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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00063454 ID=TCONS_00063454|Name=TCONS_00063454|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2248bp
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AAGTAATATTTTACATTGTTTTGTCCTAAGTAAACAGatcttttaata Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_39:287542..297292+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00063454 ID=TCONS_00063454|Name=TCONS_00063454|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=9751bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_39:287542..297292+ (Clytia hemisphaerica)
ACCACTATTTTTATTAGCGTTCGCACTTTTCCAAAAGGGGAAAAATACGC
GATAGAGAAGTCTTGTCAATTGAGAGAGAGCAGAGTGGATGTTATTGACT
GACTTTATTTTGAATCTTGGAGAAAGAAAAAAGGTaaatatattttaatg
taattttatttggtttatttttATCCCCCAACCGACATTTTTGTAGGGGT
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TAAATATTCCGGCAACACAGTATTATTTTATACGAACTTCAGAGGCTAAT
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GTGGCCGAAAAACACTTGGACAATGGGTGATAaggggtacctaataagcg
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GGATAGCCAAGCAAGAATAAAATTGCTGGATCTGATATTGTAACCTAGGG
AGCGGTAAACGACTTGCCGTAGGTGCAGGCAGAAGATGGAGAAAGTTGCC
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cccatcggtgAGGAATGATAGCCGGCCCTTTGATGTGCTgcatcctcagt
cgggttcaactacaAAACAACTATCTTCAAGCTTTCCAAAGCATAAAAAT
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AAAAAGTACTCCCGGAGTACTTATTTCCCGGGAAATAAATACTCCCCAGT
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GCAGTCATTGGGTCGTGTAATAAAGGACCCAGAAGAAGTTTCCTAAAATT
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GCTTATAAGAAATGATTGCTCAATTTAGACGGTCTCATATCAAGCCGACA
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AGGAATTCTAACGCTAATTTGGTAATCGGGCATTTTGGCAAATACAATGg
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ACCCATTTCAAAAAGGTATGCTCAAAGCTGCTGATGCTGTACTCATAAAC
ACTcgactaaaaaaacttttacagGCTTATAATTGCCATAATATTTGGAG
AGGCAAATCCCCTTAAGAAGAGCTTCTTTATCCTACTCAAACTTCTTATG
GGGAAGAAAgaggcaaaaaaagataaacggATTTAGCTGCTGAAACCCTT
TAACATGTCCAATTGGattgactttatttttttcttatattcaGGATTGT
TGCGGAGTTCTTGGATCAAGGAAAGATGGTGCACGGATCGTGTCGTTGTC
GTGAACGATTGATGTGTGTGAATGCAGGTAGAGGTGAGTGAAGGTTATTC
TTTCGTGCAACTACATTGGTGGTCGTGCAGCATTCGCTTTTAGACTGTTT
GGCAGCAGTAGACATTCATAGACAAAAAAGTTATAattaccaccctgaaa
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ATCATCATAGCCTAAAAAAAGGAACTTCACAAGAAGCGTCCCCGTTCCTA
CTTTTGACTAAGTGACTCCCCCCCCCGGACTTTATAAACAAGTAGAGAGT
CTGATGAAGAGAAGTATTCCTTAAGAGAGGAATGCTGGACAGTCGTCCTG
GATTTGATGTGCTTCGACCCTTGATTAATTAGAAACTGTACATTCTCTCT
TTGAGGGTATCTATGATTTTCCTTTCCTACCTAGATTAGCTTTGAAATGT
TGTGTTTTAACATGGCACAAATTATGTTGACTTCTTAGTGATTAGTGGAG
GGGGTTTACCGGTATTTGTTTTTTCTACTAGTACTCCCGTATTGATGGAA
GGTTTGCCGGTCATCGTCAGCCCTTCATTTCATtaaatgaaaaacttcaa
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ACAAAAATGTTGCTTTATTTTTCAGATGACgaagaatttttgaaagaaaa
gcagCAAGAAGTTGAAGAATACAACAAACGAATTGGAGATTACGTCGACG
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AAGTAAAATCAGTTGTGACGGCTAAAAATGTTATACCGAGTATTTCCGTC
TGTGATTTTAGTGAGTTAAGAAAAGCGTATTTTTCGTATTGTGGTACAAC
GCTTTTAAGTAAAGATGAAAATCGGACTAAAGAGTATTGCGATCATTCTA
