TCONS_00052295 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00052295
Unique NameTCONS_00052295
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length4192

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00052295 ID=TCONS_00052295|Name=TCONS_00052295|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=4192bp
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_213:1171606..1206541+

Legend: exon
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>TCONS_00052295 ID=TCONS_00052295|Name=TCONS_00052295|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=34936bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_213:1171606..1206541+ (Clytia hemisphaerica)
GTTATATTGTTTGTTTTGAGAACCTGATGAGAACTACCGCATCTGGTTGA TGGCCCATTTACGCTTTTTTTGATGCGTGGTAAATCTTACAAAGCTTGAG GAGAAGTTAGATAAATAATTTAAACCCtcttatcaaagaagaaaacatAC TCAGATGAATTAGACATCATTACATCGTAATCATCATTGTTGAAGTGGCA TGTAAATAAAGAAAGTTCACAtccctgaaaatttgaaaaaaaaaaatgta tcgTTGGCGATTGTTGGTAAACTATTATTCCATAGTATGATACCATATGG TTATTCTTGGCTATTAACTCTCATCTTCGAATTCGTTTCTTCACAAGACA AGAACAAGGTCGTTTGACTTTATAAAAAATTACCAGATAATTGGATTCGA AGCTGTTGCCAATAATCACCACATTCCGAAGCCTGTTTGTCAGATAAGCT GAGTAACCATAAAGATATCAGGATACCGAGATTGGTAAGCCCTTTTGATC TCCCTGGAATCGGCAAATAACAACagcctttgtatttttgatctGTCGTA AGCCATTTTTATCTCCCTGGAATCGGCAAATAACAGCAGcctttgtattt tttaaaacgATGTTTTCGAATGGTATGGCGCCTTTACCGTTACCGAATTA CTCACGAAACCGTCGTTGTATGGCTTTAACCATGGTCAAACCTACTAAAG AAATTGATGGTTTATCTGATGATGATTCGTCGGTTTCGCCGTTTGACCAC GACCAAATGTTTTTCAGGAAACATACAAGTTTTGGAACTTTATCAGATAT ACCGGTAAGTCATCAAAGAATGAATGGTTATTAATATTCAGTGTTTTAAA TTCTTCCGTCTAAAACGGATCTCCGTCAACCTCGTCCCGCGTATccctag cgagcacctcactaaaagaCGGGATTTTCATctcgttaattgcgtagaaa 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TCAACTACTCCAGGATGTTGTTTTCTGATTCAACTGTGATTTTTGAACCC TCGAATTTTCTATATATCGAGCCTCCTAGTACAAATGGATACTTTTCAAT TAGCTGATTATTAacctactcttaggtgccaaataaacgcggGGGAGGGG GGCTTGTTAATTTTTCGAACATTTTCTAACCCCCCGGACCTTATTAGGAC CCCCCCCCGTTTATTAATTTTTAAAAATATTTTCAGCTATCAAAGAGAAG GCCCCTTATTTGGTCTAAATAACCTGATTTTAGCCTATATTTACCTTATT TTTTGGTTTTCAGAAATTTCCAATCCCCTCCCCGGCAATTAGGTCCACCC CGCTTATTAAAATCTCAAAAAATTTCCCCCCCCCCCCCGTTTATTCGACC CCCCCCcttgtttatttggcacctaagagtatgtcCCTACAATAAGAACA GCACCATTTTCAGGGCGACACTAGCCTAGATGCCCCCCTAGATCACAGAC CTTTAAATAACTGCAGGTATAAGGGACAAGAATCTGTTAATTGATGGCAG CAGCCTAAGACTATGTTCGTACGTAACGGTTCTTTTTCGGTCCGAAGTGA AATGAATCCATTATATTGGTTACAAGTGACcgtaaaacttgaatttaacc aatagaatggcttcatttcgtttcggagcgtgtgaacatggtctaagaaG ACGACGTGGAACCGTGCAGTCTGAATAtgttttaatatcttttttttaga