TCONS_00055485 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00055485
Unique NameTCONS_00055485
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length793

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

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Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_253:265373..298796-

Legend: exon
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>TCONS_00055485 ID=TCONS_00055485|Name=TCONS_00055485|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=33424bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_253:265373..298796- (Clytia hemisphaerica)
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Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
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The following exon feature(s) are a part of this transcript:
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TCONS_00055485-exon-scaffold_253-1510915933:297205..297568TCONS_00055485-exon-scaffold_253-1510915933:297205..297568Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00055485-exon-scaffold_253-1510915933:265373..265749TCONS_00055485-exon-scaffold_253-1510915933:265373..265749Clytia hemisphaericaexon
TCONS_00055485-exon-scaffold_253-1491911889:298745..298796TCONS_00055485-exon-scaffold_253-1491911889:298745..298796Clytia hemisphaericaexon
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TCONS_00055485-exon-scaffold_253-1491911889:265373..265749TCONS_00055485-exon-scaffold_253-1491911889:265373..265749Clytia hemisphaericaexon
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
scaffold_253supercontigscaffold_253:265373..298796 -
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0.0851216 0 0.113458 0.336471 0 0 0 0 0.418906 0.665172 0 0.277716 1.17452 1.27118 0.525422 0 0.0778434 1.38264 0.00482692 1.02774 0.917262 0 0 0 0 0 0 0 0.446091 0
Blast
BLAST of TCONS_00055485 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: HPCL1 (Hippocalcin-like protein 1 OS=Homo sapiens GN=HPCAL1 PE=1 SV=3)

HSP 1 Score: 85.8853 bits (211), Expect = 4.342e-20
Identity = 41/69 (59.42%), Postives = 53/69 (76.81%), Query Frame = -2
Query:   52 ISHSEMLEVVSAIYKMVGDTVELPEDESTPEKRVNKIFSSVDTDHDGYLTLEEFLEVASKDKTIRSLLR 258
            IS SEMLE+V AIYKMV   +++PEDESTPEKR +KIF  +DT++DG L+LEEF+  A  D +I  LL+
Sbjct:  116 ISRSEMLEIVQAIYKMVSSVMKMPEDESTPEKRTDKIFRQMDTNNDGKLSLEEFIRGAKSDPSIVRLLQ 184          
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00055485 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
HPCL14.342e-2059.42Hippocalcin-like protein 1 OS=Homo sapiens GN=HPCA... [more]
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