TCONS_00049232 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00049232
Unique Name	TCONS_00049232
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	3804

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at scaffold_154:738712..747194+

transcript sequence

>TCONS_00049232 ID=TCONS_00049232|Name=TCONS_00049232|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3804bp
TCTatggatttatttattttggtcCATCTGGATTGGTTGTACtgATTGTA
ATGATCACCACAAAATGTTACCATGAAATCATATCTGTTGGACATCAAGt
atacaaaaaatataacttacCACTCTTTAGAACCCTGAGTTGGTACTTTT
TGGCAGCCACTGTTTACTTTATATTTGGTGAATTGTTGACAGATTACTTT
GCACAATTCTTTCGAAATACGGGCTTCCTCTTTCTTCTGAGAAGACACAG
ATTGATTTCATTTCTACTGTATACGATCGgtATCATGTTGTTCGTTTGGA
GTTTGAGAAAGAATTATTACAAAGTTCAATTTGCATTATTTGGATGGTAC
CTGCTGACTATGATGATTATCCTGATTCCATTTTATTTTGCAGTCCAAAA
TGTCCTCTCTGGACTCATGTGGTTCTTCTTACCTGTTCTCATGGTCATTT
GTAATGACATCTTTGCATATATTTTTGGCTTCTTTTTTGGACGAACACGA
TTGATTAAGTTATCTCCAAAGAAAACATGGGAAGGATTCATTGGGGGATT
TTTCTCCACCGTAATTTTCGGTCAAGCAGTCTGCCAAATTATGACGCAAT
ACAAATATTTCCATTGTCCACCTCAATTTACAGCATCAAGTTTCACTTTC
GTGATGGATTGTAAACCTTCACCAACTTTTCAACTGGCTCACCAATTCGA
CATCAATCCTCATATATTTGCCGTCTTCCAAATTTTACCAGCTTTCATCA
AAGACGCATTGCTACAATTCTTCAGCTTTGCTGGCTTTCACTTGTTGAAC
AATACAGAAGTTTGGATGTACCCGATGGTGTTGCACGGTTTTGTTTTGGC
ATGTTTCAGCTCCTTGATCGCTCCTTTTGGTGGTTTCTTTGCTAGTGGCT
TTAAACGAGCCTTCAAAATCAAGgatttcgcCGATACCATTCCAGGACAC
GGTGGTATAATGGATCGGTTTGATTGTCAGTATTTGATGATGACCTTTGT
CAATGTTTATATCGCTAGTGTGGTCAGAGCATACAACCCAAACAAGCTGC
TCCATCAAGTAATGTTTATGGAGAAAGACCATCAAGTCAAATTTTACCAC
AAACTGCAAGAAATGTTGACGGAACAAGGTCTCATCCAATGATTGTTCGT
GATCCGGTATTTGTTTTATGACATCCACCAATATAAAGcagatttttcga
aatttttacaCGTCACAATACACAAGTAGACCATGCTTAGCTTTGATTGT
ATACATTTTAAGGAGCACTACAGGAAAAAATGCATTTATGAAAGGTTCGA
CTTTATTAGGTTCGAAGGACGTAAAATGTCTGAATTCATTATATCGATGT
GTTTATGGATTTGACCCTTGTAAGCTCGGACCCTAGATCCTCTTGAACAA
AGGATTGTAGGTGTATTATCTATTTGTCGATAATAGTTTATTTGATAACG
TAAAGATGTCCTTGGCAATAAATGATTTGATAATGTTTCGGCTGTTTCAA
ACATTCTCCTAATGTCATCACGCTTTAGCCCATTAAAATGTCATCATTTC
ataacttcaaaatattttttaatgcgCGCACCCCACTAAGAAATATATGC
CAGTATTCACTTAGTTTTTATTCGGGtgggttaaaaaaaaaacagggcgA
CATGGGTCACGGACCTACCGGTACAGAACCGAAAAAATTGAGTCTTCCTT
