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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00003351 ID=TCONS_00003351|Name=TCONS_00003351|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=1760bp GTGTTTATGACGGTCTAGAGTGGAAATTGCCAAAGTTATTTGATTAATTA TTTTCTCTCTGGTTGAGGTTTGTTACACTTGTGAAAAAGAGTATCTGAGA GTAATACGTACACCAGCGAGATATTCGATGTTTTTTGCTGCttaaaattt ttatttcaaacgaGATAACAAGACGTAAGAGCAAACGATGCAGATGAACG GGTCATCGAGAAATTGTTACTACCTACCAGTGCCAATAGGTAACTCGACG TTCTGTGGATTGAAGAAAGAATGGTCGCCTCGTTTCAATCAGCCTTTATT GCTGGCAATGTCGATCATTCCTGTATCTTTGtattggatgtttttattcg tATATCTCAAAGCTTTatacagaatgttgaaaaagatgCACAGGAGGAGC GTATACCGCCATGTTGAAGTCGCAGAGCCTTTTTCAGTCTTCCACCGTTA TAAAATGTCGTACCCCGTGCTGCAACATATACGAAAAGCAGATAATTGAA GTGAAATTATGGTACGTGGTTGTAATAACGGTGTTATTCAAATATCTCTG GGACGCTATTGACATCACTTTAgatgtttacatttttatcaattggAGCG AGGAGATGTTATTGATGAGGGAATATATCGAAACACTAGTGTCAACAATG CCATATATATTTTTGCCTTGGTTGGATGTATTTGTAAAGTGTTCACGTGG AGAATATTTAGACATATGTCAATCTTCCGTGAAAAGTCTTCGAGTATTCG ATCGCCTTCGCAAGACGAAAAGTTTGATCTGTTACACATAGCAAGAATGA AAAACATGGTTTATGTAGCCAGTTTCATTTTTGAAGATGGTCCAGAGCTT CTATTGGAATACTTTTACATCGAAAAGTATGTGACGTCATTCACTTGGGT TTTGCTGGTTAAAGATATTCTCCTTGGTATTTTCGCCATTATCACTTGTA TAACCACGCTCAAGTTTTTGCTGTATGGATATAATCAAGAAAACCGCACG ATTGTCTCATTTATTTGCTACGGTATTTTAGTCATGGCATTTACCTTGTC ATCCTTGCTAAGAGTTGGTGCCGCATGCTATCAGTATTTAACAAAGAAAT TTAACAGATCTTGTTTTGTGGTATCTGAAGGGAAGATTGTACAGACTCCC TTTGAACAAGGTTGCATGCGTGAGATCGATTACGTCATCGCTGCCCTGAC TACAGTCCCGTTGGTCTTATTTGGATTAATCATCATTGTAAATTGTTGTT CAAGCATCATATCAGAATGTTTGTTTGAAGGCCATAACAAAATCCCTAGA GAGGGTTCACGCAAGAGGGTTATCactgtttcatttttcatgtaTATTCT CAGTCCTGCCGGTGGGTTTACAAACCTTGGTCAACAATCCTCAAAATTCT TCAATTATATATACGTCAAATTTGGATGCAAGATTTTTGATTGCTACAAG AAAAGAATGGATTCCACTGTACCAGCTCCTTGTGAGGAGTTTACTTCTAA TGCAGCCACCGTAAATCAATCGGAATTACACCACTTTGGTGAGGCAGCTT CCACCGAGAAAAATAATTCTTCGGTTTATTGCGACACTCGCCTTTGATTT ATAGTCTTGAGTTAATGGAAAATTAGAAAGCATTTTTCTTGCTGCTGAAT ATAAGTGGAATCGACGCCTGTATTACGAATTGACGCATGTATTTATAATT TAAGACAGATAGCTGATACGTCTGTATGGCCTCTCGaattcctttttaaa aattaattgt Run BLAST on NCBI protein sequence of TCONS_00003351-protein >TCONS_00003351-protein ID=TCONS_00003351-protein|Name=TCONS_00003351-protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=293bp
MSIFREKSSSIRSPSQDEKFDLLHIARMKNMVYVASFIFEDGPELLLEYF YIEKYVTSFTWVLLVKDILLGIFAIITCITTLKFLLYGYNQENRTIVSFI CYGILVMAFTLSSLLRVGAACYQYLTKKFNRSCFVVSEGKIVQTPFEQGC MREIDYVIAALTTVPLVLFGLIIIVNCCSSIISECLFEGHNKIPREGSRK RVITVSFFMYILSPAGGFTNLGQQSSKFFNYIYVKFGCKIFDCYKKRMDS TVPAPCEEFTSNAATVNQSELHHFGEAASTEKNNSSVYCDTRL Run BLAST on NCBI transcript from alignment at sc0000026:653877..664742- Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00003351 ID=TCONS_00003351|Name=TCONS_00003351|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=10866bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000026:653877..664742- (Clytia hemisphaerica) GTGTTTATGACGGTCTAGAGTGGAAATTGCCAAAGTTATTTGATTAATTA
TTTTCTCTCTGGTTGAGGTTTGTTACACTTGTGAAAAAGAGTATCTGAGA
GTAATACGTACACCAGCGAGATATTCGATGTTTTTTGCTGCTTAAAATTT
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TTATTTTCTCCTTCTTTCTTTTCCTTAGCTTTGGCCTTATTAGCCTTCTT
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CACCCTATAAACCAGGTCTTCCTGTTCGATTTCCACTGTCGGATCGGGGA
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CAGCCCTGATCTGAGCCTCCGAAAGTTTTGTAACAATGTCTTTCAGCGTG
TCCATCGTTACATCCGATCTCGCAGTAGCAGCATCTGAGGGCTTGTAAGC
CGTCAGATAGCACCTTCTCGCGAGATCCTCTGCCTCCCTGGCCGTCTTTG
GCGATCCAAACACAACCATGTTCCTCATCTTTTCAGTCAGTCCTGATATG
AAAAGATCCATGAGAAACGTGCCATCGTGTGAATCCAAAATCTGTCGGCG
TAGTCCCCTACCGACTCTTTCTCTAACATCTTTATCCTTTCTAGGCTCGA
