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The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00002354 ID=TCONS_00002354|Name=TCONS_00002354|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=4255bp CAGTTTGATATCTTGAACGCCAATGAATTTCAAGAACAACCAGCAAGATG GCTTCACCAGTTAAAACCAACAAATTGTTTATACGAAGTCTTCCTGACGA GCCCAACCTCAAGATCAATTTCAAGTATAATAATCAATGTATGGAGTTCA ATCGACAAAAAACTGATACTgtcaacaaaacaattcaaagaatcTCACTT AAACTCAGCGGAGGAGgaaagaaaaagaagaaaaacaagaagaatGTAGC ATCAATGGAATCCAAGGATCGATCATCAGGAAACATTGACATCAAACTCC TTGATAACTCTGGTAACGTTTTGAACCTTGAAACCACCTCAAACGAAAAC GCTTTCGTCAAATCTAACCAGTTCCAAATAACCAATGATACAATTTTGAC TGTCTATAACATGGTTTTCAACGCACCCAATGTCATCGATATTAAACCTT TGAACACGGTAATGGCCGGTTTTCCTGTTTTCCCAGAGCTGACATTTGAG TTTGGACAATCTGAATTTTCACAATTTCAATGGTATAAAAAGTTGCCAGA TAGCACTGATTGGATTCTTGCAGGAGAGAATTTGATATTCACGCCAAGTG TTGAAGATATTGGATTTGAGTTGAAATTGTCTTGCCAGTCTGGTAACGAA GACGAGATTCGTGAGGATTTCCAAGAATTTGTATTTACAGAACCGATATC TGCCGGCCCTGGTCAGTGTTTATTTGATAAGAGGCATATGTATACACGCA AAAAGCACGATTTGAAAAGCAATGAGCTACGTGTCGTATGTTACAACGTA CTAGCAGACATATTTGCAACNCACGCAAAAAGCACGACTTGAAAAGCAAT GAGCTACGTGTCGTATGTTACAACGTACTAGCAGACATATTTGCAACGTC TGATTATGCACGTAATACGTTATTTCCTTACGCCCCGGAGTACGTTTTAT CGTTGAGTTACCGTAAATTGTTATTGATCAAAGAGTTGTTAGGCTATAAT GCTGATTTGATATCTCTACAAGAATGTGGAATGAAACTTTTCAATTCTTA TTTGAACCCAGTCATGAATCTAAACGGTTACCAAGGGCTTTATTTTGGAA AACTTGGAACAATGCCGGAAGGCGAAGCATTATTCTATCGAACAGATCGA TATCGACATATCAAAGAATTATCGATTCCTATCCGTGAGGTGTTATACTT AGAATGTAATATAGAAATTCTTTCGGCTCTTTCAGAGGTTCCTGAACTTT TAGAGAAATTCCACAAGAAGACTGCTGTTGGTCAAATACATATTCTTGAA GAGATCGAAACTAAAAGACAGCTCTGTATCTTCAATACTCACCTCTATTA TAAACGGTACTACCAGCATATAAGAGTCATGCAAATTGCTGTGTTAATGA ACTACTTATCCACGAAAATTGATGCTTCAAAAATGTCTGTTATTGTTAAT GGAGATTTGAACAGTCTTCGCAATGATGATTTGTTACCGTATTTGAGTGG CACTGAAATTGACAGTCACTCTCCTTTATGGCACCCTATTAGAGAGACAA ACCCTGATTTTACTCTCTCCTTAAAATCACCCATCCTGCTTCAAAACGCA AGTGGTTGTCCACCGTACACCTCCTTCGTGCCCCATTGTATGGAGACTTT AGATTACATATTTTGTGATTCAGATTTTGAAGTGACTGCCTTATTACCAA TGCCGGAGCCTGAAGAATTTGAACCATACGTCGGATTGCCGTGTATTGGG TCACCATCGGATCATTTGGCATTGGTGTTGGATTTGAAATGGAATAAGAA GAAAAACTGacAAACACAGAAgatttaaaacaaagaaaagataacagTTT CTGGTCAACATTGGTTCACCGTTCCAAATATAaaggaaattttaagaaaa acatctCATCGCTTATTCGCATTTGTAATTCCGGATTCTCGAAAGTAAAA CAACTTAAGGATTTACAGAGGAAAAACATCAGATTTTAAGATCAGTCTAA