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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00062156 ID=TCONS_00062156|Name=TCONS_00062156|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3238bp
GTCACCAGATGTTGTTTGGACATttcaataacaaaaaaaaatttagtgaa
gtcatttttcaaaataaattgcGGGCTCGCCATTGTTTTCCTGTTTTCTC
ATTTACCTGTTTACTGGTTCTCAAAATCAAACGACACAGCTTAAAGATAC
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TTACTATTATCTTTGGTAACATATTATCTATTTATTGGTTCATTGGTGGT
TTCAAGCCGCTGGACGAATGCAGATCAAAGACACagtattattttgtttt
gtttactgGTCTTCTTTCCCACCGTTTACGATACGAAGTAAAAGTTTTAA
TCAGAACTGTTGACTACATAATTGAAGATATTTATATTTTGGACATACTT
GGAAAACTGTACATAGCTACATTGTAAataattttaatcaaaaacgaaaa
tgaagCTACTTCAAAATTCAACATTTGAATCACTGAGTTCAGCTCTCTCA
GTTCAAggagataatattaatatttGTGGCagtctGGAGAGTTATTCTTG
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GAGCAGTTACATGGAATTTCACCGAACTCTCTGTATCTACCACCGATGCA
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GAGAAGATTTTGTCAAATTAAGTCCAAATTTATGGAAAGCCATTGATGAT
GAGATTTGTCTCTCAGATTGTGAAATATTTAGTTACAATCCAGACATGGA
GTCTGATCCATTTGGAGAAGCTGGATGTCTGTGGTCATTCAATTATTTCT
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attaaaaaatgtttacgaaatcaaaaatcacaaaagtgacaaaaattata
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ataggggtagacacttgcttataaagaaaGAAACATGTAATACGTCGTGA
GACTCATTCTCAAtcaattaatgaaattttttatcttatggctcaaattt
aatttatctgaAGACTCAGGGCTTCGACTTGTATACGTTTTGAGAATTTA
TAACTTTTACGAAATGCTGAAAAAAGAAGTAAGGTTCGTGAAATTAAGTG
TTCGTATTTTGAATAATAATGTTTCGATGTTTAGAAGATTTAATGTTTGt
gtgtatttaaaaaataagaatatctttatcagaaaaaacaactttttttg
ttGGTTTTATCAACATAATTTGTAAATAATGTTTGGTTCCTTTTAAGTTT
CTTTTGTCTTGTAAAATTGTcaacctttttttttctttcgatctataatt
tattgaaaattttattttaccatTTATCACCCAATCCTGAAAATCTGAAA
ACCCTCGGCAATGACACAATATTAAGTCTGAatatcttctgacattacat
cacagacccaatagctgattggttgtgaGTGACGTAAAGTcggtcaatac
gtcactttcaaccaatcagctgttggaagATATCGAGGTTTTGTCTAAAA
TTTCGTCATTACCTGGTCTAGGAACTTTGGATGGGAACTGAATGAAgctt
atttttaagaattttctcTTTCTATAGAAACGAAAGTGTTTTTAAGCTTT
TCATTATTCAATAATCCATTCAAGTTTCTAAGTCTCATCCTTTTTGTGTC
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ACCTCAAAACAGCTGGAAGAAACGATTGATTATGTCTAAATTATTTGACC
CTTTCCCTAGTTTTTGACCTTCAACTCCCCCCTGGTTTAGTTTAGTATAT
TTATGATTTTAATGTAATGTAAATATGACTAGCCTCTATCACCATTTTAT
TATtgtaaaaatatcttttttttatcttgtaattttttttgctcattttt
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GTTCTTTTGTGCTTAAGAATAATCATGTAAATTGTATGGGCTACTTGCAT
