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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00002236 ID=TCONS_00002236|Name=TCONS_00002236|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1090bp
AGGCAACCCAATATAATTTGGAATTCGAAGAAAATGGTTCGAAATACAAC
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GGTTCAAGGACACTTCCCAAACAACAAATTCTTGGTTGAAaatgacgaaa
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ACTTAAATGgtaatttctgcattttaaaaagattaatgtataactttttt
tatatgtcctgttaaacctacctttttagaatttaaaaat Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000019:266742..277096+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00002236 ID=TCONS_00002236|Name=TCONS_00002236|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=10355bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000019:266742..277096+ (Clytia hemisphaerica)
AGGCAACCCAATATAATTTGGAATTCGAAGAAAATGGTTCGAAATACAAC
GAACGAATTATTGTTGacaaaaagaaaggatttttaCTTTATGATGTACC
AAAACATGGTGATATCGAGGCTGCCAAATTCTTGAAAGACTTCAACACTG
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GCAACTCCAACGTAAACTAAAATCTGTTTTGGATTTATGGAAAATACGAG
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CGACAGTTTAGCTATCgattatttttggaattttgattTGTTAACAATTA
CTATAGAATTTTTCGATGGCTAATCAatgacaatagaccttttcataaat
tacgttatgaacatcacttgccccgtttcaaaattattgccatgatgatt
aactcccagcggattttattaaaactactttctattcataaaaatcattt
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gtgatgttcctgacgtaatttatgaaaaggtctggTATTGGTGCTCTTAA
TTTTTTACCTCGATTTATTATTTATCCACCTGTTAATATCGATTATGTTA
TCGATTATTATCGATGATCAATTTTATCAAGCCATATTTCCCCTACTTTC
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TCGCTAAGTTTGCCAATTATTACATTTTGAGAGTTGCAAAGTTTTGGTTT
AGCTCAAAGATAAGGAACGGTTTTgttagaggatgagcagaagcctcgGG
GCTGTAACACGTAGCACTCCCCTACACGTAGTAAATATAAAGAAGCTTCT
TACGGTTGCGGCAATCTTATGTGAACAAAATTCTATTATTATTCTCCATC
CAGGTTCAAGGACACTTCCCAAACAACAAATTCTTGGTTGAAaatgacga
aatttttgctGGTCCAGAACTTAAAGAAGACTCTTTATCCGCTCTCATGA
AGCAATTCTGTCAAGGAATGCAAAAGTTGAGCATCGTTCGAAAATCAAGC
AAAGATATGGAACAAATCTTAAAGCAACAAATCATCAGTAAGGAATCTTT
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aaaaaacGACAGGCCTTTTTGGACTCTTTCCAAAATCGCTTGTATCTATC
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CGAGGTCGTGGAATCGACTGTCAAAAATCAAGATACGGAAATCATGGAGG
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GACTTAGATGTCCGTTGCCCAACAAATGTAATAGTCCACCACCAAACAag
aaaggaaaataattttatgATGTCTCCCCACAGAATCTGTTACAATCTtg
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CCAGagatttcaaacaaaaagtTTACGGGAGAATTCATTTATCGTTTGTG
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TGCCAACTCTCCccaacaatagaccttttcattaattacgtcacaaacat
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gtaattgtttgaatacaaggcaagtgatgttcgtgacgtaatttatgaaa
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GTTTTTGTCTGGGGCTAATTTTGCTATGAGTTCATCCCCTTTAAATTTGT
