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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00002272 ID=TCONS_00002272|Name=TCONS_00002272|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1320bp
GTTCCCTGGTGGTGTTCAAAAGTGCAGGTAAACTATTTTTCTCACCTTGC
AACTTTTAGGGACTAGATGTTCAACATTACTACAACTATCATCACATCGT
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ATTATATTGCGAGGACCAGAAGAAAATCGATCCCAATATGGATTATTGTA
AGGCTCACTGGTGTTATAAAGATCGATGTAACTTTGAATTGAAACAAGCA
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AATGTGATAGTATGTCTACTGCAGTAATATGGGTGTTGTTTGATAATACG
ATCAGTGTCATGGAAAAATACCAGATTGTACAAACAACTATTTGTCCCTA
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ACAACATTGAAATTCATCCCGATACAGTCTTTAAGAAACACTCAAAtagt
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AAGTCATTAATTCACACCTTTTCCAGAGTCGAAAAATGACgatttgaaat
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cgatTACATCACGTACTTCAGTAGAATAAAGAAGTGGTATAACAGAATCT
CGGTACAAGATTGATCCAGG Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000019:720042..726781+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00002272 ID=TCONS_00002272|Name=TCONS_00002272|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=6740bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000019:720042..726781+ (Clytia hemisphaerica)
GTTCCCTGGTGGTGTTCAAAAGTGCAGGTAAACTATTTTTCTCACCTTGC
AACTTTTAGGGACTAGATGTTCAACATTACTACAACTATCATCACATCGT
TGTGAGTAAGGTGTTCCGCATTTCTTTATAAATCGTGTGACCTCTTCACC
ACCTGTCATTTGTTTATATGTCATGGTCACACACGTTGTCCGAGGTCCAC
ATTCTTTCTGAAATTCATCCCTCTGTTGTTGGAGTTTGCAAACTTGTGGA
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TTATTCCAACCTTACAATCGAGTGTAGTTGAAgcaaatgcttataagaaa
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TGGGTTACCTACTTCTTCGATATACTCATATTTCTTGTCATAACTTTCCT
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tcttccattccacccaatagctgattggttcaaagtgacgtattgactga
ttttacgtcacttacaaccaatgagcgattggttccgtgatgtaatgtcc
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atttttgaacatcaaattttaaattggGATAAAATCGGAGTCAATTTCTC
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TctctagtacgaatagggttaaattaAAAGAGAGTTTAGTTCCAGACCTC
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taaaaccCGGGGAGGTaatacccttgccgaccgacggggatgctccactg
aggttcgaaaaatggaccctacgtgggactcgttttttcaaaaattttgc
cgaaatttgcaaaaaaagtgaccctgaatggaactgaaattccaaaatgt
tctcaaattttctactttttttccaaaatttccaaaaaaggcaccctacg
agggactcatttttctattttggtttttttgcgaccctaccctgaccagc
ggcgcatccccgtaacccattttgccctagtcgCCCCCGGGGATTCAAAG
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GCTCATTCTATTTCCTGGACAATTCTGATATATaccgaaaatgtttttgg
gGCAACATTCACTTGATTTCACGAATAAGTTAAAAGCTTCGCGGAACTCT
CTTCCCCTAAATTACCTTCCGGTAGAAGTTTACAAAATTTTCACACTTAG
GAGGTGCGAAAACCGAACACCAAGCCAAAGACCGTGTACGGTAGAGTATT
ACATAAATTTCAATATGAGGCTTACCAAAATCCACATTTGCTAGCATTTT
TTTCTGTCACTCTTTTTTCTGTCACATTTCATTCTATTTATCCGAGAAAC
AGGTacgaatcaaaaaaaaaaacttgaatcaGCAAATGAGCGGTGCAATC
TCGTAATAGAGCTGTCTGTGCTGCCCGCCTCACTTTTTGAATTTACTTAT
CGACGTGATACAATTATGAGCGTTATCATCAGAATTCtacaagaaaaagt
ttttttacttgGGCTTTTTGAAACTTGTTTTAGCAGAAAAAATTGCTTAC
CGAGAgtggtgtttttttttcgggCATAATTTGAAATAACAGTATAGTTT
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TGATACACATCTTTTGCACACGGTACAAGAAGAAAATTCTCTTTTCTGGT
TGgttgattttagaaaaacaaaggATGAGCTGTACAGCTtcgcaaaaaaa
gttaaaaagtttcaactcttgttgcgctcaaagcgacagcctttgaaggc
ttgatttatgtaatttatgcaataattaagccgtgcgccttgttcgacga
ccataaaatgctgagtgggtagcggcctttAGACCAGAAGATTCCAATTT
TTCTATTAATCTGGGTGTAAGTTTTTGTCATCTGTCGAATATGACGAGCT
GATGATTCAACTGATATGAGAAAGCTGTTCATAAAACTGATAATCATTCC
AGATTGCAACCAAAATCACGCTGCCAAAAAGGTTGCTTTTTGTCCAAAAT
AAAAGCTTTGATTTCAGAACTTAGATTATACTTCAGTAGGAACGAACCAA