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GGGTGAATCATGTATGTAACGTCACTGGGCAGAAACTTTCCTTTAATGTT
CtgtaataaaattttacaaGACTTCAGCAATCATAACTAAGAGACTTAAA
TATTCAAtcgtagaattttttttcaagacttttatATATAGACATTGAAC
CCACAAGTTACCGACTATACTAGCCGGTCGACTCCTgtctgaaatttttc
tttttgatgatgCTGAGTCTAGTGAATCAGACTGGAAGCACTCGACGAAG
GCTACTTTTCGAAGGATTTCACCAAAAATTCTagatattaaaaaaatgaa
cttttgagtttgtaaaatatGATTTAGATAAGAAAAAT Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_362:83261..91603+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00062156 ID=TCONS_00062156|Name=TCONS_00062156|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=8343bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_362:83261..91603+ (Clytia hemisphaerica)
GTCACCAGATGTTGTTTGGACATttcaataacaaaaaaaaatttagtgaa
gtcatttttcaaaataaattgcGGGCTCGCCATTGTTTTCCTGTTTTCTC
ATTTACCTGTTTACTGGTTCTCAAAATCAAACGACACAGCTTAAAGATAC
AGTTTTATTCACTGTGGTAACAATTTTATAAGTGTTTGAAGGTTATTTTG
TTACTATTATCTTTGGTAACATATTATCTATTTATTGGTTCATTGGTGGT
TTCAAGCCGCTGGACGAATGCAGATCAAAGACACagtattattttgtttt
gtttactgGTCTTCTTTCCCACCGTTTACGATACGAAGTAAAAGTTTTAA
TCAGAACTGTTGACTACATAATTGAAGATATTTATATTTTGGACATACTT
GGAAAACTGTACATAGCTACATTGTAAataattttaatcaaaaacgaaaa
tgaagCTACTTCAAAATTCAACATTTGAATCACTGAGTTCAGCTCTCTCA
GTTCAAggagataatattaatatttGTGGCaggtaaatatttttgatgta
TATTTCAGTACTTATAGGTCCTAGCACCCATTATTTATAGCCCTACAGCT
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GCTGGAGACACAAGCACTTAAACAACCGTGCCAATACTCCTGACAGTCTG
GGGTAAATGTCTGAGAATGGAAAAAAACATCTCACTAGCCCGACACTTTC
AAGACCCTCCTGGcgcaagtgatttttatcaCGTTCTAAAAAACTGTCTA
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GATACTACCATTTAAGATggctgattttttaaaaatacaagGACACGCGG
TATACGCGGGTGCGTAGTTAGCGGAAGTGCACGGGAACGTTCCGGAccaa
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TGTTCCGGAACACAAATAATACGACACTTTTTGCTCCGGATGTTTCCGGA
GCACcgcgccgggagggtcctacACTTTTTAGTCCGACAACAAAACAGTC
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TTTTTGTCCGAAAATAGTCGCACAATCTTTTATCAATTACGAGCCTCTTC
TATTTGTCTATTTCTATTTCGCtcaaacagttagtcacactagcatccca
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tgactcgcaagcaaacaaatgcgccgcaaaacttctaaagagattcatga
aaaaataacccggcgctttttaatgaaattaacattttcaaaaactatga
gaaatcgcctaaaatttgagccatagatgaaaagatttgagccaacactg
acccatttatatgtacagaattatttttactttagcatgTAAGCAAGGCC
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gatattctggctgctgcacgttcgcaatcAGTCATTtagtctcattttaa
gttttcaagttttaattaattgtcttgggaacttgaagttgattcaggta
actctcatccttgttgttgcaattgcatcctgtagatgactgatgttgtt