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CTATATAGACTTGAAAACATAATTCACTATGATTTCTGAGAAATTGAGag
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AAATTTAATTGTTGCTACAGAGGTACTTTGAAGGTTCACGGCCTCAGCTA
TGTGATTATGTTTTACATACAGTTCTTGTATTAAAAGCTACAGCCCTCTA
GAAAGAAGCTTGCTGGAGTCGAAAaaccttgttttttttatacttCAACC
AGTCACTTTCTAGAACCTGTGTCTTTTGATGCAATAATTCTATAGAAGAA
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CCTGGTACCGGATAATTCTCCACGGAGCGTCCGGGTCAGTGTCTGGGCAA
TGTTTTATGAGCCTTAACAGGATGgtagaaaaattacaaaaagactcagc
cggcacacaacgttttttcgacatTTATGTAATgctcataacgtccatat
aacgttaaataaACTTTGAAACAATGTCTCAGGACGAATTATAATTGATG
TCATGGATCTACGCTGCAAGATTATTTGAAACTTGTTCGAAATAGCCAAA
CATTTAcacttttctcaagatttctcAAATTGACACAATATGACTTAAAT
ATTGCTTTCCAAATAAAACAAGTCCTGCACGCGATAGGTCTTCGTctttt
atgacgttttattttGCCCAGTGATTATGGGGCCAATTATGTTTTAACAA
GCACACTTCATGTCAATTTATTTTTGAGTATTCGCTGTCTTTTATGGAGA
TCATAGTTATATATACGGCAGCGtggtgtcctccccccccccaacAAGAG
GCCTGCTTTTAGGGTTTGCCACAAACGGTGCCATTGCTTGCTAATTTCGG
CACTTCCTTTGCTTTTGAACTAAAGGAAGggaaattatgcaaaaaatctc
ttaaaaagaaaacaaaacaatttatttttctatCCAAGACAGACATTCGA
CCCGTTCACATAGCTGCAGCACacagtttttcactttttcattcCTTGAA
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CGATTATTTTGAACTATTCCCAAGTCTCTATGAGGGCATCagaaaaatac
acttttttataaaagcacaattttataagaacaatcctgAGTCTGACCAT
TTAGGGGTCAAGGTGGTAAAAATTAGGTATAACGCCTTTAATACATCAat
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ACAGCCGAGTCTCTCCCTACAATAATACCTGAAGTTTCATTTCAATTCAG
ATCACTTTTGGTAATATGGAGATATGctcatttaaaatttctttgttaat
ttttgaatttccagtGGATGGCTACCTcaaagtattttatttttaccACT
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GCAGACATTAATTTTTAGGAAGTAAATTTTCGATGTTTGCACTACATAAA
TATGTTTATCGATTGATAGCTTCAATGTATCTTTAGAAAAGCTGTACAAa
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tgtttttgaaaaatacgtACATGGTATGAAAGTCACgaattcaaattctt
tttaatgaaattcccTCACATGCTTTCTTAGCTGACATTGCCGTGTTTTG
TTAGTCCGTCTAGCTAATGCTTTTACTGACTCTTCATTTTAGTGTGTTAC
GGTGTTGTTCAAATTAAACTAAGGGTTCAAATGCTTCACTTTCTAGGAAC
AGAAGGCGATATCATGTATTTTACTTTTCTgagaaaacacccctgtgtta
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CCCCGGttggaaaatacccttgaatttcagccccactgagaaatcgactt
tgatttcatccccttctcgaaattccatgtttaaaaattgcactccaaaa
ccatccccaatttgttttttttaccttggaacaatagaatttccatccca
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ttgagacaggggtgtgagaAATAAGCATCCTGAAatatagacgatgctat
cgtccgtttaaagtaagtgcgagaaagagttagggcgtcagggcggttta
cgggaaaaaagtagCGGTAGAATTTTGGAACACACtttacactgtaaaca
tctccgccactgcttactccacccgaatttatcacgcctctcctaaacta
ttccctttttagtgatcttgtgtagacgataggatcgtctacctGAAATA
TAGAGCTGACATTATTAGAAAATCTGGAGAAAATTACACCACTAAATTAt
catttttctacaaaaagctTGTATTTTGTTGAAGCCAATATATCTCAAAA
GGTTTTTGCTTTGGTTCCTTAAATGGGGAAATTTCCGACTCCTTTTTTCG
TAGAGTTGGTGAATTGTGAGTAGTATTCCatctaaattatatttttttcg
aagATCTTGTGGATCAAATTCCAGCTTCTAGGCCGGTCAGCTCAAAGTTT
TTAGCATATTTTAACAAGCAGTACTGACAAAAAGGTCTTCTCTAATTTTT
GCTTCAGGCTGGGTATAATTTTAGACTTCATATTTTGCATCAACAGCGGG
