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Sequence
The following sequences are available for this feature:
transcript sequence >TCONS_00052897 ID=TCONS_00052897|Name=TCONS_00052897|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=128bp
tttttgatttcaagctgCATGAAAGGTTATCAACTATAGTCTTAGACAAT
GGCATCGAGTTTCATCATGATGATACTTTGGTTGGAGGTTGTAATGGGTC
GGTTGTTTCGTTATGTTGATGCTTCAAA Run BLAST on NCBI transcript from alignment at scaffold_222:33619..48325+ Legend: exon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below. >TCONS_00052897 ID=TCONS_00052897|Name=TCONS_00052897|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=14707bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_222:33619..48325+ (Clytia hemisphaerica)
tttttgatttcaagctgCATGAAAGGTTATCAACTATAGTCTTAGACAAT
GGCATCGAGTTTCATCATGATGATACTTTGGTTGGAGGTAtataagtaca
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aaaaataattttctctgaTTTAAACCCTGTAATCAagtttctctaattcg
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TGTGAATcaccttttttcttttacagcaATCAGCATGTGGTGCTGACAGC
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attgttaaaatgataattatagtaGTTTTAGTTCTCTTTGATTGAATAGA
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aaaaagctataagtcGCCCCCAGGCTAGCTGGTTCTATTAGCAACGAGCC
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Tcgtactacacgttttttttataagcacatacaaaattttttgaagcctt
tgagtatttttgtccattttcctaagaataTGCCATGTGGcggtctgcaa
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ACGATTATTGATCGAAAACTATAATTATTTACTATTATTGTGTGAacaat
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AACAGAGATAACGATGTATATCGAGTTTATCGtcgattggtagtgtgaag
gtttcgatcacagactttcaCTGCAAttgactgtgttcgaatcccaagct
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CGTCAAGACTTTATATGGAATTTCTCTTTCTTGAAGTCTCGATTGTCCAT
ACAGAAACAATAAGGTTATGtacaaaaacttttcacttcaggTCGCCGAT
GGTTGTGGAACAGTCAGCGGAGAAAACCCATGTAAAAACGGAGGAGATTG
TTCTCTTTCAAATACTCTCTACGCTGGTTATTCTTGTCAATGTAATGGAG
GATTCTCAGGACCAAATTGTcaagtaagttttttttacaaacatcTATTA
AATAAGTTTGAATAAACAAGGCTAATACTTTTTACACCGCGGTTTTCTTT
CTATTGCAAAGGAGGATTCTTAGGATCAATTTGTCCAATAAAATCTCCAA
AATAAACCTCTGTATTGTGAGTTTGGATGAACAAGCTAAACAAACTTAAC
gctgattattttttttataataaagcATCTTGTCCTGTTTGGTTGTATGA
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ATGCTCAAAAAACCCATGTCAAAACGGCGGTAGTTGTACGGCAAAACCAT
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TGTCAGGTTAGTGAAAATTAAGTCTCTTTATAGTACTATACAATACTGGC
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CTATAGATGGGGTCATATCTTTTAATCtgggaaaattattttaataaatC
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GATACACTGGACCCACTTGTGAAGCTTCGGCCTGCGATGTCAACCCATGT
GCCAATGGAGCCCAATGTAACCCATCTGCTGCCTACCCAGGATATACTTG
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TGTTGATTCAAGTAATGATGGATTCACGTGTAATTGCCAACCTGGATATT
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TTTCGTGTTCTTTATATCCAGGCCTCAAATTGTGATATGCAACCATGTCA
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TTCCCAATCTGACACAAGTAACTTTTGTAACGTTTTGTTCGTAAACTTGG
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GTACCAGTCACCCATGTAAATACGGAGGAAGTTGTCAACCAGATGGATCG
GATGATGGATACACTTGTTCATGTCTTACTGGATTTTTTGGAAACCAATG
TCAAGTGAGTTGAATCTTTTATCTCAACTCCGCCGTGTGTCTCTTTTCAA
AGTTCTCCGCTTCAAGTTTTCTCAGAGTTAATCTCTTAATTCTTAATAAA
TGATATGGGATCGTGCATCTAAGTCAAAGTATTGTACTTAGTACTTAGAA
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aattttacgaTCCTTATTGGGACAATTTTGACCACATTTTGATCTTTCTG
AgggtaaaaagttaaaattttcccatttttcccAACCTTAGCGAATGacc
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GGCATGACAAATGTGAATTGAGTTACTCtaaatttatttaaaactttGAT
TTGAATGTACATTGAGAAAACTGGGATCTAAAAAGCTGTATTATTGACTT
GCTAAAACAATATGGTGCAAACACTCAAGATTCAAAACtaattgcttata
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GGATTATGTTTTCAACAAGGAATATCCCAAGCTTGTATCTGCAACAATGG
ATTCACCGGCTCCAACTGTGAGGTAAGGAGTTGAATCTTAATATTTCTCT
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GCACCGTCAACATCTGCACCATCAACAGCCGCCCCAACAACGAACGCCCC
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CTTTCAGTTCATCAGCATTCTGTGTCGGAAAAATTGGTTACTTCGGTCAC
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GATGACAGCCTACctatttttatggaaatttttaagacaaaacggaatct
