TCONS_00053434 (transcript) - C. hemisphaerica

Overview


Name	TCONS_00053434
Unique Name	TCONS_00053434
Type	transcript
Organism	Clytia hemisphaerica (Jellyfish)
Sequence length	5003

Sequence

The following sequences are available for this feature:

transcript sequence
transcript from alignment at scaffold_231:219018..230151+

transcript sequence

>TCONS_00053434 ID=TCONS_00053434|Name=TCONS_00053434|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=5003bp
CGATATAAGACCTGACGACCATGCTTTCGAAAAGAGTTATCACGATCGGC
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AGCTATAACTTGTGATATTTCCTCTACAACAATGGATGCCATAGATTTGA
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AAGCGGGCATTACTGGCAAATTTTCGTCTCAAGCAAGACCAGCTGGGACC
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tccttttagaACCACATTACGTTGAGTTCGTCAAAGGTTGTCATCGGACG
CTGGCCTATTGATGAATGCGAATGGAGTATTGCATTGTTGCTGATTCTGT
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CTACCGCCGTTGAATCTATGTCCGTTTCTCGGGATTAGATCACAGGAATT
TTCCGATTTTGCTATAAAGATGCAAAATGTGACTGAGCGCTTTGGGAATA
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ATCCGTGCTCTTTTATTTTACGTGTCCCAGTGCTTTTACAACTTAACGAG
TGTCACATTTGTTACGGGTAGTCACTAAAGGGTTTTAGGGTTTCCTGTTT
TAATCATTTCAACTTTATGCTCACTGTTCAATGTTTTGTATATCCATACA
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TGTTTTGGGCCAATGAATAAGGGGTCTGGTAACAAATACTGGTCCTGAAA
ATTGACAATATCACCATCGTGTTTTATGGCGTATTGTAAAACAGCTCGCA
TCACGTGTCGCAGATGAAGTAATATCAATAATGCTGATTGCGCATGCCCC
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ATGTAGGTACTTTATAATAACTCGCTATAGTATGTTCTTGTTGGTCTTCA
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GTCTTTTTCTTGTAATGTTCTTCTATGGTGTAATGTTTTGGATGAGGGTT
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CTTCAGTATTCAAATTCTTCATCTTATCTCGAACTTGTTGTAACTTTGCG
ATATCTAAATCCAGTTCAGTTTGAGGTGTCGAGTCTGTTTCTTCTTGATG
TGGGTCATCAACACTTCTGGTCATCTGATCTTTAGGTGTGATCACGATTA
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TTGGACGGCATTTTCTTCCAACGATTCTCGATCAATAATAATCGTAAACC
CTTCATCGAAATCTTCGCTGCTTCGTTTTTGAATAATTGAAGACCGTTTT
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TGCGCTGTCACTTTTCTCGTCGTAATTTTCGAGGGTTTGCTCCAACTCAT
TATAACTCTCTTGTTCTTGGAGCAATGTTGGTGAGCTTGAAAGGCTTTCT
TGTTGGCACGTGATTCGACATGTTGAAAGGAGGAGAAACAAAGATAAGGA
ATGGACAAAGAGTAACATGCTGCTCGCCTAAAAAATAAAGCAGGAAACAA
TGG

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transcript from alignment at scaffold_231:219018..230151+