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ATGTAATTCACCCAAATATTTCAAATCCCACATGCTTGGTGCGTGCTTCA
CTTGGAATTATGACGGTGAGTTTCACGATGCATACGGACATGTGGATTTC
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ATCCGAAAACCACACCCTTATTCGAAATGTACCGCTGAAGCAACCAATGC
TGAATTAGACGTCTTCCCTGGGAACTACGATCGACGCACGTGTCGTGAAA
CATACAAGCAGTTAAATTCCTTCAAAGAATGTGGcgatatttttgaatat
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CACAATCGGGGAAATCGAAATGTGTATTTTGAAGACCATTAATGTTAAAC
CGCCTGAAGATTTGTGCCCATTCCCCTGCGAGGAGTTAAGTCTCAATATC
CATACAAACGTGTACGATGGAGACAAGCATAATAAAGATCTCTACATCTT
CGGTATCCAACTTGAGAATGTTGACACCTACACTGTAATGGAAGAACAAT
CGTTGTATTCTGCCGAACAGATGAGTTCTGAAATTGGTGGTTTCTTGGGA
TTGGTTATTGGCGCATCTTTGTTATCATTTGTTGAGCTGTTCGCTTGCGG
TGCATTGTACGTcttgaagaaaatcaaaagttgaaaCATGATTGGTTTAT
CGTAAAATGAGAACTCTATTTGTCTTGTGAATGGTGACAATTTTATTGAA
TTGATATTGTGAAATGTCAAATAAACGAATctaaaaaaaacgaaagatTC
ACTTCGTAATTGCTAGCTCTGGCAGGAACAGTGTAGATATTTGAAACtct
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AAGAAGTTTACGTTTAAAAGACTCATCCCTTAGTTGCTTAGCAACGAGTA
AAGAAACACTTTTCTTCGACACCGTAACTGAGTTCTCTACCATCACTCTA
TGGTCAccttctttttgaaaaaattacagttgacattctctaattcgata
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CAACTGTGATAAAACATTGGCCTTGACACCATTGCAAGGTTTAAATAAGT
ATAGCAGAAGTGTTTTTTATCCATATTCCCTATGTGGAGTTTTATGNCCC
TTGACACCTTTGCAAGGTTTAAATAAGTATAGCAGAAGTGTTTTTTATCC
ATATTCCCTATGTGAAGTTTTATGATTCACAAACAGTTTTGAACCCACTG
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ACTAAGTAATATTTTACATTGTTTTGTCCTAAGTAAACAGatcttttaat
a
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00063454-exon-scaffold_39-1491911889:287542..287674 | TCONS_00063454-exon-scaffold_39-1491911889:287542..287674 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00063454-exon-scaffold_39-1510915933:287542..287674 | TCONS_00063454-exon-scaffold_39-1510915933:287542..287674 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00063454-exon-scaffold_39-1575043694:287542..287674 | TCONS_00063454-exon-scaffold_39-1575043694:287542..287674 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00063454-exon-scaffold_39-1491911889:294436..294524 | TCONS_00063454-exon-scaffold_39-1491911889:294436..294524 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00063454-exon-scaffold_39-1510915933:294436..294524 | TCONS_00063454-exon-scaffold_39-1510915933:294436..294524 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00063454-exon-scaffold_39-1575043694:294436..294524 | TCONS_00063454-exon-scaffold_39-1575043694:294436..294524 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00063454-exon-scaffold_39-1491911889:295267..297292 | TCONS_00063454-exon-scaffold_39-1491911889:295267..297292 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00063454-exon-scaffold_39-1510915933:295267..297292 | TCONS_00063454-exon-scaffold_39-1510915933:295267..297292 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00063454-exon-scaffold_39-1575043694:295267..297292 | TCONS_00063454-exon-scaffold_39-1575043694:295267..297292 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| scaffold_39 | supercontig | scaffold_39:287542..297292 + |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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