TCONS_00067835 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00067835
Unique NameTCONS_00067835
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length828

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00067835 ID=TCONS_00067835|Name=TCONS_00067835|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=828bp
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AATTTTGTATCTCCATCTTGAACTTGNN
Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_476:233755..245876-

Legend: exon
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00067835 ID=TCONS_00067835|Name=TCONS_00067835|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=12122bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_476:233755..245876- (Clytia hemisphaerica)
AAATATAGTCATACTATTAATACTCGACCCCATACTGAGGAAGCCCTATT TGTCCTGATCCTCTGATAAACACGAGAGCTTAAATTTGGATATTAAGAAG TCTTAAAATATCTTTCATTTCAAGAAATGTCTACAACCAATGTCTCTACA AATCTCATTCCTTCTCCGTTCGCCTGTTTTGGTCTGTAAAATTGTTGTTT TCTTGTGTGTTTTTTTTTTCAAGCCACAATGTTTGGAGACAAGTAGTTTT ATGAAGCTTAATGTGGTGATGGCGAATCAATAACAATTGGATAGTGGTAC ACAAACAATGGGCTGGATATGGGTACTCTGAAGGATATTAGTAAGTGACG CTTTTTATGTGATTCGTGTGATAGGCATTCACACTTTTCCAAGCACGATA TGCCCTAATAAGCAGCCCTACTTTCAGTTTGGAAATTTAATATCGTCGTA TTGCTTTTTACNGAAATAGGAGGTGCCCTCGAAAGAACTACCCCCCTTCT GCAGGCAGAATTCTTGGAGCTACCATACGTTAAAGAAGATGCCCCCTCCA AAGAATCTAATCCCATTCCTGTTATCAGTGATTCTGGAGCCTTGCTTGTG TGAGTAAGGCTTTTTGAAATTCCATTTATTTCTGCCATGTTTAGATTAAG ACCGTTAAGAACGTTTAGCTTTAGTGATGACATTCATATAGGTCACAGAC AGCTAAGATAAGGTTTTAATGGGATTGGATCAGTAATTGTTCGATGATCG GTTTCTAATTGGATCAAGCTAAATTGGCGAGCGAAACTCGTTCCTTCGCT CTCTTTCTTTCTATTTGATCAACTGACCACTCTTTTGCTTATTACCTCAT AATAAATGCCTAATTTCACGATTTTTAGCAAACGGGTCAAAGTTGTTTAC ATCTGCAGATAAATCGATTTGAATTGCTTCTTTAATTGAGGGACTCCATT 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TTAAATTTATTTTAAGCACCATTAACTTTTTTTTTTAAAAGTCGGCAAAG TTTGCGATAAATGTCCTAACGAATTCCTCGTACCTGAAAACTTATTGAAA GAGCACGACTCTAGGGCCGAGAGTCTAGTTCAACAGCAATTTTCTGTCAT AAGAGTAAAAGCAATCGGAGGAAATATGCTTCCGGGTTTTTTTTTGGGGA ACCACTTTTCTACTGGAAAAAGCCAGACCAGTAGTTGAAAAATGAGCTTC TGAAAGTTAAGCTGTTTCGTAGGGAAACACAAGATTTTCCTTTAGAAGAA TTCCTTCTCTAATCTCATGCGGGCTATCCCGAGAAAAATAGCGGAAAAAT CCCGGAAAACTTAGGAGAATCTTAATGCGGGAAAGGGAAAGGTATGAGAT ATTGGTTGTGATGTGCGTGCGGAAATAATTACGTCATATTTTCGATATTT TTCCTGTATCTCAAGTTTCCGAGTCAAATGTCAAGCTTCTCCTACTTATC GACCTCTACAAACAAACAACTTAATTGTTACAGTAATTCCCCTTATTAAA GAGTTTTCAATATTTGATATTCAATATTTTTGCCTTAGTATCAAGCTTTT ATTAAAAGCATAGCGGGTCAGCTGTGTCTTAGAAATAAGAATGCATTTAA CTTTCTTAAAAACAGCAAACTGAAATGATTGTCAAACGTAGTTATTTTCA CGCTTATAAATTTTATCGCTTTTTCACGTCGATCCCACGAAGATTCTTAA ATATAAACTTTTTCTATTTTTGTACTCGAGTGTTCACTTACAAACGTTAT ATAAATATTAACATTACAGAAACGATTAAAATTCTTGGTCATAATGGTGT CGACAAATTTCTGATATTCCATTTATTTATTTGGATTAGCAGAACCCCAT CAAAACATTTTTTAACAATGACGTAATCAGTTCATTGAGATTCCACGGTG 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CATGAAACTTTGAGTACGAAATTAACTTAAATTGTTTTCTTTCTGAAACT AGTGATTTGGTAATCTTAGAAAACTATTCGGGCAAAACCCTTTTTTTAAA TAATTCAAGATAGTTTTTCTCTGGAATGGTGTGGGGACACAACTCAATTA CTGATTTTCGTCACTAATAAATATTCTTTCAAACAGAGAGACAATATCAT AGAGGAATCAATTTGAATTACGTCAAACTCNACTAAGAAGTATTCTTTCA AACAGAGAGACAATATCGTAGAGGAATTAATTTGAATTACGTCAAACTCG CCCACTCTTTTCGTTTCCACGTTTTTAAGCAGTAAAAGTTCATCGATATA GATACCACTTGTACAAGAACTCCACCTCTCAAGAACTTAAGTGGGGCGCA AACCGGCCAACATGTTGGCCGAAATGTTGGTCGAAAATGTTGGCCGGTTT GCGCCCCACTTTAACCTGGCAGCCTCTTTAATTAAACGTGAGATTTTGCA CGAACTTACTGAAAAGCTTGAAAGCATAAAAATCGACCAAACAGTGACAA