TCONS_00003281 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00003281
Unique Name	TCONS_00003281
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	4219

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at sc0000026:470438..492519+

transcript sequence

>TCONS_00003281 ID=TCONS_00003281|Name=TCONS_00003281|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=4219bp
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Legend: exon

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>TCONS_00003281 ID=TCONS_00003281|Name=TCONS_00003281|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=22082bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000026:470438..492519+ (Clytia hemisphaerica)
GTAAGAGGTCACCGACGCCAGGGTAAGATTTGGAATGCTTggttttttta
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CTTAAGGAATCTCTGAGTTTGAGGTATGAATTCTGCATTATAGGTAGATC
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CTATCCGTACGACCATCAATTCCAGATCATTACCAAATACATCACAGACA
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GATAGTTTTACCTGTTCTATTCATGAACTTTAACAGTAGAGCTCCCTATT
CAAACGAGATAAATAACAAAAGTATTTGATTGTTCGTTTTAACAGGAAGG
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CAGTCAGTACTCCACCCTACGCCTCAACCAATCACATGAGAGCTCAAAGC
CAAACGGTCCCATCTAAACAAGAACACATGGAAAAACCTATTTACCGTAC
TGCTTCTCCCGCCAAGCACGCGTCGAGGATACAAATGCGCGACGAGTACG
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GATACGTACGGCGAATCGGCGTCAACGCATGAGCGTTTGCCGATCGCTAA
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AAGCGACACCGGAAACCCCGTACGCATACAACACGCACTACAACTCTGAG
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GGACAAAAATTACAAGGACTGTTACCTTCAGTTATGGTCATGTTGAAACA
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TATTGTTTGTATCCCCGATCATCTTTTAGATATGGCTAAAAACTTGAATA
TATTGAATACTATACTTCAATCTCGGTGATGTAGTGGAAATGTAGAACAT
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CAATGCAGCTCTCTGcaagaaattgtaaaaaaaaaatctgactaACTTCT
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TGTGGAAGTTCCAATTTCCCTACGAATTCATCTGCTATCAAAATGCTCAA
TATGGTTAGTGTGCTCTCATCTGTTTGTCCTCCTAAGTTTTATTTGAAGT
GGATGTTGTCAATAGAGGGTTGTTCGTTAACTTCTTTGGTTGGTTGTTAT
ATCGTGTTTATACTTTTGGTataaggttttttttatttgaccttTATAAT
GTGCTTATATGTTCTGATATGATTGTTTTGTTTGAAACTGTACTTTGCTG
GCTAGGTCGGCCATTCAAAGATGCTAGCTTCCAgacttttcaatatttca
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TCAGGTGTCAGACAGCTGTGAGAGTTCAGTAATGAAGAAACACATTGAAA
CTGTTGTTCCCAATCTTCTAAAGGTAAGCCCTCAATATTTCAAGTCCGAT
AACACGATGACACAACAACGGAAAAGACTATGTGCGGTTTCTTTCCTCCT
AGTTGATGACGAGAGTATCTCTTCGGTGCGGTCGGCTCTTGCTTTTTCGA
ACTTGAACGAGAATGATAGAGATATTCGAAATACAGAAAGTTTAGTTcga
attttcagaaattttaaataACGAATTACTGAGAGTCCGCTACCTGGGTC
