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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00066791 ID=TCONS_00066791|Name=TCONS_00066791|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=4699bp
TAGATAATTAGATACTACAGTAGATAgtttcaacaatgatagaacacacc
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atgTTTCATGTCgttcagaaaaacattacaacccatatctgaaaatgaag
ccaataaaagttattggggaaggttgtttaaaaaatgaccgaaaatgacg
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ttgtgaaattcaatagaGTACCTCTCAGGTACTAAATACTATTGCGTGCT
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aaaagtgcttagaaaaatccctgccTATAGCCTCCTCCATACCCTTAAAA
GGTAGgtttgaaaaatgataaatgCATTTTAAAATTATAGGTCACTATTT
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TAATAAAGCAAGCTTTAGGAAAGGATTACTACGGTATTGGTATGGTGTAT
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AGATATGAATCCGAACAAACAATACTATCTAGCTAGTTGTTCGGATGATT
GTAAAGTCAAATTTTGGGATATTCGGAACACGAAAGAATGCCTAATGACG
CGTTCAGATCACTCACATTGGGTATGGAGTATCAGATATAATAATTTTCA
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ATATTGCATCCTTATCTTCGGAGCCTTTCGGTCACCTTGACGACGAAGAT
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TTTCGAGGAACACGAAGACTCGGTGTATGCTGTGGAATGGTCAAGTGTTG
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agcttttgaaagaatttggGTATGAAGTTTAAAGGAAGGGTATTTTTCTG
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GACGGCAAATAATTGGAGTTAATCCAGTTATTTGTTATTGGGAATCAGCT
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AACAGCAGTTCTAATTTGTAAGATAATTTTTCTAtcagtttagttttttt
tggataattttgtgTCGATCGTTGGGATTTTATCATATTTCATTCCCCC Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_46:260326..267464- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00066791 ID=TCONS_00066791|Name=TCONS_00066791|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=7139bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_46:260326..267464- (Clytia hemisphaerica)
TAGATAATTAGATACTACAGTAGATAGTTTCAACAATGATAGAACACACC
GATATAAACAAAATTAACCAGCGCTTTTTTGTATCTTTCTACTTCTTCAT
CTTTGTCGAAGCTCTCAAAGTCAAATAGAATTTTAAGCACATAAGATATA
CTTGTAATTGTTAAATGCTGTTCTCGCTTTTGCTTCGGGAGGCCCCCCCA
GCGGTTTGCGTGATGGCGTGATTGGGACTTTTTCTTGCGTGATAGCGTGA
TTAGAGATTTTTTTGGCGTGATGGCGTGATCAAGATTTTGGCGTGATGCG
TGATAGGGCAAAAATTTGAGGCGTGATGCGTGATTTGGGCTGTTATTCGC
TATATTTTGCGTGATGCCAGATTTTAGCGACTTTCGTGATGCGTGATAGA
GAAAATTATTTTGTGTGATGGCGTGATTAGGGGTGCCCCGGGGGGCCTCC
TACGGGGGAGTGCATGACGTAACTAGCACCGCAAACAAACTCGCCTTCTG
TTGTCTGATCATATTGGGCATTTTGGTGTTACCACCTTCAAAGCAGCGGG
