TCONS_00066932 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00066932
Unique Name	TCONS_00066932
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	3624

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at scaffold_462:851215..871114+

transcript sequence

>TCONS_00066932 ID=TCONS_00066932|Name=TCONS_00066932|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3624bp
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ACAACCTCAGGCGTCAGGTAATAC

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transcript from alignment at scaffold_462:851215..871114+

Legend: exon

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>TCONS_00066932 ID=TCONS_00066932|Name=TCONS_00066932|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=19900bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_462:851215..871114+ (Clytia hemisphaerica)
TCAGTTAAATTTAACGAATGCTAACTTTGATATGATTGGCCGATACATTT
GTGTATCAGAAAGCCCTGGATTGAGGCGAAATATATCAGCATTTGTTTCT
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GCACGGTTCATGGTCGACAGAAGGATGTGAAGTAGCAAACACCACGGATA
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CCTCTTCAAATTCTGTAAAATCTCTTTATTTTACTCCGCCTCCTGGGTTT
TCCAATTCATTTTCCTGGTATTTACTCTGACACTCTGGCTGGGGGGGTTG
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CACTTGGATGGCCCGATAATCTAGAACTTTTAGACAACATCTCGATCATT
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TGCAGGGACCAGGGCCCCTCAATTCCAACACCGAAGCTTTAGAGTCGAGT
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CCACCACAGATATGCAGATTCGGACCGCAAAGCCATCTTGGTCAACATCA
CATTGACAATCATCTTTTGTTTGATGATATTTACTGGTGCTGTCTTCCTT
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TGTAGGGAATGTAACTAAAATTCGGTTAAATTTTGTCAGTTTGAGCAAAT
ATCTTATTAAGTTGATATAAAATTTTCTGTCCTTTTCGTGTATTATATGA
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TCTTGTTCTGCAATGAAAGTATTCTAGTCCTACTTCAATTTACCTTCTTC
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GCTCCGAGAGACGACTTGAAAAATCCTCCTAACTTGAAAGCCGGAATAAA
CACTATTGCTCTCTTGCTCCgggatttttaagtttttttaactgtaaact
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TTaatctttttgttatttttttactCAGGAATCCCGATCATGATAGTGGC
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GTGTGGTCAATATTTCATTATATTTGGTCGGTATTATCATTGGTGGGCCT
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TATTGAATTAAGGTTACAGTCACGCTGACAATTTAcgtgttttttaaaag
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TTGCTGGTGTTGGGATCAGCAACCATGTTCTTGAAATATAATGGGGAAAT
TCTATATCACTATTTCTTTGCTGCGTTGACGGCTGCAGAggtaaatatat
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ACCTGCTGACTAACGACATTGCTTCGACATCCATTNGATTTTCCCTATAT
TAAGAAAGCTATGCTTTGGTAACTTACCTGCTGACTAACGACATTGCTTC
GAAATCCATTCAAATCTCACAGGACGCCAATATAACGTTGAACGACCAAA
CAGTTATAATTTCAAATCTTGTTTACATTGTGATTTTAGAGGCTTTACTT
GGTGATCTATCGCCATGCCAGTTCTCTTTTGTCATTCCAATCGAGgacct
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GGTGATTTGTTCTTATTCTGACGTCCTTGTGTCTTTTGTAATTCCCATAA
GGACTTTACTTGGTGTTTTATCCTCCCGTGTCCCTCCCCTGTCTTCCCAT
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CCCATAGGGACTTTACTTGGTGTTTTATCATTGTTATGTTGATCGACGAG
CTCATCGAACCTCATCGAGGTCAAACTCCAAGAAAAGAAACTCCTACAGC
ACCAAAGAAACTGTGACAGTAAGTTGCTTCACACTAATTCCTTTTTTAAC
CCTGAAGAGCCGTTATTTCCAACATAATTTACGCGGCCTTCATGGTTTTC
CCACATGGATTGAAAGTCAAAACATGAGCTTCACAAAGACAAATAAGGGA
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GACCTTACCAAAGCTGTATAATATAGACTTCATCTAAACTAATGTTTGGT
TAGGTGGACGGGCTAGCTTGCTAAACGAGTCGAATGATTCCTCTTTTTTG
GCCTTCATCCAAAAACCTGCAGCAATTTCTCTTTGAAAGCAGGAAAAGAA
GATTATGTAAAACGACTTCCGCAAAATTGTGTACAAGAAACCATACAGCT
TGCCAAGTTACATTGTCTGACCAAAAATAGTTCAATAGTTCAGAATACTA
GTTAATGACTTTTGGAGTAATTACTGGATTAGTTTACATCAATTACTGCT
CATTATTCGTTTTGTATTTGGCACCATTTTAATGTTTCATAATACAACAT
GTGATGCTGTTTGTTTCCAAGTGCAATTTCCTTATCTTATAACTTCTTGT
GAGAGCGTATAGTATTTTTGTCcttggtttgttttgatgaatATTTATAA
GAGGAAGCAACCaaacgaaaaaatgaaaaacagaatCAACCGACACTCTT
AAATTAACAGGCAGAGCTTTTAACCCCGATTCCTATAAAACcttcttttt
cattaaaaagctaCTAAGAGTAAATACTTTATGTTCAAATATCAATTCTT
CCTTGTCTAACGTGGTCAAAAAGAAAGCATCGGTTTCTGTTTTGAGGGTG
CTAAGCTCAGTAAAgggaacaaaaaatgaaaaggaaaaatctGTTAAACA
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aaaaagagACTATTTTGAAAAGCAATTAATAATATCCATAACAAGCTTAC
GTTGGTTAGACCACATAATACGAAAGCTTGTAACACACTAAATCTAGTAA
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aaattaaatttggaaGATTATGGATGATTAACAGTAAATTAGGATATTTC
CTGAATGATTTTTGTCTTAAAATCGCCAACTCCTCCTCTGCGTGTACCTA
ATCGCTACACCTATGCCACAAGGGGAGTTAGATTCGAGTCAACTTGGATC
GGATTATTACAAATATTCTTGTATCTGTGAACATCAAAAGTGATTACTCA
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ttgtttgtctttctttttCCAGTATTCGCCAAACGGCACTTCTTCAAACA
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GCGGAATCTTCAACAACATAGCTCTGAGGAAGCGTTAGAATGGGACTCAG
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cgcaaaaaatcataaaattacTTTTCGTAAGTCAAATAATCCTCAAGGTA
AATTCATAGTCCCTTGAAAAGGCCATGACTAAAATTTCTCATTTATTCAT
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TTAAATGATGATTTGCAATACTGACTTTATGATAACTATGAAAAAACTCG
TACCTTTTTTCGGCTCCACCAATCACAAAATGTGTAAGCTCTGAATACGA
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CTTCAGAACTTTCGAATATATTATACGAACTTCAAGCGTTCGACACGAAC
GTTCCGCAAGACACACACGAGCGGAAACAACCTCAGGCGTCAGGTAATAC

