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transcript sequence >TCONS_00052295 ID=TCONS_00052295|Name=TCONS_00052295|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=4192bp GTTATATTGTTTGTTTTGAGAACCTGATGAGAACTACCGCATCTGGTTGA TGGCCCATTTACGCTTTTTTTGATGCGTGGTAAATCTTACAAAGCTTGAG GAGAAGTTAGATAAATAATTTAAACCCtcttatcaaagaagaaaacatAC TCAGATGAATTAGACATCATTACATCGTAATCATCATTGTTGAAGTGGCA TGTAAATAAAGAAAGTTCACAtccctgaaaatttgaaaaaaaaaaatgta tcgTTGGCGATTGTTGGTAAACTATTATTCCATAGTATGATACCATATGG TTATTCTTGGCTATTAACTCTCATCTTCGAATTCGTTTCTTCACAAGACA AGAACAAGGTCGTTTGACTTTATAAAAAATTACCAGATAATTGGATTCGA AGCTGTTGCCAATAATCACCACATTCCGAAGCCTGTTTGTCAGATAAGCT GAGTAACCATAAAGATATCAGGATACCGAGATTGGTAAGCCCTTTTGATC TCCCTGGAATCGGCAAATAACAACagcctttgtatttttgatctGTCGTA AGCCATTTTTATCTCCCTGGAATCGGCAAATAACAGCAGcctttgtattt tttaaaacgATGTTTTCGAATGGTATGGCGCCTTTACCGTTACCGAATTA CTCACGAAACCGTCGTTGTATGGCTTTAACCATGGTCAAACCTACTAAAG AAATTGATGGTTTATCTGATGATGATTCGTCGGTTTCGCCGTTTGACCAC GACCAAATGTTTTTCAGGAAACATACAAGTTTTGGAACTTTATCAGATAT ACCGGAGACGTTATCGACCTGTGAAAACGCATCCGGACGTCCGTTGGGGT CGCAAAGCATTCGCGGTAATGGTGCAAACGAGAAAAGTGCAGACCGTATT GTCATCAATGTCGGGGGTACCCGACATGAAACCTTCCGGTCTACACTTCG GGTATACCCGGACACTCGGTTAGGTTGGTTATCGATTGACGGGTCTGATG TCTCTGATGCTTTCGATCCTGTTCTGAACGAATATTTTTTCGACCGACAT CCGACTGCTTTTAATCAAATCATGAATTTCTACAGAACAGGAAAACTACA CACGCCAGCTGATATTTGTGGTCCATTATTCGAAGAAGAACTCAATTTCT GGGGTTTAGATGAAAAAGCTATGGAGCCATGTTGTTGGCCTAAATACACA GAACATCGCGATGcccaagaaaatttgaaagtctTTGATAGCCCGTTGTT GAATAATCAGCATGATGATGATGAGATAGAACAGCCTGCTATCAGCGTTT CACGTATCCCGAACTACAAAGAACCCGAAGACCAAGGTTTCAAAAGTcgt tttttgaaagtctttaggcCATCGTACTTCAATTCCATACGATGGCTGTC GAAGAAGAAATTAATTTGGGCTGTTATGGAAGGTCACTCAGAACGAAGAC CAATGCTTTCTAAGggTGTTGGTTTCATTTCCCTCATGTTCATCGTATTA TCGGTTTTATCGTTATTTTTTCACTCGATGCTACTCGTTATCAGTGATAA AGCCGAATCAAATCACGAACTATTCACTTACTTATTATTAGCACTCGATT ACTTAACGTTTGCTTGGATGTCAATCGAGTTAATAATTCGATTCGTATCG AGTCCTAATCGAATACAGTTTCTAATAAGTTTCTATACTATCGTTGATCT ATTGACGTTAATTACATATGCGTTACAATTCAACCACGGTATGGACTACC ACAGGACTAAAGATGGAGTAATCGATTCAAATTCGATCACAACCGattat aaaaacattgaaatgttCTCAATTGTacgattagttcgattggttcgatt ttTCCGATTATCAGTTGGACTACAGATTTTTAAGCATACCATTATAGCGA GTTCCAGGGAactattgttgttggttttgttGCTATTGTTACCTGTGGCT TTGTTTGCAACTATTGTTTATTTCTTCGAAAGAGAGaCCAACACTGGTAA ATTTCGCACAATTCCTGAATCCATATGGTGGGCTGTAATCACAATCACTA CAGTCGGTTATGGAGATATGTCACCTGAAACGACATGGGGCAAAATATTT