CGTCTTTATTATTCCACAACTCTGTCCACCATTTTAAATGAGTTAACAAT
AGATCCAAAAGGGTGCCCTCATCAAGGAAGATCATTTGCTTTGGTCTCTG
GCTTTGGGAAGTAGACTAAGTAATGTTTTTGATGTAAAATGGTAACAAAC
TTAAGTTTACAAGTGTCATTTAGTTTTTGCTGGCTGATAGAATGACAGGA
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TCTTCTCTTGATCCAGTATTAATTCGGAAACCTTCAATTCTTTTCAACTC
GAAAAAAATGCACAAAAATTGACTTCCCTCCATTTTTTGTTATCTTACAA
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GCTTGCTTAAAAATGAATGGCAGGTGCGGCTTTGCTTGTGCAAGTTTGAA
ATTCCGGTGAGTAATCTTGATATTTATAAGAATGTGATGTTTCTCAATGG
CTGCTGGACGTATAATCTCAAATTTGATAATGATACTAATGTAAAAAATA
ATTATGCATGACATCATTTTATCACTTTCATGATTAGGAGATTTTAAGTT
TGTATTTTAATGACCAGCCAGTTAATTCATTTGAGCGCTATGCACGTTAG
CCTACACTGATGCAAGTTACCTCAAGTTACCTGATCTCACAGTATACGAT
CATGTTCTTCAAAACTTTTAATGTGTTATCGTGGGAAAAGAAAAGGGATT
CTGAATGAGGTACGTTTTTTTATTGTCAAGTAATTTTCATTATGTTTCTA
TGTCAACACTTTGAAGAGAAGTAAAACTGCTTTAGTTGGTCTGTAAATTG
GAGTCTATACATTCTATTTACCAGTGATGCAAGTCAGGGTAAAATTCGAT
TTGATGTTTTGTTGTTAACCCCCATCCTGATTTTACTATATATTTTTGAA
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TAGACTTTAGGGAACTGAACCAACAAAGTCAGAATTTATTATCAGTAATG
TTGCACTGGGTTTCAAACCTTTCTGGTGGAAAACGGATTTACTTCTGAAT
GTAAACATTACTAGTGCTAGAATAGTTGTTTGGGAGAACGTGACAGTCTA
TTGAATAACAAATTACTCCAGCCAGCGCAAACAGGATCAATATTCACGAT
TGTACCTAGGTAACAGCTGTGTTGTAAAAGACAAATTAATTATTAACGAA
AATTTAGAGTATTCAACACTATCAATCTTTGTAGTGCAGTCTAAATGTGC
CAAAAGTCATAAACATTGTGCACAAGGGCGTAAAAGCATGAAACTTTGCA
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TTGGCACCTGTTTGTGTATTTTACAGACCAGAACAGGTTTCCAGGCTAAA
ATGAAAATCTTTTTCTCCAAAGTATGTCATATTACATACCGTTGGAAAGC
ATGTTTCATGTCGTTCAGAAAAACATTACAACCCATATCTGAAAATGAAG
CCAATAAAAGTTATTGGGGAAGGTTGTTTAAAAAATGACCGAAAATGACG
TAATTGCTAATGTCAGCAAAAATTCCAGGACCACCCAAACGTGTTTATTT
TTGTGAAATTCAATAGAGTACCTCTCAGGTACTAAATACTATTGCGTGCT
ATCCCAGATAAACCCCTTGTTTCAAGCTACACAAACTTGAGGAGAGTTGA
ATTGAATCAAACAGTAATGCACACATAGCACTGGTCTTGACGCAATGAGT
GGATGCCACATATTCTAAGTAAGTAAGTATGACGTTATCATTTAAAAAAT
TTCTACTGGAGTAATTAGTTCAAGGTTTGTTTACTTTTTATTTCACTGCA
TTTCTCTGTCTTATTCTGCAGTAGTAAGCGATTGAAAACTCCTGATTTTT
TTTATGTTTTTGTTAATGAGTTATATGTCTGTACCCGGAAATATTGTGAC
CTTCTTGCCTTAGTGGAACAAATATTTCGAGTGTGTTTTTGACATTGGAC
TTTCATTTTTAGCTTTTTATTATGCACCAGAAACACCGGACCAATTTACA
ACTCGTCCGCTGCTTGGATTCTCTGGTGGTAAAAAGTTTTCCCAATTGAC
AGCAAACATTTCCTTTCTGGTGCTTCAATGAGTCCGGTGTGTTAGCAGGG
TCGTTCTGATTGTTGTTCAACTTTAATAGCTTTTCTTTTTTGGATTGAGT
TTCAAAAACTCAATTTTAGATTGAGTATTTTGTCCGGTATACAGACATAA
AAAAGTGCTTAGAAAAATCCCTGCCTATAGCCTCCTCCATACCCTTAAAA
GGTAGGTTTGAAAAATGATAAATGCATTTTAAAATTATAGGTCACTATTT
TTTTGATTCTGAGCATTACTAATTTGGTCAGCTTTGGTCATCACAAAAGA