CCAACACTGGTAAATTTCGCACAATTCCTGAATCCATATGGTGGGCTGTA ATCACAATCACTACAGTCGGTTATGGAGATATGTCACCTGAAACGACATG GGGCAAAATATTTGGAATTATTTGTGCTGTGTTCAGTGTATTCATTCTTG CTCTACCTGTATCGATTATCGGTGAGTTTCGTCATGTTTTGTCTATCTGA GCAAGAACGGCTTATAAAGGTTTTTCATCTTTGTATAGCCTGCATCAACA AGATCTTTTTAAGACGCAtgtaaaaaaacattcaaaacattcaattcatg atatacaccattACAATACCGGttaacattacatcacggacccaacagct gattggttgaaagtgacgtattgactgattttacgtcaattacgaccaat cagctgttgggtccatgatgtaatgtcgaagacattgcaatggcaTTTCA TGAATATGGACGTTTCCAATATAGATGTTTCTTATGCTTTGTTAAGGAGT TACATATTTTCGTTCGTTAAGGgggtaaattgtgaaaaatcggacataaa aagaaaaaaatttaatttggcgggaatctAATTTGGTTGATGGccgaaaa acttaattttggcgggaacttgatttggcggatttgattTTCGCTAAATT TGCTTTCCTTAAGGTAATTCAACGTAATTTACGTCATTATAGAAGGAAAA CGTTCGACTCTGTAGAGGCGACCCCTAACGCAAATCGGATGTTTGCTTCT GAAACGGTGGAAAATACTTTAAAACGTAAAAATTAAACCTTAAACTCTTT AACGAAGCATAAGAAACCtatatatttgatattttttcctgTAATGAAAT ATTGCTGTTGAGTCGTCTATGCAGACTAGAGGGCTTTGGAATGGAAGCAT CTTGACTTTTCAATTTCGGGGCTGTTTCAGTGgtgtttgtttgttattta aTATGAAAGAAGCAATACAATTCTGGTGATGAAAAATGGTATGATTATTT TAAGCATTGAATATTGATATTGGTGATTTGAATTGCTTGGGGACCAATTC CAATTGAATGGTTTTTGCTTTTCCTAAAGTAAATCAGTACTTTTACCTAA TATTTTCCTTTTAGGTACCAACTTTACACTTTTCTACAACTACGCACAAG CAAGAATGAAGTTACCTAAACGCCCTAAACTCGCACTTGTTGGAGCAGCA AACGCCTTGAGGGCAGATACGAGTCAACATTCATTAAGTCCAGAACCTGG AGAGAGTGAGGCGGAGGGCGGAGATACGAATTCACAAGATGGCGAAGAGG CGGCGCCGAAAATTGATTTACCAAAAATTAATTTAGGTTCAGATCCGGAT TTCAACGCAAACATTACAAGCAAAAGGTATTTacaagaactttttatttt tcaaaatcttggaATTTTCAAACCTAACCAAATTTTTACTGAACTTAACT TTGGCATTTAGTACCAGGTTGTCTATCCCATGTAGTTTCTATATTTGGGG ATTTAaagttttgacttttatttctaGTATAAATCGAGAATTTTTATTCC CTTCCTTAGGTTCCGACGCGAGCGTTTATCACTATTCGCATCCGGTCCAA CCCGTCAATCGACACGACGCAGTAAAAGTGTCGGCAACAGTGTCGCCAGC AAAATTCGACAACGGCAAAGAAACGGAACGTCGGCGTCGCAGAAAAGTAA AGGTAGTACGCCGTCAAGTGAGGNGGAGATACGAATTCACAAGATGGCGA AGAGGCGGCGCCGAAAATTGATTTACCAAAAATTAATTTAGGTTCAGATC CGGATTTCAACGCAAACATTACAAGCAAAAGGTATTTacaagaacttttt atttttcaaaatcttggaATTTTCAAACCTAACCAAATTTTTACTGAACT TTACTTTGGCATTTAGTACCAGGTTGTCTATCCCATGTAGTTTCTATATT TGGGGATTTAaagttttgacttttatttctaGTATAAATCGAGAATTTTT ATTCCCTTCCTTAGGTTCCGACGCGAGCGTTTATCACTATTCGCATCCGG TCCAACCCGTCAATCGACACGACGCAGTAAAAGTGTCGGCAACAGTGTCG CCAGCAAAATTCGACAACGGCAAAGAAACGGAACGTCGGCGTCACAGAAA AGTAAAGGTAGTACGCCGTCAAGTGAGGACGAAGTGTCGGAAgctgaaag tgaaaaaatcgaaGTTTTTAAACCAGTCAAACGTGACAATGATAATAGTG TAACGAATTCGTTTGATAACGAAGCTTTCGAACATAACAATGAAAAACAA GTCGAAGTGGCCACGGAAGTGACTGAAAATGGTCACActaaccaaaataa aaagataataaaCAATACAGAAAATGACAAAGAAACTAAGGATCTGAATT