgtacaaaaaattttgatttaattttattttattttcagttatat
gataatatattatttgattttttttcggtcaacGCAAAATACATTTTGTA
TGATAAAATGTTATGTACAGGATCTCATGTGTACATAGAAGCTGGTATTC
ATTTGTTTTGCATAAGACTAGGTACAGGTACCTTTGGGACTGGTTCTCTG
TGTATCTCAATGTTCAAGTCTTAAAGATAACTAAGTGTCTTtaccagaaa
aattttttacctacaaaaagtcaaaaatttgtcgaaaataatttttaaat
acatttaggatccattttcataactttttttctatacgATTTGCATTTTG
ATATTGGCTGACATTTTGAGACTTTTAGAACGTTAATAGGGATAAATTAT
ATGTTATTTTTTACAACCAAGTATATCTAGCTACATTTTAAGACAAGATT
TTTCTACTGGTTAGATTATGTTTTGTTTGATATATTAAAAGTTGTAAGAT
TGCTAGAGTTTTAACCATAACTATATTTTTTGTCTCTAGTTCAGGAAGAT
TCAATACTTTTTCCTCTATTGTGAATTATTCTCGATTTCATGCGGAAGGG
AAAATGGGGAAAGTTTGTTTGtaatagattttcatttttatccttCCTAA
GCGAcgaatgaaaaaattattttttgagaattttctctcggtagattttt
tttcggtgAAATTTACTTTGAAAACTTACAAACCGACtttgcttgatttt
tttttgcatttctgaCACCCACGTGTGCGTGGACAGAATGTAAAAAGTTT
GATCTTAGCTTATATAGTTCATCATTGTAATTTGTAGAGCTTTATACTTA
GGAAAGAACtgtttatttttcctttttcaaggTAGCTAAGGCGACCAATT
ATAAATATAAGaagatttttcctctctaaGCTTGCGAGTGAAGATTCCCT
ACTTATATTTACCTTAGCAGCTCTGTAGCTTCCTGAAAGTGTTTTTTTCG
CAGCTACATCAACGTTTGACTTCGTGGATTTCTTTccgtttaaaaatttt
ttccttgtgaaataatgaattttgttaaatttattttctacttttcaaTT
TATGCTCGTCACTTTCTATGACATCACAGTGATAATTTTCTCAAACCTTC
TTACATTTTTGGCCTATTATCTTGAAAGATTTGGTAGATttgaaaacaac
tttttttgttCATAGAACCGGTAAACTTTCTCAGAGAACATTCTAGAAAT
TTCCCTCCTTTATGCACCCAGTTGGTAAACATACTCTAGGTTCTCTGAGA
AAGTTTTCCtctagaaaagaaaatctttttactaactgattgtataaaaa
taatgtACATTTTTCTAGTAttgaacatttttgttttgaaagaagaaaga
aaagttcTGGCATGgcat
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00058219-exon-scaffold_309-1491911889:119665..119690 | TCONS_00058219-exon-scaffold_309-1491911889:119665..119690 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00058219-exon-scaffold_309-1510915933:119665..119690 | TCONS_00058219-exon-scaffold_309-1510915933:119665..119690 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00058219-exon-scaffold_309-1575043694:119665..119690 | TCONS_00058219-exon-scaffold_309-1575043694:119665..119690 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00058219-exon-scaffold_309-1491911889:121797..126082 | TCONS_00058219-exon-scaffold_309-1491911889:121797..126082 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00058219-exon-scaffold_309-1510915933:121797..126082 | TCONS_00058219-exon-scaffold_309-1510915933:121797..126082 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00058219-exon-scaffold_309-1575043694:121797..126082 | TCONS_00058219-exon-scaffold_309-1575043694:121797..126082 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| scaffold_309 | supercontig | scaffold_309:119665..126082 + |
Blast
BLAST of TCONS_00058219 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: YPEL2 (Protein yippee-like 2 OS=Homo sapiens GN=YPEL2 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 97.0561 bits (240), Expect = 1.527e-22 Identity = 44/49 (89.80%), Postives = 46/49 (93.88%), Query Frame = 1
Query: 1 GRAYLFNSVLNVGCGPAEERILLTGLHAVADIYCENCKTTLGWKYVSHF 147
GRAYLFNSV+NVGCGPAEER+LLTGLHAVADIYCENCKTTLGWKY F
Sbjct: 46 GRAYLFNSVVNVGCGPAEERVLLTGLHAVADIYCENCKTTLGWKYEHAF 94
The following BLAST results are available for this feature:
|