TATGATGTCATTGGCACTTAATGGGTTAATTCGTTGATTTTGCCGTGTAT
TAACGATCTAATTGTAGCTTATCGTATTTATTTTATTCTGCAAAAAAGTA
TTTAcataaaaattgcattttaaggcTAGACATTTTAGtgattcaatttt
gattttttaatcatGTATGTAATATATTATCATAAGTGTGTGCTTACGTT
AAATAATCATCCTTACTTCGATAAATTCATGTTATTCATGAGTAAAGCAG
GCTACGCTAGTTATTTATATTTGGTCGTTCTTAGAAGTCACGTTTTTGGG
GTCCATAAATCTTACCAGACTTTGTTTAACTGAGATCTGCAATAAAAAAT
TCTCTAAGGGTTATCAATAAtataattgaataaaaaagggCACCCAGTCG
TTTGCTGGGAAATGTGATTTGGCCGTGATTCCAAATCTATTATAGCGTGA
TGGTGTGATCAAGGGTTTAGTCGTGATGTTTGATTTCTGATGCTattttt
cgacatttttgagtaaagaacaaattttttagattttcgtgATCTTGATG
AGAAGAAAAGCATTaacgtgatggcgtgatgaaGGGTACTACTGCATGGG
AGGGGGCTTATAAAATCATAGTTTCCTGTGTACATCATTCCGTAGAAGAC
TTAAATGCATcgctaagtttttttttattttttatagttTCTTACCTTTG
AATATTAATTTAATAGTTTTGTTTTCGTTGTTTCAATTATACATAttaga
atttttattgtttttgtcgtTTTGGGAAATTTTAATTTGTTGGCACTAAT
CAGCGAATGAGAGAGAGCCTGCttattaaggccggtctccacttgcgcgc
gctgctaTTGCACTTTTTGGCTGCAATCCTTTTTCcctggaaaaaagatt
acgtcataaaaatgtggCGCGCGccagcgcgcgctcgaaaaaaaagttga
acatatttctttttttttcaaccggTACGTAAGAacgcgccaatggaatt
gcttcatttttcttttgaccaatagcgtggaagctttgctcgaaaagtgc
aatcgaagcgcgcgcaagtggagaccggcctttattaTGGTGTGTATTAA
TTAGCTTTTTAATTGCCACACATTTGTCATTCTTGCTGTTAAAATTATTA
GTTTTAGACTATTATGTATATTAAAGATCATATTATTCATTTTCGCATAA
TATTTagtgaaaaatcttaaattttaggGTACTTTTTGGAAATTGATGTC
AAATATGATTAATTTGCTCATTCGTCTATTTTGCACGAAATCTTTTTGTG
TTGATCTCAATGTTTGATTATTAATTGTCTCCTGCAGTTTTTTAAATGAT
TATTGATtcaccattttcaaatttttgtagctgaagaaaaatttgaactt
GGATATGGTTTAAGTGTTACTAATACATTTGCTATTATCATGGTCTTAAT
AATTATGTAGAATTATGTTTAATGtacaaaatcattattttttttctcat
taaactttaacaaaatatttattgtaTGTACACATTGATTAGAAgtataa
tcgcacgatgggctatttttccttatttggcacgccctcaaagagagcaa
ttaatcgttaattgcatcctgtagagagcaattaatcgttaatcacactc
ttcgatgccgcgccaatgtatacaaaagtgatttttatgttttttcttac
attttctttgcatcgaacgttttaattgcattcgaaatttattttgtgag
aaagaaaatcaataaacaacaatgaaggaaagacataaagagaagagaaa
aatctaaaactctcagtgtaatttctgtaattttactttcctaactggga
aaaagtagtgaaagccattgtgcgattagctcgtaatcacataataactc
gtacaattcgaaaattgtactcgtgatttttttgtttccaatTTTCCTCG
TCTTTTCGGACTCGAAAAATTAANactcgtgatttttttgtttcgaattt
tcctcgtcctttcggactcggaaaattaataacaaaaaaatcactcgtgt
aattatattcgaattgcactcgttatcatgtgattacatatactaaacTT
AGAA

Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_154:738712..747194+

Legend: exon

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>TCONS_00049232 ID=TCONS_00049232|Name=TCONS_00049232|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=8483bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_154:738712..747194+ (Clytia hemisphaerica)
TCTatggatttatttattttggtcCATCTGGATTGGTTGTACtggtaaaa
aaaaagttttttaaatcgagaaaagttttcagtttttcaatggctccaaa
cttttttaaaccttttttaaaccttttggttcttcaaaactttcaatgat
TCCTTTCCCCTTGTATTCTTTCTTGGGCATTATTCATTATTATTTGTATT
CATTTTTAGATTGTAATGATCACCACAAAATGTTACCATGAAATCATATC
TGTTGGACATCAAGtatacaaaaaatataacttacCACTCTTTAGAACCC
TGAGTTGGTatgtttcattttgttttttctaatgtTGACTTTATCCATCT
TTTCCATGAAATCCCATACAGtatatcaatttttaattttgtcatttcaa
aaagtatttaataTACATTAAAACCCTagcatttttggaaaaattcatca
aaatagtCAATGTTTCATTGAAACTCTCACCCAAGTTTGACGAAATTGAA
TTTTCACTTTTAGTATGCAAATTATAGTTCCATGGTTAGGGTATACACAT
ACAGAAATTGTGCATAACtaagttttttgaaatgatataatatccaaaat
tatttttattcgaaaattcaTAGATTTGACATCCTCTTATCTTTCCACTA
CTCAGGTACTTTTTGGCAGCCACTGTTTACTTTATATTTGGTGAATTGTT
GACAGATTACTTTGCACAATTCTTTCGAAATACGGTAAGCAATATTCCTT
GCTAGCAGAGTTTGAAATAGCAGTTGGACATCCGATGTCCAACCCAagaa
tcataattttcaagctaaagcaaccctgatcggacattaTGTCCGgccca
cttgaaatcgttatttctaGCCTTTTATAAAAGGCTACATTTTTACTATA
AACTTTGTCAGATGATGTAAGctaatgtttttatttaaaaatttcccTAA
AACAGGAATTCTTGGTATTAGTTCGtttaattgaatattttttgcctGAC
AATGAAAGAAAGTCTGAGGTCCTGGAGCCGAAAAATTCCTCACATGATTC
ATAATAATAAGTTTGACGTTTATCCTGTTTTTTCTCCAAACAGGGCTTCC
TCTTTCTTCTGAGAAGACACAGATTGATTTCATTTCTACTGTATACGATC
GGTAAGTCCTTATAAACATCCATTCATTGATAGTTTTCTTTGATCGCTAG
TAGATTTCGATTCAATTCATTGACTTAGAGAGCCAATCGGGCACCTAGAG
CAAACTCTAATTTACAATAATCAGCTGCATGTTGAATTGAAAGAACATTC
AGAAATTCAGcataaacatttttcttttaggtATCATGTTGTTCGTTTGG
AGTTTGAGAAAGAATTATTACAAAGTTCAATTTGCATTAGTAAGCATAAG
TGATATCTTGTAAAAAGTGTAAAAACCAAGATTTTTAAGGTTCTTACTTT
ACCTGGTAGTTTAACTCTTTTTGAAGACTTATCACCCCCTGAATATTTCA
AGCAGTGAACCGAAAGTATGCCAAATCTTTGATTGAATAGAGAgtgattt
ttaaataattaaataccattgcatttaaaaaagaaacttcCTTTTATTAT
ACACAAAAGGTTTTTCTACTTATGGAAGTGGTCCTTTTTTTCTGGACGCC
CTGTATATTCATAGCATTATTTCTTTTCAGTTTGGATGGTACCTGCTGAC
TATGATGATTATCCTGATTCCATTTTATTTTGCAGTCCAAAATGTCCTCT
CTGGACTCATGTGGTACGTAATAGAAAGATAAGttggatttttttcaatg
attCTCCTTAGCTCCTTATACCTTATTCccattaatttttgtttgtcttt
