TCONS_00001467 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview
NameTCONS_00001467
Unique NameTCONS_00001467
Typetranscript
OrganismClytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length2798

Sequence
The following sequences are available for this feature:

transcript sequence

>TCONS_00001467 ID=TCONS_00001467|Name=TCONS_00001467|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2798bp
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Run BLAST on NCBI

protein sequence of LIM and PET domains protein

>TCONS_00001467-protein ID=TCONS_00001467-protein|Name=LIM and PET domains protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=567bp
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TFVQENGKVKLVCESCL
Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at sc0000010:371541..409162-

Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
>TCONS_00001467 ID=TCONS_00001467|Name=TCONS_00001467|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=37622bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000010:371541..409162- (Clytia hemisphaerica)
CGAATGATCACGAAATTGGGTTTTCCCCTGTGGGTAGAAACCAATCCAAT GTTTACATCACGTGACCAATCCGGATTCGTGAGGTAAGCGGTGGGAAAAG GAAAACCTAAAATCATCAAGGGGCTTGGACTTCACAACATGGCGGAGTGG AAATTATCTGTCAACAGTCATCCAATCTCAACAAGCACCACCTCTTCTGA CGAAGAAGATTTCCCAGAACCTCCTCTTTTGTCTGAACCTATTTTAATCA ATTCTAAAGCTGTCCGTCAACGCCGAGAGGTATGGAATTTTCAAATGCCT TTCCAAGATTCTTTGAAATTGAAATTTGACTTTTGATCCTTATTTTTTAA TCTTAAATTCTTAACTTAGTTTATACTTTTAAACCAGGTCGGGCTCAATA ATTAGTCACACTCGGAAATCTGGTCTTCAGGAAAAAACAACATCAAGCAT CTTCATTTGTTTGGGTAAGATAGCAACTTACTTTCCAGACTATAAACACT AAAATTCCACACTGCCATTTTTCTGCATCTTGTATAAAAAAACCAGCACT TCAGGAAAGTTAGGCAATTTTCTAAGTGAACATAAGATTTCCTGTACCTA CCATTAGACTGTCTAGGCCAATTCCGAAAACTGAATTTTTTTCAGTTCTG AAATTTATGGGACTTTTTCATCTCATACCTATTACTAGCCTTAAAATTAA AAGTTCCATTTTCATAACTATTTTTGACACTAGATCGACACAGGATCTGT TATAACCTACAGATCCTGTATCGATCTAGTGTCAAAAATTTTTTCTGCAA ACCACTGATTTAAAAAAAACAATACCGTCAACTGCTCTAACTGGGACGAT TGGTTGAAACATGGGACTGTTATCTTGCCTGTATATTTTTCACTTACTGT TAAATCTCTTTGACAACAAATTTGTTTTAATAACTCCACCAAGTTTATCA 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Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000010:371541..409162-

