TCONS_00053433 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00053433
Unique Name	TCONS_00053433
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	4684

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at scaffold_231:219013..230151+

transcript sequence

>TCONS_00053433 ID=TCONS_00053433|Name=TCONS_00053433|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=4684bp
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TCGGCAGAAAGATCACGtgcacaaacaacaaaattattaGGATGGCGATT
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GAATGGAGTATTGCATTGTTGCTGATTCTGTTCTTGTATATCTGCTGACC
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GTCCGTTTCTCGGGATTAGATCACAGGAATTTTCCGATTTTGCTATAAAG
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GAAGCGGTTTCATTGTTTGTGGATATCGCGTTTTCTTCCATGATACTGGG
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TGATTTTTTGTCTCCAGTGCGGTGGAACTCTGTCTTTTTCTTGTAATGTT
CTTCTATGGTGTAATGTTTTGGATGAGGGTTGGTGGGTGGCATATGGTGA
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GATCGGTTGTTTGATCTCATCCACGAATTTCTCTTGAATCTGTTCATAAC
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AACGATTCTCGATCAATAATAATCGTAAACCCTTCATCGAAATCTTCGCT
GCTTCGTTTTTGAATAATTGAAGACCGTTTTTCCACAATCGGATTTATCG
GATTCTCTTGTTCGGTATCAATGACGATCAATGCGCTGTCACTTTTCTCG
TCGTAATTTTCGAGGGTTTGCTCCAACTCATTATAACTCTCTTGTTCTTG
GAGCAATGTTGGTGAGCTTGAAAGGCTTTCTTGTTGGCACGTGATTCGAC
ATGTTGAAAGGAGGAGAAACAAAGATAAGGAATGGACAAAGAGTAACATG
CTGCTCGCCTAAAAAATAAAGCAGGAAACAATGG

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transcript from alignment at scaffold_231:219013..230151+

