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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00046975 ID=TCONS_00046975|Name=TCONS_00046975|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=395bp
ttccggAAGTGATAATAGATACTTATTCATATGAAAACTAATTTAGCAAT
AATGCAGCCTAAGTTCCCACTTTAATGAAAAAAGCTTCTTCTTCGCATTC
ATAAATCGCTCCTAAAATCTTATCATGCTAAATTCTCCTACTGTACTTGT
ATATTCGCCTTTCAGAAATGGGCCTCTTTCTTTATCCCAAACAACGCTTT
TAAACgaattttattttactttcatGTTGAAGATAACAATGGCTTCTGGT
TCTGATCAATGCGAAGATGTTCACCAAATGAGAGTATGTGGCTAGCAATG
TCAATGGTCACGATTAACCAATCAAGCAGAATTAAGAGTAATTTAAGAGC
CGTGATGCACTGGTCAATATtaaatcaatattcaaaaagtGTTAC Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_119:50394..59284- Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00046975 ID=TCONS_00046975|Name=TCONS_00046975|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=8891bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_119:50394..59284- (Clytia hemisphaerica)
TTCCGGAAGTGATAATAGATACTTATTCATATGAAAACTAATTTAGCAAT
AATGCAGCCTAAGTTCCCACTTTAATGAAAAAAGCTTCTTCTTCGCATTC
ATAAATCGCTCCTAAAATCTTATCATGCTAAATTCTCCTACTGTACTTGT
ATATTCGCCTTTCAGAAATGGGCCTCTTTCTTTATCCCAAACAACGCTTT
TAAACGAATTTTATTTTACTTTCATGTTGAAGATAACAATGGCTTCTGGT
TCTGATCAATGCGAAGATGTTCACCAAATGAGAGTATGTGGCTAGCAATG
TCAATGGTCACGATTAACCAATCAAGCAGAATTAAGAGTAATTTAAGAGT
AAGAATATTTCCAGGGTTGATTTTCAAATTCTTAAAAATAATGGGCGAGG
AAAAAGAAAAGAAGTATACAGTATGCGGCCCCAAAAACGTCGATCAAATT
TAAAATTTCTCACAAATCTAGAGGAAAAGAGGTTTTACAAAGATATTTGC
TGCATAAAAAACTATAACATCTCTACTTTATTTCCCGGAAGTTCTTTTTC
AAAATTTCAATCAATTTCAACGATATTTTTCAATCGTTTAAAGATAGGTA
GTTTCTTTCTAACGGCCTCCAAAACGGAGGTTTGCAATTTTAACGATTTC
TGGAGATATCTTTAAAATATAAATACACAATTTTGACCATAGTTTGGAAA
TGTGATATAGAGGGTTTTTGGCATAAATTAGTTTGACAAAATTTTTTATA
GTATCCCTGGTTGTCAAAACGCAGGTTTGGGGGCCCCCAAAACGTAGGTG
TAGTTAAAATCAAATTATTAAGCCCAGTGGTAATAGGGGGGAGCAACTTT
GAACATATTTGTTTTCCCTTAAATTTAAGACACGATGGATGTAAAATTTA
TCATTTTTATAAAATATTTCAAAATTTTCAAAATGAAAATTTTGATTTAA
CAACATCTTAATCAAGTTTCTGAAAAACAATTTCTTTTAAATATAGTTCC
ATTCTTGATGGAATATGCTGTGAAATCTTTAGAAAAACAGCTTAACTGAA
ACTGAAAATATTAAGCTTTAAAGGTATTTTTCTCCTATATTTTGCAAAAA
AATGACAGAATCTGCCGTTTTTGCTGATTCAGCGAACATTTTTATAATGT
TAATTTTTTGTTATAAACTATTAACTCAAGCTGATAGGAATGGAATTCCA
AGATTTTTTGTTGTTTCTCATTATATAGAATTTCTGGTTTTATCAATGCT
GATTTTAGGGCCCCAAAATACTGGTTGACCTTTAAGATGCTATATCTTTT