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AAGATTTCCCAGAACCTCCTCTTTTGTCTGAACCTATTTTAATCAATTCT
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ATGACACGTGTTTCGTATGTGATATCTGCAAGTCACCTATCACGTCCAAG
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GAAATTCGCGAAACGTTGCGCGAAATGTGAAGAGGTTTTACGCGAGGGAG
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CCGTTACTGCATGCCGTGTTACAAACAACAGTACGCCAAACGTTGCGCCG
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AGCTGGCATAAAGAGTGTTTCAAATGTGAAGTTTGTCATATTGTTCTCCA
ACAACAAACGTTTGTTCAAGAGAATGGTAAAGTTAAATTGGTATGTGAAA
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GGCATGATTACTGTTTAGTTTGTAGTCTTTGCAATTGCCGGTTAAGCGGT
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AAAGACTGATGACAAAAGATGTAAAACGTGCGGCAAAGGATTTGAACCGG
GTGCCAAAAGCTCATTTTCAACGGCGAATACGTGCGTACGGACGAGAAAG
CATACCACGCTCAACATTTCGTGTGTCATATCTGTGAATGTAGTTTAACA
GGAGAACAACATCTAGTTGACGATGGACTGCCCATCTGCATTGCTTGTTA
TGATGATAAATTTGCATCGGTTTGCCACAAGTGCAACAAATCTATCGGTC
TGTCGAAAATGCGGAAAAGAAATCTACCAAGATGATTTACTAGTCAGGGC
TTCAGCCCTCGGAGAAGAAGCTGTCTGGCATCCAGGCTGTTTCGAATGTT
GTAAATGCAACGAGCTGTTAGCAGATCTTATTTACTGCTACAAGGATGGT
GATATTTTTTGCGTCCGCCATTTTGGAGAAGAGTTGAAACCAAGATGCTG
TATGTGTGACGAGATCGAAGATTACATGGCTTCTCTACCACGTCACAAAG
TTCCACATTTCAAGAATCCTGATGGCATCTCTTACCATAACAAACAACTT
ATCCAACAAATACCTCTACAAGATTCCAATTTCGAAAACATCTCCACTCT
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CCCAAATGGATTCGGGCAAAGTCATAGTGGCAGATGATAATTATAAATCA
GTATTTGAATTGTGAGCCGGACGAACACGGAAAAGGTATGGACGATATCA
TCGATTCGTATAAAAAGAATCGGGAAAGTTTACACGATACAAACGAAAAC
ATCGTACTTCATAATGGGCACGAGAGCGATCAATATATGTGGGTCCCGGC
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AAAGTGAATGTTCAAAGCTTGAAAGACACGAACGAAGATGGCGGAGTGGA
AATTATCTGTCAACAGTCATCCAATCTCAACAAGCACCACCTCTTCTGAC
GAAGAAGATTTCCCAGAACCTCCTCTTTTGTCTGAACCTATTTTAATCAA
TTCTAAAGCTGTCCGTCAACGCCGAGAGGTTGGAACTGAAAGGAGAATTT
TGGCATGACACGTGTTTCGTATGTGATATCTGCAAGTCACCTATCACGTC
CAAGAAATTCATTCAACACGAAGGATCACAAGTTTGTTGTCCGTGTTTCG
ATCAGAAATTCGCGAAACGTTGCGCGAAATGTGAAGAGGTTTTACGCGAG
GGAGGTGTAGCTTGCGGTGGAGCTTTCTATCACCGTGATTGCTTCCAATG
CGAGATTTGTAACGCGTCCATCGCTAATCAAGCTTTCCAACAGAAAGACG
GATTCCGTTACTGCATGCCGTGTTACAAACAACAGTACGCCAAACGTTGC
GCCGGTTGTGATAGTTATATAGTGAACGGAGAGTACTATACTGTCGATTC
AGATAGCTGGCATAAAGAGTGTTTCAAATGTGAAGTTTGTCATATTGTTC
TCCAACAACAAACGTTTGTTCAAGAGAATGGTAAAGTTAAATTGGTATGT
GAAAGCTGTCTTTAAGTGTTGACGAAGAGGATGTCATTTACGATGACGAA
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ACCAAAAGACTGATGACAAAAGATGTAAAACGTGCGGCAAAGGATTTGAA
CCGGGTGCCAAAAGCTCATTTTCAACGGCGAATACGTGCGTACGGACGAG
AAAGCATACCACGCTCAACATTTCGTGTGTCATATCTGTGAATGTAGTTT
AACAGGAGAACAACATCTAGTTGACGATGGACTGCCCATCTGCATTGCTT
GTTATGATGATAAATTTGCATCGGTTTGCCACAAGTGCAACAAATCTATC
GGTCTGTCGAAAATGCGGAAAAGAAATCTACCAAGATGATTTACTAGTCA
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TGTTGTAAATGCAACGAGCTGTTAGCAGATCTTATTTACTGCTACAAGGA
TGGTGATATTTTTTGCGTCCGCCATTTTGGAGAAGAGTTGAAACCAAGAT
GCTGTATGTGTGACGAGATCGAAGATTACATGGCTTCTCTACCACGTCAC
AAAGTTCCACATTTCAAGAATCCTGATGGCATCTCTTACCATAACAAACA
ACTTATCCAACAAATACCTCTACAAGATTCCAATTTCGAAAACATCTCCA
CTCTCGAAGATGATGAACGACAAATTTTTAACGGATTTAAAAGAGAACGT
GACTCCCAAATGGATTCGGGCAAAGTCATAGTGGCAGATGATAATTATAA
ATCAGTATTTGAATTGTGAGCCGGACGAACACGGAAAAGGTATGGACGAT
ATCATCGATTCGTATAAAAAGAATCGGGAAAGTTTACACGATACAAACGA
AAACATCGTACTTCATAATGGGCACGAGAGCGATCAATATATGTGGGTCC
CGGCTGGACTAGACGCTAATCTAAACGATGCAACTTCAGATGTGGTGAAT
GTCCAAAGTGAATGTTCAAAGCTTGAAAGACACGAACGAAGATGGCGGAG
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Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
Feature NameUnique NameSpeciesType
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The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
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The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:
Feature NameUnique NameSpeciesType
LIM and PET domains proteinTCONS_00001467-proteinClytia hemisphaericapolypeptide
Position
The following features are aligned
Aligned FeatureFeature TypeAlignment Location
sc0000010supercontigsc0000010:371541..409162 -
Expression