catttttgtgCATTCAATTCTTGCACCTTTAATTTTCGTGCGCCACGTAC
ATCTTATAATTAAAGGTATATTTAACATAATAGGAGAACTTGTTTCTTGA
AAAGAGCGCTAAGATGATATTCATGTATATTTATAGTGATTACTAATTCA
CTCTACCTTAACTTTTTGCGCAGGCGAGTGCTAAACTAGAACTTTGAACG
GTATTGCCAAATTAATTATACACTAGGGTTGATAGcttccttgttttttt
ttaaagtcccAGGTGTTTCCAGCTcgtattgaaatttaaaattttaattt
gttttccTTTGCAGGTTCTTCTTACCTGTTCTCATGGTCATTTGTAATGA
CATCTTTGCATATATTTTTGGTACGTTTATTTTCTCTTCTCTAACAGTCG
GGACATATTTTTCATTCTTGAGTACATTTAAAATGTAAGTAGCTTAGTAG
CACGAATTTTGTTGTTTGAAGTTCTTGTGAAGCGAGTTTGGTGGTCTATT
GTTATAAATTTGATTACTATTACTATTAGGTCTCTCTCAAATAAAAGGAA
TGATCAAAATTCTAACAGACATGATCAAAATTCTAAAAGACGTGGGAGAA
ACATtcatgcaaaatttcaagtctcctCCCAAAACTCTGATCTAGACATA
AGGATTTAGAAGTTTATGGGAGGAGTGGGAGTTTATTGGAGCAGTTGGAG
GAGACCTTAAGGTTCctttttttgatagttatctACCAGGAGGTGGGGGA
GCTCGTCACTTTTTCCTTACTGAATTGTTCCACTCCGATTTTGGGttctt
tgaaaagatatttaacATTTAAGGTTAACATTAAAGAAAGAATTGGAAAA
cggagaaaaaataaaagataaataaGATAAATTGTAGAATTACTTTGACG
CAGACTTAACAATAGGATTCGTTGaagtaattttcaattttttaacaaat
tttttttgtttctcgtTTTAGGCTTCTTTTTTGGACGAACACGATTGATT
AAGGTGGGTTGGAACAcctaatttttgtaaacaatttCAACAgtcaatgg
gctcttccagaaaaaaattgaatatgggggtggaggacataacatttttt
ggaaatttaccccccggcatcgtgacattcaaaattaccctcaaacagag
caaagttacccaaaaatagagcaagtttacctcctggacaaggcaaattt
tataGACTACCCggactatatcctccacccccatgtacggacattttcta
aAAGAGCCCAATGTCACATTTCTCAGCTGGTTTTCTGCCTCCCTCAAACT
TCACGAAGACAGTTTTCCGtcttattttcgaaaaatttgacCCAGATAAA
AAGCGAACGGTAGGCTTTCAGGCGGAATCAGAAACAGAAGCAGAATATCT
TTGTTTCACAGCTCAATAATTatattttcttcgtttttttNAGAATATCT
TTGTTTCACGGCTCAATACTTATATTTTCTTCGTTTGTTTTTCAGTTATC
TCCAAAGAAAACATGGGAAGGATTCATTGGGGGATTTTTCTCCACCGTAA
TTTTCGGTCAAGCAGTATGTATACATTCATTCATGTTATTAACAGGCTCC
CGtggccttttcaaaaattcGACCTCCTTGAATTTAATCGAAAATTTGAC
TTTCAGAGGCTCCTGTGGCCCTAGTTGTAGTTTTGCCTCAAATGTCATTC
AATTGTACATCACTCGACGCAGAATTTCAAATAGATTCCAAATAAATCAA
ATGTTTTGACCGCTCTAATACTCGTAGTTGGCAGCGAACATGTTAATGAG
TGTTTATTAGATTGACTACATaattttctgcaactttaatttTCACATTT
ATTACAATTAGCAAAAATACTTTGTTCCTATGAGCTAAAATTACCTTTAT
TCTAATATGGAGGTTATCGGGAATCATGTTTATGATAACTATAAAGTGAA
TCAATACCTGCGTAATTTCTGACAAAAGGATAATGGATGCATTTCGGAGc
aattattttctattttcgttCAGGTCTGCCAAATTATGACGCAATACAAA
TATTTCCATTGTCCACCTCAAGTAAGAATTTGTCTAACGTGAACTATTCT
AGATTCTTAGTTTTCAGCGCCAAacttattttacaatttttgacgaaaat
taaacaaaatgtATGATTTTTCCTAATTTATTTGCATTTCTAAGTAATCA