ACTAAAGTCAGTTGTATCTGCATTTTCTGAAAGGCATTAGGTGTAGAAAG
TTTCCTATACCCCATTTTCATAACTTATTTTCACTATTCAAGGAGCTAGA
GTGAGTTATATGCAATTTTTATCTAATTTTTGTGTTGAAATATTTCCTTT
AGACGCAAATATACACGTTTTTTTTTATAAGAATGGTGTAAATTCATTTC
GTCATGGATGTTCTTAACGTTTTTGGGAAAATCATCCTAAAATATTCTTA
CAGCACATTCTTAGGTTAGCATCCTAATTCCTAATAGATTTAACCATGAT
TTAACATTTTAGTACGTACGTCTCAAGCATAAAATGGCACTTTTGTAAAA
GCAGTGAGCCAACTTAGGCCTAACTTGGGGATAACTGATAATTTATAATT
GAAAATGGTCTTTAAAATGTCATTCTTAGCTTGAGTAGCAAAATTCCATG
ATGGTGCCGATATTCTTAGCATTATTCTTAATTTTTTCGCCATTTTCATC
ACAGGCATTCTTATAAAGTGTGTTCTTATAAAAAAAGCGTGTATTATTTT
GAAACAGTCTCAAACCATCAAAAATATGCTCATTTTTAAGTATGACTATC
ATTCTTTTAAAATAGACAAAAATCGTCTAATTCTGATAAATTTACAGGTC
AGAATCCTAATTTTAATGAAGACCTACGTTTTGGGGGCCGTCTCTGTTTT
GGGGGCCATATACTGTATCAAAATTCGACAAAATTACAAGATATAGTATA
TTAACAATTCTTTTTCAAATTCAAACCCAAAAAAAAACTTTTTTAAAGGA
AATGTATGATGCAAGAAGTACAGCTAAAAAAAAAAAGCCTTTTTACGGCA
ATAATAGGCAATAATTTTCAGTGCATTTCAGTGGAGACGGAGAAAGCTTG
AGGAGCTGCAATCCAGGTTTGTTCTAAAAGTAATAATTTGGTTTTTAAAA
TAGGGGGGATTTAAGAAGAAGTTGCATTCAATGCAAAGAAGTTACTTCAA
TTGAATACGATTCATGCTTCAAACGTTTTCAAAAATCAACTTATAAACCA
ATCTGCAGTGGAGGCAAGGTGGCCAGTCACTTTTGATTTAGATTGAATTT
TAATTGATTGCGTAACACTACTTCGTGGAAGGTATTTTGTTGTTTTTTAC
ATGATGATATACTCAAATGACATTTATACTAAGATAAATTATTTCTTTTT
ATTTTTAAGTTCCGTTTCTTTCAGGCTTTCAGATTTGAGATTTTGCGTTT
GTTGCTTGTTGCTGACCCTAACAGTTGGTGAGTTTCTGCTGTTTCATTTA
TTCTTTTCCACCGGCTTATGTTTAGCTTTTGTTTGACAGTTTGACCTCAG
GTTAATCTTATGCCTCAAATGCCTACCCCCCCCCCATTGCGGAGGTTTTT
CAAAGGTGCATCGAAATACAAAGGGTGCAAAAAGACGCCTCTGATCACTT
ATTTCGGCGACCTTTTGTTCTTTTACAGCCTTAGATATTTTAATTATAAT
TTCATCTTTCACTCTCAGCGAGTCATATTTTCTCTCACTAGGATCAATTT
TTTTTCATTTTTTTTTTAGTTTTATTTTTTCATTTAGTTTTGTTTCGATT
ATTGACATATTCTTTCCCCTACCCTTTGTCAAATATTGTATGAATTTCTT
TTTTTTCTTTATTCAGTTGCAGTATAACGTAAACGTCAACGTCGTTTTTT
GAATCAAAACATTAAGGTAAATACAAACTTCTTGTGACATTAACCTTTGT
TGCTTGTTGCTGACCCTAACAGTTCAATTTCTTGCACTTCAAATTTGAGA
TCGTTTTCAAACGTTGTTTGCTGTTGGTTGCGTGAGTTGGTGAGTTTCTG
CTGTTTCATTTAGTGTTCTGTTCCGTAGGCTTATGTTTGGTTTTGTTTGA
CCTCAGGTTATTGAAATTATTCTTCTCGTTCCTATTTGGTATTCTTCTGT
TTTACATAGGTAAAGTAAAATAAAGATTTCAGTTTTAAAGGTTTTTCATT
CAATTTCGTACAGTTTATGGCCCAAATTGTAGGTGGCCCACAGCTCGGTT
TCTTGCAGGCTTTCAGTTCTTTTACAGCCTTAGATATTTTCGTTTCTAAT
TTCATCTTTTACTCTCAGTGAGTCTTATTTTCTCTCACTAGGATCAATTT