TGAAATACAAATTGCGACTGTGAATTTTATGGAAAGCACATAATGTGGAA TTCAACAGCTTTGGAATCCATCTTACCCTCACCGTCGTCGTCATTCATAG AGACCAACACAATACTACCGTCATCGGCTTCAGTATATTTTGATCAATAT GCATCCAGCGAACCGACACCCGTATCGTCGCATACATCCAGTGAAACAAG AACGCTTCAATCATTAATGTCGGATCGTAGTTATTTAACTACAAAAACAT TTAGCGCATTAACGTCTACAATAACTCCCTGCAGCGCTTCCATTTTAGCT GACTCAGCATCGTCATCGATATTCAGTAACTGCACTACATACCATAATGA cagtttcaaaaacaaaacaaccgCTTCACCTCCGATGAGTAATGATGTAA CTGGGCCTTTAAATTCGGAAGAGATTGCTTTACTTTTTGCTTTCACTTTC ATATTGATCATCGGTACCCTTGGTAACGGATATATTTACTATTATTTTGG AATTCGTAAAAAATCTAAACGTACCATTCCGGAAATGTTGTTTTCCTATT TAGCCATCACCGATTTCACGGCTTCCGTTCTCAATCCGATATTGTATATC AATTTCACGGTGAACCGTAATAAATGGCTTTACGGTGAATTCCTGTGTAA AACAAGCTTAACCCTGGGAGCGGCTGTAACGACGATTTCCGGTGGTATAT TCATCATTATTGCATTCGATCGTGAGAGATGTATCGTGTTTCCGTTCAAA AGTCATTTCAAACCGCGAACAATCAAGATTTGTGTGTTTTGTTCTATATT GTACGCCATGTTCATGAATTTCCATTATGCCTTGCATTTGACCGTTGTGC CGGGTCAACAACGTTGTACTGTTGAAAACGTAACCAATATATCTTACTGG CTTCCGACCATCATTTGTTTTGTGATTCAAGATTTAACGCTTATTTTTGT ATTCGCCTTCACCAATATGCGTATCTTTGATCACATCAAGGCTAAGGACA CTTCTCTAGCTTTAGGTGCATTCCTCGGCAAACGAAAGAAAGACAGTGCG AAAATTATCCGATTGTTGGTGGTGTTAGCAACTGTGTTTTTCGTGTTAAC TCTACCGAGAGATTTATTTATAAGCGCGCATATGATGTCTTGGGTGTTCA GCCCACCTGGAATTAAAGTGACCCCTACCGTCAATAGTGCGTATTATTTC ATCAAAGTGTTACACATTGCGAACTCaagtgtcaatattttcatttatta tCATATGCATCGAGGCTTCCGACGACATATGAACCATCATTTATTGTGTT GTATATTTGGGCCACCACAGAAATTGAAAACTCATTTCTTAGACACTATC ACTCGGTCAACTGAAGGATCACCTAACCTGATACAGAAACTGTCTCCGCT TTCAATACGGTCATCTTCACGCAGCCCGCACATCAAGCGCAGCAGAAACG CAGCTGTTAATGAACGCATGATTGACGAGTCAAATATAGGACGTAAAAGG AACGCTCGGGATATAGCAAGCCCGAAATCTGAAATGAAACAACTTCTAAA CATTCCAGATAATGGTTTCTTCTCTGCATCTAGTGATTCTGACATTAGTA TTTAAGTATTAAGATTCCTCCGACAGTTAGGAATCATTCTGATTTTGTGC TAATCTTAAAGCTTGGAATaccgatgctatcgtccgtatgatatattatt atcatataacatagtttgtatattataaaacgtaatatgttgcgcggcgg aaaatagagtctgtgtttacgacATTGAGCCCCCTCCGCGGATAAAATTA CCGCCGAGCTTTTTATTTCCCGCAAGCATAGTCTAAGCTTGGAACTGCCA TAAGGCCTTTAGCACCCGTTGAACATTATCATATACACCCGGTcgtattt tttcaaaaggtaTACCAAAATTGGAGTGCCGAAAAGGTGAATTGGATCAA AATTCTTTCAGAGACCTAACTCAtatggaaactttttgactcATAAATGA ATTACTCTATCCAGACGGCAAATCATATGTTGCCTTGTTTTTTGCTGTCT CAGAAATCGAACCGATAGAACTCTTATCATCATTTAACGTGTAAAATTCA TTTTACGAATTACCTACTGTTAAAAAACAACGTCAACAGTttgtataata tatattttgtcTCTTTAGTTTGTGCACAATTTTTCATATCAAATAacaat tgaactattttaaagatatttattttcagaatacGTTTTAAATGTCAAGC