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transcript sequence >TCONS_00052294 ID=TCONS_00052294|Name=TCONS_00052294|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=3779bp GGCTGTTGTTACAtcacaaaattaaaatcaacCGCATTGTATTCGTTATG GTATCCAGTGAGATCTTGGAATGAtgctcttttttttgtttttgcattgt tttgattggataaAATCGTTataccaaaatatttgattggttaaaatctT AAAACCAACGAAATATTGGCTAAACTCATATAAGTAACCGACTGATATCA AAACTTGATTCATTTAAAAACTTAATATAGCACATTTTTGACTATCGCAA GAAAGCTGAGAAGATTCCAAAAGGATCCTTGATTTGTACCCATCATTCTA TTGGTTTGTTTGTGGGAAAACTTCGGTCAAAACACCGTCAAAATTAAAGA CAATGAAAGTTCACGTGGTAGTTTCCGACGAAAGTAGCAGtGAGACGTTA TCGACCTGTGAAAACGCATCCGGACGTCCGTTGGGGTCGCAAAGCATTCG CGGTAATGGTGCAAACGAGAAAAGTGCAGACCGTATTGTCATCAATGTCG GGGGTACCCGACATGAAACCTTCCGGTCTACACTTCGGGTATACCCGGAC ACTCGGTTAGGTTGGTTATCGATTGACGGGTCTGATGTCTCTGATGCTTT CGATCCTGTTCTGAACGAATATTTTTTCGACCGACATCCGACTGCTTTTA ATCAAATCATGAATTTCTACAGAACAGGAAAACTACACACGCCAGCTGAT ATTTGTGGTCCATTATTCGAAGAAGAACTCAATTTCTGGGGTTTAGATGA AAAAGCTATGGAGCCATGTTGTTGGCCTAAATACACAGAACATCGCGATG cccaagaaaatttgaaagtctTTGATAGCCCGTTGTTGAATAATCAGCAT GATGATGATGAGATAGAACAGCCTGCTATCAGCGTTTCACGTATCCCGAA CTACAAAGAACCCGAAGACCAAGGTTTCAAAAGTcgttttttgaaagtct ttaggcCATCGTACTTCAATTCCATACGATGGCTGTCGAAGAAGAAATTA ATTTGGGCTGTTATGGAAGGTCACTCAGAACGAAGACCAATGCTTTCTAA GggTGTTGGTTTCATTTCCCTCATGTTCATCGTATTATCGGTTTTATCGT TATTTTTTCACTCGATGCTACTCGTTATCAGTGATAAAGCCGAATCAAAT CACGAACTATTCACTTACTTATTATTAGCACTCGATTACTTAACGTTTGC TTGGATGTCAATCGAGTTAATAATTCGATTCGTATCGAGTCCTAATCGAA TACAGTTTCTAATAAGTTTCTATACTATCGTTGATCTATTGACGTTAATT ACATATGCGTTACAATTCAACCACGGTATGGACTACCACAGGACTAAAGA TGGAGTAATCGATTCAAATTCGATCACAACCGattataaaaacattgaaa tgttCTCAATTGTacgattagttcgattggttcgattttTCCGATTATCA GTTGGACTACAGATTTTTAAGCATACCATTATAGCGAGTTCCAGGGAact attgttgttggttttgttGCTATTGTTACCTGTGGCTTTGTTTGCAACTA TTGTTTATTTCTTCGAAAGAGAGaCCAACACTGGTAAATTTCGCACAATT CCTGAATCCATATGGTGGGCTGTAATCACAATCACTACAGTCGGTTATGG AGATATGTCACCTGAAACGACATGGGGCAAAATATTTGGAATTATTTGTG CTGTGTTCAGTGTATTCATTCTTGCTCTACCTGTATCGATTATCGGTACC AACTTTACACTTTTCTACAACTACGCACAAGCAAGAATGAAGTTACCTAA ACGCCCTAAACTCGCACTTGTTGGAGCAGCAAACGCCTTGAGGGCAGATA CGAGTCAACATTCATTAAGTCCAGAACCTGGAGAGAGTGAGGCGGAGGGC GGAGATACGAATTCACAAGATGGCGAAGAGGCGGCGCCGAAAATTGATTT ACCAAAAATTAATTTAGGTTCAGATCCGGATTTCAACGCAAACATTACAA GCAAAAGGTTCCGACGCGAGCGTTTATCACTATTCGCATCCGGTCCAACC CGTCAATCGACACGACGCAGTAAAAGTGTCGGCAACAGTGTCGCCAGCAA AATTCGACAACGGCAAAGAAACGGAACGTCGGCGTCACAGAAAAGTAAAG GTAGTACGCCGTCAAGTGAGGACGAAGTGTCGGAAgctgaaagtgaaaaa atcgaaGTTTTTAAACCAGTCAAACGTGACAATGATAATAGTGTAACGAA TTCGTTTGATAACGAAGCTTTCGAACATAACAATGAAAAACAAGTCGAAG TGGCCACGGAAGTGACTGAAAATGGTCACActaaccaaaataaaaagata