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The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00067823 ID=TCONS_00067823|Name=TCONS_00067823|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3328bp CTACAGTAATTTCATTGTAATATTATTCAATATATAGATTTTTATCAACA GTTATTTGATACAATCAATATACTAGTTTATTCGGCGTTCTTGATGGAAT ACATTTTGATGGTTGTATCTTCATGTTATTGGAATATAACTTTAATGtga atgattgattgattgaaaattaTTGGATTGTTTGCAGCTCTGACACATAA TGGCAGATCGTCGGGCGCCATGGAAAAAACAGAGaCCTTCCATTTTCCAT GGAAAAAAAGACCGGAAAAATCTTTACCGAAAACAATCATCGGTCAGTTC CGTCGAATCAATGATGATGTCATCACCGACACATCACCGACATAATGCGT CAAGGAAAACGTTACTTGGACTATTCATTAGAGCATTATTTCCACGGCTA CTCTTCTTAATACATGGCTTATTATGTGTTTATATTATTGTTAAACAAGA GAATGATAATAAGTACTGGTATTTGACCATTTGTCTTGGGTTATTGTTTT TGGAAGGCATCTTTAATGTGATTGTAAGACATGGTAAAGAATTCCATTGg ttttgtcCCAGTGCTTTTCTATACTGTGCTGTCTTGATTGTCACTTTAAC ATTATTACGTGAAGCACAAATCAAATGCTTAGATGATAACATGATATGTA ATTCCAAAGTTGGTGATGCTCAAACCACATGTCTTGCAGAGAAGGCTTCT TGTGATTCTAAATTACCTGGTTCTGATTTCATCATCAATttCTTCAACGG TATGTCGTTCTCGAAGCGTGCGGACATGATTGAACAAACTGGTCTTCTGG TTCTTATTGTTGGCAGGTGGCTTCTTCCTCAAGgGTCCATCTCCAAAGAC CAATTTTGTCAAATCCTTCTCATTTACATCGGTACAGCAGCCGACATTGT CGAATTCAGTGAAATTTACaaagatgatgacgtcatcaatttagGTCCTG ACACGGTAGACGTCTTACGTTCTTGTTGTTACGTATGGGCGTTCAGTGTT CTACAATTTTCAATGACCATTGCTCTACCTGAAGACGGCTTGAAAGAAGA AGAGGAAGATGATGAAGAGGAAGAAAATCAATTCGAACAAATGAGTTATT TTCGAACGGCTAAATTACAAAATAAAGTTGCACCGATGTCATACATGCAA TATAAATCAATGCTGCGCGAAGGCATGAATAATGGTAGCGATGAGGGTTT CCAACTAACTGCGCGCCGTAATCATCAAAATACGAGGAATGGAACTTTTC AAGAGAAATACCCGACTCTTGGTGTTGAGAATGCTGCAAATAAGTTCCGC TCAAAACCAGCTGGTTTAACGCCACTAGCCTTGGCCTCGACGAGCCCTAG AGGAAAGAGTTCAGAATCAAACGGAGTTAATAACACTCAGCAGTCTCAAA GTAATGGTTCTTTGAGTCAAAGGAGTCAGACATGGTCTACACCAAGGCAA AAGAAGATTAGTCTTCCTCATGGAGGTAGGGTACCTACAAACATAGGAAG CCCACCACTAACAGAGCGGTCTATCGGCTCTCCTATGAGTGCTCGTTCCA AAAAGACTAGCGTTACTTCTAGACCAGCCATGAACGAGACAGTTCGACCA ACTTCAAAAGGGAGCAGTACGGAATCCACAAATAGtgaacaaaagaattt tagtACTGGCTCCAAAAGTCCACCAATCAAAACTTGGGATCGTTTATTAG AGCGTATACCGTGGTCCAATAAACGaaaaaggcgggaaaatatggatTTC CAAGGCTTACAACGGAAAGATTCGACAAAAGAGGATAATAGCCTTGGTAT TGGTAAAAAAGAAGTCAAAGGTTGCTTTTATAAATATTTAGACCTGATTG CTATCCTGCTCCCTGTTTGTATGCAGGACGGACCGTTTTTCATTTTACGT TTTGTGCTAATTGCGCATTATAACGTTATTACTGGAATGTTACCGATTTT GTTGACTAAAAACGCTTTGGTGATTATAGTGAATATTTATCGAATCTTAA TTCTGTATTGTTCAGAGCCACCCAAAGAACAAACTGAACTCGATGACCCA AGCACGCGTGTACGTGCTGCAATGGATACAAATCAAAAGTTGTCTAATCG AGCCTCACTACGTGCTAAGAGGGCCAGTATAGCTGTTCAAGCTTTGACAA GAATGCAAACTCAACTTCTTGGTAGAGAAGATGCCAGTGTTTTAAGGCAA ACGAGACAAGATGAAATTAATAGACAGTATGATGACAGTCCAGCTTAATA