TCONS_00050904 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00050904
Unique Name	TCONS_00050904
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	2517

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at scaffold_19:137193..145879-

transcript sequence

>TCONS_00050904 ID=TCONS_00050904|Name=TCONS_00050904|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=2517bp
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GTGCCTTCCCAGTTTGTGCATGCTACAGAATGGGCTCATGGTGATCTAGG
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CCATTCAATCTGCTATAACGTTCAAAATCTGACTGAACCATTGGGTGGGA
TACCAACCAGCAGTATCATTTTACAGGATACTCTTATAAATGGCATCATG
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CTGAATTTTACTCCGCTTCATTAGTTCTTATTATCTTTATGAAACTGTTC
GAGTGACAGCTTGAAAAAGATCGAGATCAGTGCATTAGACTGGAAACAGG
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AAGAGAAGTAATGTAAC

Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_19:137193..145879-

Legend: exon

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>TCONS_00050904 ID=TCONS_00050904|Name=TCONS_00050904|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=8687bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_19:137193..145879- (Clytia hemisphaerica)
CATAGGTTAACATATTGAAATGAATAAATTATTGAAGCTGAAACCAGTAA
GCATTGATTTCAATAGGTGCTTTGTTCAACAACTTCATAATAAAAGTAAG
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GTATGTTAACAACAGAAATTTCTCAAGTCCCCTTGAAAGGAGTTTTAGAG
CTGTTGATGCAAGCAAAGTAAGATATAGACTTTATGGCATCTTTTAATTA
TACTTTACTTATAATGACACTTTAGTACACCCCAGGACCATGACATCAGA
AGAAAGAGACATTTCTTGTTTGACTATCATTGACTATCAATATCTTGACT
TTCTTTAGGAAGTCAAACATTTTGTCAATTGTTGACTTAGATGTATCACC
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CTTTTGATATGACCAAACTCTGTCCGTTGTCATTTATTAAAGAGCCTGTT
TTTTAGAACTCTATTTTGTATACTAGCTGTAAATGTAAATGAAACATCTT
GCAACTTCCAAGACTCTTACAACTTTCAAGACAACTTACAAGATCTTTTT
CAATAAGTCACATGATTGTTTTACAGGTTGCATTCGATGAAGCAAAGCTT
GGAACAATGGATGAATTGAACAAAGTTTTATGTAATGCAAGTATTATAAA
ACCAACTTTGCATGCAGCTGAAGAATTTTTAGCAATAAACAGACCAGACC
TGAAAGAGTAAGGCAGGTTGTGTTATGTTTTAACTGTATTGGATTACCTC
GTGTTTTCTCATCAGAGAAACTCTTGAAACTTCTGAAATGAGATTTTCAA
TCACTCAATCAAAATTTTCAATTTTGTATGCCTGAATCATATGCTGTGGA
AATAACATATTGTCAATTTCATGCAGGCCTTTATTTCAAATTTCAAAAGA
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ATAGACAAGAGGGACGCAAAATTTGTGCAGAAAAGCATGATACTGTAATC
ATCTACTTATAGTATTAAAAGTCTGCTCTTTTACACAAATTTTGTGCCAC
TTCTGTCTCTGCTACTGCTATTTTACCCATGTCACTGTCTCACAATTCTT
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CCTTTACTAGTTGGGCTAAACCTGAGAAATCAAATACTGAGGTAGAGTGC
AACAATTACTCTCAGCTTATAGTTACTTGTTGCCTAGATCAGATTACCCA
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CGTAGAACAATAAATTAAATTTGTCTCTCCTAAAAGCACTAAATTTGGAA
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TCAATGGCTTCCCTTTGTTTGAAGAAGAGCTATGGTAATTATATAGTTGA
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AAATCGAAAGTAGTATATTTAAAAAAGCTTTTTTCACATCAGACTGCTAA
GTAAATAAATAATCGTTTTTATAAGTCACTTCCTAACCTTCTCTTGTTAC
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TGACTTATGGTATCTTTTAAATACTTCTATTCATTATCATACATTTTTTA
TAAACTTGACAAACCTTAAAAGGCAGTAAAAGAACGAAAAAGTGGTTAGG
TAAACCTAAAGGTTTGTCGCTGTAATTGTTATATACCTTCCATGGTTTCT