AATTG Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000019:1076222..1096060- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00002354 ID=TCONS_00002354|Name=TCONS_00002354|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=19839bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000019:1076222..1096060- (Clytia hemisphaerica) CAGTTTGATATCTTGAACGCCAATGGTACTTATACCTTCAATATTTATTT
TGTTTCTGTATTAGCAATGCCCAAAACATGGCAGAGTACGATTTTTGATT
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GGGGGACTCGTCAAGGTAAGCGACTCACCGTAGGAGCGGCCCGGTGCTTT
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CTTCGTAAAAGAATAAAAGATCTTGGAAGGGAAGTGTAAGAAAAACCTGA
GTCAAAACTTTACTTGATAAAGCTTTATGGATCGTTAATTTTATCCTATG
TTTGTCTTAGAATTAACAAGTCAACACATTTAGTATTATAACCTAATCCC
CCGCTAGACTTAACATAATCACAGCTTAATGAGCTCTTGATTCCGTGATT
AAAATACTCATTGCGTGTCTAAAGTCCTAAAGTTTTTAAAGGCTCATTGC
CCAATCCACCAATCTTTCATAGATAAAATGGAACTCGATGACTAAGGCTA
CAACAAATAGCTTTCAGGTAAAAACTTTTGTACCGTTGGAAGTGGGGTTT
GGGTCTTTCTTTTCTAAAACAGCAGTATATTTTGAAAATCTGAGCTATAC
CATTCTGATGGATCACTGGTGAAAAGTTTTTTAGGGCTTTTGGGAAGTCA
TGGATTTATGCTCCTTATATAAAAGGTTTAGATTGTGCGATTTGGATTGG
GGAAGTCAGTGATTTAGGCTCTACTCTACTTACTATCGACGATTCTTTCT
TTTATAAGAACGATTTCCTTGATAAGGGAGGCCAAAGTTTGTGCAAAACC
TATAGTTCTTATAAAAAAGATAATGTGATAATATAGATCTTCATAATGTG
CCCTAAAACATGTCCGATTTTGTTAAAAAAGAACCAACTTTTTACAACAT
GTCACCATCCATCCTGTCACTCGTATTATTTTGTTTTTCTTTAAATGTTT
ATTATGAGGCTCGTGGATGTTTTTTTGTTATTCCTCATAAGTTTTGACGT
CAACTTACAAAGGGAGTCCAATAATATTACACGTTTTTTTATAAGAACAT
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TAAAAATGTTCTTAACATGTTCTTATTTTGACCATTTTGTGAATTTTTTA
GACCATTTTCCTAAGAAAATAGCTGTTTTGGGGTCTGTAAAGCCTGAAAA
TGATCTTAACATGTTCTTAACATTTTGGCCATCGAAGCCTTATGTTCTTA
TATAGTTTGTTCTCATAAAAAAACGTGTATGACGACTATCTTATATCTTT
CTTTTTTGAAAGGGGTAAAATTCTCTATTCTCATTCATTCCTGGCTTTTC
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GACGTCGAAGGGAATCGAGAATTGTTTTTAACACTCTTCCCCCGTTTACA
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CATTTCACATATAACGGGCATTTTATGGTCCAGACGATATCAGACCAAAC
GTTCACGCAGAATAAACCGAATACTTTATGAATGAAAGACTAAAGCTTTG
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ACATTACCCGATATTTTGAAGTCTGATTTGGGAAGGTGTATTTTCTTTCC
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ATAAAATTGTTCTTATAAAAAAGAGTTACTTTATGTATGTAAAGGGACAT