ACAGTATCTACCATTTAATCCATCACACTATCTGTCTTTGTCACAACCTA
ACctctcaattttatttttcatcaagTCAATTTCTTCTTTACCAGGCATA
CGACCACACAGAGAGTATGGTTCGAAAAGCAGCATGTTTCTGTCTCGTCT
CTGTGCACAACGTGGCTGGACCTGACCTCGTGCAACCTTATTTCCAGAAT
CTTGCTGGTTCCAAGGTATTAATTCTACCATTTGTTTTCAAGTCGTTCAT
TTGTGCTTCCCCTTCGCGGATATCTTTTAACTGATGAcattattttcaga
atttccaAGAATGTTTATAGAAACTAAACAAGTTTCGAGTTTTCACTCTG
ATTATATTTTAGATCTAAGATGGTTTTCTCTCGTGTTTTGGAAATATCCA
AGACAATTCAGGGTGTTCTTAAGAATAAAGGGTTTTCCTAGGGCACCACG
TTTTGATGTGATTCAGTGTATTTTAAAGCGTGGTTATGTGATTTACAATA
TTTTGTCAGTGTGCCAATTATGAGGAATATCATCGGTTTTAGTTGTCTTt
tatttaatttagtttttctaattCTCCTTTCTCTTCCTATTTAGATCAAA
CTCTTGAACTTGTACATCCGTCGGTCGCAAACGAGCAACGTGTGAATGGT
GCCCTAAGTGAGGAGAAAATGTGGATGGTACCTTAAAGAATGGGAAGAGG
TCGTGACGTCATAGGGGTTCATAGAATCTCCCTAAAAACAGATCGACCTT
GAGGTCTTTCAGATGCACTCGAAAATGGCCATGGTTCGTTGGTTGGTCTT
TGATTCCCAATTATGATAAAGTTTTATCGTTTAAAACGTATTTTGAATAC
AAATATAAACGAGTCATCCCGTGATGCAACAGTAAACAAAGAGACTACGT
TTCGACTAATTGCATTATGGGTATTGAGTGTACAAAACTCAAAACAATGA
ACTGCAATAAGAATTTTTGACCGACATTATGGTCACTTAATTCATCAAGA
ATAAATGAAACTAGAAAAGTGAAAGTTAAGAAGATGatatatattttcta
aaatttttcctttctttattATAGATATTTTaccttcaaaataattgttt
tctttttcctctttattCCCTCTAAGATTACTTTAACAATGTATAGATAC
TCacttttaaattatttattgatagtgaaaatttttttctcttgatttta
ttaaattgttttgctttttttgtcATATAGTACGGAActaactttgttta
ttttttaaccCTGTTGTTGATATTTTGGCTCCTTTTTTCATCTTAGTTCT
GATCTACTTGCTAGAGAACTCCTCTCTGTATATTCCTAATCTAATGTCTA
AACCCTTTTAAAATATGGGATGATCGGGGTAAAATTGTGTACACACCCTT
TTTTCAATAGGTCTTACCATGTTTGCGTCCTTTGTTTTTGACCTGAAGTG
GTGATGAAATATGAATGCGAGTTTTAGACCATCTTCCACTACATGATGTT
TAGCTCTTAGATATAAGCTTCCATAGCTTTAGATCAATAAATTGAACATT
GTTAGGGTGTAGTGTTCTTTTAGTGCTAGTAGCAAGTGTAATTTTTGAAT
AAATGcttaaaaagtatttcaaaatttagattttaacaatttattctttt
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atctTCTGTAAAAAGGACAGTGTGTCAANTTGAGTGTACAAAACTCAAAA
CAATGAACTCCAATAAGAATTTTTGACCGACATTATGGTCACTTAATTCA
TCAAGAATAAATGAAACTAGAAAAGTGAAAGTTAAGAAGATGatatatat
tttctaaaatttttcctttctttaatatagatattttaccttcaaaataa
ttgttttctttttcctctttattCCCTCTCAAATTACTTTAACAATGTAT
AGATACTCacttttaaattatttattgatagtgaaaattttttctcttga
ttttattaaatttttttgctttttttgtcaTATAGTACGAAActaacttt
gtttattttttaaccCTGTTGTTGATATTCTGGCTCCTTTTTTCATCTTA
GTTCTGATCTACTTGCTAGAGAACTCCTCTCTGTATATTCCTAATCTAAT
GTCTAAACCCTTTTAAAATATGGGATGATCGGGGTAAAATTGTGTACACA
CCCTTTTTTCAATAGGTCTTACCATGTTTGCGTCCTTTGTTTTTGACCTG
AAGTGGTGATGAAATATGAATGCGAGTTTTAGACCATCTTCCACTACATG
ATGTTTAGCTCTTAGATATAAGCTTCCATAGCTTTAGATCAATAAATTGA
ACATTGTTAGGGTGTAGTGTTCTTTTAGTGCTAGTAGCAAGTGTAATTTT
TGAATAAATGcttaaaaagtatttcaaaatttagattttaacaatttatt
cttttattatcataataattaaatttcatttcttttgtttttatttaaaa
gcaaaatctTCTGTAAAAAGGAcagtgtgtcaaatttttttgttcataaa