ttttctgaaagcttgatttcctagtgtgactaactgtcaaaTGTTTGTCT
TTTTAGATATCACCCATTTCTCTACCCCCACTAATCAGTGAAATCTCTCC
CTCCAAAAGCAAATGTGTTTTCTGATTGCGACTAAAGAACAAATTTATTA
ATTCAGATAAAAGCTCTTTTTAACAAGCCTTGTAAATGACGTTGTTTTTG
CTGAAACACTCATTTTTTCTACCACTCGTTCTTAGACAAAATCTGTTTTG
GGAAACTGGTGCAACCGTCAAATGTATTGCcagactagaaagtgtcggac
ttcTGAAAACTCCCAGTCCAAATTTACCACATGATCACATATGTACACTC
GCAACCGTTTGAGTATGTCACGTGGCTATTAGTATTACAGCATGCCACAT
GGCCAGTACGACACATCACAGTGCCAGTAAGGCATATTTCTCTTATCTTT
ACATACATTGGGCGAACAACTGTCTCCCGCTCTGGCCCTGCTCTGGCCCC
CGTTGTACGCCCACATCCTCTTTGTGTCtcgcattttcaaaaattcatta
gAATTACGCTCAAAGTCatgcaaaaatgacaaaataataaaacaaataat
gAAATGACAGCCCCTCTTTTTTATAATGATGTAAGTAATTATCTCTGTCA
gggtactttaatgggatacaCTTTTtggcctatccgcgaaattcaaaaat
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tatgggaatcaaaactataaattGCACTCagaaacatcaatttgtcagat
caaACAAAATTAATAGTGACACTGTCATCAtcgacaatcaaacaaagaaa
aaagttgtattttatactttttattcacatactgaataattgaaaaatct
tctatgtggtattttttgcaaacttcaaaagacTGATTTTTGTCTTAGCT
TAAAAGTGTTTGTGTGCAGCATCGGGTACAgagtccaaatatgtgtttcc
cgtAACTTTTACATGAACAGCTAGGGCTATGCTGTCTGTTTATAGACCTT
ATGCTATTTGCAGTACCTTTTTATCTCCAGCTATAATTAGGGGTGAAAGC
ATTACATAATGACTCCACAGGATAGCCTGATAGTAGATTAACTTCCTAGC
AGTCAACTTTTATCTATATTGATTTTGCTGTATCAGTGTCCAAGAGCTTA
GTTATTAGGCTTAGTTATTAGAATATATTAAACGCAAAAGATGAGAATTA
GACACATTGAAATTGATCTTCTATCAGGCTGTGGTGTGGGGAGTCtaaac
tgaaaaaaataacatttttctctcttttatgTATTACATAGTATGTTAAA
ATAATGAAGGTTGAAAGAGTGAAGTGGATATTAATCATATTATTAAGTAT
TTTAGAAAATTAAATACTGTGGgctggtctaatgtcgacattcctcttct
aattttgacacccttctttagagataggaataagaAAGGTCGAAATCACT
AATAGACAAAAAATTTATTCCTCTCTGATTGCTATTTGCTATTTGATTGC
TGATTCCGAttgtttcaatcagtgattccaaccttcccattattcctatc
tctactAAAGAAGGGTGTCTAACTACTAATTAGAAGGGATGTGGACATTa
ggattagaccaacttacacaCATTTTTCTAGTtgtgtttgtaatttttct
aaattttttgatatCTGAGAGAGTCAATGTAGCTTAGATTGGTGATTCGA
AAGTGACATTTTAAGTTTGTCAAATAGATAATTGGTTGATAATTATTGTT
TTCCTACTAAAATTgttctatttatttttattttaagtctGGAGAGTTAT
TCTTGCAAAATGACTGGCAACGACAAGAAGCTATACAAAGAGCTGAATAT
GTATGGTAAAAGCCCTGCAGACTTACAAGCCTTATCGCCATCTGAATCTC
AAATGGAGCAGTTACATGGAATTTCACCGAACTCTCTGTATCTACCACCG
ATGCATCGTATACCAAGCACAGATGAAAGTGACATATCCAATGTATCCGT
CATGAATCGCAAAATGCTGTTCACTTTAATTTCAACActaaacgcttcat
ttcccgaTTACGACTTCAGTTCAGTAAAATCAGAAGCATTCAGTCGAGAA
GGAGACCTAACTTGGATTGTGAATAATATCAACAGTAACCTGTCAACCTC
AATGGGAGAAGATTTTGTCAAATTAAGTCCAAATTTATGGAAAGCCATTG
ATGATGAGATTTGTCTCTCAGATTGTGAAATATTTAGGTATGCTCCAGTT
atttttccaacttttttttttctttttcttttttcctttgtttttaggGT