Hover the mouse over a column in the graph to view expression values in transcripts per million (tpm).
Sort Descending | Sort Ascending | Only Non-Zero Values | Tile/Chart | Reset | Show/Hide Values

Values :
    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
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Annotated Terms
The following terms have been associated with this transcript:
Vocabulary: INTERPRO
TermDefinition
IPR001781Znf_LIM
IPR010442PET_domain
Vocabulary: Molecular Function
TermDefinition
GO:0008270zinc ion binding
GO Annotation
GO Assignments
This transcript is annotated with the following GO terms.
Category Term Accession Term Name
molecular_function GO:0008270 zinc ion binding
Blast
BLAST of TCONS_00001467 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: FHL5 (Four and a half LIM domains protein 5 OS=Homo sapiens GN=FHL5 PE=1 SV=1)

HSP 1 Score: 206.068 bits (523), Expect = 1.767e-59
Identity = 92/269 (34.20%), Postives = 146/269 (54.28%), Query Frame = 1
Query: 1018 AQHFVCHICECSLTGEQHLVDDGLPICIACYDDKFASVCHKCNKSIGVDEEDVIYDDEHWHDYCLVCSLCNCRLSGTSFVIRDDNFLCSDCYQKTDDKRCKTCGKGFEPGAKRLELKGEFWHDTCFVCDICKSPITSKKFIQHEGSQVCCPCFDQKFAKRCAKCEEVLREGGVACGGAFYHRDCFQCEICNASIANQAFQQKDGFRYCMPCYKQQYAKRCAGCD---SYIVNGEYYTVDSDSWHKECFKCEVCHIVLQQQTFVQENGKV 1815
              HF C  C  SL G+++++ D  P C+ CYD  F++ C +C K I  D +D+ Y D HWH+ C  C+ CN  L    F  +D+  LC++CY      +C  C +   PG++++E KG +WH+TCFVC+ C+ PI +K  I  E    C PCF+++FA  C  C++V+  GG+      +H++CF C  C   +  + F  +D + +C+ CY   YA +C  C    S +   ++       WH ECF C  C + L  + F+ +N ++
Sbjct:    3 TAHFYCQYCTASLLGKKYVLKDDSPYCVTCYDRVFSNYCEECKKPIESDSKDLCYKDRHWHEGCFKCTKCNHSLVEKPFAAKDERLLCTECYSNECSSKCFHCKRTIMPGSRKMEFKGNYWHETCFVCENCRQPIGTKPLISKESGNYCVPCFEKEFAHYCNFCKKVITSGGITFCDQLWHKECFLCSGCRKDLCEEQFMSRDDYPFCVDCYNHLYANKCVACSKPISGLTGAKFICFQDSQWHSECFNCGKCSVSLVGKGFLTQNKEI 271          

