TCONS_00062228 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00062228
Unique NameTCONS_00062228
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length1933

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00062228 ID=TCONS_00062228|Name=TCONS_00062228|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1933bp
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_362:204304..216264-

Legend: exon
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00062228 ID=TCONS_00062228|Name=TCONS_00062228|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=11961bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_362:204304..216264- (Clytia hemisphaerica)
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AAGTTATATTCTTGAATTTCCAGGGGGTGAACGACTGATTTTAGTTCGTT CACCCTCACTTTAAGACATGAAGGGGATTTTTCCAAGGGTTCTTTTGCAA ATCAAATCTTGCCTTTTTCCAGGGGGTATCTACACTTTTCCAAGAAATTT GTTTTCACTTGAAAAGGTTCGTCTAAGCTCCCTGTAATGAAATCTTATGG AACAGCCCAACCTTTGCTCATGAAATCACAGTACAAACAGAAATCAATAG CATACTGTAAAAGGCAAGAACAATGCACGACGAGTGCAGCCCTTGGAAAT CGAAGACGATCCTTTTTGATTCGTAAATATAATTATTTACAATTTGATAA TTTAGGACTTTCGCCGTATTAAATTGGAGGGAAATTGTCAAAGAGGTGAA AAAGGTGCCCTCGCTAATATTTAGGTAAATTTGAAATTTTGTACAGTTTT GCACTTCTTCCTATAATTGAACATTTCTTTCAAAACCAATTGGTGTAAAT AGCAAGAAGTTTTTAGAAATGACCTTATCTACACGAGGAGAGTGATAAAA ATGCTTTCTAAAAAAATTTGAGCTTTCGTGAAATTAACACCATCAGACTT TTGGCCTTTACACGAAACTTTAAAAATTCTAATCTAGGGCTGTTCGCTAA AGTTAATGCTCGCGAAAACGGAAAAAGAAATGATTTATGGCACTTTTTTA TCTTGTTAAAGTCTCATAAGCCAAAAAACAAAAGAAATATCTGGTACTAA GTATTTTACCAAGAGGCAAAGAAGCAACTTTTTGAGGCAGAAAATATTGG GTGCGCCTTTAGCGCATTTTTATGAAAAAATCCAAAAGTCTTATTTTAAT TTTTCTGTTACTGTTTCATGGGTACTTCAAGAAGATATAAATTTAGATCT TTGCTTTCAAGGCTCGAAAAACCAGTAGATTTTGGCTGTTCCAAGTTCCC 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CAAATTATCGCCAAGAGGTGGTATCCAGAAGATAATTATTTAGGAATTGG TACCTAATTCTTTTCAGAATTAAAAATCTAAAAAAATTAAAATTTCCTCC TTTCAAATAAATTTAAAAGTCCAGCCATTTTCCAATCCGGTCAAATGTCT AAAATGTTTGCTCAATTCAATAAGTAGTACCATTAGAAAGTCTTTGTGTA AAAAATTAATTTTATGTCGCAAAATTGTGCACCTTTGGAGCCCTGAAGGG GAGGGGGCTACTTTAATTAATTTCAGATTTAGTTCGTTTCTTATAAAGTG TGTTCGGAAAAAAACGTCCCTTTCCATCATAATGCACCTCTTATTGTTTT CAAGGGTTACTAGGGCTGAAAAAAGTTTTTACCAAAAAGGTAAGTAAATT TTTGTTGAGGTGTACACTTTTTTATAAGAACAAGTAAAATTTTTCTGAAG CTCGGTTATTCTTATTTTTTTAGCCTCAAATTGTTCTCATCATGTTCCTA TTATAGGGTGTAATTGTAATTGATTACCCTATTTTTACTACTTTAACCCC CAAATTGCTTGAAATTGAGAAAATGCAGATAAAAAAGGTGTTGCTGTTCT TATTGTTTTGGCACTTTGAGCCCCAAATTGTTCTTATACAGTTCTTATTG ATAGAGAGAATGATTGAGGTTTTTATAGCTTTATACCAATTTTTCACCAT TTTAACGCTTAGATTGCTTGATCAATTCCAGGTTCAGTTTTGTGCGTAAA TTGTTTAAACAATGTTATGTGAATGAGGTATTTTTTTTTAAATTGTATAT ACGTTTGTTTTTGTTTCATTTGTTTGTTTAAACTTTTCTTTTTGATGACA GACTTTGAAGGAATAAGTCAATGGTGACATATCTTCTCGTTCTTTTATTC TTGTGCTCGAACATTTTGCCTTGTTTGTTTATTTGTTTGTTTGTTAATTT 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AACACACAGAAGTAAAAAGAAACTATTTTTGACACTTGTTAGATGAGTGG TTTTTATTTTGCGAAAATATTACTATTTTTAACAAAATGGGTTTATAATC GACTTGTATGAGATACAATTATATATTATTTTTGTAGACAATACCTTATT TTTATACACAACCGTCATCAAGTCCCACCATGAGACCTTTATATCCAAAC AAGACTAGTTTTGGGGCTAAAGCCAAAGGAAGGATTCCCAAATTCGTTAA CCAGAAAGGCTTTTGTATAGTAATACCATGAATTACAGTCATGGGTATAA AGGTCTGTTCCCACTATTCATATTGTATTATCAGCAATAAAATATTTGTA GTAAATGTAGTTATAGTTTTATCAAGCAAAATTATATATAGTACCTTAAC AGCCCATTGAAGCCCATTTTTCATCGTGGACCAGGTCAATAATGTCACCT AATGTCCTGTTGTCCGCCACCTATAAATTACCAGGAAAATTTATTTTTCA TTGTTATTTTTATATTATAATTTTTCCTCTTTTTGACGTCACTCTTCATC TAGAGAGTGTN