AAATGACAGCTTtgctatagaccttttcataaattacgtcacgaacatca cttgcctgaTTATGattatatcccttgagacatcaaatgatttttttatg aataggaggtagttttaataaaatccacttGGAGTTAATCATctcggcaa taatttcaaaacgaggcaagtgatgttcgtgacgtaatttgtaaaaaggt ctattggatcATAAGAAATTTGCCCACAAGAATTTGCCCTGCTCTAGGAA AGTTGCCCCCGGATCTGTTTGAGTCAGAGACGAtaacactttttcaaaat aatgtttAGGATTAAATCAAAGTTTCTCAGTTGAAGGTATATTTTCTCTT TGGTATTTTAATGGTGAATCTCAATGTTGGTCAAAATTAATGGGGGCAAT TTTCCAATGCCCGTTAGCATTTAGCTGTAAGGTCTCTCGCATCCCCGGCT TAGCTAATTCATTTCGTTTCAACTTGGTAAACATTtgtcactgagacagg gttgtGTGGAGTAGCGTGTTAGGATTTTGGATTGGATTGGTTTGGATTGT TTTGattataacacccctgtgtcacagatccgGCAGAACCCCCAACTcgc tggaaaatttggccaaaattttgtccccggtcgGAAAAATACCCTGGCAA CAATATAATTTATATCCCAGCGGTATTTCAATAGAAATATCCTCACTGCG GGAGGAAGTtttaccggggctgtgagacagagtTGTCTTATAAATACTCC CTGGAGGAGAAAAAGAAAACTAGTCTATAATAAATAAACACATATTGATA AAACTATTGTACAATTATTAAACTTTACATTTTAACTTAAAAACTGCGTT GTGTTTTTGCGAATAAAGTATTACCAATAACActgtaaataaatttaaag aacaaaaattattttaactatTATATTTgtagttttagaaaaatgacaaa attttgtaaattcaatttcattatgGTATATTTCCTTTAGTAGCAATGGC ACCCCTGATTACATAATGTCgaaaagattaaaattttcataccaGGGGGG TACTAGATCTGCAAAATATCATTAGTGC Run BLAST on NCBI protein sequence of TCONS_00067823-protein >TCONS_00067823-protein ID=TCONS_00067823-protein|Name=TCONS_00067823-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=682bp
MADRRAPWKKQRPSIFHGKKDRKNLYRKQSSVSSVESMMMSSPTHHRHNA SRKTLLGLFIRALFPRLLFLIHGLLCVYIIVKQENDNKYWYLTICLGLLF LEGIFNVIVRHGKEFHWFCPSAFLYCAVLIVTLTLLREAQIKCLDDNMIC NSKVGDAQTTCLAEKASCDSKLPGSDFIINFFNGMSFSKRADMIEQTGLL VLIVGRWLLPQGSISKDQFCQILLIYIGTAADIVEFSEIYKDDDVINLGP DTVDVLRSCCYVWAFSVLQFSMTIALPEDGLKEEEEDDEEEENQFEQMSY FRTAKLQNKVAPMSYMQYKSMLREGMNNGSDEGFQLTARRNHQNTRNGTF QEKYPTLGVENAANKFRSKPAGLTPLALASTSPRGKSSESNGVNNTQQSQ SNGSLSQRSQTWSTPRQKKISLPHGGRVPTNIGSPPLTERSIGSPMSARS KKTSVTSRPAMNETVRPTSKGSSTESTNSEQKNFSTGSKSPPIKTWDRLL ERIPWSNKRKRRENMDFQGLQRKDSTKEDNSLGIGKKEVKGCFYKYLDLI AILLPVCMQDGPFFILRFVLIAHYNVITGMLPILLTKNALVIIVNIYRIL ILYCSEPPKEQTELDDPSTRVRAAMDTNQKLSNRASLRAKRASIAVQALT RMQTQLLGREDASVLRQTRQDEINRQYDDSPA Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_476:68646..100776- Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00067823 ID=TCONS_00067823|Name=TCONS_00067823|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=32131bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_476:68646..100776- (Clytia hemisphaerica) CTACAGTAATTTCATTGTAATATTATTCAATATATAGATTTTTATCAACA
GTTATTTGATACAATCAATATACTAGTTTATTCGGCGTTCTTGATGGAAT
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ATGATTGATTGATTGAAAATTATTGGATTGTTTGCAGCTCTGACACATAA
