TCONS_00055245 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00055245
Unique NameTCONS_00055245
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length485

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00055245 ID=TCONS_00055245|Name=TCONS_00055245|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=485bp
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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_251:739709..760902-

Legend: exon
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>TCONS_00055245 ID=TCONS_00055245|Name=TCONS_00055245|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=21194bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_251:739709..760902- (Clytia hemisphaerica)
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AGATTTGATAGTCACCAGATTTGATAGTCACCAGATTTGATAGTCACCAG ATTTTGAGCCATAAGAAGATCTTGAGATTTCAAACAAAATTGCTGTCATG AGAAATTCGTTTGTAATGGATTGCTTTAAATTGAACAGTCTCTATTTTGG TCTTTATGAACCTTCCAAATCTTATTCTTCGACTTCTTAGTCGAGAGCAT GACTTATTTTTTGTTATGTACAGTTTCTTCTAGCAACTACATACTAGGAA ATGCGCTTTCTATAGATGGCCCTTGTTTTTTCCAGTCTTGATTAAAATGT TAATTTTTTTTTAAATTATCATCTTCTCTTTTTTTTAGAAAACAAACTAC TAACAAAAAAACACATCATCGACACGCGTGACCTTTCCACACTTCTTCTT CCACCATTATGCATCTTTTGGCCATCGTCATCATCTTATTGGCCTTGATG TCCCAACAACAACAAGGTGTACTTTGTCTCGATCATGTAAACCTCGACGA TGACATGTTGGATGCAGGTGGACAAGGCTGTGGAGCTGCCGGTAATTTAT GATTAATTCATGATAAATCTTGATAATTTATGCGAGTCATATATCGAGGC AACGTTGCAAAATTTTTTTCCGTAAGCGGCCCAAGCCCTGATTTAGCGGC CCAAGACCTGAATTACCGGCCCAAGACCTGGGAAACTTTGCGATTTTTGA GACTTGCTTTTTTGCCGTAATTTTAGAATTTATAGTAGCCCCAGACCTGA ATTATTGGCCTAAAAAACTAGTAGAACACATTGATTAGAAGATCATCAAA TTGAAGTACTTTTCCATGGGAATAAAACGGTTCGTTCATCTTCTTTTTCC AAAAAAGCAAGTCTCAAAAGTCGCAAAGTTTCCCAGGTCTTGGGCCGGTA ATTCAGGTCTTGGGCCGCTAAATCAGGGCTTGGGCCGCTTACAGAAAAAA ATTTTGCGGCAACGTTCTGAAAGTTAAAGAATCCATGATGATATCTCAGG CAAAAGCGAGGCGACCGGGGGTGCAAGTCAATCACTCGGCAAATTATCGT ACATACCTCTACAAAAAGTAAAAAAAAAGTCAAAAAGTCAAAGAAAAAGT CAAAAATTCTGAGAAAAAAGTAAAAGTCTTGAAAAAGTCAACAAGTTTCT TGAATGAGCGGATGGGTGGAAGAAATTTTATGGGCGGTGGGCGTTTTTAG AAAGATTCGGGTGAAAAATTTTGGGCGCCCGAGGGTGATATGATATAGTA GACTATGTTATAGTCTAAGACGAATCACTATCTAAGAAAAAAGCCCAANN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCTAAGAAAAAAGCCCAAGGCCGA AGAAAATTCGCAAACGGGTTTTTTTGCCGAAAAGAGTTTACAGTCGGTAG AGTTGCCAGTCTTTCTTCGAAACTCTACCGCCGATTTTTCCCGTAGACCG CCATAATGCCCATACCGCCATATTTTCCCGCCTTTACTATCACTGTAACG GGCGATAACATCGTCTAATGATATAGTACCTCTAGAATGTTCAATTTAGT CTTGAAACCACCAATACTAACAAAATTACTATCTATTTTTATCAATCATC GATGATTTCATTTCCTCGAGATCCGCTTGCTATGTTTATTTTAGCGCGTA AAACTATTTCTTAAAACCACATGCAAGTTCAAAGGGATGATTTCCTTGAC GCCCTCAAATTGATGCCTACGTGTTAAAGGACACCCTCTGACGCCCTTCC TTCCCAAAATATCATTTCAGTACATTGTGTTTTACCCAGACCACCCAGAT GGACGTTAAAAGTACGTTGCTTGGACTCTCAAAGACTAACTTTATATCAG GCCCGGTGGAAGCGAGGAGACTGGGGAGACTTCTGCCTCTCCACTTTTGT GCAAATGAAATTTTTTTCTCAAACTCCTGGCAAATTTTATCTCATTTTTA GCCTTCAGTCTCGGCACTTTTACGGCTGTTCCGCCGGGTCTGTATATACC TTGCTTTAGGATTTATTGGAAAGTAGCTTTGAGCAAGATTGAGAGTGTCT TTGTGAGTCCAAGCAACGTACATCTAACGTCTGTAAAATTTCAAAGGAAA