Legend: exon

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>TCONS_00053434 ID=TCONS_00053434|Name=TCONS_00053434|organism=Clytia hemisphaerica|type=transcript|length=11134bp|location=Sequence derived from alignment at scaffold_231:219018..230151+ (Clytia hemisphaerica)
CGATATAAGACCTGACGACCATGCTTTCGAAAAGAGTTATCACGATCGGC
AGAAAGATCACGtgcacaaacaacaaaattattaGGATGGCGATTCCGAC
AGCTATAACTTGTGATATTTCCTCTACAACAATGGATGCCATAGATTTGA
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GATCTGGTAGACTCCCTGCATAATGTCGATGGTATAGTAAAGTTGTTTTG
GTTTTCCTGTTACTATGTTCCCATCCTCATTCTTCTTTCTATTTCCACTT
CCATTTATCTTCCTATTCCCATTATTGTGTTCTTTTCCTCCACTTATGCT
TTCCAATTTTGCTCTCCTCCCCATTACGCTTCCATTCTGCCTCACAAAAA
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ATTTCCGTTCCCATTTGTGTTCCTGTTTGCATTTGTGTTCCTGTCCCCGT
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ATCGCAACCTTCATTTCAAAAAGCCCAAGTCCACTTACCCctcaatttca
aaaagatctAAGTCCATTTATatgaaaataagtttttttgtattttctgt
aTCTATGAGTCATTAGCTTTCTTTTGATACGTATAATATAAAGATTTCAT
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ACACCTAAAAGCTTGCTAGCAGTCCTTGTGAATTTTGGACTtgcaaatga
ctgaaaatgggtGAACTTCAGCCACACAGGTGGTGGGTGCACCAGAGAGC
TCTGAAAAGTTGTTTATAATACACCTTTCTCTTTCTTCTCTGTTTcatat
aaaaagtcaccaaaatttcgagtaaacaaaccattCCATTGGCTTAAAgc
aaaaacacaaacaaaaaaatgtgcAGAGTGAGAAAAGTGTGCTTTCTGTG
CTCTTACCCTTATTCTTGCTTTTTATATGAAGCAGCTAACCTTAAAAAGG
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aaaagttgaagagcAAAACTCACTGAACCTTCAATCTTCAATCTCAGACA
AAAAATAGCCTGATGactttgcaaaaattaatttccTTCAATGTCGAGTG
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TTCTTTTTTCGTGCTAGGTCTCTTCGGCTTTCACACGTACGGTGTCCACG
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GGGACCATCAGGTATTTCCTTAAATCAATCATAATTATGggttttcaata
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actaaaataatttaataaacgcccccttcttttaaacgccccgggcgttt
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GAGTGAATTGTAGTGAATAAAACGATAACATTCGAAGAAAAGGTTCTGGA
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GTCCGTTTCTCGGGATTAGATCACAGGAATTTTCCGATTTTGCTATAAAG
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ACGTGTCCCAGTGCTTTTACAACTTAACGAGTGTCACATTTGTTACGGGT
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cataaaactgaaaatatttcacGATATTGTACTTGTTTTGTTTCTCTAGA
TTTGTTTTCCTTACTTTGAATAAGGATTATCTTAAATCTCTATTGActat
ttaaaataattttgtatttaCAAAACCCactatttattaaaaaaatttgt
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TTTTCAGTGATTAAACTATTAACTAGCATCTATCATGATCGCAGCTAAAC
AAAAACCTCCATCTTTCGAccataaattcaaaaaatgagtTCCCGCAGTC
ACATCACTAGCAACAGTATCAACCTGTGTCCGACGTCCAGGGTCACCGGG
CTTTCCTTCTTGGATGAAAACCGGTTGATCGTTTTTATCATCTATCCAGA
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CGTTTATCTTTATTTTCAGGTGATTTTGGAATGGTAAAGACGAGCTTCAG
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TCGTATCAAGGTCCAACAATATGGTTCTGGATGTTTTGGGCCAATGAATA
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TGTTTTATGGCGTATTGTAAAACAGCTCGCATCACGTGTCGCAGATGAAG
TAATATCAATAATGCTGATTGCGCATGCCCCTTAAGAGATGGATGGTATT
GGTCAACACTGAATAAATCAGCCAATAGAAATCCTGGTCTGGATTTAACT
AAGCCGTTACAAACCATGGCTCTCCAACTCAATGTAGGTACTTTATAATA
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AACCAGAATTTTTATAATCGATCCCTTTAAAGAAATTCAGATAAAGTAAT
GCTGGTTTCGTTGGTAAATCAAGAATCATTCTAGTGAACCTTTCTAACGG
CCTTGCACCTTTCGTGGGAAACGTTTTATATCTATTATAATCATTAGCTG
AAAGCTCCCATATGACTAAATCAACATTCTTCTTCAGGTGGTTTTTGAca
caatatgaaaaataatctGTCCCTATAGAACCAATGGCTGCATTGTTTAC
TTTCATTTTGGAACCAGTGACAGGGAAAATCCATTGGTTCCACCAATCAA
CTACGCCCTTATAATAAAGTCCTTCTATGCTTCCACGATCTTTATATAAC
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ACCTGTAATAGCTTTTCGCATCACACCCTTTAATCTCTCTATGTATCCCG
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AGTGTTTTGTATGGATATCGCCAAGATTCTAAAGGGTCCTTGTTTAGGTA
TTGAACGATAGCCTTGGCTTTTTCAATATTAATGACTTTAGTTTTGTTTG
AGGGTTTAGAATTTGATGAAGCAAGTAAGTTCATCAAGTTCCCTGAGTTT
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TTACACCATTTAGAATATTTGTATTTGATGATTGTTGTTTTGGTTTTGTA
GAAGCGGTTTCATTGTTTGTGGATATCGCGTTTTCTTCCATGATACTGGG
GATGGATGAATTTGCGTTATCCACCGAATCTGGATCTGACCATGTGTTGT
TTGTGAGTCGAAAATTGTTGGGTAGTTTTGGTCTGGAAATTACCAAGTCA
TCGCTATTATCGTTTTCTGTTTCACCTTTTTGTTGGCCGTCAGTGGATGA
TGATTTTTTGTCTCCAGTGCGGTGGAACTCTGTCTTTTTCTTGTAATGTT
CTTCTATGGTGTAATGTTTTGGATGAGGGTTGGTGGGTGGCATATGGTGA
AGAGAAGATATAACTATTGTTTTGTTTGTGTTGTTAGATGTCAATGATTT
ATTGTTCGTTGCAGTTGTAAATATCACGTGTCCAGgttgtttgttttgaa
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CATCTTATCTCGAACTTGTTGTAACTTTGCGATATCTAAATCCAGTTCAG
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GCTTCGTTTTTGAATAATTGAAGACCGTTTTTCCACAATCGGATTTATCG
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TCGTAATTTTCGAGGGTTTGCTCCAACTCATTATAACTCTCTTGTTCTTG
GAGCAATGTTGGTGAGCTTGAAAGGCTTTCTTGTTGGCACGTGATTCGAC
ATGTTGAAAGGAGGAGAAACAAAGATAAGGAATGGACAAAGAGTAACATG
CTGCTCGCCTAAAAAATAAAGCAGGAAACAATGG