AGTGATGCCAAAATTGTTTGGATAGATCACGTGATTCATACCAAAACGAA
AAGCCAACTTCAGGATGGTGTATGGGGAAACTTCACACCAGCAGGTCAAC
TAATAAAGCAAGCTTTAGGAAAGGTACAGCCTGCATATTGTCTTTGTGTC
TTTTTTTGTCAAATTTATATCTTGTTTGGTGTTTCAGTATCTAACATACC
CAATAACTGTTCCAACTTTAATTATTTTTTTCTTTCATATTTCATCTACA
CATTGAAACCAATTCTTTAAAGATTTCATCTCTTTTAAATTAATTGGGCA
TTGATCTATGGATTGAATGCACTTATTCAGGCATTACAGTAACTATAATA
AAGTGCAATAACTTTGTAAAACTATTTTTTGCAACAGAATGAAATTCAAC
TATGAATGTTGTATTGACAACCCAGGTACAAAAGATTGAAAGAGCTAATA
TTTGGGTTCTACATTATTCGACTGTCACATAGTATAAATAAATCATTTAA
AATGTCTGAACAGTTATTTCAAGAAGCATCTACAGCTTTTCAAGAATGGT
GTAAAAGAAATAGTGTTCCAGTTCTCTCGTTGGATCCTACAAGTACTGAA
AAAGATGATCTCAAATCAATAGTACAATCCATTGGAAATGCACGGTTTGT
AGCCATCAGTGAAGGGTTTCATAATTGTAAGGAGATGATGAGTTTACACC
ATAGGATCATTCGCCACCTGGTTGAAGAATGTGGATTCAACATTGTGTTG
AGTGAAAGTGGGTTCCCCGAGTCCCTTTATATCAATGATTATATTCGAGG
GAAATCAATACCAGAGGAGATTGATGTATGGAAAAATGGTTTAAACAAAA
TGTACAGTGCCTGGAGAGAGGGACAAGCTCTGATTGAATACCTCAAGAAG
AATAATAAAGATTATGGTAATTCTTTAGAGTATTATGGTGTAGATATTGG
AGGATTTTATCAAGACTGGGTCACTCCTTTCAATATAATTTTCAAATACA
TCAAGACTGTTGATGAAGACTATTGTAAAGATCTAGAGTCAAAATTATTG
CCATATCTCAACCAAATGTCCACAAATGCACGAAAAAACTATGCTGAAAA
TTTTGATTTGCACCAAAAAGCTTTACTATCTGCTATATTGGACGAAGCTG
TAAGTTACTTTGGCTCCAAAGCTGATGAGTATGTATCCAGAAGCAGTAAA
GAAGATTATGAAAAGATTCGACAGTCATTGACTTCAATGCAGTTGGCAGA
AAACTATTATCGAAATTATGATACTGTTTCTAAGAAGTATGTAGGTTTGA
ATGGAAGAGAGATTGCAATGGCCCAGAATTGCTTGTGGGTCTTAAACAAA
AGAAGTGATGCCAAAGTTGTTTGGATAGATCACGTGATTCATACCAAAAC
AAAAAGCCAACTTCAGGATGGTGTATGGGGAAACTTCACACCAGCAGGTC
AACTAATAAAGCAAGCTTTAGGAAAGGTACAGTTTGCATATTGTCTTTGT
GTCTTTTTTGTCAAATTTAAGTGTTGTTTGGTGTTTCAGTATCTAACATT
CCCATTAACTGTTCCAACCTTAATTATTTTGAATAATTGCTACCTTTTAT
GTAGCAAACCAGAGCAAACTGTAAAGCAAAAAGCAAATTGTTTTCTTAAA
ATTGTATCGCTCTTGAAGCATCGCTTAACCTTCAATACATATCTTTTATG
TTATGTGAATATATCTGTGAATTAGCAAATGATTTTATATGCTCCTCTCT
CCTGCAGGATTACTACGGTATTGGTATGGTGTATGGATCTGGCCAATTTT
GGAATAAATGGCAACGTCCTGCTGAAAGGTTCATTGACAAAATCCCTGAA
TGGGATGAAAAAAGGGTCAGTTTTGAGAGTGAAATTACTAAATCCCTACC
TGGAAACGGGAACTATTTCATTGATTTTTCTGCAGCACCAAAGAATTTTA
AACTGCAATATTTTATGTCAACACCGTTATCTCTACGGGAAAACGATTAT
TATATGCAAATCGAACCGCAGGAATGGGATGGTTGCATCTATCTTCAAAT
TGCATCGCCTGCAACCCCAATTTAGTGACTAACAAATGAGTCTTCTTGAA
GTAAACCACAATTTTTCATATTATAAATTTTTTGTATCATATTTGCTTTT
TACTCTTTGCAACATTTATTATCATATTTCTCAAAATGTCTTAGGTATTT
ATTGGCTGATTTCAAAATTTATTTGTCCAGGGGGGGGGGGGGTCATGCAG
TTACTATGTGAACACTATGACACTTAGTACGTGGTGGTGTAACAACTAAA
AGAATTTAAAACAGTTACTCCAAAGTGGAGTAAATGCAGATTTTTTCACT
TTTTTGAAAAATTTCCCTAAATTTCCGGCAAAAATTTGAAATTTTCGAAG
