TCONS_00066178 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00066178
Unique NameTCONS_00066178
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length1272

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00066178 ID=TCONS_00066178|Name=TCONS_00066178|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1272bp
TTCATTTTCAGATCTCAAATCACTTTCAATATGAAAACATTAGCCGCCAT
TTTAGCATTTGCTTCCATAGCAACAGGGTATACTTTACAGAACTACCAAA
AATACAACGATCATTGTCACAGTCTAGAATGTCCACGTTACACTCTCCTT
AATAAAACAGAAAACTATGAAGTCAGGAAATATGNGTCTAGAATGTCCAC
GTTACACGCTCCTTAATAAAACAGAAAACTATGAAGTCAGGAAATATGAG
AGTTTTAAATGGGCCACCGCTTCAAGTCACTCACAAACATTGGACTACAA
GCAGGCAAGCAAGGACAACTTCATGAAACTCTTCCGATATATTTCTGGAG
CCAACGAACAGAAACAGAAAGTGGAGATGACAGCTCCAGTTCTCGTTCAC
ATCCCAGTAACTCAAGGACCTTTCTGTGCTCCTGATTTCACCATGCACTT
CTTCGTACCATACAAATTTCAATCTAATCCACCAAAACCATTAAATAACT
CTGATAAGGTCAGTATTATGGAGCTTCCAGAAATGACTGTTTTCGTTGCC
TCATTCGGAGGTTGGATGGATCAAGAAAAAATCCAACAAAATGGACTCTT
ACTTGGGAAAGCCCTTCAAGAAGATGGTATCGCGTTTGATGATTCCCAGA
TGTTCACAGCTGGTTATGATTCACCTTTTAGATTGATTGGTAGACATAAT
GAAATCATGTTTCTAcctaaagaaaatcaattcaGAGTTtagaattattt
attttttgagcaaattttttATATTGTAGATCTAAtttttaatatatatt
ttttctgtttCAGTTCTTAattttgtacacgtttttttatgataaCATTT
TGAAGATAATATCGTAAAAAGACAAACTTGCAAGCCAACGCTTACTCGAT
TCTCAACCTATATACAACCATTaccattttcagattttccgcAGCAAAAG
AAATATCATAGCCGATGATCATTCGGtttatcaaaaacacaaatatattt
catatatttttaaAGCTTGAAAAGGTACACCCCGTACCACACCCTGCTCA
AGTGAACCTTCTCATACGGGGGGAATCTGTAAGCTCTGATATATGACttg
catgttttttataagcataccgatgcctgaatttgtctaaaaaatataca
tattacaagcatattacTGAGCTTGCTTTTGAGGTGTGTATACAGTACAC
GGTCTTCATTCAACAAGTGTAGTAAACAAAAGTATCTTCAAACtgtattt
taatttaaaaagaatacaagag
Run BLAST on NCBI

protein sequence of TCONS_00066178-protein

>TCONS_00066178-protein ID=TCONS_00066178-protein|Name=TCONS_00066178-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=191bp
MKSGNMXLECPRYTLLNKTENYEVRKYESFKWATASSHSQTLDYKQASKD
NFMKLFRYISGANEQKQKVEMTAPVLVHIPVTQGPFCAPDFTMHFFVPYK
FQSNPPKPLNNSDKVSIMELPEMTVFVASFGGWMDQEKIQQNGLLLGKAL
QEDGIAFDDSQMFTAGYDSPFRLIGRHNEIMFLPKENQFRV
Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_451:1042611..1058731+

Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00066178 ID=TCONS_00066178|Name=TCONS_00066178|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=16121bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_451:1042611..1058731+ (Clytia hemisphaerica)