TCCTTTGTCCTTATTTTCTACAAACTGGAATGGAAAATTCCCTCCAGATT
GGTCAAAGTGTAGCTTGAAATGAACACTTTCACGTCTTACAATGTTTCCA
GTGAGAAAAGAACGCGTATATAACATGATCAATTCTTTCACTCATAGTTT
ACAGCATCAAGTTTCACTTTCGTGATGGATTGTAAACCTTCACCAACTTT
TCAACTGGCTCACCAATTCGACATCAATCCTCATATATTTGCCGTCTTCC
AAATTTTACCAGCTTTCATCAAAGACGCATTGCTACAATTCTTCAGCTTT
GTAAgttagattggctaaaaaccATTTGGAAATATTCTTCCTCATACCTT
AAGGTGAAGGTGGATgaacgaaaaacattttttacccCAGCCCGCCCAGC
CCCGCCCAGGAAATTTAGAATAGCTTTtaaccccttggaaaaatgaaacg
TTTTCTCTTACAGCCTCTTTAAATTCTTCTCGGATTACACCCACcaccct
ggaaatgttcgtccacacTTCGTTGatatggaatggcccaattttTGGAA
TAGAATTAATAACCTCCACAACGAGTTATGTAAAGCCTAAGGGTTGACAG
GTTAATAACAAGTTATTTATTACTGCGATGACCTGCGATGATTTTAGCAA
CTCGCCATTCATAACCATTCAGAAATGTCATCGGAAACTATGAAGCCATT
TGCATCGGCGAAAATTATGAGTAacagtaaaataaatatttttgctctcG
CACATAGGCTGGCTTTCACTTGTTGAACAATACAGAAGTTTGGATGTACC
CGATGGTGTTGCACGGTTTTGTTTTGGCATGTTTCAGCTCCTTGATCGCT
CCTTTTGGTGGTTTCTTTGCTAGTGGCTTTAAACGAGCCTTCAAAATCAA
GGTTTGACTATCGTGTTACAAACCTATCTTTAGTCATTTTAAAACACAAC
GCTTCCGATGAATTTTTATACCAACATCCAAAAGATATGTGTTCTCTATC
TCAGACTTGCTGATGTGTTGTGTATTTATGATAGTTCACCACTTCAGGGT
GCTATTGAAACTGTTTAAAACACTTTGTCTCGTCTCATATACTAGCTGGT
TTACCACAAACTAGAAAtaaactgtttttatttttcaggatttcgcCGAT
ACCATTCCAGGACACGGTGGTATAATGGATCGGTTTGATTGTCAGTATTT
GATGATGACCTTTGTCAATGTTTATATCGCTAGTGTGGTCAGGTATGggt
tttataataataatattccAGCTGCATTCGTAGTTGTATCGCCGGAATGT
GTTTGATTTTATGAGAATCGTCAACTTATTTTTTTTGGGGGCGGGTTACC
TGTAGAtcagatttttttgtcatagAAACTTTTTGCTACCGCCTctcaaa
aaattcttaaaattccATCTTtattcgaaccaatcacatgcgGTTGCGTC
CGACAAAAAATGCTTCGTAGAGTTGCCCCCTACTATATTATGATTGTGAC
GTTTTTTTGACATTGCTCATTGGAAACTTTTCTTGTTCtggtaaaaaaaa
gtttttctcctTGCTTAAAACTTGTGAtataatcaaataaacttttttaa
tttttttacagttAAATCAACTCAACATTAACATTTTCTTTTGCTTCCTT
TTACAGAGCATACAACCCAAACAAGCTGCTCCATCAAGTAATGTTTATGG
AGAAAGACCATCAAGTCAAATTTTACCACAAACTGCAAGAAATGTTGACG
GAACAAGGTCTCATCCAATGATTGTTCGTGATCCGGTATTTGTTTTATGA
CATCCACCAATATAAAGcagatttttcgaaatttttacaCGTCACAATAC
ACAAGTAGACCATGCTTAGCTTTGATTGTATACATTTTAAGGAGCACTAC
AGGAAAAAATGCATTTATGAAAGGTTCGACTTTATTAGGTTCGAAGGACG
TAAAATGTCTGAATTCATTATATCGATGTGTTTATGGATTTGACCCTTGT
AAGCTCGGACCCTAGATCCTCTTGAACAAAGGATTGTAGGTGTATTATCT
ATTTGTCGATAATAGTTTATTTGATAACGTAAAGATGTCCTTGGCAATAA
ATGATTTGATAATGTTTCGGCTGTTTCAAACATTCTCCTAATGTCATCAC
GCTTTAGCCCATTAAAATGTCATCATTTCataacttcaaaatatttttta
atgcgCGCACCCCACTAAGAAATATATGCCAGTATTCACTTAGTTTTTAT