GTAAAAAAGATGACGAAATAAGAACGATGTAATAAACTTGCGTTCCATAT
ATGTATGTAGCTTTGAGCCTTGTCCATGTTTGACGCTTATAACGTTCTTA
ATTGATACTTTAAACTTAAACAATCATTAAATGTGCACTAAATTAGCCCA
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GAATCTTTCATACTTCAGTTCAGATTTCGTATTTTACTGTGTAAAGTGTA
GTCTGATTGCCGCTCTTTAGATATGCTtgataagaaactttttcgttgGA
GGTCGAGGATGAGAAGAGGCCTAGTTTTGGTTGGGCCGTGTAGCTTTAAT
CTCAGAGCATTCTCCATAAGAGAATCCGTCACTTTCGCCACGCCTCTTTT
ATAGCAGAAAGGTACCGTGAAAAATCACATGCCGAAATCATATTCCGACA
TGTGACGACTAATCTTGATTCTattcaacgcagagaaaagtaaccatgac
gacaatatccaaattaatagtttagtaattactgttacaCATTTCGGAAT
TGTCGAAGATTTCTTTTAAAAGagactcatttcaattacacttggaggtt
tctgggaaATTCGTCAATAGTAAACATGCATTATGATATGATACAAGATT
GACACATGtgcaaaaaattttctccgtatGGTCGTCAGAGATTGAtatgt
tttttgaaaactcggcctttgatactcagggtagcagAATAGAtgattac
acgctttttcttttataagaatacactttataagaagaatgtccatgatg
aaaatagccaaaaaattaagaatatcaccatcatggaattttgctactca
agctaataatgccatttttagagcattttcgattataaattgtcaattac
cccttaagtaaggctcactcctttcacaaaaatgtcattctatgcttgag
acgtatgtactaaatgttaaatctagtctgaatcaggatcctaacctagg
aatgtgctgtaagaatattttaggatgattttcccaaaaaagttaagaat
atccataatgaaatggatttacaccattctttgattcttataaaaaaaag
cgtgtagtagaGGGTGGCGGTATCGTAGTACGGGGGATTcaagccccggg
ggggggggggggNCGAAAAGCAGCATGTTTCTGTCTCGTCTCTGTGCACA
ACGTGGCTGGACCTGACCTCGTGCAACCTTATTTCCAGAATCTTGCTGGT
TCCAAGGTATTAATTCTACCATTTGTTTTCAAGTCGTTCATTTGTGCTTC
CCCTTCGCGGATATCTTTTAACTGATGAcattattttcagaatttccaAG
AATGTTTATAGAAACTAAACAAGTTTCGAGTTTTCACTCTGATTATATTT
TAGATCTAAGATGGTTTTCTCTCGTGTTTTGGAAATATCCAAGACAATTC
AGGGTGTTCTTAAGAATAAAGGGTTTTCCTAGGGCACCACGTTTTGATGT
GATTCAGTGTATTTTAAAGCGTGGTTATGTGATTTACAATATTTTGTCAG
TGTGCCAATTATGAGGAATATCATCGGTTTTAGTTGTCTTttatttaatt
tagtttttctaattCTCTTTTCTCTTCCTATTTAGATCAAACTCTTGAAC
TTGTACATCCGTCGGTCGCAAACGAGCAACGTGTGAATGGTGCCCTAAGT
GAGGAGAAAATGTGGATGGTACCTTAAAGAATGGGAAGAGGTCGTGACGT
CATAGGGGTTCATAAAATCTCCCTAAAAAATAGATCGACCTTGAGGTCTT
TCAGATGCACTCGAAAATGGCCATGGTTCGTTGGTTGGTCTTTGATTCCC
AATTATGATAAAGTTTTATCGTTTAAAACGTATTTTGAATACAAATATAA
ACGAGTCATCCCGTGATGCAACAGTAAACAAAGAGACTACGTTTCGACTA
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AAGAATTTTTGACCGACATTATGGTCACTTAATTCATCAAGAATAAATGA
AACTAGAAAAGTGAAAGTTAAGAAGATGatatatattttctaaaattttt
cctttctttattATAGATATTTTaccttcaaaataattgttttctttttc
ctctttattCCCTCTAAGATTACTTTAACAATGTATAGATACTCactttt
aaattatttattgatagtgaaaatttttttctcttgattttattaaattg
ttttgctttttttgtcATATAGTACGGAActaactttgtttattttttaa
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TGCTAGAGAACTCCTCTCTGTATATTCCTAATCTAATGTCTAAACCCTTT
TAAAATATGGGATGATCGGGGTAAAATTGTGTACACACCCTTTTTTCAAT
AGGTCTTACCATGTTTGCGTCCTTTGTTTTTGACCTGAAGTGGTGATGAA
ATATGAATGCGAGTTTTAGACCATCTTCCACT