TTCATTTTCAGATCTCAAATCACTTTCAATATGAAAACATTAGCCGCCAT TTTAGCATTTGCTTCCATAGCAACAGGGTATACTTTACAGAACTACCAAA AATACAACGATCATTGTCACAGTCTAGAATGTCCACGTTACACTCTCCTT AATAAAACAGAAAACTATGAAGTCAGGAAATATGNGTCTAGAATGTCCAC GTTACACGCTCCTTAATAAAACAGAAAACTATGAAGTCAGGAAATATGAG AGTTTTAAATGGGCCACCGCTTCAAGTCACTCACAAAGTAAGtaaacttt tttaaagattttattcttgatatgcgtgagtcatttttctagcggaaata ccctaaaaaagccgggattttacctctctctgttactaaaaatagaaata cagaggtcaaaaaccggtgcttccgttaaaaaatatgaggtcatcttgac ttacgcatatcaagaattagcACAAATGCGTGTtaacacacccctgtctt aTAGCCCTAATGGATTTTTTTCCTtattggggataaaaattcctattgaa atcccaatggggatagaaatggagtgcaatttttaaatataaaatttcgg atggggatgaaatcaaagtcatttcTCATTGGGGCTGAAATTCTGGGGAc ggaatttttgcaaaattttccagtggacaCAGGGGTATGTGTACCTTATT AAAATctactttttctgaaaattttcagtAGAGTATTATGGAGTACCCAG AAATGTGTGCCAGGCTTTACTTACGGCTTCTTCCCTTCCTGGTGACTGCT GTTATATTTaatttggaaaagaaaaaaatcaaaagtcctCTTGGTTTCtg gcaacctcgtccccgtgaacattatcagtaagcatcaaaaacgCTGATAA TAAGCTGGGAAGGAGGTTGGGTTTCCGTacttatcggcgatccaaaaaat atctgtaATCTGCTTGGTTAAAAGaatacaatatatcttgtattttacat gtacgaAAAGATGTTATTGCATTGTAGCGctctcaggcaaattaaggcac ATCCAAatttaccataattttttatcaccgtttccacttgtcatagcata tcacttcatacatcgaaagaagccTATTGGAGTGTAGAACACTGGAATAA CTGTGCCATAATTAATCTTTTcgcccaaaaaaagatattagacaaaaacc aaaaaatgctgacgtcagcaaaacttgttttttgaataactccagtttgg cttatggtatattcatgaaattttaacaaaagttgtatattaataatagg aacatttttgcataattttttcttgcaaattttgctgacgtcagcagaaa tcagcaaaatacgaaattttgcaattaagtgctgacgtcagcaaaatttc aaaaattttctttttcaaaatgatccttttaatggtgtgcaactttggtc taaatttcatgtttttaccataagccaaactggagttattcaaaaaacaa gttttgctgacgtcagcattttttggtttttgcctaatatctttttttgg gtgaaaaaNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNttaattatggcacagcaatt ccagtgatctacactccaatacgcttctttcgatatatgaagtgatatgc tatgataagtggaaacggtgataaaaaattgaggtaggtttgaaaaatct ggacaggccttaatttgcctgagctagcagcaatctaacgtcactttgct acaaaagtgcccaacaaaaagtacattttttcGATCACCGATGAACCAGT TAAGGCGGTCCGATAActgtggggggcgtacggttttacggaaatcaggc aaaattcttacggtatttcggaattctgaaattgtttcggtatcggaaac ccgtgaatttttgcttcgaaatttcggtattataaagtttttatcccctt ttttcggaattcatacatgaaaaatcaaaaattagtcaaaacgggggaaa aaaccccaaaaatcggtatcggaattgcaagtatttttttacggaatttt ggaaaaattctccggtatttcggaaatcgcaaaccccgtacgcccccccc atAACTATAACATATTCTCCATTATTTCCCTTCTAGCATTGGACTACAAG CAGGCAAGCAAGGACAACTTCATGAAACTCTTCCGATATATTTCTGGAGC CAACGAACAGAAACAGAAAGTGGAGATGACAGCTCCAGTTCTCGTTCACA TCCCAGTAACTCAAGGACCTTTCTGTGCTCCTGATTTCACCATGCACTTC TTCGTACCATACAAATTTCAATCTAATCCACCAAAACCATTAAATAACTC TGATAAGGTAACTTTAAGTGGGTagtacacctttttttataagaacattc aaattttcgaagccttcggggTTTACAGCATTTCCAGGCACAGGGGAATG AGCCTCCTGAAAAGGGGGTATACGgccttttttctggaaaagcccaatgt tcttaaaatgttcttatttttaccaatttCTGAGTATTTGTgtccatttt