TCONS_00052593 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00052593
Unique Name	TCONS_00052593
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	5574

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
protein sequence
transcript from alignment at scaffold_218:576681..603400+
coding sequence from alignment at scaffold_218:576681..603400+

transcript sequence

>TCONS_00052593 ID=TCONS_00052593|Name=TCONS_00052593|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=5574bp
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TGTCGCTGGTTATCAAGTTGCTAAAGGTCTTGAATTCCTTGCTGATAGAA
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CTCATTACTTGGACAAAGAACACGTCAGTGGCAACAACTCCGACTATTTA
CGACCCGTCGATTCCGATGTCGGATCATACAAAATCAATTCATCATCCTC
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CGAGCACGCAAAGTGAACGATACGTCCCCGATAACAGGTTCAATGATAAT
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TCCCATCGATTGTTTTATCATTATGCTTTTAGctctgttttttgttttgt
tttgttcgtTTTGATTGTTTTTNN

Run BLAST on NCBI

protein sequence of Incomplete threonine/tyrosine kinase protein

>TCONS_00052593-protein ID=TCONS_00052593-protein|Name=Incomplete threonine/tyrosine kinase protein|organism=Clytia hemisphaerica|type=polypeptide|length=1309bp
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VCRPENDVLQDKEIKLFINQFAQDAPFAKVEPTYLDLDFNAADNVTCTTY
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YTCSVTNMFGKATKKSSLTVTVAPIIEKKQSIVVVGSEDKLKIACNITRS
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NKQKSKETKLEMEENEKDINEKDGLLNGGDRTPSEVEEFSSFIDGEYEKM
DNNEGYING

Run BLAST on NCBI

transcript from alignment at scaffold_218:576681..603400+

Legend: exonfive_prime_UTRCDSthree_prime_UTR

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

>TCONS_00052593 ID=TCONS_00052593|Name=TCONS_00052593|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=26720bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_218:576681..603400+ (Clytia hemisphaerica)
gtAGGATGTTAAATATTTAAAGCTAAGAAAAAGTTGGATGAAGGATCCca
aatttattataaacatGAGAACATTTTGTGGATTATTATTGATAGCTGTC
TTCAACTCAATCACAGGTAAGTTTTACCAAGCTAGGTAGCACACAACGAT
GTTTCATTTATCGTTACATGCTTGTCAAGTGGATGATAAAGCGTCATCTT
ATTCCAGCTGGGATTTTTCCATTTCCAGTTTACTTTCTTGATCATTGCAA
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GTAGACACCTAGGTTTAAGTCTTTATGGATTCACTGAAGGGTTGATTTTT
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TGTTGTATTTTTTCGTTaggttttaatttctttttgatattATGTCATAG
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Coding sequence (CDS) from alignment at scaffold_218:576681..603400+

>TCONS_00052593 ID=TCONS_00052593|Name=TCONS_00052593|organism=Clytia hemisphaerica|type=CDS|length=78600bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_218:576681..603400+ (Clytia hemisphaerica)
ATGTCACATCCAGCAAAGGCCATcactttttatagaaaaaatacTGATGA
CAAACTATCAAAGTTGGTGATTGATGGTAGCAAGTATCAGTTATTGAATC
TGCAAGAATTGGTTATCTACAATGTCCAGAATTCAGATGATGCTGTTTAT
GTTTGTCGACCAGAGAATGATGTACTACAGGATAAGGAAATCAAATTATT
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TTCACTCATGCTTCTGATGTATGGTCATTTGGTGTTTTGATGTGGGAAGT
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CCGACCAACATTCAATGATATTGTCATGCGTCTTGCAAGTGTCGTCGAAG
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CAGCAAAGGCCATcactttttatagaaaaaatacTGATGACAAACTATCA
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CAGAGAATGATGTACTACAGGATAAGGAAATCAAATTATTCATTAACCAA
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CTGACGCAGGATCTTACATTTGTAAAGTAACTGCTGATACTAAACCTACG
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GCTGTCACAtggtttaaagaaggaaaacaACTGGTCGTTGAAACAATAGA
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TAACCTTGGAATGGCTCGCCAACAGACCACTGTACTTGTTTTTGcTCCAC
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TATTCAAGGAATTGTACAACTGAAGGAAATCCGTTACCTATCGTGTGGTG
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CTGGTGTCAGTTTCTTGAACATTACAAAATTCGAAGGCAAACATTATGGT
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GACTTTGAAAAAACCAGTTCTGGTGCTCGGTGGTTATGGCTCGAACAATG
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GAAAAGGATGGTTTGTTAAATGGTGGAGATCGAACGCCGTCTGAAGTTGA
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AAGGATATATCAATGGTTGAATGTCACATCCAGCAAAGGCCATcactttt
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Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_033251	XLOC_033251	Clytia hemisphaerica	gene

The following polypeptide feature(s) derives from this transcript:


Feature Name	Unique Name	Species	Type
Incomplete threonine/tyrosine kinase protein	TCONS_00052593-protein	Clytia hemisphaerica	polypeptide

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


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Expression

Values :

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Annotated Terms

The following terms have been associated with this transcript:

Vocabulary: **INTERPRO**
Term	Definition
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IPR011009	Kinase-like_dom

Vocabulary: **Molecular Function**
Term	Definition
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Vocabulary: **Biological Process**
Term	Definition
GO:0006468	protein phosphorylation

GO Annotation

GO Assignments

This transcript is annotated with the following GO terms.

Category	Term Accession	Term Name
biological_process	GO:0006468	protein phosphorylation
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molecular_function	GO:0004713	protein tyrosine kinase activity

Blast

[Close]

BLAST of TCONS_00052593 vs. Swiss-Prot (Human)
Match: FGFR2 (Fibroblast growth factor receptor 2 OS=Homo sapiens GN=FGFR2 PE=1 SV=1)

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The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00052593 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00052593 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 1


Match Name	E-value	Identity	Description
FGFR2	6.142e-76	40.22	Fibroblast growth factor receptor 2 OS=Homo sapien...	[more]

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TCONS_00052593 (transcript) - C. hemisphaerica