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_039009XLOC_039009Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00062228-exon-scaffold_362-1575043694:215821..216264TCONS_00062228-exon-scaffold_362-1575043694:215821..216264Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00062228-exon-scaffold_362-1575043694:207085..207151TCONS_00062228-exon-scaffold_362-1575043694:207085..207151Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00062228-exon-scaffold_362-1575043694:205561..205935TCONS_00062228-exon-scaffold_362-1575043694:205561..205935Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00062228-exon-scaffold_362-1575043694:204304..205350TCONS_00062228-exon-scaffold_362-1575043694:204304..205350Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00062228-exon-scaffold_362-1510915933:215821..216264TCONS_00062228-exon-scaffold_362-1510915933:215821..216264Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00062228-exon-scaffold_362-1510915933:207085..207151TCONS_00062228-exon-scaffold_362-1510915933:207085..207151Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00062228-exon-scaffold_362-1510915933:205561..205935TCONS_00062228-exon-scaffold_362-1510915933:205561..205935Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00062228-exon-scaffold_362-1510915933:204304..205350TCONS_00062228-exon-scaffold_362-1510915933:204304..205350Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00062228-exon-scaffold_362-1491911889:215821..216264TCONS_00062228-exon-scaffold_362-1491911889:215821..216264Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00062228-exon-scaffold_362-1491911889:207085..207151TCONS_00062228-exon-scaffold_362-1491911889:207085..207151Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00062228-exon-scaffold_362-1491911889:205561..205935TCONS_00062228-exon-scaffold_362-1491911889:205561..205935Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00062228-exon-scaffold_362-1491911889:204304..205350TCONS_00062228-exon-scaffold_362-1491911889:204304..205350Clytia hemisphaericaexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
scaffold_362supercontigscaffold_362:204304..216264 -
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0.0829167 0.159258 0.116749 0.255891 0 0.194769 47.5109 61.365 79.288 48.8298 44.1322 47.3725 146.449 130.613 85.6201 183.694 157.303 143.188 0.733673 0.158226 117.292 123.491 86.2238 100.4 119.262 160.144 17.7207 5.32594 0.193933 0.599809
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00062228 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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