ccaaagaaatcataggtgttttaaagttttcaagccttaacttgttctta acttgttcttaatattttagccttCGAAGCCTCAATGTTACccctgaaaa taagaatatgatgAGAACAACTCTTCCCTCAAAGTGctaataaaaaataa gaacaaatatTTTCGACTATTTTAAAAAGAAGAGTTGTGGAGATagccct gtctcacagccccggtgtaACTTTTTTCGTCAGTGGGATAAAAACTCTTt ctgaaatcccaatgggaatagaaattctatcgtttaaatgttttaaaggT TAAGAAATCCAGTGGTGATGGTTTTGGTATGTAGCTttgaaacattgaat ttcgataGGGACcaggggatgaaatcaaagtcattttcccAGTAGGGCTG AAAATCCAGGGTATTtctccaccggggacgaaatttttgcctaattttcc agtggggctggggcccGAGTGGGTCCGTGACACAGGGATGTGTTTATCCT ATTGAAATCTACTTTCTCTAAAATTTCCAGGTCAGTATTATGGAGCTTCC AGAAATGACTGTTTTCGTTGCCTCATTCGGAGGTTGGATGGATCAAGAAA AAATCCAACAAAATGGACTCTTACTTGGGAAAGCCCTTCAAGAAGATGGT ATCGCGTTTGATGATTCCCAGATGTTCACAGCTGGTTATGATTCACCTTT TAGATTGATTGGTAGACATAATGAAATCATGTTTCTAcctaaagaaaatc aattcaGAGTTtagaattatttattttttgagcaaattttttATATTGTA GATCTAAtttttaatatatattttttctgtttCAGTTCTTAattttgtac acgtttttttatgataaCATTNcagtggcggcctggcagggggtgcaggg tgtgcagtgcaccacccagaaagatctgagaggggcgccaaaagagcttt tcaagggggcgccaaaattttgttgatgtttaattgggcaatTTGGCACG TTATAGCGCCCCCAGTAAACAAAATAACGTTAATTTTACATTGAAATAAT GTTATATCTTAACATCACATTCACATCTAGTTTGCAAATTTTTATTATGT CTGTTCTTGATGTCAATTTGATGTTATTCTGAAATATCATTTCAATGTTT CACCCAGAGATTTGTTAAATGTTACTTGCAAACATAATTTAAACATTTCG TTAGAATATAGTTTTAACATTTCATTCGAACATCATTTTAAAATATCCCT TGAACATCATTTTAACATTTCATTCGAACAtcattttaacttattttttg aacatcATTTTAACATATCCCTCGAGTATCATTTTAACATTTCTTTTAGA CATCGATTTTACGTTTCATTTTGACATCAATCCTATGATATATGTTAACA TAGATTTAACGTGTATGAGGGTATCTTGATTTGACGTGTTCATTTGTCCT TTTTCTAAcatcacagatatcttatagtTTTGGTGTTTCTTGAACGTTAA GTTTTGCCGAAATTTCGATTGCACATTTGGATGTTATTTTTGTTCTGGCT CAAGTTTTGATTCTATGTTTGATCTAGACTTGAGTTTTATTCCTTTTGGA ATACACGGAAAGTTGAAGTCTGGGTGTAGAAGGTATTATTGCAAGCAAGA acgaaaagattttattttccaagttcattcttcttttttaataataGAGT TATGATAAAAATGTCGATGACAAttaaatatttgataaaaaactaaCTAC AATATTAAGTCTCATAGTAATCACCACAATCACCCACATAATCACTTTCA ACTCGTTCAAGCAAGTCTTGGTTGGCCACTTCGTTATctaaagtagaaaa aaataataaaagaatcACAAAAATGTGAATTGACAAATAATTCCATAGGT AAATTTTACCAGGGAACATTTCACGGCCTTCAACTACACtgaccaaaata ttattttcgtaATTTAACTTTATTTTGCCAAATCTGAATatgaaatgatt ttgttttaaaGGATTAAAACGTATATCCGTGCATCTACGGTATTCTAAAA GTTAGTTTTGCAGACTTTGGTAATTCAAAATATGATCGAGCAAATGCAAG TGAATATACCCGAAATTTCTTGATGTGAATGAATTTTTCAACAATAAACA TTTTCCCCGGATAACATTATCCTCGTGTTTCTCCCCGTTGAGGGAATGCT GTCGGGTTTTTATCATAATATGACGATCTCTTTCATTTTCCCTCCTTTTT CTCGAATTAAAAATTAGGAGACTTTGCGGACCCGGTGACCTCCCTCCCCA CTACAGAAACTTTTTAACAACTGTTGTCCCTGTGATAAAAATACCCTTAA ATTTCTTCCCTAGTGGGAATTCTTCACCGAAATCCCATCTCTATCgggaa