GCTCCCCCTTAAAATAAGGGGGGGAGCAAAAAAATTGCCTTTTAAAGAAG
GGGGGCTTTTTGTCATTTTTTTTTTAATAAGGGAGGATTCTTTATCAAGG
GCTGCAAGTCTACCAAAATAAGAAAAAAAGGGGGGACTAAAACATTTGGT
TTTATTGATAATAATTTTCTTTGTCTAATAATATCTTCTTTTCCGTTTTT
GTGCTCACAATCTCATGCCCACTATTTTGCAGACCATGCTATATTGAAAG
TTATGTACATTAGTATAGAACAACTTTTAACATGTAAACTCAATGTAAAA
TCAATCTTTTATTTATGTTTATTTTATGTTAGGAAACTTGGAGAGCTGTC
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ACCTGCACTAACCTTTGTTTCTTTTGCTTATCAGGAAAAGTGAGTGATAA
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GTGCGATGCAGCTTTTGAAAAAGAAAAATATCAAAATTCTTGCTCTTATT
GGGTCAGAAGGTATTTCTTTAACTTATTAACTTAATAAAATTTATTATTT
TGTTATTCATCTCCTTTACGTGTATGAACACCCTCCAACTAAGACAAAAC
GGTCATTTTTGAGCTACCTTAAGGGAAGAAATTTTCGCGCAATTTAATTT
TGCAGCTTTTTGACAAATCCGCAAAATTAAATTCCGCGAAACAAGAATAA
TCTCATGATTTAAAAAATCACCTAATACAATTAGTGTTTTTGGGACAAAA
TAAGCCATATTTTAAACAGAAATTCCTCTCTGCCGCGAAATTAAATTCCG
CGAAACTTTCGAATTTTGAGCTGTGAACCGTGAAATTAAATTTTAAATAA
ATTTACCAGGATAAATATTCATTATATGTGCGTTAAAAAATCTTTTTTCC
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GACTCTATCCTTGGTAGAGAATGCAACCATTCAATCTGCTATAACGTTCA
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AATAGCGGGTGGAGGATATATTATTTTTTCAATGATCTACCCCTGGACAT
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CATGGACATGACTGTTTTTCAGGATTTTTTCGATACCCCTGGACAATATA
TCTTCCACCCCCTATGAACGTTTTTTTACTGGAAGAGCCCATTGTAGCGT
CTTTTAAAAGTAAATCAGAGCTGTTAAGTTGTTATAAAAGGCTGAGAGTT
CAAACAGATGATCGATATCAAAGCATTCTTAATATTGACTGACTTTATAT
TAAATTTAACTGTAAAAGATATCAGTCGTAAATTCTGAAATTGGAATATC
TGTATCACTAAATTTTAACAGAAATAGTTTCCAGTCTTCAAAATTAAAAA
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TGCATTAGACTGGAAACAGGCTGTAGTTGATCATCATGTGCAGGCTATCC
AAAAATCAAGTGTACGATGTCAACTTTTTGTACTTTTATTGCCTCGATTA
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CACCTCAATTTGTCATTAGCTATCTTGTCCACTAAGCTTTAGTTGTTATT
AAAAGACACATTGAAACTATTGTATACGCCTATCAACACTTCGGGTCGGG
TCGGGTCGGGTTTTGAGAGACTGGTATAGAGTTTACAAGAAAATGACGTC
TAAACTCAGACATTTTGTCGTCATTCCTTCCTTGTAAACTCTAGCCCACC
CTTCTCACGCTTTTAAAAGTTGATAGGTAAAAGGTGTATTTAGGGCAAGT
AAATAAAAATACATATAAATGTTGTTTGTATGGGTTGAAGGTGGTTATTT
CGTCCTTGGCAAGTCAATTTAAATTAATTTTTACATACGCGCAGACTTTA
GAATTAAAATTAGTTTCCAGCACTACATTTATCTGAAAGTTTTTGTATGG
TTAAACTTTTCTTCAAAAAGGACAATTCAATTTTTTTTTTGATTTTGATA
ACTTTGTAAATAAGAACGCATTTTTATATTGGTATAATCTTAACAAGAAT
TTATAGAACCGACGACATTAAAGAGAAGTAATGTAAC

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_032263	XLOC_032263	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
scaffold_19	supercontig	scaffold_19:137193..145879 -

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0.500157	4.12875e-08	0	0	2.69975e-06	2.65251	2.11944	2.10801	1.32406e-08	0.851855	1.14394e-08	0.393414	0	1.38483e-06	0	1.95319	0.696588	0.29673	4.11111e-06	1.27699e-05	0	6.16079e-10	0.268564	1.09767	0.717664	2.57873e-06	0	1.38396	0	0.615742

Blast

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00050904 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00050904 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0


Match Name	E-value	Identity	Description

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TCONS_00050904 (transcript) - C. hemisphaerica