TCONS_00061884 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00061884
Unique Name	TCONS_00061884
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	3601

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at scaffold_361:482292..514335+

transcript sequence

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a

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transcript from alignment at scaffold_361:482292..514335+

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>TCONS_00061884 ID=TCONS_00061884|Name=TCONS_00061884|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=32044bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_361:482292..514335+ (Clytia hemisphaerica)
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CTTTGTGAGGTGTTGTGGTCACCTTCAAACCCTAATCGATTCATCAAGTT
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CTGAATACACGgaattcaaattttcacttacCCTTTTATCCAGCAAGTGT
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GAGTTGTCTTCGCAAACCTTGTTCCTAATAAGGGATTCCGTTtccatttg
tttttgtttgatttcattCAAAGCTTTGTGGAAATCGGTCATCTGACTTT
GGAGCTTAATATTCTGTTCTTGGCCTGTTTTAATAGTTGATAACGAGGTG
GAGACACACTTAACCAGTTCACTATGTTCGTTAGAATATTTCTCTTCCAT
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TTGCCAATTTCTCAAGTAGGGCTTCTGGTAGGACAGGTCCGGACTTTGCT
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TGACTCAACCGATGAATCCTTTGGTAAATCGTCATGACCAGCGGTGTAAT
TTTCAATTACCTCGCGAGAGGATGGTGTAGACAAAAGGCTTTCTGCCGAC
GGGACTGGGATGGAATTACCGTTTGGCCTTTCGATTAGTTGTTTACTAGC
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CTCCAGAAAGGCTAGAAGCTGCTTGAAGAAGCGACTTATTCAACTGATCA
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AAAAAGAGTTATACCATAGAAAAGTTTAAAATCATTAACATTGAAAGTAG
GCTGAAagaatttaagcaaaaaaacaacataaatcATTGCACACTACACT
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ATCCAAAATACTGAAGTGCCAGCATGATCCAGTGTAAACAAAAACCTAAA
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ACATGCCGCTCATCTCGCTGATTGGTTCGTGTAAGTGCAATCACTTGAAT
TCAAAGCGGAGATTTATTACCGTAAACCCTTTCTCTACATATCATGGTCT
ACATCATTAAATATTCGTTTAGATATTATATGAGCAATATATGTAGTAAG
TGTATAGTAGCAAGTTTTCATCTTTTATTAAAGACTTGTAACTAAAATGC
ACCGTTACAAAGCAATAAATAGCACATTTAACATGTGTACTGTATCTAAA
TGATAATTCAAACCTACGATTAATTCGTACACTAAATTCGTAGTTTTACA
AATTCTGGCTGTTAGTAAGTGACGTAGAATCAATgttactttcaaccaat
cagctgttgggtccgtaaatgacattgcaatggtgcatttCATGAATAGA
GAGTTTGATCAAAAGTAccatctttctttctttaaatttttcagtGATCA
CGTGGAATGTCCGGTAACAAGTTGTAATTGCGTGTGTAACGCCTTGGATC
GTGTGTCCATGGTCACTCCACAAGAATTACcagtaaagaaaatttctatg
TGATGATGTAAGGACTCGTGTGATGGTgggcaagaaaaagtgaggcCACT
TCCATGAATTGACGTAAGGACCTACTTGTCGTTGTTCAAAATGATTATTC
ATCCTTTGGATTTTTTTTGGTGCGAATCCACTGAATCCTGGGATCGAATG
CAATGACCTTCTTTCATTCGAAGGGAATCTTTAAAATGAATAGAATTCTT
AAATCTCTACTAAACACTTGCGCAGTGCAAGTGGCTCCAGTGGCTCCATT
TCGGTCAGTTTCTTTCAGCTTTATATAGACCCTGGAGGCAGTTTCTCAAA
CCCGgacaagcaaaatattttgattggagtttttttttaaagtggtacCC
GCATCGAAAGCGCTAGATCTAAGTGATATTGCGCCGTTTGTCGCCATGCA
AAGATTTAACACTACAATGGTCCCGAGTTTATGAAGGTCAGTTTTAGCAT
ATTCTATGCTTTTGtaggaaaaataataatattcgCTGCTAGAATAAGAT
GAACATATTCACACCGATCTGGATTCATATCGAGGTGAATTTGTAAacag
tcaatttttttcaagagtATGGATTATTCATACTTTTGCTTAAa

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_038812	XLOC_038812	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
scaffold_361	supercontig	scaffold_361:482292..514335 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
2.0322e-09	3.58686e-05	0.384232	0.59538	0	0.390629	0.43239	0.468343	0	0.379078	1.55315	0.851698	0.709694	0	0.394934	0.287614	0	0.280878	0.302845	8.22249e-08	1.82515e-08	0.404765	0	2.66923e-09	0.667353	0.901426	3.93666e-09	0.124907	0	4.35602e-09

Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00061884 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: MIO (GATOR complex protein MIOS OS=Homo sapiens GN=MIOS PE=1 SV=2)

HSP 1 Score: 303.908 bits (777), Expect = 4.349e-87
Identity = 180/385 (46.75%), Postives = 237/385 (61.56%), Query Frame = 2