AAAAATTGAATTGTTTTTGGAAAAATATCTGAAATTTTTCATGAAAATAA
GTTTTTTGTCATATTTATGAAAATAGAAATCGTGGAATGCTTTGATAGTG
ACTTTAACCAAGTACATAAACTTATTCCAACAATTTTTAAATACAAAAAT
CAAATTTTCGACCAGTAGGTATGTCTTATATATCTAAAAAATCCGCAAAT
TACCCATTTTATGGGGTGGTGTACCCCTTAACTAAATTAACTAAAATAAT
ATTATTTTTCTTTCTTTTCAGAAACAAAAAGAAAATAGAATGAATGACCC
AGCACCAGTGATATATGGTCTTGAATTTCAAGCTCGTTCGTTATGCCCTC
AATTTGGCGAAACCGAAGCAATACGGTTTTTAGTTGGTACCCAATCATTA
CGTAATGATAACCAAGTCCATTTGATTGATTTTGAAGACGAAAGTAACCT
AGTCACAAAGCATGTTTTTTCGCACACGCCTGGTGAAATATGGAATATAG
CATCGAATCCTTCAGATAAGAATATATTAGCCACGTGTTATAGTAAGATT
ATAGATGGTAAAACGAAACGTTTTGCAGCAATGTGGAGGATTCCACCCTT
AGATGAGACAGCACCTCCTGTTTATGAGTTAACACCTGGTGATAATAACG
GTAAATGCGTTTCGTTACAGCATGTATGTGAGTTGGATGCAGGGCATGGT
GATGTCAAGAAAGTCATGTGGAACCCATCCAGTGATAACGACAAGCTATT
AACCATCTCTGAAAGACATATTGATTTATGGCAAACTTCAAATACGGGTG
CTGATCATGTTGATACTATAACCTTAGAAGGAAAAGCACAATTACAATAC
AGTGTCGGTAGATTCAATCCACACCATGGTGGTTCGCAAATTGCCACCGG
TATTGACTGTCACATTAAAGGATATGATTTGAGGAGCATGTCATCTTCAT
TTTCTATAGAGAATGCTCATTCACAATTAGTTCGTGACTTAGATATGAAT
CCGAACAAACAATACTATCTAGCTAGTTGTTCGGATGATTGTAAAGTCAA
ATTTTGGGATATTCGGAACACGAAAGAATGCCTAATGACGCGTTCAGATC
ACTCACATTGGGTATGGAGTATCAGATATAATAATTTTCATGATCAATTG
ATTTTGACGTCGAGTAGTGACAGTCGTGTCATTTTATCCAATATTGCATC
CTTATCTTCGGAGCCTTTCGGTCACCTTGACGACGAAGATGAGGAGGAAG
AAAAACCAAGAGAACCAATTCCTGATAGATTGATATCGACTTTCGAGGAA
CACGAAGACTCGGTGTATGCTGTGGAATGGTCAAGTGTTGATCCATGGAT
CTTTGCTTCTCTTTCATATGATGGACGTTTGGTCATCAATCGAGTTCCAA
GAGTTGAGAAATATAAGATTCTTTTATAGTTTTGATTTTGAGCTTTTGAA
AGAATTTGGGTATGAAGTTTAAAGGAAGGGTATTTTTCTGGAGGTCATTT
TCGGTCAAGTTATACCACATTACAGCAAAATTGAGATTTTGACGGCAAAT
AATTGGAGTTAATCCAGTTATTTGTTATTGGGAATCAGCTGGAATATTAG
TATTTTATGTATTATAATGGAATTTTTTTGGCTAATTTATAACAGCAGTT
CTAATTTGTAAGATAATTTTTCTATCAGTTTAGTTTTTTTTGGATAATTT
TGTGTCGATCGTTGGGATTTTATCATATTTCATTCCCCC
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00066791-exon-scaffold_46-1575043694:264342..267464 | TCONS_00066791-exon-scaffold_46-1575043694:264342..267464 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00066791-exon-scaffold_46-1575043694:262600..262707 | TCONS_00066791-exon-scaffold_46-1575043694:262600..262707 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00066791-exon-scaffold_46-1575043694:260326..261793 | TCONS_00066791-exon-scaffold_46-1575043694:260326..261793 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00066791-exon-scaffold_46-1510915933:264342..267464 | TCONS_00066791-exon-scaffold_46-1510915933:264342..267464 