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CTAGTCAAGTTACGTAATATGAATTATAACGCAAAAACCgcaataatttt
ttaactttttatctttATGCTATGGAACATGATACCATCCAAGgaaattt
ttaaggaaaaacggaatcttttttaaaagtaatttttatcaattttttta
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CCTATGGAAATCCGCCACATCTCAAACCTtaccccttggaacggaaatgg
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GGAGAACAAGGAAAAACTATACTACGGTATAACAGCAATCCTTTGAGTGT
GCTTAGGGTGTTTTAAttaattttccttagaaaattgACTTGTTGAAATA
TCAAACCCACACATATCGTAATTTTGAAGGCGTTAAATACCTGTTCATAG
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ATATCTAGGTTTTggcataaaatatattttggctAACCACTCGATAagtt
tttggggaaaattaCGTACCCCACTACATACAGTGAATATGTACTAATTT
TATATACAACCTTTTCTGCAGGGTGAAAGGGAGGTAAATTTTCGTTGCAG
AGCTTTCTGCTTCTAGTCAGAAAGAAGGCTCTGGTCCAAACATTTTCTAC
ATCAAAGCGTACGTAATTGATGGTCTACATCATGTAATTTTAGAAAGAAG
ACATTCCCCTGTCAAGTCAAAGTTAATTGATGATTCCTTTTAACAACTGT
AATGTTTTAGCAAgctcagcctatttttcatagCGATTCCAACCTCCTCT
TAAATACCGTTAACTATTAGGatctcgtattacattattgactgaattcg
ttttctagcatttctttgcactgaaacctttcctattgataaaaatgtat
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gattcggcgtgttttagagagataaaatagggaaaactcgccaaaacgct
aaaatttctacgattaaagtatgcAGTTTAAAAGACTTGGCTGAGTACAT
TGCATGATTTAGCAATATTTACGGGCAgcttttaaggccggtctccactt
ttgcGTGACACgagtgaaaactttttgacgtttttgtaatgTCATTGGTC
GGTttaaaaatgaagcaattccattggtcgcaattgacgtaacggatgaa
aaaagtagaacttcttttaactttttttttgttcgcgcgaaactttttta
tcaacGTAATCTTTCCTCCAGACagaaaaggttaagaaaaaaattgtcgc
ccatttcgcgcgaaagtgaaCTCATAAATCGATAAAACTTGGATTTTCTT
TCTGcgaaatttctgaatttctgaaatttctaaaaaaagaattcacaaaa
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TGCATACTACTCACATCATCCACTGAGGAGAACGGGTTCAAGTATACAGA
TTGACTTCAAGATTTTGTGAAGCCTTTGAATTGATTCTCTACATATACAG
ACAATTGACACCATCCCTAACTTGTACATTAAGGGCACTTTTTTTTGCGA
aaactaattttgacgacGAATTACAGTCATGACAGGGTGAATGTGTCCTA
TTTTGTCTTAATATGATATATGACGTCTTAGGGGGAGGGGAgggattttt
tttgcaaaatgcaaaaatgatcaattttggtGATAACTTGTTTTGGCGAA
TGAGCaaaatatctaattttggtgaaaacctATTTTGGggcgaattttgt
ctaaacTCGCTAAAATAACCAAGTTCCAAATTTCCGCTAAAACAAGTTCC
CTTAATGTAAACTATAACCCATTCTCCTCACAAAGGGGGTTCAATAAGCG
TACCCGAGGCAAAAGTCCTTGTCTTAATGTATGCACAGATAcctatataa
aacactagatagagctactttGTCACTGGCTGAAGCAAAACAATCTGACA
TCTTTATAGACCACTATTTGGTCCCGGCATTTTGATGAATCATGACTCCT
CTTTTCCGACCACATCAGTTGTTTTGATAACAAATTGCCGGCGCCGAGTA
CTGTATACAATCATAGAGAAAATATTTGAGATAAAGAGGATTTCCctgca
aaatcttaaaaaccacaaatgattttttaagcgcgttaaactagagtttg
aaagtagagttttaacatgagattTAAGACTTACGATCTCAAGATTTAAA
AggtcaaatttgctccaattaGGCTTGGAATAAAGCCTAGAAACCACCGG
GCCcctccaaaatcaaaatattcaatgaaagaaattggAAGTGCTAAAGT
AGCAATtcttgcccgaactttaaattctgaaaaacgttaaagtacactaa
aatctcaatatatttcgaccatgtcTGTATTGATTTCTGTGGGTAGATGC
CATTGAAAtctgtaaaagattttaagttcttgtGTTTGTTACGAGAGCAA
ATATTGTTTCGTTTAGGTTGTAATGGGTCGGTTGTTTCGTTATGTTGATG
CTTCAAA
Gene-mRNA-Prot
This transcript is a part of the following gene feature(s):
The following exon feature(s) are a part of this transcript:
| Feature Name | Unique Name | Species | Type |
|---|
| TCONS_00052897-exon-scaffold_222-1491911889:33619..33705 | TCONS_00052897-exon-scaffold_222-1491911889:33619..33705 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00052897-exon-scaffold_222-1510915933:33619..33705 | TCONS_00052897-exon-scaffold_222-1510915933:33619..33705 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00052897-exon-scaffold_222-1575043694:33619..33705 | TCONS_00052897-exon-scaffold_222-1575043694:33619..33705 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00052897-exon-scaffold_222-1491911889:48285..48325 | TCONS_00052897-exon-scaffold_222-1491911889:48285..48325 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00052897-exon-scaffold_222-1510915933:48285..48325 | TCONS_00052897-exon-scaffold_222-1510915933:48285..48325 | Clytia hemisphaerica | exon |
| TCONS_00052897-exon-scaffold_222-1575043694:48285..48325 | TCONS_00052897-exon-scaffold_222-1575043694:48285..48325 | Clytia hemisphaerica | exon |
Position
The following features are aligned
| Aligned Feature | Feature Type | Alignment Location |
|---|
| scaffold_222 | supercontig | scaffold_222:33619..48325 + |
Blast
The following BLAST results are available for this feature:
|