Legend: exon

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>TCONS_00053433 ID=TCONS_00053433|Name=TCONS_00053433|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=11139bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_231:219013..230151+ (Clytia hemisphaerica)
CGTGCCGATATAAGACCTGACGACCATGCTTTCGAAAAGAGTTATCACGA
TCGGCAGAAAGATCACGtgcacaaacaacaaaattattaGGATGGCGATT
CCGACAGCTATAACTTGTGATATTTCCTCTACAACAATGGATGCCATAGA
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TTTGTATTTCCGTTCCCATTTGTGTTCCTGTTTGCATTTGTGTTCCTGTC
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AGAGCTCTGAAAAGTTGTTTATAATACACCTTTCTCTTTCTTCTCTGTTT
catataaaaagtcaccaaaatttcgagtaaacaaaccattCCATTGGCTT
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CTGTGCTCTTACCCTTATTCTTGCTTTTTATATGAAGCAGCTAACCTTAA
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ctcgaaaaagttgaagagcAAAACTCACTGAACCTTCAATCTTCAATCTC
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GAGTGGATTTGGATTCTGGCATTGTCATCCAAACTCTCCAAATCCAATAA
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GCCCATATTAAGATAAAGAGTAGATGGCCTAAGTCTTTCAAAGAATCTAG
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GCAAAAATATAAATATGGTCAGACAAAAATTGTGTTACATATGGAAAGCA
ATTAGTGCCATTTTTTGCCCACCCTTTAATAACATTACTTCTCAGCTCTT
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GATACCGTAttacttcttttaaacgcccccctcgaataaacgcccctcct
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CTAGATTTGTTTTCCTTACTTTGAATAAGGATTATCTTAAATCTCTATTG
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tttgtacagaaatttttataggaaaattgttttttaaaaaagataactTT
ATCTTATCACGAGGCATTTTTTCCAATCCATATTTTCGAGAAAAAGTGAA
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TAAACAAAAACCTCCATCTTTCGAccataaattcaaaaaatgagtTCCCG
CAGTCACATCACTAGCAACAGTATCAACCTGTGTCCGACGTCCAGGGTCA
CCGGGCTTTCCTTCTTGGATGAAAACCGGTTGATCGTTTTTATCATCTAT
CCAGATCATTGAAGAGCCGCCCCATTTTGAATGCGTTGTTATGGCAACTT
CAAATCGTTTATCTTTATTTTCAGGTGATTTTGGAATGGTAAAGACGAGC
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TTTATCAAATCTAATTGGAAAGTTAGTAGCATATTGTATTTTAAAGCCAT
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CATCGTGTTTTATGGCGTATTGTAAAACAGCTCGCATCACGTGTCGCAGA
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GTATTGGTCAACACTGAATAAATCAGCCAATAGAAATCCTGGTCTGGATT
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TGATAAACCAGAATTTTTATAATCGATCCCTTTAAAGAAATTCAGATAAA
GTAATGCTGGTTTCGTTGGTAAATCAAGAATCATTCTAGTGAACCTTTCT
AACGGCCTTGCACCTTTCGTGGGAAACGTTTTATATCTATTATAATCATT
AGCTGAAAGCTCCCATATGACTAAATCAACATTCTTCTTCAGGTGGTTTT
TGAcacaatatgaaaaataatctGTCCCTATAGAACCAATGGCTGCATTG
TTTACTTTCATTTTGGAACCAGTGACAGGGAAAATCCATTGGTTCCACCA
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GTTTGAGGGTTTAGAATTTGATGAAGCAAGTAAGTTCATCAAGTTCCCTG
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TTGTTTTACACCATTTAGAATATTTGTATTTGATGATTGTTGTTTTGGTT
TTGTAGAAGCGGTTTCATTGTTTGTGGATATCGCGTTTTCTTCCATGATA
CTGGGGATGGATGAATTTGCGTTATCCACCGAATCTGGATCTGACCATGT
GTTGTTTGTGAGTCGAAAATTGTTGGGTAGTTTTGGTCTGGAAATTACCA
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ATTGCTTGTTTCTTTTCGAatggtttttttggactttgtttcTCAGTTCT
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GACTTGATGAAGAAACCGCTCTAATCAAATTCTTATCTTCAGTATTCAAA
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TTCAGTTTGAGGTGTCGAGTCTGTTTCTTCTTGATGTGGGTCATCAACAC
TTCTGGTCATCTGATCTTTAGGTGTGATCACGATTACCCGCACGTGTTTA
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ATAACTTCTCTCCATATCTTGATAAACCTCATCCTTTTGGACGGCATTTT
CTTCCAACGATTCTCGATCAATAATAATCGTAAACCCTTCATCGAAATCT
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TATCGGATTCTCTTGTTCGGTATCAATGACGATCAATGCGCTGTCACTTT
TCTCGTCGTAATTTTCGAGGGTTTGCTCCAACTCATTATAACTCTCTTGT
TCTTGGAGCAATGTTGGTGAGCTTGAAAGGCTTTCTTGTTGGCACGTGAT
TCGACATGTTGAAAGGAGGAGAAACAAAGATAAGGAATGGACAAAGAGTA
ACATGCTGCTCGCCTAAAAAATAAAGCAGGAAACAATGG

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_033734	XLOC_033734	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
scaffold_231	supercontig	scaffold_231:219013..230151 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
16.0036	15.7404	50.6088	43.7174	0.804158	0.692949	1.89889	6.18154e-06	1.94645	2.34309	2.57105	1.98749	2.26184	3.29722	1.72572	1.91107	3.14588	2.95443	1.20234	1.41251	1.03866	0.548692	3.75368	4.02249	2.7116	0.873631	0.995947	0.672446	1.52127	1.53111

Blast

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00053433 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00053433 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0


Match Name	E-value	Identity	Description

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TCONS_00053433 (transcript) - C. hemisphaerica