AGCCGGTGTAACTGTCATTCACGAATTTATTTGTATACCACAGTAATTTC
AATAATTTTTAGTTAATTCTAGCCATATTTTGTTCCATAACTCAGAGGCA
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CTTACGGTATTCTTTGGCTAGGTAACAGACCAAACCTGAATTTAACATGT
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AATCTTAGGTTACGTCGTCAAATTCTACGATGCTGATATTTGNTAAATAC
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CCTTACAAGTAAAAGAACAAGAATTTATTAAACGTTTTCTGTTGAATGGG
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AAAAATAAAATGTGTGTTTCAGAATTTCCTCTTCTCGGCGTTTCATATTT
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ATCATTTAGTTTCCCCCATAAACCACAAGAAATCGTGAGTCCGAAACCTT
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Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
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Position
The following features are aligned
Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
sc0000019 | supercontig | sc0000019:1076222..1096060 - |
Blast
BLAST of TCONS_00002354 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: PDE12 (2',5'-phosphodiesterase 12 OS=Homo sapiens GN=PDE12 PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 159.458 bits (402), Expect = 3.086e-40 Identity = 109/319 (34.17%), Postives = 171/319 (53.61%), Query Frame = 2
Query: 854 LRVVCYNVLADIFATSDYARNTLFPYAPEYVLSLSYRKLLLIKELLGYNADLISLQECGMKLFNSYLNPVMNLNGYQGLYFGKLGTMPEGEALFYRTDRYRHIKELSIPIREVLYLE-CNIEILSALSEVPELLEKFHKKTAVGQIHILEEI-ETKRQLCIFNTHLYYKRYYQHIRVMQIAVLMNYLS-TKIDA-SKMSVIVNGDLNSLRNDDLLPYLSGTEIDSHSPLWHPIRETNPDFTLSLKSPILLQNASGCPPYTSFVPHCMETLDYIFCD-SDFEVTALLXXXXXXXXXXYVGLPCIGSPSDHLALVLDLKWN 1795
+R V YN+LAD +A ++++R L+PY Y L L YR+ L+ KEL GYNAD+I LQE +F+ L P + G +G++ K EG A FYR ++ + + I E L + + E+L L P EK ++++V Q+ +L+ ++ +++C+ NTHLY+ +IR++Q+AV + ++ D + VI GD NS + + ++ I W E +SL L++A G P YT++V LDYIF D + EV ++P+P EE + LP + PSDH+ALV DLKW
Sbjct: 295 IRTVSYNILADTYAQTEFSRTVLYPYCAPYALELDYRQNLIQKELTGYNADVICLQEVDRAVFSDSLVPALEAFGLEGVFRIK---QHEGLATFYRKSKFSLLSQHDISFYEALESDPLHKELLEKLVLYPSAQEKVLQRSSVLQVSVLQSTKDSSKRICVANTHLYWHPKGGYIRLIQMAVALAHIRHVSCDLYPGIPVIFCGDFNSTPSTGMYHFVINGSIPEDHEDWASNGEEE-RCNMSLTHFFKLKSACGEPAYTNYVGGFHGCLDYIFIDLNALEVEQVIPLPSHEEVTTHQALPSVSHPSDHIALVCDLKWK 609
The following BLAST results are available for this feature:
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