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The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00001467 ID=TCONS_00001467|Name=TCONS_00001467|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2798bp CGAATGATCACGAAATTGGGTTTTCCCCTGTGGGTAGAAACCAATCCAAT GTTTACATCACGTGACCAATCCGGATTCGTGAGGTAAGCGGTGGGAAAAG GAAAACCTAAAATCATCAAGGGGCTTGGACTTCACAACATGGCGGAGTGG AAATTATCTGTCAACAGTCATCCAATCTCAACAAGCACCACCTCTTCTGA CGAAGAAGATTTCCCAGAACCTCCTCTTTTGTCTGAACCTATTTTAATCA ATTCTAAAGCTGTCCGTCAACGCCGAGAGAACGATGCAACTTCAGATGTG GTGAATGTCCAAAGTGAATGTTCAAAGCTTGAAAGACACGAACGAAGAAA TCAGTATTTGAATTGTGAGCCGGACGAACACGGAAAAGGTATGGACGATA TCATCGATTCGTATAAAAAGAATCGGGAAAGTTTACACGATACAAACGAA AACATCGTACTTCATAATGGGCACGAGAGCGATCAATATATGTGGGTCCC GGCTGGACTAGACGCTAATCTAATCGAAGATTACATGGCTTCTCTACCAC GTCACAAAGTTCCACATTTCAAGAATCCTGATGGCATCTCTTACCATAAC AAACAACTTATCCAACAAATACCTCTACAAGATTCCAATTTCGAAAACAT CTCCACTCTCGAAGATGATGAACGACAAATTTTTAACGGATTTAAAAGAG AACGTGACTCCCAAATGGATTCGGGCAAAGTCATAGTGGCAGATGATAAT TATGTCTGTCGAAAATGCGGAAAAGAAATCTACCAAGATGATTTACTAGT CAGGGCTTCAGCCCTCGGAGAAGAAGCTGTCTGGCATCCAGGCTGTTTCG AATGTTGTAAATGCAACGAGCTGTTAGCAGATCTTATTTACTGCTACAAG GATGGTGATATTTTTTGCGTCCGCCATTTTGGAGAAGAGTTGAAACCAAG ATGCTGTATGTGTGACGAGCTCATTTTCAACGGCGAATACGTGCGTACGG ACGAGAAAGCATACCACGCTCAACATTTCGTGTGTCATATctgtgaatgt agtttaacagGAGAACAACATCTAGTTGACGATGGACTGCCCATCTGCAT TGCTTGTTATGATGATAAATTTGCATCGGTTTGCCACAAGTGCAACAAAT CTATCGGTGTTGACGAAGAGGATGTCATTTACGATGACGAACATTGGCAT GATTACTGTTTAGTTTGTAGTCTTTGCAATTGCCGGTTAAGCGGTACAAG TTTTGTTATTCGTGATGACAATTTCTTATGCTCGGATTGCTACCAAAAGA CTGATGACAAAAGATGTAAAACGTGCGGCAAAGGATTTGAACCGGGTGCC AAAAGgtTGGAACTGAAAGGAGAATTTTGGCATGACACGTGTTTCGTATG TGATATCTGCAAGTCACCTATCACGTCCAAGAAATTCATTCAACACGAAG GATCACAAGTTTGTTGTCCGTGTTTCGATCAGAAATTCGCGAAACGTTGC GCGAAATGTGAAGAGGTTTTACGCGAGGGAGGTGTAGCTTGCGGTGGAGC TTTCTATCACCGTGATTGCTTCCAATGCGAGATTTGTAACGCGTCCATCG CTAATCAAGCTTTCCAACAGAAAGACGGATTCCGTTACTGCATGCCGTGT TACAAACAACAGTACGCCAAACGTTGCGCCGGTTGTGATAGTTATATAGT GAACGGAGAGTACTATACTGTCGATTCAGATAGCTGGCATAAAGAGTGTT TCAAATGTGAAGTTTGTCATATTGTTCTCCAACAACAAACGTTTGTTCAA GAGAATGGTAAAGTTAAATTGGTATGTGAAAGCTGTCTTTAAACAAAGAA GTGCGTTGTGGAATGTACCCTCTTCTTTGATTGGCTGTTGTAGAAGGGCC TACCAAGTGCCGAAAAGAGAAGCTTTTGAATTCAACAAGGGTTTCATGGA GCTGATGGGTCTTGTGCATTCATAAGATCTACCTACAACGCTGTAAAAAA