AGTCATTCGAACTGAAAGCAACCCGCATATGATGCATCACGACCAAAAGT
AAGGCCTTTAGAATCGACCTGAGtagtctttcaaaaaaaaaaatattgac
atttcCCATTTCTATCCAAAATTTCTCCTTTGATTTCCAGTTTACAATTA
TCACTCCTCTTTAGCAATACAAAATCTAGTTATGACAATgcttttctctt
tctttctgttAAATTTGAGCTACACGCATCTCTGGAACACTTTTTGTAGA
GTCTGTAGAGTCCCCCGGGAAGTCTAATTTTATCGAATTATGGAgggatt
cgaataatagagagtAAGGTTATAAAAAACGTACATTGAGGTAACAGTAT
GAATGCTACAACATTCAACACCAAGCATCTTAGAGAGATGCTGGCTGGGC
GAGAGCCTAATGAATGATAGGTCCCAGACAATGTCGTAATCGTAATGTTT
ACATATTTACATTTCAACTAATTGGACAACTGTCAAGTGTGACCGAATAT
TGacttatttgaaaataatcttaaaatatttatcaaactcaaactacacg
ttttttaataagaacaatcaaaatttttgaagccttctaatggtcttaac
tttttgagttttaagtctaaaaatattcttaagatgttcttgttttcact
gtcttgttattattttgtcaattttgctataaaattgggtgttttcgagt
ccgcgaagccttagactgttcttagcttgttcttaatattttggccatcg
aagcctcatggtcttataataaaaaatgcGTATTCGGTCTATGGACTAAG
CACAACACGATTTTGCGTTTGCGAAATTCAACATTTAAAAAATCGTGAAT
GGTTTGTTTGAACACCTTTCAAGGGCTATTACCAATCACACTCATTACCA
GACCCTTACGAAGAAGACTGGTGActaatttggtaaaaattgaGGTGTAT
TTAAATCGAGATTTTGAGCAGTGAAGAATCACATTTTAATTCAACTTCAA
CCTTCATTTCTCAAACGAAAAAGAAGAATCTTCACAAGAAACGTAAGTTT
AGCTCCTcgcaattttttaactttgtattttcaagttgcctttatgattt
ttttgtcttttttatagctttccttttattttaagaaatttcttcCAGTT
ACTTTATTGTCATAAACACATATATTAGAAATGATTTTGGATCGATtcat
taaaatctttttcaggATGATTTCCGTACAAAACATTTTGTTGGTTGCTT
GCGTCGCCCTGGCTTCTGTAAGTCGTTATTAACTTCTTTTTTcatagtat
tttttgaaatttaattttagcATCACTTCAGGGCTTCAGAGTTACAACCG
ACTTTCTTCAAAATATTCAGAGTTTCTTCCATCATACAACTAAATACAAA
AGATTACTTATTTAATACCAACAACTCTCTCTAGTTCGAACTTCTGTTTC
TCAAATCTCTCTActataattcgaattaaaaCGTCGAGCTTTTCGAAGAA
GATTTTCTCTTTCTCGAAAGTCGAATAAGAGAGAGATGACTGTTCTCCAT
TACAAAATTTCTCAATATTTATAAAACTACAAATTCTTACTTTATTCAGG
CAACCCAATACAATTTGGAATTCGAAGAAAATGGTTCGAAATACAACGAA
CGAATCATTGTTGacaaaaagaaaggatttttaCTTTATGATGTACCAAA
ACATGGTGATATCGAGGCTGCCAAATTCTTGAAAGACTTCAACACTGTAA
GTAGATTGTTAGATAACTTTTATTCCCTTCTTATTttcacccctgtgtca
caaatcCGGCAAGGCCTCCTCCCTACTTGAAAaaggctacatacactaca
caagaTATTGTCATTCAACCcgatttacttatttatttactCGTTTTATT
TATTCCAACAGAAACAATAAAttctatattttatatataGAAAACGACAG
TCCGCAAACCAtgttgtcgaatattgttcgccAATATATTGCGTAGCCTA
AATATTAAACCTTTGCCCAATGGGCTACTCCAAGAGGATGGTAACGCCCC
TAACTCAACATCACGGCTGTTGTTCCGATAAGTAACCCTATACACGTTTT
CTGAATAAAAATTTTCCTCGTGAGAAAAATGACCCAAAATTTTATAGCCA
TTGGAAAACAATAAGAAAAGACTTTTGAATATCTGAACTGGATTTCTGAA
CTTAAAGgtcttgtttttaaataagagtggtatcgtttgcttactcatca
attttaatacaCAAGCtgtttcacattggattgacacggatgtggagcaa
gattggtcagaaataggaaaagaaaaacttttttttgcttatatcagcat
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tatgaaacggtaACACTTATGTCAAACTAAACCTTTAAGCAATAAAAAGT
CATTTTATCTCTCCAATGGCTAGAATATTGTCATAGGGACAGGGGTGTAT
ATCTTGTCACATtgtgatttatttatttttcccttTTCAGCGATTCAACG
TTCTCCGTGACGCTGCATTGAAAATTTGTTACATTTGGAAAATGAAGGGA
GACGAACCAACCCCAGATAGCATCGAAGATGGTCTCAAAATGGTAAGGTT
TCCGGCGACTTTATTTCAAATACTATGGATTTACGAATTGATTGCAAATA
CGATGCTAATAATCTGCCTCTGAAACTACATGATATGAAACCACTAATTC
AAACTTTCTAAGAACTTTACAAGTCTTCGGCAACACCTAGATGTGGCCAA