TTTTTCATTTTTTTTTTAGTTTTATTTTTTCATTTAGTTTTGTTTCGATT
ATTGACATATTCTTTCCCCTACCCTTTGTCAAATATTGTATGAATTTCTT
TTTTTTCTTTATTCAGTTGCAGTATAACGTAAACGTCAACGTCGTTTTTT
GAATCAAAACATTAAGGTAAATACAAACTTCTTGTGACATTAACCTTTGT
TGCTTGTTGCTGACCCTAACAGTTCAATTTCGTGCACTTCAAATTTGAGA
TCGTTTTCAAACGTTGTTTGCTGTTGGTTGCGTGAGTTGGTGAGTTTCTG
CTGTTTCATTTGTTCTGTTCCGTAGGCTTATGTTTGGTTTTGTTTGACCT
CAGGTTATTGAAATTATTCTTCTCGTTCCTATTTGGTATTCTTCTGTTTT
ACATAGGTAAAGTAAAATAAAGATTTCAGTTTTAAAGGTTTTTCATTCAA
TTTCGTACAGTTTATGGCCCAAATTGTAGGTGGCCCACAGCTCGGTTTCT
TGCAGGCTGTCAGTTCTTTTACAGCCTTAGATATTTTCGTTTCTAATTTC
ATCTTTTTCTCTCAGTGAGTCTTATTTTCTCTCACTAGGATCAATTTTTT
TTCATTTTTTTTTTAGTTTTATTTTTTCATTTAGTTTTGTTTCGATTATT
GACATATTCTTTCCCCTACCCTTTGTCAAATATTGTATGAATTTCTTTTT
TTTCTTTATTCAGTTGCAGTATAACGTAAACGTCAACGTCGTTTTTTGAA
TCAAAACATTAAGGTAAATACAAACTTCTTGTGACATTAACCTTTGTTGC
TTGTTGCTGACCCTAACAGTTCAATTTCTTGCACTTCAAATTTGAGATCG
TTTTCAAACGTTGTTTGCTGTTGGTTGCGTGAGTTGGTGAGTTTCTGCTG
TTTCATTTAGTGTTCTGTTCCGTAGGCTTATGTTTGGTTTTGTTTGACCT
CAGGTTATTGAAATTATTCTTCTCGTTCCTATTTGGTATTCTTCTGTTTT
ACATAGGTAAAGTAAAATAAAGATTTCAGTTTTAAAGGTTTTTCATTCAA
TTTCGTACAGTTTATGGCCCAAATTGTAGGTGGCCCACAGCTCGGTTTCT
TGCAGGCTGTCAGTTCTTTTACAGCCTTAGATATTTTCGTTTCTAATTTC
ATCTTTTACTCTCAGTGAGTCTTATTTTCTCTCACTAGGATCAATTTTTT
TTCTTTTTTTTTAGTTTTATTTTTTCATTTAGTTTTGTTTGATTATTGAC
ATATTCTATCCCGTAGGGGATAGGTGGCCCACAGCTCGATTTCTTGCAGG
CTTTCAGTTCTTTTACAGCCTTAGATATTTTCGTTTCTAATTTCATCTTT
TACTCTCAGTGAGTCATATTTTCCCTCAATAAGATCAATTTTTTTTTCAT
TTTCTTTTAGTTTTATTTTTTCATTTAGTTTTGTTTGATTATTGACATAT
TCTATCCCGTAGGGGATAGGTGGCCCACAGGTCGGTTTCTTGCAGGCTTT
CAGCTCTTTTACAGCCTTAGATATTTTCGTTTCTAATTTCATCTTTTACT
CTCAGTGAGTCATATTTTCCCTCAATAAGATCAATTTTTTTTTTCATTTT
CTTTTAGTTTTATTTTTTCATTTAGTTTTGTTTGATTATTGACATATTCT
ATCCCGTAGGGGATAGGTGGCCCACAGGTCGGTTTCTTGCAGGCTTTCAG
CTCTTTTACAGCCTTAGATATTTTCGTTTCTAATTTCATCTTTTACTCTC
AGTGAGTCATATTTTCTCTCATTAGGATCAATTTTTTTCTCATTTTCTTT
TATTCCTCAGCAAACTAACGACGATCAAGAAGTTGAAACATCAACTGTAA
GTTGAAATTTTCTTTAATTAATTAAAATGCTAGTAAGAATGCATCCTTTT
TTCCTCGTAATTTGTCTATAAATTGCTTCAATCTCGAAGAATTGGAAAAT
CGACAACGAGTGCAATGATTTATGATAAATGTTTTTTATTGTTAAACTGA
CTTAAAACCTTTTTTTTATTCCTCGGCAAACTAACGTTAACGACGATCAA
GAAGCTCCAACTCGAACCTACGACGATCAACCTTCTTCTGAAAATGTACA
AGTGCGTACAAGTGTCGAACACATCAACTCAAACTCACGACGTACAAGTG
TCAACATCAACTGTAAGTTGAAATTCTCCTCAACGACGAGTGGAATAATT