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GTGAATTTGTTGTCGATTGTTGCGAATTTGTTGTCGATTGTTGTGATTTT
GTTCTCGATGGTTGTAAATTTGTTGTCGATTGTTGTAAATTTGTTGTCGA
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GTTCTTAACTTTTTAAGTTTCAAGTCTAAAAATGTTCTTAACATGTTTAT
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GCCCACTAGATAGCTCAGAGATTAAGTCTTCAGTATAACTTCAAAGATTC
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CAGTTTATCGTCCATTGTTCCAAGCAGCTGTGGCTGAACATCTTACTCCC
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GGGGGGGGCCAACTCTCCTTAGACTGAAAAGGAGTACCCTGCTAACCTTA
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GTAGTAAGCTTTGAAGTTGATGATGTTGTTGATGTCTTAGTTGTTTTTGG
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TTTTAGGACTTTTACCCTACTTTGACCCCTAAATTGCTTGAAATTTAATA
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GGCAAACGTTAAATTTATTACGTTACTTTTAAATTAACATTTTTGGGTAA
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GAAGCGATTTGGAAAGTCCTGCAGTTCTGACCAGCAATATAGAGGACAGT
AAAAGTGCTGATTCACCGTCGTCCCAGTGAGTCAGGAGATAGACAAATTA
TAAGCTTACCGTCTCCGCTGCAGAAAAACACAGATACATAAACTCGCTAA
AAATAAGACATGCATACCCCCTGCAACATTATCCCAATTGATAATAATAT
GATCTGTGCGATCTGCTCGACTTTGTTCATGATAAAACGAAAGTGCATGG
AGGATTTCGTGAACGATAACACCTTGATATTCACAACCATGGTCGATAGA
AATCTGTTGTTTTGGGTTGCCAGAGAGTGGACCAATTCTTCCGACACTTG
ACCAGCATCTAATAAAGAGAGACCAGCATCCGAAATTTAGAAAAGGCCTT
AAAACAAGTTTAAGTAGGGTACAGGTTTTTTTTAAGAAACACACTTTCAA
GAAACATGAGGCTCAGAATGCCTAAAAACTAAGAAACATCTAAGAAACAT
GCTGAGGCTGAGAATGAGAAAATAACTTTTTTTAATTCGGTTTTTCTTAT
AAGAACCTTCCAATCCAACCTTCCATGAGGCTGATTATGTCAAAAAGTTT
AGAAACATGTAAGAAACGTTTAAGGCTCAAAAGGCCAATTTCTTAAGAAA
CATTGAGGCTGCTTGATAGAACTAGTTTCTTAAAAAAAAAACGTGTACCT
CTTAGATTAGGATAAATTTCTGATATTTTTCTCTTAAAATAGGATGTAGA
ATTGACAAAATAATTTGTCTCTCGAAATTCTATATCGATTAACTAAAAAT
CGATTCACTCGAAAACTGCAGGAGATTTGAGAGGCAATTTTCTTGGCAAT
TTTACACCCTATTAGAAACGTTTTTCAACATTCCCAAGCCCAACCTTTTT
TATTTTACTGATTGTTGTACACTCATAAGCATACGGTAAATTTCGGCTGA
AGCTCACTATGCTTAAGTAAAGCTCAATTTTGAGCCTCGACTTATGCTTA
ACCCTATGCTTGGTAAAAAAATATTTTTTACGTTCACAAAAACGAAAAGC
TTATCGTAAGTTTAGAAAGTGTACATTCTTTAGAGACCAAGTTTTGTTAT
TTATAAGAGATAAACAAAATCTTGTTTGTAATTCTCTTCTTCATTCTTCT
GTTATTTTTTGAAGTTTTGGAAATTATGATTCTAAAAATTTCTTTGGCTG
AGCCTCAAGGTATGCTTAGCATATGCTTAATTTTTCGGAAATTTGAGCTT
CAGTATGCTTATAAACGTTATGCTTATAAAAAAATAATTGTATGTTAAGT
ACAATCGTGACTGCTATCAGAGTCATAAAAAAGCGAACTTATGGACTGGG
TTCGAGTTTGGGAACTTCCTTATTTGGCACACAGTGTTCCTTTGACGTTC
ACCCAGCCTCATTTGAACGTTAGATGGATATGGATGTCAACTGAATGTTA
AAATATCTTTGTGTTTCATCTGGGCCGCCTATACCCCTGTGTTACAGACC
GGTCACAAACTCTGGTGCAAATATACCCTCAAATTTTAACCCCGATTAAG
