TCONS_00060863 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00060863
Unique NameTCONS_00060863
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length4028

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00060863 ID=TCONS_00060863|Name=TCONS_00060863|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=4028bp
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_349:639003..672108-

Legend: exon
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>TCONS_00060863 ID=TCONS_00060863|Name=TCONS_00060863|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=33106bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_349:639003..672108- (Clytia hemisphaerica)
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AAGAACAAAGTTTTTAAAATAAAACTTTGTTGTCTTTCTTTAAATGAAAC CCTGATAATTTCTTACTTTTATAAATTTATTGAAACAGAATTTAATTTTC GAAGAATATACCTTTTTCTACCTTACCAGCTGGCATAGAACGTTGTTTCA ACGTTTATCTAACGTTCACAACATCCATATAACGTTAGATGAACGTTGAA ACAACGTTGTATACCTTTTTCTACCTTACAATATATTTTATGCAACCAGT CGTTCACCAGATGCAAAACATTAAAAATTGGGGATTATTTTTTGACATAT TGGACGATAGTATCAAAATTTATATATGTAAACCTTGGGAATTATATTTC ACTATTGTATAATTTTTCATTGTATTTTTGTAGAATTCCATGTGCTCGTC ATCTCTTCTCCCCAGCTGGTACACAACGTTGTTTCAACGTTAATCTAACT TTAAATGGACGTTGTGGACGTTAGAAAAACGTTGAAACAATGCTGTGTGC CAGCTGGGTCTGCTACTGTGTAGTTTTAGTTTTTTTGTAATTTTTGTTTT AATTTTATATGTTATTGCGTGTGTGTGTCCGTGTCAAAATCGTAAAAAGA AATGATTTTTCTATTTAAACATTCTTGATTTTTATATTTGTATTATTTTT CCAAATTTTCTCATCATGGAGAAATCATTATTTCAAATCTTTCTTTGGTC ATAAATCGCCTGTAAAATTACATTTCTACATACATCAAATAACTCCCGTT CATTCCAGAAATCGAATACACGTTTTTTTTTTAAGAAACATGAAGCTCAG AATGCC
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_038218XLOC_038218Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
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Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
scaffold_349supercontigscaffold_349:639003..672108 -
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
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Blast
BLAST of TCONS_00060863 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: LDB3 (LIM domain-binding protein 3 OS=Homo sapiens GN=LDB3 PE=1 SV=2)

HSP 1 Score: 153.295 bits (386), Expect = 5.301e-38
Identity = 72/171 (42.11%), Postives = 106/171 (61.99%), Query Frame = 2
Query: 1091 CSACDQPLDGPFVSAIGKTWHPDHFCCSSCQMSLQKQAFVEENNKLFCEKCYNSYYAPKXXXXXXXXXXXXXXXLGKSWHPDHFVCTFCNRGFGTDGYLVDSGKPYCEKCFEDLFSVKCGKCMRAITGGEKYVEALNKNWHSGCFTCNQCNARLEGNSFFVSRGMPYCGQH 1603
            C  C+  + GPF+ A+G++WHP+ F C+ C+ SL    FVEE N ++CE+CY  ++AP CA CN  I+G  ++AL ++WH   FVC  C + FG   + ++ G+PYCEK + +LFS KC  C   +  G+K++EAL   WH  CF C  C+  LEG  F+  +  P C +H
Sbjct:  551 CGHCNNVIRGPFLVAMGRSWHPEEFTCAYCKTSLADVCFVEEQNNVYCERCYEQFFAPLCAKCNTKIMGEVMHALRQTWHTTCFVCAACKKPFGNSLFHMEDGEPYCEKDYINLFSTKCHGCDFPVEAGDKFIEALGHTWHDTCFICAVCHVNLEGQPFYSKKDRPLCKKH 721          
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00060863 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
LDB35.301e-3842.11LIM domain-binding protein 3 OS=Homo sapiens GN=LD... [more]
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