TCGGGtgggttaaaaaaaaaacagggcgACATGGGTCACGGACCTACCGG
TACAGAACCGAAAAAATTGAGTCTTCCTTTATGATGTCATTGGCACTTAA
TGGGTTAATTCGTTGATTTTGCCGTGTATTAACGATCTAATTGTAGCTTA
TCGTATTTATTTTATTCTGCAAAAAAGTATTTAcataaaaattgcatttt
aaggcTAGACATTTTAGtgattcaattttgattttttaatcatGTATGTA
ATATATTATCATAAGTGTGTGCTTACGTTAAATAATCATCCTTACTTCGA
TAAATTCATGTTATTCATGAGTAAAGCAGGCTACGCTAGTTATTTATATT
TGGTCGTTCTTAGAAGTCACGTTTTTGGGGTCCATAAATCTTACCAGACT
TTGTTTAACTGAGATCTGCAATAAAAAATTCTCTAAGGGTTATCAATAAt
ataattgaataaaaaagggCACCCAGTCGTTTGCTGGGAAATGTGATTTG
GCCGTGATTCCAAATCTATTATAGCGTGATGGTGTGATCAAGGGTTTAGT
CGTGATGTTTGATTTCTGATGCTatttttcgacatttttgagtaaagaac
aaattttttagattttcgtgATCTTGATGAGAAGAAAAGCATTaacgtga
tggcgtgatgaaGGGTACTACTGCATGGGAGGGGGCTTATAAAATCATAG
TTTCCTGTGTACATCATTCCGTAGAAGACTTAAATGCATcgctaagtttt
tttttattttttatagttTCTTACCTTTGAATATTAATTTAATAGTTTTG
TTTTCGTTGTTTCAATTATACATAttagaatttttattgtttttgtcgtT
TTGGGAAATTTTAATTTGTTGGCACTAATCAGCGAATGAGAGAGAGCCTG
CttattaaggccggtctccacttgcgcgcgctgctaTTGCACTTTTTGGC
TGCAATCCTTTTTCcctggaaaaaagattacgtcataaaaatgtggCGCG
CGccagcgcgcgctcgaaaaaaaagttgaacatatttctttttttttcaa
ccggTACGTAAGAacgcgccaatggaattgcttcatttttcttttgacca
atagcgtggaagctttgctcgaaaagtgcaatcgaagcgcgcgcaagtgg
agaccggcctttattaTGGTGTGTATTAATTAGCTTTTTAATTGCCACAC
ATTTGTCATTCTTGCTGTTAAAATTATTAGTTTTAGACTATTATGTATAT
TAAAGATCATATTATTCATTTTCGCATAATATTTagtgaaaaatcttaaa
ttttaggGTACTTTTTGGAAATTGATGTCAAATATGATTAATTTGCTCAT
TCGTCTATTTTGCACGAAATCTTTTTGTGTTGATCTCAATGTTTGATTAT
TAATTGTCTCCTGCAGTTTTTTAAATGATTATTGATtcaccattttcaaa
tttttgtagctgaagaaaaatttgaacttGGATATGGTTTAAGTGTTACT
AATACATTTGCTATTATCATGGTCTTAATAATTATGTAGAATTATGTTTA
ATGtacaaaatcattattttttttctcattaaactttaacaaaatattta
ttgtaTGTACACATTGATTAGAAgtataatcgcacgatgggctatttttc
cttatttggcacgccctcaaagagagcaattaatcgttaattgcatcctg
tagagagcaattaatcgttaatcacactcttcgatgccgcgccaatgtat
acaaaagtgatttttatgttttttcttacattttctttgcatcgaacgtt
ttaattgcattcgaaatttattttgtgagaaagaaaatcaataaacaaca
atgaaggaaagacataaagagaagagaaaaatctaaaactctcagtgtaa
tttctgtaattttactttcctaactgggaaaaagtagtgaaagccattgt
gcgattagctcgtaatcacataataactcgtacaattcgaaaattgtact
cgtgatttttttgtttccaatTTTCCTCGTCTTTTCGGACTCGAAAAATT
AANactcgtgatttttttgtttcgaattttcctcgtcctttcggactcgg
aaaattaataacaaaaaaatcactcgtgtaattatattcgaattgcactc
gttatcatgtgattacatatactaaacTTAGAA