aaactttgaaatttttggacaGTGCACTGAATGTATGAGCTGTTAAGCTA AAACTTATATCCATAACAACAAAAGTTCTTCTAccctttttggaatttta gcNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNACATCAGGTAATGCAACGTTTAAAATACGCTAATATTACATCACATTA GGATGTGAGataaaattgatgtaatctgAACGTCAAATTTACGTCATGTG TTTACTGGGCCTTCTATgagtacaatgttaattttttttcgcctgcggcg ctttatTTTACCCTCTTCCATcctttttcttcaactttttcaaaacttct atCAATATTGAAACCtggtgtatccaccaggggttaaagagaatgtgtcg cCCTTATGAATTGGGCGTATGAGAGTGCTCTTCCGCGGCCCGCTAGAAAT GTTTGTTTGACGGATACGAAAGTCAGTTTTCATggaaatccaagatggcg gctGTTGTTTCATTCGACATCTAAGTTTTGTTGCAAGAAGAGAAATTTAA CATTATTTAGCAAACTCGATTCGACTCAAATTTATTGCTCATTTTCCCCT AGCTAcaaatgctcacccccaaaatgagagattgccaaaatgatcaaaat tttcgctgtggtttttgtggtcttatactgactaactttctccgttttag aagatcttataagctgtttgacctttcttacaccaaaattttttgcctgc ggcgccaaaatttgaaagaaCCCTTCTTCCCAACTTCTGCattttggggc ctctttcagccatgacctttaatggagagtaaagtaagaccagcggcgca aaagtttaaagattatcagGTAATTCTCCTGATAAGAGTTTTAGAAAGCA AAAATCTAAATCGACTTACTAGGTATAAAATTTCGATTTCAAAGATtagg ggcgttactttcaaccagtcactgctcttacagtttaacattttcactta atgatggagggcgcaaataaggaaaaaaataccaggggcgccaatttcat agtttgcaccaccaagaaaattaagccaggccgctactgaatatatattt tttttgtttcagttcTTAattttgtacacgtttttttatgataaCATTTT GAAGATAATATCGTAAAAAGACAAACTTGCAAGCCAACGCTTACTCGATT CTCAACCTATATACAACCATTaccattttcagattttccgcAGCAAAAGA AATATCATAGCCGATGATCATTCGGtttatcaaaaacacaaatatatttc atatatttttaaAGCTTGAAAAGGTACACCCCGTACCACACCCTGCTCAA GTGAACCTTCTCATACGGGGGGAATCTGTAAGCTCTGATATATGACttgc atgttttttataagcataccgatgcctgaatttgtctaaaaaatatacat attacaagcatattacTGAGCTTGCTTTTGAGGTGTGTATACAGTACACG GTCTTCATTCAACAAGTGTAGTAAACAAAAGTATCTTCAAACtgtatttt aatttaaaaagaatacaagag

Coding sequence (CDS) from alignment at scaffold_451:1042611..1058731+

>TCONS_00066178 ID=TCONS_00066178|Name=TCONS_00066178|organism=Clytia hemisphaerica|type=CDS|length=1728bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_451:1042611..1058731+ (Clytia hemisphaerica)
ATGAAGTCAGGAAATATGNGTCTAGAATGTCCACGTTACACGCTCCTTAA
TAAAACAGAAAACTATGAAGTCAGGAAATATGAGAGTTTTAAATGGGCCA
CCGCTTCAAGTCACTCACAAACATTGGACTACAAGCAGGCAAGCAAGGAC
AACTTCATGAAACTCTTCCGATATATTTCTGGAGCCAACGAACAGAAACA
GAAAGTGGAGATGACAGCTCCAGTTCTCGTTCACATCCCAGTAACTCAAG
GACCTTTCTGTGCTCCTGATTTCACCATGCACTTCTTCGTACCATACAAA
TTTCAATCTAATCCACCAAAACCATTAAATAACTCTGATAAGGTCAGTAT
TATGGAGCTTCCAGAAATGACTGTTTTCGTTGCCTCATTCGGAGGTTGGA
TGGATCAAGAAAAAATCCAACAAAATGGACTCTTACTTGGGAAAGCCCTT
CAAGAAGATGGTATCGCGTTTGATGATTCCCAGATGTTCACAGCTGGTTA
TGATTCACCTTTTAGATTGATTGGTAGACATAATGAAATCATGTTTCTAc
ctaaagaaaatcaattcaGAGTTtagATGAAGTCAGGAAATATGNGTCTA