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_041832	XLOC_041832	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
scaffold_462	supercontig	scaffold_462:851215..871114 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
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Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00066932 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: AGRL3 (Adhesion G protein-coupled receptor L3 OS=Homo sapiens GN=ADGRL3 PE=1 SV=2)

HSP 1 Score: 120.939 bits (302), Expect = 2.312e-27
Identity = 115/531 (21.66%), Postives = 218/531 (41.05%), Query Frame = 2

Query: 1268 RVVDRALNVTVSQV--LVDAVPNSDARNLIKLNGLISNSLMDTRYQKEWNEI--NEKSCGTICLMKYLEEYSMKIASKMSKGFKENILFNFDALSMKISSVNETFKYTDFEMSMMKTRDEGNTVLLPKENYELLKDSASVSIQYKTLSELMP--TPEIKEIDEGQ----------ILSDVFSLSFTKLHSKKNTTLKSPAQIIFKVPKDQEAHKEGVCVYWDFEK-GQHGSWSTEGCEVANTTDTEVICQCNHLTNFAVIVPTPPLK---MIHLQISLAVAVGVGLCIFLA-FLACLSHVCCSPYADSDRKAILVNITLTIIFCLMIFTGAVFLSTMELVPAKYGQYFCYTLIGCLQLFGCAFFAWIFAEAIHLYLSTRLVIDKGDGRLALFYFIGWGIPIMIVAVTGVLVYFNKFDLQSRCVVNISLYLVGIIIGGPVLLYILGTLIVYILIRVSLASDRELL-NAKILFHAKGAIYCSFCLMLLHLLVLGSATMFLKYNGEILYHYFFAALTAAEGLYLVFYHCYVDRR 2794
            R +D+ + +   Q+  L     +S AR+L K      N+L+  +    W ++  +++      L+  +EE +  +A  + K   + +  N D + ++++ ++      D +    +    G+T+ L     +    +  + + +   + L P  + E   +  G           + S V + +  K  S K   L  P     K  K  E +    C +W + K    G WST+GC +  T  T   C CNHLTNFAV++    +K    +H  + L V   VG+ + L   L C+   C      SDR  I  N+ +++    ++F   +  +   +         C      L  F  A F W+F E + LY+    V +    R   FY +G+G+P +IVAV+  + Y   +     C + +  Y +   IG   L+ +L  + + I +         L   +  L + K  +  +  L+ L  L      M++     ++  Y F    + +G+++  +HC + ++
Sbjct:  593 RAMDQLVGLLDVQLRNLTPGGKDSAARSLNKAMVETVNNLLQPQALNAWRDLTTSDQLRAATMLLHTVEESAFVLADNLLK--TDIVRENTDNIKLEVARLSTEGNLEDLKFP--ENMGHGSTIQLSANTLKQNGRNGEIRVAFVLYNNLGPYLSTENASMKLGTEALSTNHSVIVNSPVITAAINKEFSNK-VYLADPVVFTVKHIKQSEENFNPNCSFWSYSKRTMTGYWSTQGCRLLTTNKTHTTCSCNHLTNFAVLMAHVEVKHSDAVH-DLLLDVITWVGILLSLVCLLICIFTFCFFRGLQSDRNTIHKNLCISLFVAELLFLIGINRTDQPIA--------CAVFAALLHFFFLAAFTWMFLEGVQLYIMLVEVFESEHSRRKYFYLVGYGMPALIVAVSAAVDY-RSYGTDKVCWLRLDTYFIWSFIGPATLIIMLNVIFLGIALYKMFHHTAILKPESGCLDNIKSWVIGAIALLCLLGLTWAFGLMYIN-ESTVIMAYLFTIFNSLQGMFIFIFHCVLQKK 1107

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00066932 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00066932 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
AGRL3	2.312e-27	21.66	Adhesion G protein-coupled receptor L3 OS=Homo sap...	[more]

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TCONS_00066932 (transcript) - C. hemisphaerica