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CCAAGCTTGTTTTATCCGTAGCCGGAAGGTCCTCGAGCCAACGCGCGGCC
CTTCCCGCCACGTATACCGAGAGATATTCAAGGGACTCATTATCGTCCCA
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CCTCGTTATCGTTTCCCGAAAAAATAGCAACGCTAAACTTAGGGGCCGCT
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GCCCAACAAACTCAGTAACTTTGCCTGTGTATAAACAAAAATTAAAGGGA
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TATTCGTATATCTCAAAGCTTTATACAGAATGTTGAAAAAGATGCACAGG
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TCTCTGGGACGCTATTGACATCACTTTAGATGTTTACATTTTTATCAATT
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GAATGAAAAACATGGTTTATGTAGCCAGTTTCATTTTTGAAGATGGTCCA
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CCTAGAGAGGGTTCACGCAAGAGGGTTATCACTGTTTCATTTTTCATGTA
TATTCTCAGTCCTGCCGGTGGGTTTACAAACCTTGGTCAACAATCCTCAA
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TTCTAATGCAGCCACCGTAAATCAATCGGAATTACACCACTTTGGTGAGG
CAGCTTCCACCGAGAAAAATAATTCTTCGGTTTATTGCGACACTCGCCTT
TGATTTATAGTCTTGAGTTAATGGAAAATTAGAAAGCATTTTTCTTGCTG
CTGAATATAAGTGGAATCGACGCCTGTATTACGAATTGACGCATGTATTT
ATAATTTAAGACAGATAGCTGATACGTCTGTATGGCCTCTCGAATTCCTT
TTTAAAAATTAATTGT Coding sequence (CDS) from alignment at sc0000026:653877..664742- >TCONS_00003351 ID=TCONS_00003351|Name=TCONS_00003351|organism=Clytia hemisphaerica|type=CDS|length=882bp|location=Sequence derived from alignment at sc0000026:653877..664742- (Clytia hemisphaerica) ATGTCAATCTTCCGTGAAAAGTCTTCGAGTATTCGATCGCCTTCGCAAGA CGAAAAGTTTGATCTGTTACACATAGCAAGAATGAAAAACATGGTTTATG TAGCCAGTTTCATTTTTGAAGATGGTCCAGAGCTTCTATTGGAATACTTT TACATCGAAAAGTATGTGACGTCATTCACTTGGGTTTTGCTGGTTAAAGA TATTCTCCTTGGTATTTTCGCCATTATCACTTGTATAACCACGCTCAAGT TTTTGCTGTATGGATATAATCAAGAAAACCGCACGATTGTCTCATTTATT TGCTACGGTATTTTAGTCATGGCATTTACCTTGTCATCCTTGCTAAGAGT TGGTGCCGCATGCTATCAGTATTTAACAAAGAAATTTAACAGATCTTGTT TTGTGGTATCTGAAGGGAAGATTGTACAGACTCCCTTTGAACAAGGTTGC ATGCGTGAGATCGATTACGTCATCGCTGCCCTGACTACAGTCCCGTTGGT CTTATTTGGATTAATCATCATTGTAAATTGTTGTTCAAGCATCATATCAG AATGTTTGTTTGAAGGCCATAACAAAATCCCTAGAGAGGGTTCACGCAAG AGGGTTATCACTGTTTCATTTTTCATGTATATTCTCAGTCCTGCCGGTGG GTTTACAAACCTTGGTCAACAATCCTCAAAATTCTTCAATTATATATACG TCAAATTTGGATGCAAGATTTTTGATTGCTACAAGAAAAGAATGGATTCC ACTGTACCAGCTCCTTGTGAGGAGTTTACTTCTAATGCAGCCACCGTAAA TCAATCGGAATTACACCACTTTGGTGAGGCAGCTTCCACCGAGAAAAATA ATTCTTCGGTTTATTGCGACACTCGCCTTTGA
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
Feature Name | Unique Name | Species | Type |
TCONS_00003351-exon-sc0000026-1575043694:664597..664742 | TCONS_00003351-exon-sc0000026-1575043694:664597..664742 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00003351-exon-sc0000026-1575043694:653877..655490 | TCONS_00003351-exon-sc0000026-1575043694:653877..655490 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00003351-exon-sc0000026-1510915933:664597..664742 | TCONS_00003351-exon-sc0000026-1510915933:664597..664742 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00003351-exon-sc0000026-1510915933:653877..655490 | TCONS_00003351-exon-sc0000026-1510915933:653877..655490 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00003351-exon-sc0000026-1491911889:664597..664742 | TCONS_00003351-exon-sc0000026-1491911889:664597..664742 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00003351-exon-sc0000026-1491911889:653877..655490 | TCONS_00003351-exon-sc0000026-1491911889:653877..655490 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
sc0000026 | supercontig | sc0000026:653877..664742 - |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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