ATCAAAGGTTTCTTTGGATAAATAAAACCGATCACAGAACATGGACATTT AACATTTTTTGATGGTCAAAGGTCACAGTTTTGAATGTTTCTTTTCTGTC AATCAAACTTAATTCTTTGGCGTTGGATTTCGTTGATGAAATCAATTGGT CGTGGTGGTGACGTCATCACTGAGTTCTTGTGTGTTCTTATTGGTTGATT TCCTACTAAACCTTTGAAGTGCTAAGGATAGTGCTGGAAACGAACGAACC CATGCATAATCCCACACATAATTTTTGGGTATTACATAGGGTATAAAAAT TTTGTGATTGACTTATTCTTATTGAAGTCTAATTAGATAAATTTCATTTT GATCAGCCAAATTTTTAAAGTGTTCAATTTAAATCTATCGAACTCAGCAT 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AAACCTTTTTAACCTTTTCACTCAACGGAATATTCACCGCTTTACTGACT TGACCTTTTCGCCCGACGGGATATCCGGCCGCTACTCATATGGCCAAATT AACAAATTCTTTCTGTCAAAAATAGCGCCCATGGTCCATTAATATAATTT CGTATTAATTTGAACAAATTAATTTGTTTGAGAATATCTGAAATATTTTC ATGGCAACCCGGACATAAATCAACCTTTGATTTTAAATGAAGATGTTTTT CCACGCTGTCAGAATAACCGGAATCACGAAGGTTAAAATACAAACAAAAT TAATTGGTCATGTTTATTGAAGAACAGAAATTATAACATTTCTGTTTACA TTTTCAGTTATCAAAGACGTTTGGTTGCGGGTGTGAAGAGGGCTTAACGT GTGCCATCGTTTCACGTAAGGGTCCATACACACGACTACGTTGCGTTGAA ATTCCTGCGACGGTCAAAGTGAAGATCGACGACAAACAAAAGAATTCAAC GGACACTATCACCAAATTATTGACAGCTTACGAGCTGAGACATTTATTAG AAGTGATTAAAGAACGACCTGTCATCAAAACTCCAGTCAGTAGTGACACC CCTGATGAAACATGACGGAGATAATTGTTTATTAGGGAGATAATGATAAT GTAGAAGTTATTCTAATGACTGGTTGGTTTTACATTTGTGGTGGAATTTT GTATCTCCATCTTGAACTTGNN
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_042362XLOC_042362Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00067835-exon-scaffold_476-1575043694:245537..245876TCONS_00067835-exon-scaffold_476-1575043694:245537..245876Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00067835-exon-scaffold_476-1575043694:235433..235555TCONS_00067835-exon-scaffold_476-1575043694:235433..235555Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00067835-exon-scaffold_476-1575043694:233755..234119TCONS_00067835-exon-scaffold_476-1575043694:233755..234119Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00067835-exon-scaffold_476-1510915933:245537..245876TCONS_00067835-exon-scaffold_476-1510915933:245537..245876Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00067835-exon-scaffold_476-1510915933:235433..235555TCONS_00067835-exon-scaffold_476-1510915933:235433..235555Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00067835-exon-scaffold_476-1510915933:233755..234119TCONS_00067835-exon-scaffold_476-1510915933:233755..234119Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00067835-exon-scaffold_476-1491911889:245537..245876TCONS_00067835-exon-scaffold_476-1491911889:245537..245876Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00067835-exon-scaffold_476-1491911889:235433..235555TCONS_00067835-exon-scaffold_476-1491911889:235433..235555Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00067835-exon-scaffold_476-1491911889:233755..234119TCONS_00067835-exon-scaffold_476-1491911889:233755..234119Clytia hemisphaericaexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
scaffold_476supercontigscaffold_476:233755..245876 -
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0.535967 1.04222 0.648945 0.407402 0.812344 1.20644 1.0619 1.5022 0.372547 0.75781 1.62589 0.838588 3.56236 2.91401 1.3815 1.54417 2.32655 0.824512 0.688471 3.2573 1.90917 1.57747 2.46438 3.84535 10.001 5.68993 0 0.710107 2.9733 0.543232
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00067835 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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