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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00065151 ID=TCONS_00065151|Name=TCONS_00065151|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=4197bp CGCAAGTCAAAGTTCAAGGCTAGTTATTCAATAGTGGTAAACTACTCATT AGGGGTCTCAGACTTCTTACTTTACGCAGCAGGCAGGAGCTGAAGAGCTG AATAGTTGGAAGATAATCATGGAAGAAAACTCGCAAGATGCCCTCGAGAT TGATCCATATGATATTATTAATTATGGTGAAAATTTTGAGGAAGAGAACA CACTGGAATTGCCCGTGGTTAATGATATATACACAAACAACATTCTTGAT GATATTGCAATTCATCGTGATGTCAATATTACTCAACATGAACATGACGT GTCCTTTGATCATAATAGTGACAATGACAATAATGGAATCGATGAAAACT ACAATGATGATGATACTAATTATGACGCAGAAGAGGAAAATTTGTCTCTT GCAGAACAAATAACAGAGCACTTGGGGGATGCAGATGCACTCGATGTTGA AAATGTACGGAATGAAAAACTCAAATTGTTTGAAATGACTTTGGATGATT TCGCACATGAGCAATCAATCGAAAATTTGCTGGATGATGAAGTTGGTGAA TGTGATTTAAGTGAGGACTTTGTCTCAGAAGTCACTGTGGAGGATATTGT TGGTGAATCGAATAATGATGAAAACGATGAAACGGAATTAAATAGTGAAA GCGGCGGTTCCTTTGGAAAAGATGGACCACTTTTTGAAGGTAGTGCTATC ACAATTGCTGGAGCAATGATTCTCATCCTTTCTTATAGCATTCGTTTTTC TTTATCTGGTGAAGCTATGTCCAACTTGTTGCTTTTAATACACATTCTTC TACCAGGAGGCTCCAAAATACCTAAAACGCTCTACatgttcaaaaagttt ttcagccaattaaagAGCCCTAtggtttttcatgaattttgttCGTATTG CTTTACAGAAGTCCAgtctaaagaaataaaaatatgtaGTAACTGTTGTA AGGAAATATCAAAAAGCAAAAGCTATTTCATCGAATTTCCCATAATTCTG CAACTAAAGAAATTCTTTCGAAGATCAGATTTTTTCGAGAGTCTTCAATA CCGGTTCAAACGTGTAAAACAGAATGAGGAAGGAATCGAAGATATATATG ATGGATCTTTATATCAGAATAACTGGTCAAAAGGTTGCAATCTTTCAAAC CCGTACAACATTTCTTTCACTTGGAACACAGACGGTGTTCCATTGTTCAA ATCGTCTAAAATCTCACTTTGGCCCATCTATCTTGTAATCAATGAACTGC CACCAAATATACGTTACAAAAGTGAAAACATGATATTTGCTGGGGTGTGG TACAGTAGTGCTAAACCCGTCACATGGATCTTCTTGGAATCTTTTGTAAA GGAACTGAAAGAGTTGGAAGCTGGTGTAACAGTTCTTTTAAGACAGTCAA GTGGTGGTATTGAGGAACTCAAATTGATTAAATGTTTTCTTTTGGTTGGA ACTTTTGATCTGCCAGCTAAGTCTCTAATTTGTGCCTGCACCCAGTTCAA CGGAATGTATGGGTGTAATAAGTGTTTACAAACTGGAAAGAGTGTTAAAG TTTCCGCGAAGGGATCAGTTTGGACTTATCCTTTTGATACCAAGGATCCT AATGGCCCTAAACGTAATCATGATGATGTTAAATCTGATGCTCTCAAAGG TTTTCAGCAGGGTAAACCAGTGCAGGGAATGAAGTACCCAACTTGGCTGC ATAGTTTGAGTGCTTACGATCTCGTGCAAAGTGTTGGAATAGACTACATG CACGGGTTAGCATTGGGTGTTATGAAACTTCTACTTAAATTATGGTTTTC AAAAGACTTCAAAAGTGAAAGTTTCTCTTCTCATGATAAGATCGATGTTT TTGACAAACGCTTAGAAGGAATTAAACCACCAAATGAAATTTCCCGCTTA CCTCGATCctactcaaaattttctaaggACTGGAAAGCTGCTGAATTTGC AAATTTTCTATTGCTGTTTGGAATTCCAACGCTCATTGACATTTTGCCAA ATACATATTTGGAACACTTCTCTTTTCTAAGTCATGCTATCCACACACTT TTGAGATCTTCAATTTTACCAGAACAAATAAATGATGCCGAGAAAAAGCT ATTTAGATTTTGTAAAGAATTCTCCAAAATGTATGGTGCTCGATTTGAAC TGTCAAACATTCACCAACTAGTCCATTTGTGTGACGATGTCAGGGAGCTG GGACCATTATGGACCCACTCTTGCTTCCCCTTTGAGGACAAAAACAAATT TATATTAAACGTTATCCATGGGTCACAGAAAGTTGAATTCCAACTCACTT CAGCTGTTAATCTAGTTCATTCCCTGCCGGAAATTGTAGAAAACACCATA