GGAATTATTTGTGCTGTGTTCAGTGTATTCATTCTTGCTCTACCTGTATC GATTATCGGTACCAACTTTACACTTTTCTACAACTACGCACAAGCAAGAA TGAAGTTACCTAAACGCCCTAAACTCGCACTTGTTGGAGCAGCAAACGCC TTGAGGGCAGATACGAGTCAACATTCATTAAGTCCAGAACCTGGAGAGAG TGAGGCGGAGGGCGGAGATACGAATTCACAAGATGGCGAAGAGGCGGCGC CGAAAATTGATTTACCAAAAATTAATTTAGGTTCAGATCCGGATTTCAAC GCAAACATTACAAGCAAAAGGTTCCGACGCGAGCGTTTATCACTATTCGC ATCCGGTCCAACCCGTCAATCGACACGACGCAGTAAAAGTGTCGGCAACA GTGTCGCCAGCAAAATTCGACAACGGCAAAGAAACGGAACGTCGGCGTCA CAGAAAAGTAAAGGTAGTACGCCGTCAAGTGAGGACGAAGTGTCGGAAgc tgaaagtgaaaaaatcgaaGTTTTTAAACCAGTCAAACGTGACAATGATA ATAGTGTAACGAATTCGTTTGATAACGAAGCTTTCGAACATAACAATGAA AAACAAGTCGAAGTGGCCACGGAAGTGACTGAAAATGGTCACActaacca aaataaaaagataataaaCAATACAGAAAATGACAAAGAAACTAAGGATC TGAATTCGAAATTCCAAAAACCATTTGATGATGAAAAACGTGAACGTTTA CCGCCAATTAACGGTGGTCCGGTACCCATTATAGAAACCATTCTCACCAA TACAGATAACACAGACCAGAATCTTACGACTGGACCCATTGTGAACGGCC ACGGTCCGCCGATATTAAAAGAGCCGGTCATGAATAATCGAaactcattt aaaaaaattagctCACCACCAGTGTTAAGAAAAATATGCGGTAATGGACT TGAACCGGTTAGGAAAAGTAACGGAATGGCTGTTCCGGTTGAGGAAGTTG AATCGCCGGAATTATTTCGGAGAAAGTATAGTAATAACCATTTGTATGTA CCAACGGATGGATGTTGAGGAGATTTGATGTGGATACCAATGAGATATAA CTGAAAGCTAGAGTCAAATGAATCTCTgatgtaggatttgaagccactta tttcctatactcttatgtgcttaattgtaggaggtagaataagcaggggg gttggtactctgggagaaaatccataaaatgcgGGGAGGGTCAATATTAA GTGATTTTGGGGTggtttcccaaaaaaaaaaaccctaggaaaatgaaggt tttgacACTTTTTCAGTATTTTCAGGAAAGTTTCATAATTGGGGGGTCAT TGTAAAATGCTTTGTGGgtgattttttcagaaaaacttgcaAAATGACCC GCCCCCTACAGTTAAGCACAGAAGGGTACATAAGTTGGGTCCTTGTTTTG ACAAAATATGGCGAACTGTGAGTTTTTTAAAGGGTTACACCTCGCTGTTT TCCCCCGATCAATTTGTTATTTATACTCCCTTGGACCCTTATAATAtcat atttaattttatttgcGTCTATGAACAATCTCTTCAGTGCTTCTGAACAA TTTATATGCCAGGGAAGGTTAGTTATTTCACTGCCACTTTCTAATGTACC ATAGAGTGGTTAAACTTTCTTATTCCCAGCTAAACTTTCCTTCAACTTGC TAATTTGTATAGGTTGTCTACGCATTTGTACTtagcaaaatattattttt gccGGTATGACCGAGAAAAAAAACAGCCGAAAGATCCTATAGAAATGCAC CACGAATTTctgccagaaaatgaaaaaatttagcCAATTTATATATTATT ATGTTAAGATTTCATTATTATGTTATTATACACAAAACACGACGAATTTA TTTGTAAATAACTCCAATTTCATCAACCTGCTATTATTACCCTATTGAAA AgaccaaaaagaaatattacaaaaaattatcaatttgaaTGTTTGTGTAA ATTCTGtctcaatacacctttttgaccgtagccgccaattgccgtgcggg catttttttgttcgttttaccaccctaaaaccattCCAGTcg Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_213:1171606..1206541+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00052295 ID=TCONS_00052295|Name=TCONS_00052295|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=34936bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_213:1171606..1206541+ (Clytia hemisphaerica) GTTATATTGTTTGTTTTGAGAACCTGATGAGAACTACCGCATCTGGTTGA