Gene-mRNA-Prot

This transcript is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Species	Type
XLOC_033734	XLOC_033734	Clytia hemisphaerica	gene

The following exon feature(s) are a part of this transcript:

Position

The following features are aligned


Aligned Feature	Feature Type	Alignment Location
scaffold_231	supercontig	scaffold_231:219018..230151 +

Expression

Values :

    GrOo_1	 GrOo_2	 FGOo_1	 FGOo_2	 EG_1	 EG_2	 P1_1	 P1_2	 P2_1	 P2_2	 P3_1	 P3_2	 PoPr_1	 PoPr_2	 St_1	 St_2	 GO_1	 GO_2	 PH_1	 PH_2	 BMF_1	 BMF_2	 MMF_1	 MMF_2	 M_1	 M_2	 GEC_1	 GEC_2	 GEN_1	 GEN_2
0.000797302	0	0.010695	0	0.00309092	0.0767999	0.102272	1.00074e-07	0	0	0.0295746	0.0451428	0	0	0	0.00195153	0	0	0	0	0	0.0107018	0.0145151	0.0801319	0.0322547	0.0592209	0	0	0	0

Blast

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of TCONS_00053434 vs. Swiss-Prot (Human)

BLAST of TCONS_00053434 vs. Swiss-Prot (Human)
Analysis Date: 2017-10-03 (blastx Clytia hemisphaerica v1.0 mRNA vs SwissProt (Homo sapiens))
Total hits: 0


Match Name	E-value	Identity	Description

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TCONS_00053434 (transcript) - C. hemisphaerica