ATGAAAGATGAACTACTATATAACTTTTATCTTACTTTGAACAAACGGAA GCCTGTGTTAGCAGATTCGGCTAAAATAGCAGAGAATATCTATGCGTTGG GTAAGGTTGAAAGAAAGCAAATACCCGACCTCCTTACCGAACCACTAACC AATTATTTGGGATATGCTCCAGCTCAAAAAGATGTTTTAGAATTTAAAAG GATTTCAATCAGCGATAATAAATTCCATTCCACCTCATACACTCGTGTAT TTCGTCGCGATTCTACGGTTGTGTCATATGGAAGTAAAAGCCATCGAAAT TTTGGAAGGGTAATGctttattttcaatataatGAAGCAGATTCATCTCA CACACTGGCTCTTCTACAACCCTTCAAAATTCTTAGTCAGGAATCACACA TAATTATTGGAAGCTCTGATGAATTAGATTATGAATGTGTACCAGTTTCG TCTATAATCAGTAAATTATGTTTTATTCGATATGGCGATCTGCAATTTCT TGTTCACTTACCAAGAGACTATTAATATTACTATTTCAATCCGATTTTTC atttacaaagtttttcttCTGGTATCTTTTAGGTTTGAGAGTTTGATCAG AATTAATTCAGTCCTTTTATAGTCATATTTTCTGTTTTCGAGGCCCTTGA TTGTTGGAAACGAgggattttcatgttctacactCTTTTGTGCGTAATTT TgtgcatttttgattttttccaaacaaataaaaaaatctggAAAGTGTCT AGTATATCACTGTAgtataatattttatgttttccTCAAGTACCCCTACA actaagcacaaaagagtatcCTCACCCCCTATGAACGTTTTTATCTGGAA GAGCCTGAGTACCCCTACAACTAAGCACAAAAGATCCTTCTTGGCCCAAC ACCTGTTACACTTTGTCTCAATATTTTGGTTTTGACCTTATCTTAGGTAG GTGTAATTCAAGTGATAAAGCTTGCATTTCTCTTAGTTGTAATTTATTTG TTCGCTTTTTTAAtctcaattttcattttgaaaaaacgaaTTTCCCTTAG CTTTTCCTAGTGTTTTTACCTTAAGGTATATTTACTGTTTCACTATTCTT ACTATTATACTTCAGCATTAATTGACTGACAAACAAGGTTCTTTGGTCGG TAGAGATAAGAGATTTTAAAGAGTCCGTCCGCTCTCCTTCGTGGATATTG ATTTTTACAAGCCTCGTTTAAAACAAATGTTGTCTACTCCCAAAGCATTT AAAAAATCTACAACAACTCTTCTGTCTAgattatacagggtgtccgtaAA AAAAGTATCAAGTTTGATGACTAGACTTTTATACAAATTTAGCGAAACAC acaaaaactttctactcataaaTGTGGTCGACTCGATATTTTTTACAGAC ACCCTGTAGAGTAATAAAAGGATTGTTGGGCTTTTAACAAGTGTTCTCTT TCATCACGTTTTTATATAGCATATAGGGTGAATTTTTGTTAGTTTATtcg taatttaaaaaaaaattattgggctcttccagaaaaaattgggGTGGAgg gtatattatttttttcaatgttctACCCCTGGTTCCCCCTCCCCTGGGAC ACGTGTCTTACCTCTAGACAAGCGTTAAATCGACACTaaaatttacccct ggacaaattCATCCAATGGACATGgcatttttaaggattttttcgatacc cctggacaatatatcctcacCCCCTATGAACGTTTTtatctggaagagcc cattgtcaCGATTTCTAATTTTCTATTCGGGATGTAGTTTTTATTCAAAG ATGTCTGACATATtattataaaataaataaaattaattataaaatca Run BLAST on NCBI protein sequence of TCONS_00065151-protein >TCONS_00065151-protein ID=TCONS_00065151-protein|Name=TCONS_00065151-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=918bp
MEENSQDALEIDPYDIINYGENFEEENTLELPVVNDIYTNNILDDIAIHR DVNITQHEHDVSFDHNSDNDNNGIDENYNDDDTNYDAEEENLSLAEQITE HLGDADALDVENVRNEKLKLFEMTLDDFAHEQSIENLLDDEVGECDLSED FVSEVTVEDIVGESNNDENDETELNSESGGSFGKDGPLFEGSAITIAGAM ILILSYSIRFSLSGEAMSNLLLLIHILLPGGSKIPKTLYMFKKFFSQLKS PMVFHEFCSYCFTEVQSKEIKICSNCCKEISKSKSYFIEFPIILQLKKFF RRSDFFESLQYRFKRVKQNEEGIEDIYDGSLYQNNWSKGCNLSNPYNISF TWNTDGVPLFKSSKISLWPIYLVINELPPNIRYKSENMIFAGVWYSSAKP VTWIFLESFVKELKELEAGVTVLLRQSSGGIEELKLIKCFLLVGTFDLPA KSLICACTQFNGMYGCNKCLQTGKSVKVSAKGSVWTYPFDTKDPNGPKRN