AAAGAGATATATATGAAcaaattaaagtttttaaatttgtataCATCATT
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GTGTTACTTATGTAAAAGATTTTTACTGTTCTCTAACAttttattgggct
tttccagaaaagattGTAAAGGGGGGTTGGGGATATGGGACATCCACGGG
ATGCATTTACATGGATCAAAAGGGCTGAATATCAAGGGGGATTTAGTCTT
CAAATTTGACACAAATCTATAAGGATTGTCCATGAAATTGATATCGTCAA
CACACCTCCACACAATTCTTTACTCTCTTTGCTTTAATCCACTCTAGGTT
CAAGGCCACTTCCCAAACAACAAATTCTTGGTTGAAaatgacgaaatttt
tgctGGTCCAGAACTTAAAGAAGACTCTTTATCTGCTCTCATCAAGCAAT
TCTGTCAAGGAATGCAAAAATTGAGCATCGTCCGAAAATCAAGCAAAGAT
ATGGAACAAATCTTGAAACAACAAATTATCAGTAAGAatccttttgtttt
aaatatttcccttttttaaGTCTTCTGGTACATTACTTTTAAGAACCCTT
TTGGCGACTTCAATGggatttaaatttcatttttttcaagtcagaaaatt
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ttagccAACTTTTACAGTTTGGGGTCCCAGTTGGTCTATGAGAAGATGGT
ATATTtaagcattttcaaatttttccgaTCCTGCCCTTATTTTAAGAGCA
GAAGTCCCCTAATTATGTAATTTTTGATTTGCTTTCATTTGCTTAAGACT
CAGCAACTCCATTCTCAaagtttttcataaattaaTATATAGGGTGAAAC
TGAAAATTGACAGTGCAAAAACTgattctcttttttcatgtcTTACCCAG
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CTCATGCAACCGAATGGATCTCATCAAATTGAACTGCGATATCACATACA
CCAAATACTGCGGATACACCGTTCGCCGTGGAATGTGGACTGCCGACTGC
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GCATACTCGCGCCACGGTCAAATGTTGCCGTCTTAAATGTCCATTGGCTA
ACAAATGCAACAACCCACCACCAAACAAGAaaacattttagattttctat
ctaaattttaaataattGAATAGATCAATGTTTGCAAAATATATACTACA
GACTATGTCGTATGCTTATTTCGTTTCAtctttgtttgtattttatatGT
ATCGTATTTATCAGCCATATCTGAACCCCAAATGACAGGACATGAAAAAA
AGTTGGCCAAATTCTTGTAAATTCTTCagggctctggacatacccaattt
ttcaattttacaatAACTTAAATGgtaatttctgcattttaaaaagatta
atgtataactttttttatatgtcctgttaaacctacctttttagaattta
aaaat
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00002236-exon-sc0000019-1491911889:266742..266890 | TCONS_00002236-exon-sc0000019-1491911889:266742..266890 | Clytia hemisphaerica | exon |
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| TCONS_00002236-exon-sc0000019-1491911889:267701..267802 | TCONS_00002236-exon-sc0000019-1491911889:267701..267802 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00002236-exon-sc0000019-1510915933:267701..267802 | TCONS_00002236-exon-sc0000019-1510915933:267701..267802 | Clytia hemisphaerica | exon |
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| TCONS_00002236-exon-sc0000019-1491911889:276442..277096 | TCONS_00002236-exon-sc0000019-1491911889:276442..277096 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00002236-exon-sc0000019-1510915933:276442..277096 | TCONS_00002236-exon-sc0000019-1510915933:276442..277096 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00002236-exon-sc0000019-1575043694:276442..277096 | TCONS_00002236-exon-sc0000019-1575043694:276442..277096 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000019 | supercontig | sc0000019:266742..277096 + |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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