CGAAATTCCAAAAACCATTTGATGATGAAAAACGTGAACGTTTACCGCCA ATTAACGGTGGTCCGGTACCCATTATAGAAACCATTCTCACCAATACAGA TAACACAGACCAGAATCTTACGACTGGACCCATTGTGAACGGCCACGGTC CGCCGATATTAAAAGAGCCGGTCATGAATAATCGAaactcatttaaaaaa attagctCACCACCAGTGTTAAGAAAAATATGCGGTAATGGACTTGAACC GGTTAGGAAAAGTAACGGAATGGCTGTTCCGGTTGAGGAAGTTGAATCGC CGGAATTATTTCGGAGAAAGTATAGTAATAACCATTTGTATGTACCAACG GATGGATGTTGAGGAGATTTGATGTGGATACCAATGAGATATAACTGAAA GCTAGAGTCAAATGAATCTCTgatgtaggatttgaagccacttatttcct atactcttatgtgcttaattgtaggaggtagaataagcaggggggttggt actctgggagaaaatccataaaatgcgGGGAGGGTCAATATTAAGTGATT TTGGGGTggtttcccaaaaaaaaaaaccctaggaaaatgaaggttttgac ACTTTTTCAGTATTTTCAGGAAAGTTTCATAATTGGGGGGTCATTGTAAA ATGCTTTGTGGgtgattttttcagaaaaacttgcaAAATGACCCGCCCCC TACAGTTAAGCACAGAAGGGTACATAAGTTGGGTCCTTGTTTTGACAAAA TATGGCGAACTGTGAGTTTTTTAAAGGGTTACACCTCGCTGTTTTCCCCC GATCAATTTGTTATTTATACTCCCTTGGACCCTTATAATAtcatatttaa ttttatttgcGTCTATGAACAATCTCTTCAGTGCTTCTGAACAATTTATA TGCCAGGGAAGGTTAGTTATTTCACTGCCACTTTCTAATGTACCATAGAG TGGTTAAACTTTCTTATTCCCAGCTAAACTTTCCTTCAACTTGCTAATTT GTATAGGTTGTCTACGCATTTGTACTtagcaaaatattatttttgccGGT ATGACCGAGAAAAAAAACAGCCGAAAGATCCTATAGAAATGCACCACGAA TTTctgccagaaaatgaaaaaatttagcCAATTTATATATTATTATGTTA AGATTTCATTATTATGTTATTATACACAAAACACGACGAATTTATTTGTA AATAACTCCAATTTCATCAACCTGCTATTATTACCCTATTGAAAAgacca aaaagaaatattacaaaaaattatcaatttgaaTGTTTGTGTAAATTCTG tctcaatacacctttttgaccgtagccgccaattgccgtgcgggcatttt tttgttcgttttaccaccctaaaaccattCCAGTcg
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_033080XLOC_033080Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
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TCONS_00052295-exon-scaffold_213-1510915933:1171606..1172409TCONS_00052295-exon-scaffold_213-1510915933:1171606..1172409Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00052295-exon-scaffold_213-1575043694:1171606..1172409TCONS_00052295-exon-scaffold_213-1575043694:1171606..1172409Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00052295-exon-scaffold_213-1491911889:1197534..1197819TCONS_00052295-exon-scaffold_213-1491911889:1197534..1197819Clytia hemisphaericaexon
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TCONS_00052295-exon-scaffold_213-1575043694:1197534..1197819TCONS_00052295-exon-scaffold_213-1575043694:1197534..1197819Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00052295-exon-scaffold_213-1491911889:1198583..1198787TCONS_00052295-exon-scaffold_213-1491911889:1198583..1198787Clytia hemisphaericaexon