TGTGATGAATTTTTTTTTTATTAAACAGTAGATTAATAAATTTTTTATTC
CTCAGCATGCTCACGACGATCGAGAAGCTGAAACATCAACTGAAAGTTGA
AATTCTCTTCAAATTAATTAAAACGCTATTTAGAATGCATCCTTTTCATC
TCGTAACTTGTCTATGAATTGCTTCAATCTCAAAGAATAGGAAAAATAGT
AATGAGTGGAATAATTTGCTTTCTTTTGTTAAACTGACTTACATAAAACC
TTTTCTTATTCCTCAGCAAACATACGACTTTCAACCTGCTTCGGCAAATG
TAAGTTCTTCTTTGAATAAATTAAAATGCTAATAAGAATACATAATTTTT
TCCTCGTAACCCGTTTATGGATTGCTTCAATCTCAAAGAATTAAGTATAG
ATTCTTTTTTTTTCTTCTTTTGCCTTATTAAAGAATTATTCAATCATAAT
AAATTTTTTATTTTTATTGGAAAGACATTTGCAAGTGGAATAATTTTAAC
GAATAAAGTCTTTTGATGAAAATTAGAAGATGAAGATGAAAATGGAGAAA
GAAAAATGAGGATCTTATAGAATATTTTCACTCGAATGAAATTTTAATAT
CATAACTGCGAGAAATTCGTTCAAAAATCTTTATTCAGTACAAACACCCC
CTTCTCACATACCCACTGGGGCACCCCTCCCACTGGAAAATTCGGCCGTC
TCCGACGGAAAGAAGTCCTTCAATTTTTGTCCCATTGAAAAAAAAAACAA
CTAAATATTTGAGTCCTCACTGCAAAATATTAATATATTTCATAAACCTA
ATGTTTTAAGCAATAAAATAATAGAACTAAAATCCCCGTTATTTAAAACA
AGAAAAACTTTCATCCCAATCAAATTTCAGTCCTGTCTCCCCCCCCCCAC
TGATTAGAAAAATCCTTCCGGTTCTGTGAGAAGGGGGAGTTTCAATCAAA
AGATATGATTGCACCTCAAAAACAGTGAAAACCATGGACTAGCTGATAAG
TTTTTCATGTGTGAAATCATATGCGTATCATTTATTGGTAATGAATCAAC
GGATCCCGTCGTCGCAAAAAGGTAGACCCATTGGGTCTTATTATATAATT
TATTACAGCGAGAAAATACTTAATCAAAACTCATATTCCAAATTCTATTT
TTCAAGCACAATCTTCGAGGAGGCGGAATTGGACGAGCAGGTATTTTTTA
CAAAAATTTCCTCCCAAATAAATGTTGTTGTATACATCACGCACTCTTTT
TACCTTGTGCTCAAAAACAAAACCCTCGTCCTCTAGTTTTGATTTTCCTT
TTAAAGTTGCTGATTTATTTTTGTATTATAACAATCACTCCTTGGAATTC
CATAACAAAAGCTGTTTTAAAAAACCACTCAGGAAGGGACACTGTTGCTT
TCGAAGGCAAACATGTACCCGATTCGCCTTTTAGTAAAGATAGGAAGTCT
TTGCCAGGCATTCTCCCATTGTTTGTTGTAATTTATTATCTGTTTTATTT
AGAAAATATACAAACTTTTCAATGAAACTCTCCATTTGTTATCTGCAGAT
TTTTCTCATTACTTTATAGACTCATCACATTGGCCACATTGACTTCGAAA
TTACAGATTGATGATCCAGTCATAGATTTCCAAATAGTAAGACAAAAAAG
ACAAAAAAGAAAAAGACGTGGCAGAAGAAGAAGTGGCAGAAGTTTTATGT
GGCAGAAGTCGTAGAATATGGAGCGAAGAGAAGGATCGGTTAAGGAAAGG
ATCATCATATCGGTAAACTTACAAAACGCCACAAAAGGTCAGCTGATGAT
GACTGCTTACCCTTAACCGAGGGAAGAATCAAAGAGATGAAAGTGGTGGA
ATTGTGGGAAGAGCTAAGAAGACGAAACCTATCGTGCAAAGGGGTGAAAG
CGGTGTTGGCTGAAAAGTTATTAAACTACTGGAGAGATAACGAGGAAGAA
CACGACCAAAGCAAGAGGAGAAGAAGAAATGATGATGGTGATGACGATGA
TGATGGTGGTGGACCCGGGCCCATAAATTTTGTTGTACAATTTGATGATA
TCGATTACCTTAAATTAAATAAAGAGTCACGTTTTCAATTTCTGTCTATT
TTTTGCTTTGTTTATCTGAATTCTTTTTCATTCTTCGTTTAAGACTGTAT
TTTAAATTTTAATGAAAATTCGGCTACGCGGGTCGCGAGGAGAAGGATCG
