TCONS_00063417 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00063417
Unique NameTCONS_00063417
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length435

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00063417 ID=TCONS_00063417|Name=TCONS_00063417|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=435bp
AATCAAGATAACAAAGTTTTATCCATTGTTGCACAACTCGAAAAGCTTTG
CTTTGTTGTCTTGATTTGAACTTTCTATCTAAAATTAAAATGGCtacttt
caaatttcttttcttttaaacataCAGGAACAGATGATAGTTCAACATAT
TATTACTTATTTATGGCAGAAAATAATGATGGTGAGCAGCAGTGTTCCTC
ACAGCCATCACAGTCAAAGCGACCAAGAAAGACAAGTCTTGGTTTGATGA
AACAAATTGTGGCAGTTAACAAATCATNTTGATTATtgatatattattat
tattgattaGTTGTCAATTGCTAACAATAACACAAGTCTAAGGATAAGCA
ATCAATTACTGTCAAAGGACAAGAAAAAACATATCATCCATGTAGCATTA
TGTCTGATGTTTTAGATAAAaccaagaatgttttt
Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_389:49591..55361+

Legend: exon
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00063417 ID=TCONS_00063417|Name=TCONS_00063417|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=5771bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_389:49591..55361+ (Clytia hemisphaerica)
AATCAAGATAACAAAGTTTTATCCATTGTTGCACAACTCGAAAAGCTTTG
CTTTGTTGTCTTGATTTGAACTTTCTATCTAAAATTAAAATGGCtacttt
caaatttcttttcttttaaacataCAGGAACAGATGATAGTTCAACATAT
TATTACTTATTTATGGCAGAAAATAATGATGGTGAGCAGCAGTGTTCCTC
ACAGCCATCACAGTCAAAGCGACCAAGAAAGACAAGTAAGTAGTTTCTTC
TTTgtgttcaacattttcatttgccacattttgtgaaaatgtcGGCGAGT
GGTggaaaaacaagtttttgtgATTGTTTTTTAACGCCCAGTCcagtcag
caccttgaactgactacccaattcccctcacatggcatgggttgactcTG
GCGAAGGTTCAtccacttgccaagtgaaccgctgcgagNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCATTACTGCATATATATAAAACACCA
TACTGTGTCTTAAAGtttgagaaatgtttgtttgctaACTCAGCTTTTTT
GAATTATATACAAGCTCTTTAGTAACGTCGAAGAGTGATACATTGCGCTT
CTCTGCCATCCTTTGCACGGTGTATTTTACCAAATCGCCAATATGTACAT
TTTAAAGACAAAGGCAAATTTTTGTAAGGTTTAGGTTGTAATTGATCACA
TGTTTCAATCTGTAAACAAGAGATTTAATTTGATGACtggaattttgagt
aaaacaaaggaaataaaGTGAGTAAAAAGTATGGCAGANNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGATATCtggtctga
tatgaaacatgaaTACCGATATCTCAATCTAAAAAATGAGAGTTATGTAA
TTTAAATTTACACAAGAATGATTTAATAATTTATTATAGTGTCCAATCTT
AAATTTAACCACAAAAGATATTTTGTCCAAGAAACCTTAACTTTTCTAAG
ACGATGTCATAGAATCCCGAAAGCTCTATTCAATCTTAAAGATTAATTAA
AAATCTCTAAGATTAATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTTGTCATACTTTGCAGAAGTTCCTT
GAATTTTAATCAAACACTTGGATTTTTTAAGACAGTCTGGATTACATGAT
ATGACATGAGATTGATAATTGATGATTAAATAATTTGCATTCAGATTTTA
AAAGTCGGCAatgatctatctatctatctatctatattttaAGTATCAAA
AGGTCATAAGACCCATTATCCATACATAAAAATTATAagattgtataaaa
ataaaaagtaaataacctatgtaaattttttttgcactaACAGAGGACAC
AAAGAAATAGCTTGAGAAGGCTAAATTAGAGAAATGGCTAGAGTAGGCTG
AATTAGAGTATAAGTAGTGGCAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNCTCGATTCAAACAAttgctaaaaataaattttattt
aataAGTTACATAAATGTAATAGGGATAAAATGCTAAACTAGTGTAATAA
TCAAGGTTTGTCTAATTTATTAGTTCATTTTATTGGGTGATCAATAGTGC
TAATCTATCATTTCAGTTATCTAGATCATGATTGCTGGTCAagaatttat
aaatttcaagaattttttaagtTGTAACATCTGAAAAGGTATTACATGTA
TAaacagtgctgcaaatagggaaatatatattatttaaaacaaatttcaa
tcaattaGAATTGATTATTGATATATTATTANTACACAACATGCattatc
ataattttttctctattttttctatttctctaTTTTCCTTCACACTGCAG
ATGACTGGATTGCATCATTTTAATCACTAAAACTATTCTTTTAACATGAA
tggatttgaaaaattgttatttCTTTGTAAAGAGGATAATATTAATTCCA
TGGGAAATTTTGAAGGTTGctaaaaacctaaaaattacaaaaattcttTG
TCTACACATCACTTTGTTTAGGTCTTGGTTTGATGAAACAAATTGTGGCA
GTTAACAAATCATNTTGATTATtgatatattattattattgattaGTTGT
CAATTGCTAACAATAACACAAGTCTAAGGATAAGCAATCAATTACTGTCA
AAGGACAAGAAAAAACATATCATCCATGTAGCATTATGTCTGATGTTTTA
GATAAAaccaagaatgttttt
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_039747XLOC_039747Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00063417-exon-scaffold_389-1491911889:49591..49825TCONS_00063417-exon-scaffold_389-1491911889:49591..49825Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00063417-exon-scaffold_389-1510915933:49591..49825TCONS_00063417-exon-scaffold_389-1510915933:49591..49825Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00063417-exon-scaffold_389-1575043694:49591..49825TCONS_00063417-exon-scaffold_389-1575043694:49591..49825Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00063417-exon-scaffold_389-1491911889:55162..55361TCONS_00063417-exon-scaffold_389-1491911889:55162..55361Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00063417-exon-scaffold_389-1510915933:55162..55361TCONS_00063417-exon-scaffold_389-1510915933:55162..55361Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00063417-exon-scaffold_389-1575043694:55162..55361TCONS_00063417-exon-scaffold_389-1575043694:55162..55361Clytia hemisphaericaexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
scaffold_389supercontigscaffold_389:49591..55361 +
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values : 
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0.879129	0.676133	1.3184	0	10.4266	6.50981	6.77557	6.93212	4.78163	6.62074	9.35495	6.89221	7.88954	9.54202	4.87758	6.37231	5.59674	9.67459	4.23143	7.57237	1.45612	4.0445	0.487642	0.438331	8.82385	8.09894	1.5896	3.4896	2.70985	0.634286
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00063417 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
back to top