TCONS_00052294 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00052294
Unique NameTCONS_00052294
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length3779

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00052294 ID=TCONS_00052294|Name=TCONS_00052294|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3779bp
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_213:1161326..1206541+

Legend: exon
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>TCONS_00052294 ID=TCONS_00052294|Name=TCONS_00052294|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=45216bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_213:1161326..1206541+ (Clytia hemisphaerica)
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TCONS_00052294-exon-scaffold_213-1510915933:1201234..1201755TCONS_00052294-exon-scaffold_213-1510915933:1201234..1201755Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00052294-exon-scaffold_213-1575043694:1201234..1201755TCONS_00052294-exon-scaffold_213-1575043694:1201234..1201755Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00052294-exon-scaffold_213-1491911889:1202755..1202926TCONS_00052294-exon-scaffold_213-1491911889:1202755..1202926Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00052294-exon-scaffold_213-1510915933:1202755..1202926TCONS_00052294-exon-scaffold_213-1510915933:1202755..1202926Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00052294-exon-scaffold_213-1575043694:1202755..1202926TCONS_00052294-exon-scaffold_213-1575043694:1202755..1202926Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00052294-exon-scaffold_213-1491911889:1203870..1204131TCONS_00052294-exon-scaffold_213-1491911889:1203870..1204131Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00052294-exon-scaffold_213-1510915933:1203870..1204131TCONS_00052294-exon-scaffold_213-1510915933:1203870..1204131Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00052294-exon-scaffold_213-1575043694:1203870..1204131TCONS_00052294-exon-scaffold_213-1575043694:1203870..1204131Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00052294-exon-scaffold_213-1491911889:1204770..1206541TCONS_00052294-exon-scaffold_213-1491911889:1204770..1206541Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00052294-exon-scaffold_213-1510915933:1204770..1206541TCONS_00052294-exon-scaffold_213-1510915933:1204770..1206541Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00052294-exon-scaffold_213-1575043694:1204770..1206541TCONS_00052294-exon-scaffold_213-1575043694:1204770..1206541Clytia hemisphaericaexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
scaffold_213supercontigscaffold_213:1161326..1206541 +
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0.751543 0.494595 0.659697 0 0.179342 0.143806 0.775858 1.36971 1.68945 1.60832 1.26478 1.68765 0.273119 0.906253 0.0666005 0 0.258285 0.55768 4.4872 0.757852 0.800361 1.54564 2.49174 1.80733 0.23437 0.830351 0.000564338 2.56503e-10 0.803035 2.10014
Blast
BLAST of TCONS_00052294 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: KCNC1 (Potassium voltage-gated channel subfamily C member 1 OS=Homo sapiens GN=KCNC1 PE=1 SV=1)

HSP 1 Score: 264.233 bits (674), Expect = 1.739e-76
Identity = 167/465 (35.91%), Postives = 251/465 (53.98%), Query Frame = 2
Query:  476 ADRIVINVGGTRHETFRSTLRVYPDTRLGWLSIDGSDVSDAFDPVLNEYFFDRHPTAFNQIMNFYRTGKLHTPADICGPLFEEELNFWGLDEKAMEPCCWPKYTEHRDAQENLKVFDSPLLNNQHDDDEIEQPAISVSRIPNYKEPEDQGFKSRFLKV-----FRPSYFNSIRWLSKKKLIWAVMEGHSERRPMLSKGVGFISLMFIVLSVLSLFF--HSMLLVISDKAE------------SNHEXXXXXXXXXXXXXXXWMSIELIIRFVSSPNRIQFLISFYTIVDLLTLITYALQFN-HGMDYHRTKDGVIDSNSITTDYKNIEMFSIXXXXXXXXXXXXXXXXQIFKHTIIASSREXXXXXXXXXXPVALFATIVYFFER---------ETNTGKFRTIPESIWWAVITITTVGYGDMSPETTWGKIFGIICAVFSVFILALPVSIIGTNFTLFYNYAQA 1783
            ++RIVINVGGTRH+T+RSTLR  P TRL WL+   +     +DP  +E+FFDRHP  F  I+N+YRTGKLH PAD+CGPL+EEEL FWG+DE  +EPCCW  Y +HRDA+E L  F    L+N  DD + + P  S        + ED+   ++ L +      RP  F    W   +  IWA+ E     R   ++ V F SL FI++S+ +     H     I +K E                     L  ++ +   W + E ++R +  PN+++F+ +   I+D + ++ + L+    G+     KD V+    +    + + +F +          R  VGL++  HT+ AS+ E LLL++ L L V +FAT++Y+ ER          +    F+ IP   WWAV+T+TT+GYGDM P+T  G + G +CA+  V  +A+PV +I  NF ++Y+ A A
Sbjct:    7 SERIVINVGGTRHQTYRSTLRTLPGTRLAWLAEPDAHSHFDYDPRADEFFFDRHPGVFAHILNYYRTGKLHCPADVCGPLYEEELAFWGIDETDVEPCCWMTYRQHRDAEEALDSFGGAPLDNSADDADADGPGDS-------GDGEDELEMTKRLALSDSPDGRPGGF----WRRWQPRIWALFEDPYSSR--YARYVAFASLFFILVSITTFCLETHERFNPIVNKTEIENVRNGTQVRYYREAETEAFLTYIEGVCVVWFTFEFLMRVIFCPNKVEFIKNSLNIIDFVAILPFYLEVGLSGLSSKAAKD-VLGFLRVVRFVRILRIFKL---------TRHFVGLRVLGHTLRASTNEFLLLIIFLALGVLIFATMIYYAERIGAQPNDPSASEHTHFKNIPIGFWWAVVTMTTLGYGDMYPQTWSGMLVGALCALAGVLTIAMPVPVIVNNFGMYYSLAMA 448          
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00052294 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
KCNC11.739e-7635.91Potassium voltage-gated channel subfamily C member... [more]
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