HSP 2 Score: 96.6709 bits (239), Expect = 1.826e-21
Identity = 62/214 (28.97%), Postives = 89/214 (41.59%), Query Frame = 1
Query:  832 WHPGCFECCKCNELLADLIYCYKDGDIFCVRHFGEELKPRCCMCDELIFNGEY-VRTDEKAYHAQHFVCHICECSLTGEQHLVDDGLPICIACYDDKFASVCHKCNKSIGVDEEDVIYDDEHWHDYCLVCSLCNCRLSGTSFVIRDDNFLCSDCYQKTDDKRCKTCGKGFE--PGAKRLELKGEFWHDTCFVCDICKSPITSKKFIQHEGSQVC 1464
            WH GCF+C KCN  L +  +  KD  + C   +  E   +C  C   I  G   +      +H   FVC  C   +  +  +  +    C+ C++ +FA  C+ C K I      + + D+ WH  C +CS C   L    F+ RDD   C DCY      +C  C K      GAK +  +   WH  CF C  C   +  K F+       C
Sbjct:   62 WHEGCFKCTKCNHSLVEKPFAAKDERLLCTECYSNECSSKCFHCKRTIMPGSRKMEFKGNYWHETCFVCENCRQPIGTKPLISKESGNYCVPCFEKEFAHYCNFCKKVI--TSGGITFCDQLWHKECFLCSGCRKDLCEEQFMSRDDYPFCVDCYNHLYANKCVACSKPISGLTGAKFICFQDSQWHSECFNCGKCSVSLVGKGFLTQNKEIFC 273          

HSP 3 Score: 87.0409 bits (214), Expect = 2.161e-18
Identity = 63/276 (22.83%), Postives = 113/276 (40.94%), Query Frame = 1
Query:  847 FECCKCNELLADLIYCYKDGDIFCVRHFGEELKPRCCMCDELI-FNGEYVRTDEKAYHAQHFVCHICECSLTGEQHLVDDGLPICIACYDDKFASVCHKCNKSIGVDEEDVIYDDEHWHDYCLVCSLCNCRLSGTSFVIRDDNFLCSDCYQKTDDKRCKTCGKGFEPGAKRLELKGEFWHDTCFVCDICKSPITSKKFIQHEGSQVCCPCFDQKFAKRCAKCEEVLREGGVACGGAF-------YHRDCFQCEICNASIANQAFQQKDGFRYCMPC 1650
            F C  C   L    Y  KD   +CV  +       C  C + I  + + +   ++ +H   F C  C  SL  +     D   +C  CY ++ +S C  C ++I      + +   +WH+ C VC  C   +     + ++    C  C++K     C  C K    G   +    + WH  CF+C  C+  +  ++F+  +    C  C++  +A +C  C + +   G+  G  F       +H +CF C  C+ S+  + F  ++   +C  C
Sbjct:    6 FYCQYCTASLLGKKYVLKDDSPYCVTCYDRVFSNYCEECKKPIESDSKDLCYKDRHWHEGCFKCTKCNHSLVEKPFAAKDERLLCTECYSNECSSKCFHCKRTIMPGSRKMEFKGNYWHETCFVCENCRQPIGTKPLISKESGNYCVPCFEKEFAHYCNFCKKVITSGG--ITFCDQLWHKECFLCSGCRKDLCEEQFMSRDDYPFCVDCYNHLYANKCVACSKPI--SGLT-GAKFICFQDSQWHSECFNCGKCSVSLVGKGFLTQNKEIFCQKC 276          
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of TCONS_00001467 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
FHL51.767e-5934.20Four and a half LIM domains protein 5 OS=Homo sapi... [more]
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