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_001823	XLOC_001823	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
sc0000026	supercontig	sc0000026:470438..492519 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
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Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00003281 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: CLAP1 (CLIP-associating protein 1 OS=Homo sapiens GN=CLASP1 PE=1 SV=1)

HSP 1 Score: 218.394 bits (555), Expect = 3.691e-57
Identity = 105/232 (45.26%), Postives = 154/232 (66.38%), Query Frame = 2

Query:    5 EVTDARVFSPKEYMTEFDRIRLILENGNNDWEKRVEALKELRTYVKIHTT-IDNSIKVLKNLEDALKTSVKDLRSAVVREVCVTISYMSSILRNKFDYLAENLFPQLIILIPNSVKVMSSSAHATIRLIIKHTHSPRLVPIIISNLLTSKSRDIRRKCGEYLALFLETWDTSALKNHVSLIEEGLRKGISDADSEARAAVRRAFWNFADHYKSRADSLMQTFDSSKQKLLNS 697
            +V   +++S ++     ++IR IL +  +DWE+RV ALK++R+ +       DN  + L+ L+ A K S KDLRS VVRE C+T+ ++SS+L NKFD+ AE + P +  LIPNS K+M++S    +RLII+HTH PRL+P+I SN  TSKS  +RR+C E+L L L+ W T +L+ H+S++ E ++KGI DADSEAR   R+ +W F  H+   A+ L  T +SS QK L S
Sbjct:  308 DVPVVQIYSSRDLEESINKIREILSDDKHDWEQRVNALKKIRSLLLAGAAEYDNFFQHLRLLDGAFKLSAKDLRSQVVREACITLGHLSSVLGNKFDHGAEAIMPTIFNLIPNSAKIMATSGVVAVRLIIRHTHIPRLIPVITSN-CTSKSVAVRRRCFEFLDLLLQEWQTHSLERHISVLAETIKKGIHDADSEARIEARKCYWGFHSHFSREAEHLYHTLESSYQKALQS 538

HSP 2 Score: 211.846 bits (538), Expect = 3.463e-55
Identity = 130/314 (41.40%), Postives = 202/314 (64.33%), Query Frame = 2