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00066791-exon-scaffold_46-1510915933:262600..262707 | TCONS_00066791-exon-scaffold_46-1510915933:262600..262707 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00066791-exon-scaffold_46-1510915933:260326..261793 | TCONS_00066791-exon-scaffold_46-1510915933:260326..261793 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00066791-exon-scaffold_46-1491911889:264342..267464 | TCONS_00066791-exon-scaffold_46-1491911889:264342..267464 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00066791-exon-scaffold_46-1491911889:262600..262707 | TCONS_00066791-exon-scaffold_46-1491911889:262600..262707 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00066791-exon-scaffold_46-1491911889:260326..261793 | TCONS_00066791-exon-scaffold_46-1491911889:260326..261793 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| scaffold_46 | supercontig | scaffold_46:260326..267464 - |
Blast
BLAST of TCONS_00066791 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: TSSC1 (Protein TSSC1 OS=Homo sapiens GN=EIPR1 PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 450.284 bits (1157), Expect = 8.867e-144 Identity = 221/390 (56.67%), Postives = 289/390 (74.10%), Query Frame = 1
Query: 3250 MNDPAPVIYGLEFQARSLCPQFGETEAIRFLVGTQSLRNDNQVHLIDFEDESNLVTKHVFSHTPGEIWNIASNPSDKNILATCYSKIIDGKTKRFAAMWRIPPLDETAPPVYELTPGDNNGKCVSLQHVCELD-AGHGDVKKVMWNPSSDNDKLLTISERHIDLW--QTSNTGADHVDTITLEGKAQLQYSVGRFNPHHGGSQIATGIDCHIKGYDLRSMSSSFSIENAHSQLVRDLDMNPNKQYYLASCSDDCKVKFWDIRNTKECLMTRSDHSHWVWSIRYNNFHDQLILTSSSDSRVILSNIASLSSEPFGHLXXXX--------XXXXKPREPIPDRLISTFEEHEDSVYAVEWSSVDPWIFASLSYDGRLVINRVPRVEKYKILL 4386
M D APVIYGLEFQAR+L PQ ET+AIRFLVGTQSL+ DNQ+H+IDF+DE+N++ K+V H GEIW+I+++P+D+ +L TCY++ D K AA+WR+P E+ +P D++ +L+ +C LD HG++ V+W P D K++++++ HI LW Q S++ A + +LEGK QL+++ GR++PHH +Q+AT D ++G+D RSMS + IENAH QLVRDLD NPNKQYYLASC DDCKVKFWD RN E + T +HSHWVW++RYN+ HDQL+LT SSDSRVILSN+ S+SSEPFGHL D+D EEK +EP+ D +I+T+EEHEDSVYAV+WSS DPW+FASLSYDGRLVINRVPR KY ILL
Sbjct: 1 MEDDAPVIYGLEFQARALTPQTAETDAIRFLVGTQSLKYDNQIHIIDFDDENNIINKNVLLHQAGEIWHISASPADRGVLTTCYNRTSDSKVLTCAAVWRMPKELESGS---HESPDDSSSTAQTLELLCHLDNTAHGNMACVVWEPMGDGKKIISLADNHILLWDLQESSSQAVLASSASLEGKGQLKFTSGRWSPHHNCTQVATANDTTLRGWDTRSMSQIYCIENAHGQLVRDLDFNPNKQYYLASCGDDCKVKFWDTRNVTEPVKTLEEHSHWVWNVRYNHSHDQLVLTGSSDSRVILSNMVSISSEPFGHLVDDDDISDQEDHRSEEKSKEPLQDNVIATYEEHEDSVYAVDWSSADPWLFASLSYDGRLVINRVPRALKYHILL 387
The following BLAST results are available for this feature:
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