TCONS_00067972 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00067972
Unique Name	TCONS_00067972
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	5217

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at scaffold_478:109268..149201+

transcript sequence

>TCONS_00067972 ID=TCONS_00067972|Name=TCONS_00067972|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=5217bp
TATAGTGTacgaaaatctttaaaatacaaaacataataaCTTCACAAAGA
CTCGAGAAAGTCCAACCTTCTGTTCTGTTAAAAATGAAAACCTGGTATTG
GTAACTTTGAATACTTTGCTCGTAGCTTGCAAAACCTTCCAAAGACTTGA
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attatttggAAAAACGCTCTCACTTTgAGGCTGACTGCAGTAAACAAATT
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ATGTGACATGACTATGAAACAAGTGACTATAGCGTACTTTCAAATGATGC
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ACAATCGACTTCTAACCAAGCTATGTGTCCTACATATCAATTCGAACCAT
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ATGCGAAAAGTGTGGTATAATTTGCCACAAAAAGTGTCTCGAAAAACTGG
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GTGGATTTTCACCAACATTTAGAAGCCACTAAGAGGAAAGATATCCCCTA
CATCATGGAGAAATGTATAGATACGTTAGACGAGATCGGTCTAGGGGCTA
AGgGATTGTACCGAGTTTCAGGTGTCAAATCCAAGGTTGAAAAACTTTGT
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ACAACCACAGCTTATCGCATCCGTACTCAAACTCTATCTCAGACAGCTAC
CCGAACCGTTATTGACGTTCAAGCTGTATCAACCTTTCATCGACCTAGCC
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GACGGTTCACCTGGATTAACAGTAAACATTACCCAAGCTCAAAAGCTACA
AAACATTACAGAGAAAAGTGAAAATTCTGGCGGTGGTGCTGACCAAACAA
CACAAAAATCACCTACCAAACAAGGGCCAATGACTCTACCCAAACCAAAG
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acaaaaaattccGGAACAACCGCAACCTGGATCTTTAAACGAAAGACTTT
TACAGCAAGGAAGCGTAAAAAGGCCTTCCGCCACAGCTGAGGATATTCCG
CCCGTCAGTCCGGATACGCAAGAATCGAGTGACGCCGTATTCCCGCCACG
TAGTGCGTCAGTAGGACACCGGTCCTCCGTAAGAGACATTCGGAAcagat
ttcaaaataacttGATTAATAATTCCAGCCCAGGAGACGATCTTCATGAA
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CCAACAATGGTTTAACTGGTCGCTAGAGAAAAACGATAGCTTcacataaa
aatgtaaaattagaAAGAGagatagagagagagagagaaataCCGGACGA
TCGTAATCGATAAATTCGATTTCATTAGAATTAATAATCGACAACTAATC
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TCGATTCACATTGACTATTATCGATTTCTAGGATCGATTATCAATTAGTA
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GTGATAGAGAGACTTCGTTTAGTTATCAGAATCCATTTATTTGGGGTTGC
CCTTTTAGATATTTTACTGTAGTATTACGATGAAATTATTTAGACTGTTG
GCTTTAGTAATATGACATTTTTATATGTCAATTGGCTCAAAAAACCGGGA
AATGTGCTTAATCATCG

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transcript from alignment at scaffold_478:109268..149201+