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Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
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Position
The following features are aligned
Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
scaffold_213 | supercontig | scaffold_213:1171606..1206541 + |
Blast
BLAST of TCONS_00052295 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: KCNC1 (Potassium voltage-gated channel subfamily C member 1 OS=Homo sapiens GN=KCNC1 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 263.462 bits (672), Expect = 7.497e-76 Identity = 167/465 (35.91%), Postives = 251/465 (53.98%), Query Frame = 1
Query: 889 ADRIVINVGGTRHETFRSTLRVYPDTRLGWLSIDGSDVSDAFDPVLNEYFFDRHPTAFNQIMNFYRTGKLHTPADICGPLFEEELNFWGLDEKAMEPCCWPKYTEHRDAQENLKVFDSPLLNNQHDDDEIEQPAISVSRIPNYKEPEDQGFKSRFLKV-----FRPSYFNSIRWLSKKKLIWAVMEGHSERRPMLSKGVGFISLMFIVLSVLSLFF--HSMLLVISDKAE------------SNHEXXXXXXXXXXXXXXXWMSIELIIRFVSSPNRIQFLISFYTIVDLLTLITYALQFN-HGMDYHRTKDGVIDSNSITTDYKNIEMFSIXXXXXXXXXXXXXXXXQIFKHTIIASSREXXXXXXXXXXPVALFATIVYFFER---------ETNTGKFRTIPESIWWAVITITTVGYGDMSPETTWGKIFGIICAVFSVFILALPVSIIGTNFTLFYNYAQA 2196
++RIVINVGGTRH+T+RSTLR P TRL WL+ + +DP +E+FFDRHP F I+N+YRTGKLH PAD+CGPL+EEEL FWG+DE +EPCCW Y +HRDA+E L F L+N DD + + P S + ED+ ++ L + RP F W + IWA+ E R ++ V F SL FI++S+ + H I +K E L ++ + W + E ++R + PN+++F+ + I+D + ++ + L+ G+ KD V+ + + + +F + R VGL++ HT+ AS+ E LLL++ L L V +FAT++Y+ ER + F+ IP WWAV+T+TT+GYGDM P+T G + G +CA+ V +A+PV +I NF ++Y+ A A
Sbjct: 7 SERIVINVGGTRHQTYRSTLRTLPGTRLAWLAEPDAHSHFDYDPRADEFFFDRHPGVFAHILNYYRTGKLHCPADVCGPLYEEELAFWGIDETDVEPCCWMTYRQHRDAEEALDSFGGAPLDNSADDADADGPGDS-------GDGEDELEMTKRLALSDSPDGRPGGF----WRRWQPRIWALFEDPYSSR--YARYVAFASLFFILVSITTFCLETHERFNPIVNKTEIENVRNGTQVRYYREAETEAFLTYIEGVCVVWFTFEFLMRVIFCPNKVEFIKNSLNIIDFVAILPFYLEVGLSGLSSKAAKD-VLGFLRVVRFVRILRIFKL---------TRHFVGLRVLGHTLRASTNEFLLLIIFLALGVLIFATMIYYAERIGAQPNDPSASEHTHFKNIPIGFWWAVVTMTTLGYGDMYPQTWSGMLVGALCALAGVLTIAMPVPVIVNNFGMYYSLAMA 448
The following BLAST results are available for this feature:
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