GACTCTGTCGATTAAACCTAAGAACGCATTTATTATGAAAGAAGCCGCAT AAAAAGAAAGGAATATTTGGTATAGACAGACAAACTCATGAAGCATTATG GGAATGTTCTATGCGTTTAATCAATCCTGattcaaaaagtgaagaagtCA GGCATTGAAACTTACAAAATGAACCTTGCTTActtataaagtaaaaaaaa agtaataccTTGAAGAAGTTTGACAAAATTGTAAATGAATAATGAACTGG AAAATTTCACATTCATATTTCTCAAatggaagaaaaagaaattaactATT TTGTATTAAAGGTTTTAATAGTATCATTAGTTgtcaattaattaattaat tatgtTTTTGTTTAACTAAAATGGTGCAGTCAGATGCTCAGGGAATATAT TCCTTAGTTTCTGTTAACTTGATTGTAAACTATCAAGGATGTAATCGTAA CTTCGGCATAGGCACCATAAACCTTGGGTTATCTGACTGTATTTTGCTTT TAACTGCACTTTTTCTGTTAATTTTCTTATTACTTCACTTTAGATTCTTT AGAGTTTAAAAGTTTGAGGGAAGGGGTTTCGGGGTTGTTGCAACCCATAT TCAcacattgtttttattattcCACATGATACACtttcaattaatttatt ttGTGTTATCGTTAAATTATTTCGgttgtatttaattttttttttttttg cttttacattttttttacatcTCTAACAATAAAATTCTCTATTCTTCTAA ATCGGAAATGATAAAAATTCGATTAAAATTATCTGGATTTGTTGCAAC Run BLAST on NCBI protein sequence of LIM and PET domains protein >TCONS_00001467-protein ID=TCONS_00001467-protein|Name=LIM and PET domains protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=567bp
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GATCAAAAGTTATACAAGGCTGGTGGAAAACACCCCCCCCCCTTGAGAAT
ACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATACCTTTTCTAGATCAAA
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TTTATTGAATGATTCTTGTGGAATTTCCATAATCTACCTCTAAGTTAAAT
AACATCAATAATATCCAACTGTTTTTGTTAGAAGTCATAATAAGGAGCTG
TTTCTATTATATTTGGAAATTAAAAACATGCTATACTATAATCGCTTCTG
CAGGACGCTAGAGTGTATCTATACTACAATGATGTTTTCAAAGATATAGT
CGTTTATTGATGTGAATTTTTTGTTTTGTCATTTTATTTTCCTTCGCTTT
TTTATAAAAGCAAGAGTTTGACAGGGGATTGGCTTCAGTTGGCTTCCATT
CAAAACATTCGAAAATAGCGTTTTTATATCATTCTTTTGAATTTTTATTT
TGCAACTTGTTTTGTCTGGACATATTTATTTGAGTTTGTAGAACTTGTTG
GAACTATTTCATTTGGACCATTTACTGTAAGAGATTGTGACTTTCTGGAG
TTGTCATCTCCAACTTGAACGAGCTTTTTCCGCCATAGACATAAAGGAAA
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TACATGATTCGTTTGAAAATTGCAGTCAGTTTGGTTACTAATCGTAATGT
TTTGACGATGAAATATTTCTGGTACTTTTGAGTAGCTAATGCTTTCTTCA
ATCTACTTTATGACCTATTTTATCGAATCCGATCAAACAACAGAAACGGA
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TATACATTGCACCACTGACTAATTATCTTTCCAACAAAAAAATTAAATTC
TAGTCTTAAAGAATCGCACGTCTAGAATGTAAAATATGAAGTGAGAACGG
ACTAACATACAACCCTTTTTTTTAAGAACAGGTGAAGCACATACTTCAGC
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TCTCTTGGGGTTCAGTTTATAGTGTCAACGTATCCACATTCTCCGATGCT