Query: 1259 IPGQ-NSTRSRNGQDFTEDAIWDALKKTKPQGRDRYNSHGSIXXXXXXXXXXXXXXXXX-XNKHRHISH------DFHEILHMLQQDASNTKRDGLTSFQGLLQSSMRYLNTEEAVRVKETFNRYFAEPNSK-IYSSFLDVLSEFLVQYKNDLQDWXXXXXXXXXXXXSTDILQSSQTKIARVLDVVRDSYPYDHQFQIITKYITDKTQTPSLNMKLSLLQYTRGLIALMDANDFTNSAITRLAITRVITWMSEPKSADVRKESANVIVALFQLNPSEFSMVLSSLPNSIQEGATRAINIEIKNPNGTGSVSTP 2173
            IPG  N+ R  +     E A+ DALKK     R RY  +G  +   ++   +S  S R   +++  I H      D  E+L+       + +++GL   Q LL+S  R L+  E  R+ E F R FA+P+SK ++S FL+ L +F++ +K+DLQDWLF+LLT+LL+++  D+L S Q K+ + LDV RDS+P+D QF I+ ++I D+TQTP+L +K+++L+Y   L   MD  DF NS+ TRLA++R+ITW +EPKS+DVRK +  V+++LF+LN  EF+M+L +LP + Q+GAT+ ++  +KN + T SV +P
Sbjct:  784 IPGSVNAMRVLSTSTDLEAAVADALKKPV---RRRYEPYGMYSDDDANSDASSVCSERSYGSRNGGIPHYLRQTEDVAEVLNHCASSNWSERKEGLLGLQNLLKS-QRTLSRVELKRLCEIFTRMFADPHSKRVFSMFLETLVDFIIIHKDDLQDWLFVLLTQLLKKMGADLLGSVQAKVQKALDVTRDSFPFDQQFNILMRFIVDQTQTPNLKVKVAILKYIESLARQMDPTDFVNSSETRLAVSRIITWTTEPKSSDVRKAAQIVLISLFELNTPEFTMLLGALPKTFQDGATKLLHNHLKNSSNT-SVGSP 1092

HSP 3 Score: 140.198 bits (352), Expect = 3.487e-33
Identity = 79/228 (34.65%), Postives = 139/228 (60.96%), Query Frame = 2

Query: 2684 NLLNEISTILSQHHRGIDSEDIKSALIELLKTMRSATNNPMLG---QKLQGLLPSVMVMLKHSEATVRCLAIRCLREICQSHPNIYRSDLQSFLMPLLETESDNTKEVSKTAEECCNLISQTIPADELLPIIAPVCGSSNFPTNSSAIKMLNMVSDSCESSVMKKHIETVVPNLLKAYDHTESMVRKAACFCLVSVHNVAGPDLVQPYFQNLAGSKIKLLNLYIRRSQ 3358
            +L+ ++   LS H+  +  E+ K AL+ELLK  R  +    LG   +  + +L  ++  L   + ++R LA+R LREI ++ P  +++  +  +M  LE   D+ KEV + AEE  + ++ +I  ++ + ++ P+  ++++P N +AIKM   V +      + + +  ++P LL+ YD+TES VRKA+ FCLV++++V G DL +P+   L GSK+KLLNLYI+R+Q
Sbjct: 1302 DLVADLLKELSNHNERV--EERKGALLELLKITREDS----LGVWEEHFKTILLLLLETLGDKDHSIRALALRVLREILRNQPARFKNYAELTIMKTLEAHKDSHKEVVRAAEEAASTLASSIHPEQCIKVLCPIIQTADYPINLAAIKMQTKVVERIAKESLLQLLVDIIPGLLQGYDNTESSVRKASVFCLVAIYSVIGEDL-KPHLAQLTGSKMKLLNLYIKRAQ 1522

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00003281 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00003281 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
CLAP1	3.691e-57	45.26	CLIP-associating protein 1 OS=Homo sapiens GN=CLAS...	[more]

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TCONS_00003281 (transcript) - C. hemisphaerica