TTTTATTCATTAAGACATGTAAATAATTGAATTAGGGAGTTTTTTTACCA
TGATTTGGTTTGTTATAACAGTAACATTGCTATGGCTTAAGTTTTGTGGT
TGCATATCATGTAATCTTTATCCATCCTCATTCCTTAGTTACAATCCAGA
CATGGAGTCTGATCCATTTGGAGAAGCTGGATGTCTGTGGTCATTCAATT
ATTTCTTCTTCAACAAAGAACTGAAAAGGATTCTCTTCTTCAAATGCAAC
GGCTCAAGgtgagaaatataattttttttctttatgaaaatattttgccg
gACAGGTTTTACAGGGTATTGCATTTCTTTTTAAAGATTGCACTAGCTAG
TTAAGGCTAAAAAAGTAGACTTTGAACTCAGGTTGTATTTAAATATGCTT
CAAAGTCATTACATGGTAATTAgatataattaccattttccatcaatTTT
ATGGACATTTTATCAAGTAAGGCTAATGGAAttcaacaaaaaagaaagaa
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CAAACCGAAACAAAAACTTTACTACTTTTTCGGAATGGCATAACTTGATT
TTAATTgcaaaacattttaatattttatgtttttattaccCTTGAGAAAT
CATTGTTAATTCTCTAACTCTCGTAGATATCTAATATCTACTATAGCCCA
TGGGAATTAGCAGtgatttctcaaaaacatttcttgtATAAACTGTACAG
CATTTTTAAcgttttatttaaatcatttgCACTGAAGATGACTGTGTCAA
AAAGCTTATGcttaaatttttaaatgaaaaattttcgtGTCTAATTCTTT
ACTGACTTGAATGATCAGCTAATGGAATTAACAATGACATGTCAAATCAT
ATTTGTGATTTTGATAATGAGTGAAGTAAACAGGATGTCTTCATGacatt
tcaaagtttttctacATACAAACATCAATACACTCAACAGAAGGGAAGGA
ATTGTCAGTACAATTATAGAACTATCAAACCAATAAAGTAAACATAACCA
GCCTTTTGACCACAAAACTGCATCATACACTTGTATCCTCTTAACTTCCT
ACCCTACACACCTCCTTTAGATTGTTATAGAGAAAAATAACTATAACACT
TGTTAGAGCTGGTTAGAGAGTATTTGCATTTCCATAACTAATTTGTAGGC
AATCTAGGGTTTTAAACAGTAAAATCTCTTAGTCAGATTACCCACctctt
gaaaaaataaaagacattcTGCCATTCTGCCATTCAGTGGTCAGACTTCC
CCTTCCCCCGCCTTCCAAGTTTTTAAGCCCTGAACAATTTTCCTTTTAGT
CTGTTAGCGGAGTCATCCTCagaatttgaccaatttgtcATGGATCCTAT
GGACTGTGAAATGGTAAACTGAGGTACTGACTTTTGCCCTCCCCCTTTAT
CTCCATTTTGAAAGACCTATGTTAACTTTAACCCATATCAAAGGTATTTA
TCCCCCAATGGTTACATTATCCTATTTCAAGAGCTTTTATTTCCTATGCC
AAACGTCATTAAGTAAAGTTTTTAACCGTTCTACAATTGACTTGAATATA
AGGTACTCAGTGTTTTTCGGATGGTAATTACTCCCATTTGATTTTAAAAC
ACGAGCACTAATCTTTGTCAGTTATAAAAAACACTGAGTATCTTCTGTAT
ACACACTGACTTCCATTCCTTGACTGactgatctattttttcaaattaaa
ctGGGCAAATTTTTCTTAgttcaaaaatctttgattttatcTTCTATCAA
ATTTTAGGATGTGGTCTTCAAATACAATTGgttgaattgaaaaatctttg
gACCATGTGGATTACATTCGAGTGTATTTTAATAGTATGGTGGTAAAATG
CATGGTTGTTTTGGATTGGAATGGCAGGAATAACGAATGTTTTGGTTGAC
ACACATAAAAAGAGGAGGGAAAGTATTGGTAGTAAAGTTTTGCCTTATGT
ATACTAATCCAAGTCTTCGATATATAACATAGTATATCTCTTTATTTTTA
AAGGTATAATGTGAttagtttttatgtttttgaatcatgaaacaattttg
atttgatttagtGATGTAGCTATTGTTTTGTTGTACATATTGATGATTAc
ttattattaaaaaatgtttacgaaatcaaaaatcacaaaagtgacaaaaa
ttataattttattggcAAAGGTGTATATCCCTTTTCATTTTAATAAGTGT
TCAAATACAAAGAAGATTTTTGTTGAGGGCCACTTTATATAATTGTTTTA
CAAGATCAGTCAGAGCTTATCATATTAATGACATACATGTATTTTctctt