GACTTCATTGATACAGTTGACGCATTCTAATTCGATTTTTAAGGGGAATA
GGATTGTCATCGAATAAGGGAGCGTATTGAATAGTAGAACGTCAAGTTAG
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TCGAGACTCTTGGATGGGAAATGCAACCACTTATTTCCCATCCAGAACAC
CCGCGCGCTTACACAAACGCCGGATTAAAACTAAAATCTATTCCAGCGAT
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CGTCATTATTACGGCGCCTTCTAGGCGCGTTTTGGATAAGAAATAAGTGG
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GCTGTATGTGTGACGAGATCGAAGATTACATGGCTTCTCTACCACGTCAC AAAGTTCCACATTTCAAGAATCCTGATGGCATCTCTTACCATAACAAACA ACTTATCCAACAAATACCTCTACAAGATTCCAATTTCGAAAACATCTCCA CTCTCGAAGATGATGAACGACAAATTTTTAACGGATTTAAAAGAGAACGT GACTCCCAAATGGATTCGGGCAAAGTCATAGTGGCAGATGATAATTATAA ATCAGTATTTGAATTGTGAGCCGGACGAACACGGAAAAGGTATGGACGAT ATCATCGATTCGTATAAAAAGAATCGGGAAAGTTTACACGATACAAACGA AAACATCGTACTTCATAATGGGCACGAGAGCGATCAATATATGTGGGTCC CGGCTGGACTAGACGCTAATCTAAACGATGCAACTTCAGATGTGGTGAAT GTCCAAAGTGAATGTTCAAAGCTTGAAAGACACGAACGAAGATGGCGGAG TGGAAATTATCTGTCAACAGTCATCCAATCTCAACAAGCACCACCTCTTC TGACGAAGAAGATTTCCCAGAACCTCCTCTTTTGTCTGAACCTATTTTAA TCAATTCTAAAGCTGTCCGTCAACGCCGAGAG
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
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The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:
Position
The following features are aligned
Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
sc0000010 | supercontig | sc0000010:371541..409162 - |
Annotated Terms
The following terms have been associated with this transcript:
Vocabulary: Molecular Function
Term | Definition |
GO:0008270 | zinc ion binding |
GO Annotation
GO Assignments
This transcript is annotated with the following GO terms.
Category |
Term Accession |
Term Name |
molecular_function |
GO:0008270 |
zinc ion binding |
Blast
BLAST of TCONS_00001467 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: FHL5 (Four and a half LIM domains protein 5 OS=Homo sapiens GN=FHL5 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 206.068 bits (523), Expect = 1.767e-59 Identity = 92/269 (34.20%), Postives = 146/269 (54.28%), Query Frame = 1
Query: 1018 AQHFVCHICECSLTGEQHLVDDGLPICIACYDDKFASVCHKCNKSIGVDEEDVIYDDEHWHDYCLVCSLCNCRLSGTSFVIRDDNFLCSDCYQKTDDKRCKTCGKGFEPGAKRLELKGEFWHDTCFVCDICKSPITSKKFIQHEGSQVCCPCFDQKFAKRCAKCEEVLREGGVACGGAFYHRDCFQCEICNASIANQAFQQKDGFRYCMPCYKQQYAKRCAGCD---SYIVNGEYYTVDSDSWHKECFKCEVCHIVLQQQTFVQENGKV 1815