ataaaCAATACAGAAAATGACAAAGAAACTAAGGATCTGAATTCGAAATT CCAAAAACCATTTGATGATGAAAAACGTGAACGTTTACCGCCAATTAACG GTGGTCCGGTACCCATTATAGAAACCATTCTCACCAATACAGATAACACA GACCAGAATCTTACGACTGGACCCATTGTGAACGGCCACGGTCCGCCGAT ATTAAAAGAGCCGGTCATGAATAATCGAaactcatttaaaaaaattagct CACCACCAGTGTTAAGAAAAATATGCGGTAATGGACTTGAACCGGTTAGG AAAAGTAACGGAATGGCTGTTCCGGTTGAGGAAGTTGAATCGCCGGAATT ATTTCGGAGAAAGTATAGTAATAACCATTTGTATGTACCAACGGATGGAT GTTGAGGAGATTTGATGTGGATACCAATGAGATATAACTGAAAGCTAGAG TCAAATGAATCTCTgatgtaggatttgaagccacttatttcctatactct tatgtgcttaattgtaggaggtagaataagcaggggggttggtactctgg gagaaaatccataaaatgcgGGGAGGGTCAATATTAAGTGATTTTGGGGT ggtttcccaaaaaaaaaaaccctaggaaaatgaaggttttgacACTTTTT CAGTATTTTCAGGAAAGTTTCATAATTGGGGGGTCATTGTAAAATGCTTT GTGGgtgattttttcagaaaaacttgcaAAATGACCCGCCCCCTACAGTT AAGCACAGAAGGGTACATAAGTTGGGTCCTTGTTTTGACAAAATATGGCG AACTGTGAGTTTTTTAAAGGGTTACACCTCGCTGTTTTCCCCCGATCAAT TTGTTATTTATACTCCCTTGGACCCTTATAATAtcatatttaattttatt tgcGTCTATGAACAATCTCTTCAGTGCTTCTGAACAATTTATATGCCAGG GAAGGTTAGTTATTTCACTGCCACTTTCTAATGTACCATAGAGTGGTTAA ACTTTCTTATTCCCAGCTAAACTTTCCTTCAACTTGCTAATTTGTATAGG TTGTCTACGCATTTGTACTtagcaaaatattatttttgccGGTATGACCG AGAAAAAAAACAGCCGAAAGATCCTATAGAAATGCACCACGAATTTctgc cagaaaatgaaaaaatttagcCAATTTATATATTATTATGTTAAGATTTC ATTATTATGTTATTATACACAAAACACGACGAATTTATTTGTAAATAACT CCAATTTCATCAACCTGCTATTATTACCCTATTGAAAAgaccaaaaagaa atattacaaaaaattatcaatttgaaTGTTTGTGTAAATTCTGtctcaat acacctttttgaccgtagccgccaattgccgtgcgggcatttttttgttc gttttaccaccctaaaaccattCCAGTcg Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_213:1161326..1206541+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00052294 ID=TCONS_00052294|Name=TCONS_00052294|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=45216bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_213:1161326..1206541+ (Clytia hemisphaerica) GGCTGTTGTTACAtcacaaaattaaaatcaacCGCATTGTATTCGTTATG
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Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
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TCONS_00052294-exon-scaffold_213-1510915933:1202755..1202926 | TCONS_00052294-exon-scaffold_213-1510915933:1202755..1202926 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00052294-exon-scaffold_213-1575043694:1202755..1202926 | TCONS_00052294-exon-scaffold_213-1575043694:1202755..1202926 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00052294-exon-scaffold_213-1491911889:1203870..1204131 | TCONS_00052294-exon-scaffold_213-1491911889:1203870..1204131 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00052294-exon-scaffold_213-1510915933:1203870..1204131 | TCONS_00052294-exon-scaffold_213-1510915933:1203870..1204131 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00052294-exon-scaffold_213-1575043694:1203870..1204131 | TCONS_00052294-exon-scaffold_213-1575043694:1203870..1204131 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00052294-exon-scaffold_213-1491911889:1204770..1206541 | TCONS_00052294-exon-scaffold_213-1491911889:1204770..1206541 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00052294-exon-scaffold_213-1510915933:1204770..1206541 | TCONS_00052294-exon-scaffold_213-1510915933:1204770..1206541 | Clytia hemisphaerica | exon |
TCONS_00052294-exon-scaffold_213-1575043694:1204770..1206541 | TCONS_00052294-exon-scaffold_213-1575043694:1204770..1206541 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
scaffold_213 | supercontig | scaffold_213:1161326..1206541 + |
Blast
BLAST of TCONS_00052294 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: KCNC1 (Potassium voltage-gated channel subfamily C member 1 OS=Homo sapiens GN=KCNC1 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 264.233 bits (674), Expect = 1.739e-76 Identity = 167/465 (35.91%), Postives = 251/465 (53.98%), Query Frame = 2
Query: 476 ADRIVINVGGTRHETFRSTLRVYPDTRLGWLSIDGSDVSDAFDPVLNEYFFDRHPTAFNQIMNFYRTGKLHTPADICGPLFEEELNFWGLDEKAMEPCCWPKYTEHRDAQENLKVFDSPLLNNQHDDDEIEQPAISVSRIPNYKEPEDQGFKSRFLKV-----FRPSYFNSIRWLSKKKLIWAVMEGHSERRPMLSKGVGFISLMFIVLSVLSLFF--HSMLLVISDKAE------------SNHEXXXXXXXXXXXXXXXWMSIELIIRFVSSPNRIQFLISFYTIVDLLTLITYALQFN-HGMDYHRTKDGVIDSNSITTDYKNIEMFSIXXXXXXXXXXXXXXXXQIFKHTIIASSREXXXXXXXXXXPVALFATIVYFFER---------ETNTGKFRTIPESIWWAVITITTVGYGDMSPETTWGKIFGIICAVFSVFILALPVSIIGTNFTLFYNYAQA 1783
++RIVINVGGTRH+T+RSTLR P TRL WL+ + +DP +E+FFDRHP F I+N+YRTGKLH PAD+CGPL+EEEL FWG+DE +EPCCW Y +HRDA+E L F L+N DD + + P S + ED+ ++ L + RP F W + IWA+ E R ++ V F SL FI++S+ + H I +K E L ++ + W + E ++R + PN+++F+ + I+D + ++ + L+ G+ KD V+ + + + +F + R VGL++ HT+ AS+ E LLL++ L L V +FAT++Y+ ER + F+ IP WWAV+T+TT+GYGDM P+T G + G +CA+ V +A+PV +I NF ++Y+ A A
Sbjct: 7 SERIVINVGGTRHQTYRSTLRTLPGTRLAWLAEPDAHSHFDYDPRADEFFFDRHPGVFAHILNYYRTGKLHCPADVCGPLYEEELAFWGIDETDVEPCCWMTYRQHRDAEEALDSFGGAPLDNSADDADADGPGDS-------GDGEDELEMTKRLALSDSPDGRPGGF----WRRWQPRIWALFEDPYSSR--YARYVAFASLFFILVSITTFCLETHERFNPIVNKTEIENVRNGTQVRYYREAETEAFLTYIEGVCVVWFTFEFLMRVIFCPNKVEFIKNSLNIIDFVAILPFYLEVGLSGLSSKAAKD-VLGFLRVVRFVRILRIFKL---------TRHFVGLRVLGHTLRASTNEFLLLIIFLALGVLIFATMIYYAERIGAQPNDPSASEHTHFKNIPIGFWWAVVTMTTLGYGDMYPQTWSGMLVGALCALAGVLTIAMPVPVIVNNFGMYYSLAMA 448
The following BLAST results are available for this feature:
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