GTCAAGGAAAGGGTCATCATATCGGTAAACTTACAAAACGCCACAAAAAG
TCAGCCGATGATGACTGCTTACCCTTAACCGAGGGAAAGAATCAAAGAGA
TGAAAGTGGTGGTATTGCGGGAAGAGCTAAGACAAAGAAAATTGTCAAGC
AGTGGGTTTATCTGAATTCTTTTTCTTTCTTCGTTTAAGAACGTATTTTA
AATTTTAATGAGAATTCGGCGACGCGGGTCGTACCAAAAAATTTTAATAT
TTGTTTTAATTATAATTTTTCTTTGTATATAAAAAAATTAATTTCAGGCA
ATTTTAATTATTAAAGTCTTATATAATCGTACTCTTTAAATTGAAATAGA
AGTTTAGGTGCGAAAACAATTAAACTCTCTAACTATAATTGGCTTTTTAT
AATTTTTCTCATCACTTTAATTTCGTCTTCGTCTCAAAGTTTCTTTTGCA
ACCCTTAAGTTTTGTTGGCTCTCCTGTTTGGGATCGTACTTCTAAACAGA
GCAAGTCGGGTTGAAAAGCTCTGCTTTATTTGATGTTTGGGGGGAGCAGA
GATGTTGTCTAACGAAATTTGTTCCTGCCTCCAAGTTTAATGTGATACTT
TATTCCTTTGTTTCAAAGGCTATTTTTAAGCCCTTTTAACCAAGATAGTA
TATCTTTAAAAATTCTTCATAATAAATTATCGACTCTTTCTTTTCAGTTT
TCATAAGACCAAATCCCTTTACATTATTTTATATTTCAAAAAATAATTCT
CTTGTCTGCTCTTGCTTAAACAAATGTATTCTTTTNNNNNNNNNAATTTT
TTTTTGGGGGGGGGGGGGGATTTCAGAGATGTTGTCTAACGAAATTTGTT
CCTGCCTCCAAGTTTAATGTGATACTTTATTCCTTTGTTTAAAAGGCTAT
TTTTAAGCCCTTTTAACCAAGATAGTATTATCTTTCAAAAATATTTGAAA
TAAATTAGGGCTAGTTAACTTTAACATAATTTGTGTCTTTTCAGGCCGTG
ATGCACTGGTCAATATTAAATCAATATTCAAAAAGTGTTAC
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00046975-exon-scaffold_119-1575043694:58937..59284 | TCONS_00046975-exon-scaffold_119-1575043694:58937..59284 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00046975-exon-scaffold_119-1575043694:50394..50440 | TCONS_00046975-exon-scaffold_119-1575043694:50394..50440 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00046975-exon-scaffold_119-1510915933:58937..59284 | TCONS_00046975-exon-scaffold_119-1510915933:58937..59284 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00046975-exon-scaffold_119-1510915933:50394..50440 | TCONS_00046975-exon-scaffold_119-1510915933:50394..50440 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00046975-exon-scaffold_119-1491911889:58937..59284 | TCONS_00046975-exon-scaffold_119-1491911889:58937..59284 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00046975-exon-scaffold_119-1491911889:50394..50440 | TCONS_00046975-exon-scaffold_119-1491911889:50394..50440 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| scaffold_119 | supercontig | scaffold_119:50394..59284 - |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
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