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TCONS_00052295-exon-scaffold_213-1491911889:1203870..1204131TCONS_00052295-exon-scaffold_213-1491911889:1203870..1204131Clytia hemisphaericaexon
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Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
scaffold_213supercontigscaffold_213:1171606..1206541 +
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
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Blast
BLAST of TCONS_00052295 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: KCNC1 (Potassium voltage-gated channel subfamily C member 1 OS=Homo sapiens GN=KCNC1 PE=1 SV=1)

HSP 1 Score: 263.462 bits (672), Expect = 7.497e-76
Identity = 167/465 (35.91%), Postives = 251/465 (53.98%), Query Frame = 1
Query:  889 ADRIVINVGGTRHETFRSTLRVYPDTRLGWLSIDGSDVSDAFDPVLNEYFFDRHPTAFNQIMNFYRTGKLHTPADICGPLFEEELNFWGLDEKAMEPCCWPKYTEHRDAQENLKVFDSPLLNNQHDDDEIEQPAISVSRIPNYKEPEDQGFKSRFLKV-----FRPSYFNSIRWLSKKKLIWAVMEGHSERRPMLSKGVGFISLMFIVLSVLSLFF--HSMLLVISDKAE------------SNHEXXXXXXXXXXXXXXXWMSIELIIRFVSSPNRIQFLISFYTIVDLLTLITYALQFN-HGMDYHRTKDGVIDSNSITTDYKNIEMFSIXXXXXXXXXXXXXXXXQIFKHTIIASSREXXXXXXXXXXPVALFATIVYFFER---------ETNTGKFRTIPESIWWAVITITTVGYGDMSPETTWGKIFGIICAVFSVFILALPVSIIGTNFTLFYNYAQA 2196
            ++RIVINVGGTRH+T+RSTLR  P TRL WL+   +     +DP  +E+FFDRHP  F  I+N+YRTGKLH PAD+CGPL+EEEL FWG+DE  +EPCCW  Y +HRDA+E L  F    L+N  DD + + P  S        + ED+   ++ L +      RP  F    W   +  IWA+ E     R   ++ V F SL FI++S+ +     H     I +K E                     L  ++ +   W + E ++R +  PN+++F+ +   I+D + ++ + L+    G+     KD V+    +    + + +F +          R  VGL++  HT+ AS+ E LLL++ L L V +FAT++Y+ ER          +    F+ IP   WWAV+T+TT+GYGDM P+T  G + G +CA+  V  +A+PV +I  NF ++Y+ A A
Sbjct:    7 SERIVINVGGTRHQTYRSTLRTLPGTRLAWLAEPDAHSHFDYDPRADEFFFDRHPGVFAHILNYYRTGKLHCPADVCGPLYEEELAFWGIDETDVEPCCWMTYRQHRDAEEALDSFGGAPLDNSADDADADGPGDS-------GDGEDELEMTKRLALSDSPDGRPGGF----WRRWQPRIWALFEDPYSSR--YARYVAFASLFFILVSITTFCLETHERFNPIVNKTEIENVRNGTQVRYYREAETEAFLTYIEGVCVVWFTFEFLMRVIFCPNKVEFIKNSLNIIDFVAILPFYLEVGLSGLSSKAAKD-VLGFLRVVRFVRILRIFKL---------TRHFVGLRVLGHTLRASTNEFLLLIIFLALGVLIFATMIYYAERIGAQPNDPSASEHTHFKNIPIGFWWAVVTMTTLGYGDMYPQTWSGMLVGALCALAGVLTIAMPVPVIVNNFGMYYSLAMA 448          
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00052295 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
KCNC17.497e-7635.91Potassium voltage-gated channel subfamily C member... [more]
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