TCONS_00070483 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00070483
Unique Name	TCONS_00070483
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	2534

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at scaffold_56:772214..781923+

transcript sequence

>TCONS_00070483 ID=TCONS_00070483|Name=TCONS_00070483|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2534bp
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agtattgttTTTACTTCCGAAATATTACATGGTA

Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_56:772214..781923+

Legend: exon

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>TCONS_00070483 ID=TCONS_00070483|Name=TCONS_00070483|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=9710bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_56:772214..781923+ (Clytia hemisphaerica)
ATTTGTGTCGCGCTGAGTGCTGAGCCTGGAGATCGCTGGAGGGTTGGCAg
acaaaattgtcaaaataagtTGTTTTAGTCTTGTTTTCACAGCAGTTTAA
CTCATTTTTCTCAAGAATATTTAATAAGTATAATATGATTAAGAGACATG
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TCGGGAAGAATATCCGAAAAGAaatcatttgaaaaagtttcaaatcTTTG
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AATGTAAATATATTTTACGTTTTGGTTTTTCTCTCAACTAATATCCAATC
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TTATGGTTATAAAAACATATACTTCCAAAGAAGAAAGCGTTTACTTTGGC
AAACCCGTTGCGAAATTTTTAGTCGAGACTTTTTTCGGagcaaaataata
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GACAACAATCGTATGTAATAGAGTATTATATCTTAGTGTATTATTTTCAT
GACTAGCTCCCTTACCAGCTAGCACACTAACGTCTATCGAACGTCCAGAA
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GTTACTGCTAACAAATTAAAACCTACATTTGTTCTACAAACAAAGCACAT
ATCCCATGACGTCCTTTCAAGCATCCAGATACATTTTCTTCCAAAtgaaa
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CGTATCTCGTTCTAACACTTGAACTCATGACCCCTCGCTCATCACGAGTC
AACTGTTTGAAATTTcgctaaatgaaaaaaatgtgtcGAAACTATTTTTT
TAGACGGAAATATATCTAACTCTATTTATTTTCATGCTACTTTATTTTAT
CACtaatatttttgttgtttaatgttactttttatttttatttgactttt
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atattttgtttaatttttggtTGAGCATCATTTTTTGCGCTAATAATCTC
AATAACCTAACAAcggaaaaaagaaaagtattgttTTTACTTCCGAAATA
TTACATGGTA

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_043881	XLOC_043881	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
scaffold_56	supercontig	scaffold_56:772214..781923 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0.501889	0.566005	5.05793e-08	7.92861e-07	0.685999	1.05861	0	1.49981	2.85245	1.30453	2.49144	2.44001	0.856911	0.5673	0.299696	0	0	0.630265	0.423663	0.733036	3.22166	6.42967	0.926878	0	0.52073	0.394514	1.67089	2.30438	0	0

Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00070483 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: I5P1 (Type I inositol 1,4,5-trisphosphate 5-phosphatase OS=Homo sapiens GN=INPP5A PE=1 SV=1)

HSP 1 Score: 197.978 bits (502), Expect = 2.297e-55
Identity = 119/344 (34.59%), Postives = 196/344 (56.98%), Query Frame = 2

Query:  251 IRDLYEPEYFDDYYSVQSFVDEEYVDVK-YTAMGCSYFIHKSLKGHLQQWNFHEKRFVVAAEGREINQIT-SDTLFLQKYKFPLSCYSKNQTRLPRKGFTCSKWRLFNKVFVLLNIHLTHDACNIEITRQSPTKYSGYRRRSLEYMLDRL--KTLQSDHQMMFGDFNVRPDTKALLEYLMDSKAVRHTLGAESEDAKPHTVIYRSCNGSTKDLLRIKERLFEFSDYEAFDGSHQTEILKFDKELDWLLNDKFAELPISFRPTYPHKENPKDIGTYSFANVRCPSWCDRILIDQE-----LDNQLSKSTMVYDTFGEDVALGDHKPVFLALHFTSGLQANH*KVH 1255
            +++L   +   +Y   + ++DE Y   + +TA+G  YF+H+SLK ++ Q++F  K++   A G+EI   T   T  L+K KFP   +   + +  RKGF  ++W + +  F L+NIHL HDA N+     SP+ YSG R ++L Y+LDR+  +  +     +FGDFN R D+K+++E L     ++    A++ +     +I+R  +   K +L+++++LF++ + E F  ++ T +L+FDKEL  +  D+  EL ISF P+YP+ E+ +    Y   N RCP+WCDRIL+        L ++  +  + YD  G +V +GDHKPVFLA     G    H  VH
Sbjct:   72 VKELLSSDAMKEYNRARVYLDENYKSQEHFTALGSFYFLHESLK-NIYQFDFKAKKYRKVA-GKEIYSDTLESTPMLEKEKFPQDYFP--ECKWSRKGFIRTRWCIADCAFDLVNIHLFHDASNLVAWETSPSVYSGIRHKALGYVLDRIIDQRFEKVSYFVFGDFNFRLDSKSVVETLCTKATMQTVRAADTNEVV--KLIFRESDNDRKVMLQLEKKLFDYFNQEVFRDNNGTALLEFDKELS-VFKDRLYELDISFPPSYPYSEDARQGEQY--MNTRCPAWCDRILMSPSAKELVLRSESEEKVVTYDHIGPNVCMGDHKPVFLAFRIMPGAGKPHAHVH 406

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00070483 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00070483 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
I5P1	2.297e-55	34.59	Type I inositol 1,4,5-trisphosphate 5-phosphatase ...	[more]

You are here

TCONS_00070483 (transcript) - C. hemisphaerica