GAATGTCCACGTTACACGCTCCTTAATAAAACAGAAAACTATGAAGTCAG
GAAATATGAGAGTTTTAAATGGGCCACCGCTTCAAGTCACTCACAAACAT
TGGACTACAAGCAGGCAAGCAAGGACAACTTCATGAAACTCTTCCGATAT
ATTTCTGGAGCCAACGAACAGAAACAGAAAGTGGAGATGACAGCTCCAGT
TCTCGTTCACATCCCAGTAACTCAAGGACCTTTCTGTGCTCCTGATTTCA
CCATGCACTTCTTCGTACCATACAAATTTCAATCTAATCCACCAAAACCA
TTAAATAACTCTGATAAGGTCAGTATTATGGAGCTTCCAGAAATGACTGT
TTTCGTTGCCTCATTCGGAGGTTGGATGGATCAAGAAAAAATCCAACAAA
ATGGACTCTTACTTGGGAAAGCCCTTCAAGAAGATGGTATCGCGTTTGAT
GATTCCCAGATGTTCACAGCTGGTTATGATTCACCTTTTAGATTGATTGG
TAGACATAATGAAATCATGTTTCTAcctaaagaaaatcaattcaGAGTTt
agATGAAGTCAGGAAATATGNGTCTAGAATGTCCACGTTACACGCTCCTT
AATAAAACAGAAAACTATGAAGTCAGGAAATATGAGAGTTTTAAATGGGC
CACCGCTTCAAGTCACTCACAAACATTGGACTACAAGCAGGCAAGCAAGG
ACAACTTCATGAAACTCTTCCGATATATTTCTGGAGCCAACGAACAGAAA
CAGAAAGTGGAGATGACAGCTCCAGTTCTCGTTCACATCCCAGTAACTCA
AGGACCTTTCTGTGCTCCTGATTTCACCATGCACTTCTTCGTACCATACA
AATTTCAATCTAATCCACCAAAACCATTAAATAACTCTGATAAGGTCAGT
ATTATGGAGCTTCCAGAAATGACTGTTTTCGTTGCCTCATTCGGAGGTTG
GATGGATCAAGAAAAAATCCAACAAAATGGACTCTTACTTGGGAAAGCCC
TTCAAGAAGATGGTATCGCGTTTGATGATTCCCAGATGTTCACAGCTGGT
TATGATTCACCTTTTAGATTGATTGGTAGACATAATGAAATCATGTTTCT
AcctaaagaaaatcaattcaGAGTTtag
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_041422XLOC_041422Clytia hemisphaericagene
The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00066178-proteinTCONS_00066178-proteinClytia hemisphaericapolypeptide
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00066178-exon-scaffold_451-1491911889:1042611..1042897TCONS_00066178-exon-scaffold_451-1491911889:1042611..1042897Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00066178-exon-scaffold_451-1510915933:1042611..1042897TCONS_00066178-exon-scaffold_451-1510915933:1042611..1042897Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00066178-exon-scaffold_451-1575043694:1042611..1042897TCONS_00066178-exon-scaffold_451-1575043694:1042611..1042897Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00066178-exon-scaffold_451-1491911889:1044847..1045067TCONS_00066178-exon-scaffold_451-1491911889:1044847..1045067Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00066178-exon-scaffold_451-1510915933:1044847..1045067TCONS_00066178-exon-scaffold_451-1510915933:1044847..1045067Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00066178-exon-scaffold_451-1575043694:1044847..1045067TCONS_00066178-exon-scaffold_451-1575043694:1044847..1045067Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00066178-exon-scaffold_451-1491911889:1045791..1046128TCONS_00066178-exon-scaffold_451-1491911889:1045791..1046128Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00066178-exon-scaffold_451-1510915933:1045791..1046128TCONS_00066178-exon-scaffold_451-1510915933:1045791..1046128Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00066178-exon-scaffold_451-1575043694:1045791..1046128TCONS_00066178-exon-scaffold_451-1575043694:1045791..1046128Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00066178-exon-scaffold_451-1491911889:1058306..1058731TCONS_00066178-exon-scaffold_451-1491911889:1058306..1058731Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00066178-exon-scaffold_451-1510915933:1058306..1058731TCONS_00066178-exon-scaffold_451-1510915933:1058306..1058731Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00066178-exon-scaffold_451-1575043694:1058306..1058731TCONS_00066178-exon-scaffold_451-1575043694:1058306..1058731Clytia hemisphaericaexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
scaffold_451supercontigscaffold_451:1042611..1058731 +
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
2.00156 1.23707 1.47377 1.22247 3.0624 2.98942 4.84871 5.7846 5.23316 7.96174 6.92087 8.13692 13.5607 10.6831 6.7196 35.6773 30.95 49.2963 11.626 9.09554 259.878 233.558 292.807 287.487 38.3775 34.4429 115.215 61.0889 2472.81 1150.73
Annotated Terms
The following terms have been associated with this transcript:
Vocabulary: INTERPRO
TermDefinition
IPR006917SOUL_haem-bd
Blast
BLAST of TCONS_00066178 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: HEBP2 (Heme-binding protein 2 OS=Homo sapiens GN=HEBP2 PE=1 SV=1)

HSP 1 Score: 126.716 bits (317), Expect = 1.202e-33
Identity = 66/165 (40.00%), Postives = 98/165 (59.39%), Query Frame = 2
Query:  227 NYEVRKYESFKWATASSHSQTLDYKQASKDNFMKLFRYISGANEQKQKVEMTAPVLVHIPVTQGPFCAPDFTMHFFVPYKFQSNPPKPLNNSDKVSIMELPEMTVFVASFGGWMDQEKIQQNGLLLGKALQEDGIAFDDSQMFTAGYDSPFRLIGRHNEIMFLPK 721
            +YE+R Y   KW + S  S  +D+  A +  F KL  YI G NE++ K++MTAPV  ++    GPF     T+  ++P + Q +PP+PL +   V I +  EMTVFV SF G+   +K Q+  L L   L+EDG  FD+   +TAGY+SP +L+ R+NE+  + K
Sbjct:   37 SYEIRHYGPAKWVSTSVES--MDWDSAIQTGFTKLNSYIQGKNEKEMKIKMTAPVTSYVEPGSGPFSESTITISLYIPSEQQFDPPRPLESD--VFIEDRAEMTVFVRSFDGFSSAQKNQEQLLTLASILREDGKVFDEKVYYTAGYNSPVKLLNRNNEVWLIQK 197          
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00066178 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
HEBP21.202e-3340.00Heme-binding protein 2 OS=Homo sapiens GN=HEBP2 PE... [more]
back to top