Legend: exon

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>TCONS_00067972 ID=TCONS_00067972|Name=TCONS_00067972|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=39934bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_478:109268..149201+ (Clytia hemisphaerica)
TATAGTGTacgaaaatctttaaaatacaaaacataataaCTTCACAAAGA
CTCGAGAAAGTCCAACCTTCTGTTCTGTTAAAAATGAAAACCTGGTATTG
GTAACTTTGAATACTTTGCTCGTAGCTTGCAAAACCTTCCAAAGACTTGA
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TTGACTATTTCAAGTgtcttttccagaaaattttgttttttgaaaatcta
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TTTGAACTGTGTAGAGAGAAATGagagagaaaaacttttttcttatatat
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TATATACATACGTTTTATTGTTATActccttaatttttttcttataagac
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ATTCATGACtcgaaaattgatgatgatttaAGAATATATAATTAGAGGCT
GTACAGTTTAATTGAGTGACAATTAccgatattcttataaaaaaggatgT
ACGCGTCACTAATTAAAAATATGATGGTTGAATGTTATTCTACTATCTCT
CgctatttttttctctcttctggTTTTTATTATAGGCGCTTGACAAAATA
GCACTGAAGAGAAAAAGCGACGGCAGAGGAGATAAACTTTTATATGGTGA
CTTCATTTGGAATGGGTTTGTTGTTAATGATGAGAATTTAAACCTGGTGA
ATTTGACGGAGTGTTCTAAAAGTACTGGAGATTCGATCACCAAGAATGAG
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ATTTAGCAGTCCAACTGCAACTACAGATCTAGATTGGTCTTTGCTGAAAC
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GTTGATCAAGACGATATTATTGCACTGACCAAACATGTTCGAAGCTTTTC
AGAATCCTTAAATAGTTTAAGAAATACGTTCAATGATAGTCTGACAAGTA
AGAAAAAAGTCCCTTATCATGTTATTATACCCCCTGATATTTTTTATCTC
GCAACAGGCTTCCATCTTGAATTCCTGAGATAAATACGCgatgtgtaatt
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ATATAGTTTGTATTAGAAATTCCTTACTCATACGGGGCGGATTCTGGTCT
GTAGAAAAGAAAACAGTTGGAGCTTCTTTGTAAATAAGAACTAGCTTTAC
ATGTAAAACAAGCACacacaaaatgaaaatgaacagTCAATATTTTTAAG
AGCAATCATATTTTGGAAACCTTTTCACTTTATAAAGAGATGATGTACCT
ATCTATATCATCCATCAATGTTTTTCTATCAATAAAGTTAGACACAGCTA
GCTGTGTGTgttattttaaataatttttgctAGTTTTTTTACCTTGTCAA
CGATGAAAAACCAGACAATGAATGACAGGTTTCTCTTTGTAAAATGATAC
CGTCAAATGTTACAACTTTTGAAAACTGACAGAGCTTGGAAAAATTTAGA
TTTACATTCTTCCACTAGTCAAACTTGTGAAAACTTTTGCATCAGCTCCA
AGGTCTTCATGCTCTATCTCTTGCATCAACAACTTTCTTATCTTATCTTG
CATTCTGATCTTAGCTAACGTTCAGGACAGTGATTTTCCTCctaaacatc
aaaaaaaaattattatcaataCATTGCACATTTTTGTTCCAATCCAGAAA
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TCATATAAAGTATTAGTCCCTCTCAACTGGAATGACATCTAAAACGTATA
TACAGTTataaccagacgatctcaatcgaacggaatcgacgatcgaacca
gtcaaacaacaatcgaaccaatcgaatattacccagaattttgactttcg
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tcgatttggtttgactggttcgatcgtcgattccgttcgattgagatcgt
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cgaatttcaatcggtcaatTGCGTtggatttggtttgactggttcgattg
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TGTATATACGTTTTATATATACTTCAGTTAAAACTAATTTCTGAAATTCT
TGTCAAATTACTTTTTTCAACCATGCAAAACAGATAATTATGGAAAACTG
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GAGGTTGACGCCAAGAAATGGTTGATTTTATCCCTCACACATTTTTTCAC
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ATTCAGTTACAAtagaaaatcatttgtttatttCTTCCAACATATGTAGA
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CCATTTTTCTGTCCCTCttgaaattaccaaaatattggtaaaaacagcca
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ACTGCCTTgcttttctaaaatatggcctgattATGAGATTAggtgtcatt
ttttatctgatAATTTGAAAGATCCTTcacaatttttgtcaaaaaatgga
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tgcttgaaaaaattgaacCATGTTGTGTagcaagaaaagaaaatgaattt
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Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
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The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


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Expression

Values :

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Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00067972 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: RHG29 (Rho GTPase-activating protein 29 OS=Homo sapiens GN=ARHGAP29 PE=1 SV=2)

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Sbjct:  193 ELDNVLLKNTDSIELALSYAKTWSKYTKNIVSWVEKKLNLELESTRNMVKLAEATRTNIGIQEFMPLQSLFTNALLNDIE-SSHLLQQTIAALQANKFVQPLLGRKNEMEKQRKEIKELWKQEQNKMLEAENALKKAKLLCMQRQDEYEKAKSSMFRAEEEHLSSSGGLAKNLNKQLEKKRRLEEEALQKVEEANELYKVCVTNVEERRNDLENTKREILAQLRTLVFQCDLTLKAVTVNLFHMQHLQAASLADSLQSLCDSAKLYDPGQEYSEFVKATNSTEEEKVDGNVNKHLNSSQPSGFGPANSLEDVVRLPDSSNKIEEDRCSNSADITGPSFIRSWTFGMFSDSESTGGSSESRSLDSESISPGD-FHRKLPRTPSSGTMSSADDLDEREPPSPSETGPNSL---------------GTFKKTLMSKAALTHKFRKLRSPTKCRDCEGIVVFQGVECEECLLVCHRKCLENLVIICGHQKLPGKIHLFGAEFTQ--VAKKEPDGIPFILKICASEIENRALCLQGIYRVCGNKIKTEKLCQALENGMHLVDISEFSSHD----ICDVLKLYLRQLPEPFILFRLYKEFIDLAKEIQHVNEEQETKKNSLEDKKWPNMCIEINRILLKSKDLLRQLPASNFNSLHFLIVHLKRVVDHAEENKMNSKNLGVIFGPSLIRPRPTTAPITISSLAEYSNQARLVEFLITYSQKIF 886

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00067972 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00067972 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
RHG29	3.507e-110	34.03	Rho GTPase-activating protein 29 OS=Homo sapiens G...	[more]

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TCONS_00067972 (transcript) - C. hemisphaerica