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_031262	XLOC_031262	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
scaffold_154	supercontig	scaffold_154:738712..747194 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0	0.103945	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0.0923146	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0.0135947	0.162106	0

Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00049232 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: CDS1 (Phosphatidate cytidylyltransferase 1 OS=Homo sapiens GN=CDS1 PE=2 SV=2)

HSP 1 Score: 381.333 bits (978), Expect = 6.408e-119
Identity = 191/377 (50.66%), Postives = 253/377 (67.11%), Query Frame = 3

Query:   12 IYFGPSGLVVLIVMITTKCYHEIISVGHQVYKKYNLPLFRTLSWYFLAATVYFIFGELLTDYFAQFF-RNTGFLFLLRRHRLISFLLYTIGIMLFVWSLRKNYYKVQFALFGWYLLTMMIILIPFYFAVQNVLSGLMWFFLPVLMVICNDIFAYIFGFFFGRTRLIKLSPKKTWEGFIGGFFSTVIFGQAVCQIMTQYKYFHCPPQFTASSFTFVMDCKPSPTFQLAHQFDINPHIFAVFQILPAFIKDALLQFFSFAGFHLLNNTEVWMYPMVLHGFVLACFSSLIAPFGGFFASGFKRAFKIKDFADTIPGHGGIMDRFDCQYLMMTFVNVYIASVVRAYNPNKLLHQVMFMEKDHQVKFYHKLQEMLTEQGLIQ 1139
            IY G   L++L++ I  KC+HEII++G++VY  Y+LP FRTLSWYFL    YF +GE + DYFA F  R     FL+R HR ISF LY  G  +FV SL K +Y++QF +F W  +T++I +   +  +QN+  G++WF +P+  VICNDI AY+FGFFFGRT LIKLSPKKTWEGFIGGFFSTV+FG     ++++Y+YF CP ++ +   +FV +C+PS  FQL                LP F+K  L Q              V +YP  +H   L+ F+SLI PFGGFFASGFKRAFKIKDFA+TIPGHGGIMDRFDCQYLM TFV+VYI S +R  NP+K+L Q++ ++ + Q+  Y  L+  L E+G++Q
Sbjct:  104 IYMGSFMLMLLVLGIQVKCFHEIITIGYRVYHSYDLPWFRTLSWYFLLCVNYFFYGETVADYFATFVQREEQLQFLIRYHRFISFALYLAGFCMFVLSLVKKHYRLQFYMFAWTHVTLLITVTQSHLVIQNLFEGMIWFLVPISSVICNDITAYLFGFFFGRTPLIKLSPKKTWEGFIGGFFSTVVFGFIAAYVLSKYQYFVCPVEYRSDVNSFVTECEPSELFQLQT------------YSLPPFLKAVLRQ------------ERVSLYPFQIHSIALSTFASLIGPFGGFFASGFKRAFKIKDFANTIPGHGGIMDRFDCQYLMATFVHVYITSFIRGPNPSKVLQQLLVLQPEQQLNIYKTLKTHLIEKGILQ 456

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00049232 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00049232 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
CDS1	6.408e-119	50.66	Phosphatidate cytidylyltransferase 1 OS=Homo sapie...	[more]

You are here

TCONS_00049232 (transcript) - C. hemisphaerica