ataagcataacgtttataagcatatacaggctcagtttttggtaacCTAA
ACAatagctctattgtttgagaacgatagaatactaagcataatacaagc
ctgatataggggtagacacttgcttataaagaaaGAAACATGTAATACGT
CGTGAGACTCATTCTCAAtcaattaatgaaattttttatcttatggctca
aatttaatttatctgaAGACTCAGGGCTTCGACTTGTATACGTTTTGAGA
ATTTATAACTTTTACGAAATGCTGAAAAAAGAAGTAAGGTTCGTGAAATT
AAGTGTTCGTATTTTGAATAATAATGTTTCGATGTTTAGAAGATTTAATG
TTTGtgtgtatttaaaaaataagaatatctttatcagaaaaaacaacttt
ttttgttGGTTTTATCAACATAATTTGTAAATAATGTTTGGTTCCTTTTA
AGTTTCTTTTGTCTTGTAAAATTGTcaacctttttttttctttcgatcta
taatttattgaaaattttattttaccatTTATCACCCAATCCTGAAAATC
TGAAAACCCTCGGCAATGACACAATATTAAGTCTGAatatcttctgacat
tacatcacagacccaatagctgattggttgtgaGTGACGTAAAGTcggtc
aatacgtcactttcaaccaatcagctgttggaagATATCGAGGTTTTGTC
TAAAATTTCGTCATTACCTGGTCTAGGAACTTTGGATGGGAACTGAATGA
AgcttatttttaagaattttctcTTTCTATAGAAACGAAAGTGTTTTTAA
GCTTTTCATTATTCAATAATCCATTCAAGTTTCTAAGTCTCATCCTTTTT
GTGTCACACAGTTTGATTGACCTTTCATATGAATGCCTGTCATACTCGTG
ACATTACCTCAAAACAGCTGGAAGAAACGATTGATTATGTCTAAATTATT
TGACCCTTTCCCTAGTTTTTGACCTTCAACTCCCCCCTGGTTTAGTTTAG
TATATTTATGATTTTAATGTAATGTAAATATGACTAGCCTCTATCACCAT
TTTATTATtgtaaaaatatcttttttttatcttgtaattttttttgctca
ttttttttgttcacttGTTTTATGTCTTAATGGTTTTTATTTGCAATAAG
AAAAAGTTCTTTTGTGCTTAAGAATAATCATGTAAATTGTATGGGCTACT
TGCATCAATACTTCTTAAAGCTTCCAAAATATCTTTTTGTCCTTGATAAT
TAGGTGGGTGAATCATGTATGTAACGTCACTGGGCAGAAACTTTCCTTTA
ATGTTCtgtaataaaattttacaaGACTTCAGCAATCATAACTAAGAGAC
TTAAATATTCAAtcgtagaattttttttcaagacttttatATATAGACAT
TGAACCCACAAGTTACCGACTATACTAGCCGGTCGACTCCTgtctgaaat
ttttctttttgatgatgCTGAGTCTAGTGAATCAGACTGGAAGCACTCGA
CGAAGGCTACTTTTCGAAGGATTTCACCAAAAATTCTagatattaaaaaa
atgaacttttgagtttgtaaaatatGATTTAGATAAGAAAAAT
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00062156-exon-scaffold_362-1491911889:83261..83792 | TCONS_00062156-exon-scaffold_362-1491911889:83261..83792 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00062156-exon-scaffold_362-1510915933:83261..83792 | TCONS_00062156-exon-scaffold_362-1510915933:83261..83792 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00062156-exon-scaffold_362-1575043694:83261..83792 | TCONS_00062156-exon-scaffold_362-1575043694:83261..83792 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00062156-exon-scaffold_362-1491911889:87148..87597 | TCONS_00062156-exon-scaffold_362-1491911889:87148..87597 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00062156-exon-scaffold_362-1510915933:87148..87597 | TCONS_00062156-exon-scaffold_362-1510915933:87148..87597 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00062156-exon-scaffold_362-1575043694:87148..87597 | TCONS_00062156-exon-scaffold_362-1575043694:87148..87597 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00062156-exon-scaffold_362-1491911889:87799..87918 | TCONS_00062156-exon-scaffold_362-1491911889:87799..87918 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00062156-exon-scaffold_362-1510915933:87799..87918 | TCONS_00062156-exon-scaffold_362-1510915933:87799..87918 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00062156-exon-scaffold_362-1575043694:87799..87918 | TCONS_00062156-exon-scaffold_362-1575043694:87799..87918 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00062156-exon-scaffold_362-1491911889:89468..91603 | TCONS_00062156-exon-scaffold_362-1491911889:89468..91603 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00062156-exon-scaffold_362-1510915933:89468..91603 | TCONS_00062156-exon-scaffold_362-1510915933:89468..91603 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00062156-exon-scaffold_362-1575043694:89468..91603 | TCONS_00062156-exon-scaffold_362-1575043694:89468..91603 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| scaffold_362 | supercontig | scaffold_362:83261..91603 + |
Blast
BLAST of TCONS_00062156 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: MAF1 (Repressor of RNA polymerase III transcription MAF1 homolog OS=Homo sapiens GN=MAF1 PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 216.468 bits (550), Expect = 4.381e-63 Identity = 110/216 (50.93%), Postives = 152/216 (70.37%), Query Frame = 3
Query: 450 MKLLQNSTFESLSSALSVQGDNINICGSLESYSCKMTGNDKKLYKELNMYGKSPADLQALSPSESQMEQLHGISPNSLYLPPMHRIPSTDESDISNVSVMNRKMLFTLISTLNASF-PDYDFSSVKSEAFSREGDLTWIVNNINSNLSTSMGEDFVKLSPNLWKAIDDEICLSDCEIFSYNPDMESDPFGEAGCLWSFNYFFFNKELKRILFFKCN 1094
MKLL+NS+FE+++S L+V+ + +I G +ESYSCKM G+DK ++K+ G+ P L+ALSP Q G+SP+ L +E +S+ +RK LF LI+TLN SF PDYDFS+ +S FSRE L+W+VN +N +L +++ EDF L P LW A+D+EICL++C+I+SYNPD++SDPFGE G LWSFNYFF+NK LKRI+FF C
Sbjct: 1 MKLLENSSFEAINSQLTVETGDAHIIGRIESYSCKMAGDDKHMFKQFCQEGQ-PHVLEALSPP-----QTSGLSPSRL----SKSQGGEEEGPLSDK--CSRKTLFYLIATLNESFRPDYDFSTARSHEFSREPSLSWVVNAVNCSLFSAVREDFKDLKPQLWNAVDEEICLAECDIYSYNPDLDSDPFGEDGSLWSFNYFFYNKRLKRIVFFSCR 204
The following BLAST results are available for this feature:
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