HF C C SL G+++++ D P C+ CYD F++ C +C K I D +D+ Y D HWH+ C C+ CN L F +D+ LC++CY +C C + PG++++E KG +WH+TCFVC+ C+ PI +K I E C PCF+++FA C C++V+ GG+ +H++CF C C + + F +D + +C+ CY YA +C C S + ++ WH ECF C C + L + F+ +N ++
Sbjct: 3 TAHFYCQYCTASLLGKKYVLKDDSPYCVTCYDRVFSNYCEECKKPIESDSKDLCYKDRHWHEGCFKCTKCNHSLVEKPFAAKDERLLCTECYSNECSSKCFHCKRTIMPGSRKMEFKGNYWHETCFVCENCRQPIGTKPLISKESGNYCVPCFEKEFAHYCNFCKKVITSGGITFCDQLWHKECFLCSGCRKDLCEEQFMSRDDYPFCVDCYNHLYANKCVACSKPISGLTGAKFICFQDSQWHSECFNCGKCSVSLVGKGFLTQNKEI 271 HSP 2 Score: 96.6709 bits (239), Expect = 1.826e-21 Identity = 62/214 (28.97%), Postives = 89/214 (41.59%), Query Frame = 1
Query: 832 WHPGCFECCKCNELLADLIYCYKDGDIFCVRHFGEELKPRCCMCDELIFNGEY-VRTDEKAYHAQHFVCHICECSLTGEQHLVDDGLPICIACYDDKFASVCHKCNKSIGVDEEDVIYDDEHWHDYCLVCSLCNCRLSGTSFVIRDDNFLCSDCYQKTDDKRCKTCGKGFE--PGAKRLELKGEFWHDTCFVCDICKSPITSKKFIQHEGSQVC 1464
WH GCF+C KCN L + + KD + C + E +C C I G + +H FVC C + + + + C+ C++ +FA C+ C K I + + D+ WH C +CS C L F+ RDD C DCY +C C K GAK + + WH CF C C + K F+ C
Sbjct: 62 WHEGCFKCTKCNHSLVEKPFAAKDERLLCTECYSNECSSKCFHCKRTIMPGSRKMEFKGNYWHETCFVCENCRQPIGTKPLISKESGNYCVPCFEKEFAHYCNFCKKVI--TSGGITFCDQLWHKECFLCSGCRKDLCEEQFMSRDDYPFCVDCYNHLYANKCVACSKPISGLTGAKFICFQDSQWHSECFNCGKCSVSLVGKGFLTQNKEIFC 273 HSP 3 Score: 87.0409 bits (214), Expect = 2.161e-18 Identity = 63/276 (22.83%), Postives = 113/276 (40.94%), Query Frame = 1
Query: 847 FECCKCNELLADLIYCYKDGDIFCVRHFGEELKPRCCMCDELI-FNGEYVRTDEKAYHAQHFVCHICECSLTGEQHLVDDGLPICIACYDDKFASVCHKCNKSIGVDEEDVIYDDEHWHDYCLVCSLCNCRLSGTSFVIRDDNFLCSDCYQKTDDKRCKTCGKGFEPGAKRLELKGEFWHDTCFVCDICKSPITSKKFIQHEGSQVCCPCFDQKFAKRCAKCEEVLREGGVACGGAF-------YHRDCFQCEICNASIANQAFQQKDGFRYCMPC 1650
F C C L Y KD +CV + C C + I + + + ++ +H F C C SL + D +C CY ++ +S C C ++I + + +WH+ C VC C + + ++ C C++K C C K G + + WH CF+C C+ + ++F+ + C C++ +A +C C + + G+ G F +H +CF C C+ S+ + F ++ +C C
Sbjct: 6 FYCQYCTASLLGKKYVLKDDSPYCVTCYDRVFSNYCEECKKPIESDSKDLCYKDRHWHEGCFKCTKCNHSLVEKPFAAKDERLLCTECYSNECSSKCFHCKRTIMPGSRKMEFKGNYWHETCFVCENCRQPIGTKPLISKESGNYCVPCFEKEFAHYCNFCKKVITSGG--ITFCDQLWHKECFLCSGCRKDLCEEQFMSRDDYPFCVDCYNHLYANKCVACSKPI--SGLT-GAKFICFQDSQWHSECFNCGKCSVSLVGKGFLTQNKEIFCQKC 276
The following BLAST results are available for this feature:
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