Query: 1853 R*LALFLCEW--DVTDETLRERLDQLVAKNEIERAAAVALFHNKLDWTIDILGSTQANQKKELP--IVAMALSGYNDSIKKGSMWIANCQRLGQQLTNPYLRAMFAFLTAEGEDFTSVLKENGMDLKDRIAFACRYLSDAKLTNYVENVTSKMXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXNYITKYGDVQTAVLIVLVMKYSDVMKDERVNDWIEYYRCLLDRWRMWHKRAQFDSLVQSMSLQRKIPNQISVTCTYCSKPVSLNMMAAGGLRSTRFLYGGAGGANRQNKAMSCPGCRQPLPRCSVCLINMGSLSTHQPRTGNQKPKL----ENNVNSFQNWFTWCQMCRHGGHAAHLADWFVDHVECPVTSCNCVCNALDRVSMVTPQE 2983
            R LAL LC W    TD  +   L+ LV + E ERAAAVALF+  +   I IL    +++K +L   +VAMALSGY D  +K S+W   C  L  QL NPYL  MFAFLT+E   +  VL EN + ++DR+AFAC++LSD +L  Y+E +T++M  +G LEG+LLTGLT DG+DL+E+Y+ + GDVQTA   +L     DV+KDERV  WIE YR LLD WR WHKRA+FD     +    K   Q+ V+C +C K +S +  A    +   F   G  G+  ++K  SCPGCR+PLPRC++CLINMG+  +  P       K+    +  +  F NWFTWC  CRHGGHA H+  WF DH ECPV++C C C  LD    + P E
Sbjct:  490 RILALQLCGWIKKGTDVDVGPFLNSLVQEGEWERAAAVALFNLDIRRAIQILNEGASSEKGDLNLNVVAMALSGYTD--EKNSLWREMCSTLRLQLNNPYLCVMFAFLTSETGSYDGVLYENKVAVRDRVAFACKFLSDTQLNRYIEKLTNEMKEAGNLEGILLTGLTKDGVDLMESYVDRTGDVQTASYCMLQGSPLDVLKDERVQYWIENYRNLLDAWRFWHKRAEFDIHRSKLDPSSKPLAQVFVSCNFCGKSISYSCSAVPH-QGRGFSQYGVSGSPTKSKVTSCPGCRKPLPRCALCLINMGTPVSSCPGGTKSDEKVDLSKDKKLAQFNNWFTWCHNCRHGGHAGHMLSWFRDHAECPVSACTCKCMQLDTTGNLVPAE 871

HSP 2 Score: 166.777 bits (421), Expect = 6.697e-42
Identity = 99/314 (31.53%), Postives = 178/314 (56.69%), Query Frame = 3

Query:  813 QPVFLHGSGESTFSVQWMPDSPNTLVAGVTKWIRLFDIRTQNQNPKLIAHTKAIYGICIDPNNPSRLASFAKGQKGVVVWDVRKPEKPIVTIN-QTNPVLKVQWCPKRSHMISVLQKDSNAVKYYDLQFSTSLQYNSNVDVDNDSILFERNIMLPKSTSSTVSSYDWNPDHEMTLLAVTKTGSLHYLKVFERIAMSWSPSSEVMWACGSQMF--LSDKPDPSMQDDISFVMKKRAEQGYGEAFVMKDDRKL--NDVL---NEPALFNLWTWLKRAKKL-KDHDQRKVRK-----FFGVKAIIKGDLSM-EMRRH 1709
            +P++  G  ++  S+ W+P     L+AG+ + + +FD+R  +Q  K+  +TKA+ G+ +DP    R+ASF +GQ  V +WD+RK EKP++T+  Q  P+ KV WCP R+ +++ L +DSN ++ YD+Q + +      +  + +  + ER++   +   + ++S+ W+P  +  ++ VT   ++    VFERI+++WSP + +MWACG  ++    ++ D S++ DI+  M+ RA   YG      D  ++  N +L    +P L +LW  L   K+  +D DQ+         + G+K+I+K  L M E  RH
Sbjct:  176 KPLYELGQNDACLSLCWLPRDQKLLLAGMHRNLAIFDLRNTSQ--KMFVNTKAVQGVTVDPYFHDRVASFYEGQ--VAIWDLRKFEKPVLTLTEQPKPLTKVAWCPTRTGLLATLTRDSNIIRLYDMQHTPT-----PIGDETEPTIIERSV---QPCDNYIASFAWHPTSQNRMIVVTPNRTMSDFTVFERISLAWSPITSLMWACGRHLYECTEEENDNSLEKDIATKMRLRALSRYG-----LDTEQVWRNHILAGNEDPQLKSLWYTLHFMKQYTEDMDQKSPGNKGSLVYAGIKSIVKSSLGMVESSRH 472

HSP 3 Score: 87.0409 bits (214), Expect = 3.495e-17
Identity = 53/158 (33.54%), Postives = 86/158 (54.43%), Query Frame = 3

Query:   39 TKPDLCEVLWSPSNPNRFIKFDTGDGSNNISLYQVYRDRNLLSNKNQVVQLADNVYVQNIATNSDYNSIKCIAWCPKAELADHCVLATGLSNGRVSIHNLGSEPPSNSGLQLNQVLLPKMERVCHDVAWNSVEPNLIAVALDKVRVDCSLAVWDIAAQ 512
            TKPD   +LW+P + +RF+  D+      +SLY V    N    K   ++L+++     ++ NSD   +KC+AW         C+LA G +NGRV + +LG +  S     + +  +PK  R C+ +AWN ++ N +A  LDK R D S+ +WDI ++
Sbjct:    4 TKPD---ILWAPHHVDRFVVCDS-----ELSLYHVESTVNS-ELKAGSLRLSEDSAATLLSINSDTPYMKCVAW--YLNYDPECLLAVGQANGRVVLTSLGQDHNSKFKDLIGKEFVPKHARQCNTLAWNPLDSNWLAAGLDKHRADFSVLIWDICSK 150

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00061884 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00061884 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
MIO	4.349e-87	46.75	GATOR complex protein MIOS OS=Homo sapiens GN=MIOS...	[more]

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TCONS_00061884 (transcript) - C. hemisphaerica