HDDVKSDALKGFQQGKPVQGMKYPTWLHSLSAYDLVQSVGIDYMHGLALG VMKLLLKLWFSKDFKSESFSSHDKIDVFDKRLEGIKPPNEISRLPRSYSK FSKDWKAAEFANFLLLFGIPTLIDILPNTYLEHFSFLSHAIHTLLRSSIL PEQINDAEKKLFRFCKEFSKMYGARFELSNIHQLVHLCDDVRELGPLWTH SCFPFEDKNKFILNVIHGSQKVEFQLTSAVNLVHSLPEIVENTIMKDELL YNFYLTLNKRKPVLADSAKIAENIYALGKVERKQIPDLLTEPLTNYLGYA PAQKDVLEFKRISISDNKFHSTSYTRVFRRDSTVVSYGSKSHRNFGRVML YFQYNEADSSHTLALLQPFKILSQESHIIIGSSDELDYECVPVSSIISKL CFIRYGDLQFLVHLPRDY Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_433:17566..22705+ Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00065151 ID=TCONS_00065151|Name=TCONS_00065151|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=5140bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_433:17566..22705+ (Clytia hemisphaerica) CGCAAGTCAAAGTTCAAGGCTAGTTATTCAATAGTGGTAAACTACTCATT
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ACATATtattataaaataaataaaattaattataaaatca Coding sequence (CDS) from alignment at scaffold_433:17566..22705+ >TCONS_00065151 ID=TCONS_00065151|Name=TCONS_00065151|organism=Clytia hemisphaerica|type=CDS|length=5514bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_433:17566..22705+ (Clytia hemisphaerica) ATGGAAGAAAACTCGCAAGATGCCCTCGAGATTGATCCATATGATATTAT TAATTATGGTGAAAATTTTGAGGAAGAGAACACACTGGAATTGCCCGTGG TTAATGATATATACACAAACAACATTCTTGATGATATTGCAATTCATCGT GATGTCAATATTACTCAACATGAACATGACGTGTCCTTTGATCATAATAG TGACAATGACAATAATGGAATCGATGAAAACTACAATGATGATGATACTA ATTATGACGCAGAAGAGGAAAATTTGTCTCTTGCAGAACAAATAACAGAG CACTTGGGGGATGCAGATGCACTCGATGTTGAAAATGTACGGAATGAAAA ACTCAAATTGTTTGAAATGACTTTGGATGATTTCGCACATGAGCAATCAA TCGAAAATTTGCTGGATGATGAAGTTGGTGAATGTGATTTAAGTGAGGAC TTTGTCTCAGAAGTCACTGTGGAGGATATTGTTGGTGAATCGAATAATGA TGAAAACGATGAAACGGAATTAAATAGTGAAAGCGGCGGTTCCTTTGGAA AAGATGGACCACTTTTTGAAGGTAGTGCTATCACAATTGCTGGAGCAATG ATTCTCATCCTTTCTTATAGCATTCGTTTTTCTTTATCTGGTGAAGCTAT 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Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature Name | Unique Name | Species | Type |
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TCONS_00065151-exon-scaffold_433-1510915933:18934..22705 | TCONS_00065151-exon-scaffold_433-1510915933:18934..22705 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00065151-exon-scaffold_433-1575043694:18934..22705 | TCONS_00065151-exon-scaffold_433-1575043694:18934..22705 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
scaffold_433 | supercontig | scaffold_433:17566..22705 + |
Annotated Terms
The following terms have been associated with this transcript:
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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