AAATTGCCCTTCAATTTTATTCCCATTTGAAATTAAGCGGGTAAAAATTA
CGCACCAACACCATCCCCGCTGGCCTTTTCAAACTACAGGAAACAAAAGA
TTTTCTATTCCGATTGGGATTCTAATAGAAATTTTCATCCCTACTGAGAG
AGATAAAGCTCGAGATAAAGTTCAACCGGGGTTTTGAGACAGGATTGTAA
CATCCTTTTTTGTAAAATATGGACCTACTTGAAGCTACCGTTTAAGGCTC
CAAGACAAGGGGTGCTTTGATGCATTCTTACCCAGTGCCATGAAAGAAAT
TGACATAATATTTCTCAGTTGTTCTCTTCACAAAGCGAACACATGAAACA
GATTCGATAACCCGCATGGCTTCTTCCACTTCCAAAATATACTCTAGAGG
GGAAAGTAAATTGGATTATTAACCTATTAGCTTAAAATACTCAGATTTTG
CTCCGCCATAGCTGTGGAGTTTTAGCTAGGTTACTTAGGAGTGATCTTAT
TATTTAGTATTTTAACAACAAAATAAATACTTAATCTAGCCTAGAGGAGA
AAGGAAATAAGATTAACAATTTTGCTTTGACTACTCAGAGTAGTCTGGTA
ATGGTCGTAGAGTGATTTCCTAGCATCATTATTCAACTAACTAAACAATT
AATTAATATTTTCTAAGCTACGGAAATTTGAAATTTAAGATTTGTTTGGT
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GATAATAGAAGAGAGAAGGTCAACTTAGAATGCACCACCGAGCAAGTATT
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TCATGGCTTCATTCTTATAATCGACATTTAATGACGTTGACTATTTAGTC
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AATTTTACGGTTGAGTCTCTATAAGTCGAACGCGAACGGAAAACACAAAC
TTGTTCGAGCCAAGGAAATTTCGAATTATAGAGTAAGGTTCACGAGGTAT
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Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
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The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:
Position
The following features are aligned
Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
scaffold_476 | supercontig | scaffold_476:68646..100776 - |
Annotated Terms
The following terms have been associated with this transcript:
Vocabulary: INTERPRO
Term | Definition |
IPR019169 | Transmembrane_26 |
Blast
BLAST of TCONS_00067823 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: TMM26 (Transmembrane protein 26 OS=Homo sapiens GN=TMEM26 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 104.375 bits (259), Expect = 1.431e-23 Identity = 78/228 (34.21%), Postives = 126/228 (55.26%), Query Frame = 2
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+F+ AL RLLFL+H L+ V+ + + + + +YW L + LLFLE + + G+ + WF P+ FLY ++ +L LL E Q I+ + + K QT E+ S D + + +N + + + QT LL+LI+GRWLLP G I++DQ Q+LL+++GTAADI+EF SE ++ +V N P V + +W +S+LQF + +A+
Sbjct: 5 VFLNALATRLLFLLHSLVGVWRVTEVKKEPRYWLLALLNLLLFLETALTLKFKRGRGYKWFSPAIFLYLISIVPSLWLLELHHETQYCSIQAEGTSQNTSRKEDFNQTLTSNEQTSRADDLIETAKVFVNNLSTVCEKVWTLGLHQTFLLMLIIGRWLLPIGGGITRDQLSQLLLMFVGTAADILEFTSETLEEQNVRN-SPALV---YAILVIWTWSMLQFPLDLAV 228
The following BLAST results are available for this feature:
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