GATTTAAAGAACTTATGCTTACAAAAATAAAATTCTGGTAAAAATAGTTG TGTTTTGTTAGTTTTTCGCTAAATCTTTTTTCTTGACAAGTTATTAAAAT GTCGTTTACACTTAGACTCAAAGAATGATCTAAGCCTCTCACAAATCTCT TTTATCAATAGAAAACATTCTCCCCAAAAACTTATCATCTTGGCGATATT TGTTTTTCATGTATTAGCATCGTTTATGAAGTCAGTGTAGTATAGGCTCT CTTTACACGTCGTGAAACTGTAAACTCTGTTGATGGTGCTAAGGCACTAT TTCCATGGATATACCTCTCCAATAAACCTTGAAAATAATGAAATTAACAT AAAAATTTCTACTCACCTTACTCTTACACTTGCGGGCAGTTATCACAAAG CTCTTAAAAAATCTTAGGCTTCTGCTCATCCTCTAGCGAAATAAGTTTCT TATAGATATGAAGTATATCTATAGAGGTCTGCGATTCAGACTAGAAAATC AATCTAACCTAATCGACTAGGTGGGGAAAAGGAGTGCACAGCACATCAGT CAATCCGACCGTGTCGAGAAAAAAGCTGTCTCTGTCTGGTAAAAATACTG ATAGATCTAACTTCCCAAGATTCATAGAGAACATAAATTTATCAAAGAGG ATTGCCAGCAAATACAACAAGTTATAAGCTTGAAGATGGTGATATCACCA AAATAGATTGCTTGATTGTTTTTAAAATCTAGACACCCCTAGATTCATTT AAACTCTTTCACCCATAGGTTATGTGCTTGATGCTCCTATCCCAGAATCT CAACTCATTACTGGACATCAACAACACAGAAAACGACGTGCGGCCACGAA CCATGAATTTAAGGTGTGGCCGAACGGTGTTATACCATACTCGTTTGACA AAGCTATGCCCAGTAAGTATATCAAGATCTGACTCAACGTTTCCTTCGTT GTACCATGTCAATTTCAATTTTGAAAATAATAAAGTTACTTCCC
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
XLOC_034793XLOC_034793Clytia hemisphaericagene
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
TCONS_00055245-exon-scaffold_251-1575043694:760847..760902TCONS_00055245-exon-scaffold_251-1575043694:760847..760902Clytia hemisphaericaexon
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TCONS_00055245-exon-scaffold_251-1575043694:739709..739934TCONS_00055245-exon-scaffold_251-1575043694:739709..739934Clytia hemisphaericaexon
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TCONS_00055245-exon-scaffold_251-1510915933:742312..742514TCONS_00055245-exon-scaffold_251-1510915933:742312..742514Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00055245-exon-scaffold_251-1510915933:739709..739934TCONS_00055245-exon-scaffold_251-1510915933:739709..739934Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00055245-exon-scaffold_251-1491911889:760847..760902TCONS_00055245-exon-scaffold_251-1491911889:760847..760902Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00055245-exon-scaffold_251-1491911889:742312..742514TCONS_00055245-exon-scaffold_251-1491911889:742312..742514Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00055245-exon-scaffold_251-1491911889:739709..739934TCONS_00055245-exon-scaffold_251-1491911889:739709..739934Clytia hemisphaericaexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
scaffold_251supercontigscaffold_251:739709..760902 -
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0.51417 0.626746 0 0.142391 11.7876 9.58867 7.27152 7.27165 4.76609 10.5996 7.03246 4.28043 22.8257 22.9057 12.3354 21.7758 22.8696 17.6052 12.5712 12.2969 19.2637 16.9131 4.12676 6.16371 13.9391 10.839 50.7621 53.4223 39.8055 55.673
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00055245 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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