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AAGAAAGGAACACTTAACCAGCTGGCGTTGGTACTATAATACACCCCTTT
CtaacagccccggtggaacttttttgcTTAGTGGGAATAAAagttcctat
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TATAATTGATGTAtcgatcctccgtccgataTATATTGATATCACCGGAT
AGAGCAAGAAATTCTGAGCAGAACAATATACTACAACAAGTCCTGTTCtt
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ACATCAGTTTATTCTACACTGTACTTAACCTGACGGAACTACAAATTCTC
TTAGCTGAGTGTTTGTGTTTGTGTTTGAGAACATGATCTTGAAGGATTGG
CCCTCTACTATAAGAAGAAACTGCTTAGCCAAAAAAATAGCAAGATACTC
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TTGCAACAAGACGGAAACAACGAAGACGTGCCATGGCTCTCAATTCTCCT
GTCTTTTACGTTTTAGCAGCACTAAAGTTTGGGTAATCGAGAATGGGAGA
CTTGTGTCCGAAATACAGGAACGTGTATCAAAAACATGCGCAGTTGAATC
TAGATTATATTGCGAGGACCAGAAGAAAATCGATCCCAATATGGATTATT
GTAAGGTAAGGATTATTCGTCTCAAGTATGTAATACCAATTGTACTAGAA
ACATAAATTACCTCTTACTTTTGTATGCTTTAACTCTTTCAGTAGCCCAG
ATAAATTTCCTAAATTTATAagcgattttttttttaatttgttgaaaaga
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AAACTGATTATTTGTCTCTTTATTGCTTAGGAGCTTGTAgatttatctgt
ttaaaaagtttCTCTTTCTTAGGCTCACTGGTGTTATAAAGATCGATGTA
ACTTTGAATTGAAACAAGCAGGCAGTGACACTTTGACAAATAACAAAATT
GACCCGTATGGCTGGTATCGCACTACCTCTTCTGCAAGAAAAAATCATTC
AGAAACAAAAGCTTTGACAGTATGGCTTGTATGTATATGTAATGCAATCT
TTATTAGAAACATCGGAGACACAGTGAGATAAAAGCTTAAAATGCAGTAT
CAACTAAAGACATTGCCTCTCTTTATCAGTTTTGGATGGATCAATTACAT
ATGGAAATTGGGGAAATCGCTTCCAAAAATCATCAACACCTGATAGAGCA
AAACACTTTTCAAGCCACACTAAATCAAGATTTCGTTTCATATATCCGTC
ATATGACATGTCACGAATGTTGAGGAGAGACATCATATCTGACAATACTT
ATTTGAATATACACCTTTCTCACTCATCGACTACACAAGCTACAAAAGCA
TATTACAATGATCTGGAATCAATGTGATAGTATGTCTACTGCAGTAATAT
GGGTGTTGTTTGATAATACGATCAGTGTCATGGAAAAATACCAGATTGTA
CAAACAACTATTTGTCCCTACTGTTTAACTATTCTGTGTTCGAATTAGTT
AGCATTCTTGTTGCTTTATAACAACATTGAAATTCATCCCGATACAGTCT
TTAAGAAACACTCAAAtagtttgagatattttgcttGTTGATTCCTTCCA
TAGTCTTGAGCAAAACTTCTAAGTCATTAATTCACACCTTTTCCAGAGTC
GAAAAATGACgatttgaaatctctaaaacTGGACTTTCTTACGTCAAAAT
CATATTCCTTTCTtgctaaaagtaaaaaactagGCCCTTAGTTCTCGTTT
TTctattctgatagcgctcacgatTACATCACGTACTTCAGTAGAATAAA
GAAGTGGTATAACAGAATCTCGGTACAAGATTGATCCAGG
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00002272-exon-sc0000019-1491911889:720042..720142 | TCONS_00002272-exon-sc0000019-1491911889:720042..720142 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00002272-exon-sc0000019-1510915933:720042..720142 | TCONS_00002272-exon-sc0000019-1510915933:720042..720142 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00002272-exon-sc0000019-1575043694:720042..720142 | TCONS_00002272-exon-sc0000019-1575043694:720042..720142 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00002272-exon-sc0000019-1491911889:725296..725546 | TCONS_00002272-exon-sc0000019-1491911889:725296..725546 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00002272-exon-sc0000019-1510915933:725296..725546 | TCONS_00002272-exon-sc0000019-1510915933:725296..725546 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00002272-exon-sc0000019-1575043694:725296..725546 | TCONS_00002272-exon-sc0000019-1575043694:725296..725546 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00002272-exon-sc0000019-1491911889:725814..726781 | TCONS_00002272-exon-sc0000019-1491911889:725814..726781 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00002272-exon-sc0000019-1510915933:725814..726781 | TCONS_00002272-exon-sc0000019-1510915933:725814..726781 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00002272-exon-sc0000019-1575043694:725814..726781 | TCONS_00002272-exon-sc0000019-1575043694:725814..726781 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| sc0000019 | supercontig | sc0000019:720042..726781 + |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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