TCONS_00067823 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00067823
Unique NameTCONS_00067823
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length3328

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00067823 ID=TCONS_00067823|Name=TCONS_00067823|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3328bp
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Run BLAST on NCBI

protein sequence of TCONS_00067823-protein

>TCONS_00067823-protein ID=TCONS_00067823-protein|Name=TCONS_00067823-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=682bp
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_476:68646..100776-

Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00067823 ID=TCONS_00067823|Name=TCONS_00067823|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=32131bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_476:68646..100776- (Clytia hemisphaerica)
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The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:
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The following features are aligned
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Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0.182492 0.166438 0.116063 0.214739 0.264289 0.1961 1.2413 1.46999 1.63599 2.31601 1.63996 1.7713 5.82517 5.71936 2.0623 2.29947 2.66905 2.6503 12.4222 9.97764 4.65331 5.67036 3.63502 4.87746 7.79686 10.6885 3.8723 5.17139 7.4493 5.8431
Annotated Terms
The following terms have been associated with this transcript:
Vocabulary: INTERPRO
TermDefinition
IPR019169Transmembrane_26
Blast
BLAST of TCONS_00067823 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: TMM26 (Transmembrane protein 26 OS=Homo sapiens GN=TMEM26 PE=1 SV=1)

HSP 1 Score: 104.375 bits (259), Expect = 1.431e-23
Identity = 78/228 (34.21%), Postives = 126/228 (55.26%), Query Frame = 2
Query:  371 LFIRALFPRLLFLIHGLLCVYIIVKQENDNKYWYLTICLGLLFLEGIFNVIVRHGKEFHWFCPSAFLYCAVLIVTLTLL---REAQ---IKCLDDNMICNSKVGDAQTTCLAEKAS-CDSKLPGSDFIINFFNGMSFSKRADMIEQTGLLVLIVGRWLLP-QGSISKDQFCQILLIYIGTAADIVEF-SEIYKDDDVINLGPDTVDVLRSCCYVWAFSVLQFSMTIAL 1027
            +F+ AL  RLLFL+H L+ V+ + + + + +YW L +   LLFLE    +  + G+ + WF P+ FLY   ++ +L LL    E Q   I+    +   + K    QT    E+ S  D  +  +   +N  + +        + QT LL+LI+GRWLLP  G I++DQ  Q+LL+++GTAADI+EF SE  ++ +V N  P  V    +   +W +S+LQF + +A+
Sbjct:    5 VFLNALATRLLFLLHSLVGVWRVTEVKKEPRYWLLALLNLLLFLETALTLKFKRGRGYKWFSPAIFLYLISIVPSLWLLELHHETQYCSIQAEGTSQNTSRKEDFNQTLTSNEQTSRADDLIETAKVFVNNLSTVCEKVWTLGLHQTFLLMLIIGRWLLPIGGGITRDQLSQLLLMFVGTAADILEFTSETLEEQNVRN-SPALV---YAILVIWTWSMLQFPLDLAV 228          
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00067823 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
TMM261.431e-2334.21Transmembrane protein 26 OS=Homo sapiens GN=TMEM26... [more]
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